ぐれいさんありがとうございます！
こちらの作品です。小さい頃に読んだので、曖昧だったのですが東方のお話だったんですね。

原作：東方Project
おおまかな内容は内容的には、主人公が何にもない地球みたいなところに転生？(違うかもしれない)して、神様を作って、その神様と一緒にその惑星を発展させる、みたいな内容でした。

最初の方で何もない暗闇とかにいた主人公が願って生まれた女神と戦ったり、その次にコミュニケーション能力が高い神様(女神)を作って、その神様と一緒に世界を作っていました。
月に行って兎に会ったりもしていて、かなり超大作な感じです。
主人公は生き物を作らない設定でした。生き物は神様だけが作れるみたいな……。

主人公は不老不死みたいな感じで、魔法の様なものが使えていました。

お心当たりがありましたらお願いします。