メカキングギドラを倒したゆの達に宇宙人がバガンを使い、街をめちゃくちゃにしてしまい、本部のあるやまぶき高校へと去って行った
ゆの達は、そうはさせまいとバガンを追いやまぶき高校へゴジラを向かわせる
そして、相まみえる時が来た
宇宙人:よく来たな、その勇気だけは褒めてやるよ
ヒロ:見て！エネルギー体が変化していくわ！
宇宙人:これを見ろ！！
その瞬間、地球全体が揺れ、エネルギー体は怪獣と化した！
沙英:あ！中から怪獣が出てきた！！
宇宙人:そうだ、バガンは我々が地球の超過去にワープし、伝説の領域から連れてきた怪獣なのだよ、それにさらに、ゴジラとギドラの細胞を加えることによって伝説怪獣バガンは最強の怪獣となったのだ！！
校長:なんですって、ゴジラとギドラの細胞ですって？！
宇宙人:そうだ、校長、あなたと同じく我々もゴジラとギドラの細胞融合に目を付けていたのだよ、お前達がゴジラの体で試したその細胞融合を、そのまま同じように使わせてもらったおかげで、我々の切り札とも言えるバガンが、さらに強力になったのだよ……
その直後、バガンが襲いかかってきた
その凄まじい攻撃はゴジラの体力をみるみる削っていく
ゆのも負けじと尻尾や体当たりなどを仕掛けるがバガンにとっては蚊が刺したような物だった
そして、ゴジラが倒れるギリギリの体力になったとき、ついにスーパーＸ-1が姿を現した！
沙英:あ！あれはスーパーＸ-1、エネルギーを持ってきてくれたんだね！！
校長:間に合ってよかったです、よく持ちこたえてくれました！！今すぐ、エネルギーをゴジラに全て与えましょう
エネルギーを与えられたゴジラは再び超ゴジラと変化を遂げる
超ゴジラとなったゴジラはバガンと互角の戦いを繰り広げた
バガンは鋭い爪での引っかき、光線、角と角の間に溜めたエネルギーを空中に上げ、複数のダイヤ型のエネルギーに変え降り注がせる技
ゴジラは尻尾に溜めたエネルギーを光弾にして投げる技、オレンジ色の火炎攻撃、体当たりなどをお互い放ち合い体力の削り合いをする
ゆのは一瞬油断してしまい超ゴジラは1度は倒れてしまうが、闘志からか再び起き上がり、バガンを追い詰め、とどめのあの技を放つのだった
ゆの:いっけぇぇぇぇ～！！ドラゴン・バーストォォォ！！！
ドラゴン・バーストはバガンに確実にぶつかり、ついにバガンの体力を全て奪ったのだった！！
宇宙人:ば、ばかな…バガンが敗れるとは……
バガンは光の中に沈み、消えていった
そして、戦いを終えたゴジラは元のゴジラへと姿を戻した
━━戦いは終わりを告げた
怪獣を操り街を襲っていた宇宙人はスーパーＸによって撃ち落とされた
コントロールボックスが外れ、コントロールが出来なくなったゴジラは、本能に従い海へと帰って行った
しかし、これで本当に全てが終わったのか……
宇宙人からの脅威はなくなったが、あのゴジラが再び目覚めたその時
今度は人間達の脅威となって、襲いかかって来るのではないのだろうか……？
しかし、そんなことは
まだ誰も知らない
訪れた平和をただただ、喜んでいるのだった
超ゴジラ━ひだまり荘VS怪獣軍団━
━THE END━