必ずしも読む必要はありませんが、よろしければ参考にしてください。
文頭や文末についたアルファベットは、時間移動を分かりやすくする区別です。
Zで終わった次はα、以降ギリシャアルファベット順に続きます（例）【Z】⇒【α】【α】⇒【β】
（旧）と文末についている箇所は、魔理沙の時間移動による歴史改変により、上書きされて『無かった事』になった歴史。｛｝で囲まれている部分は、その歴史が上書きされる原因となった事象を現しています。
後書きには（旧）と記された古い歴史を削除したバージョンを投稿しています。
次の話には第一章～第四章をくっつけた年表を載せています
年表（第四章）
第4章後日談（後編）の本編で魔理沙が説明に用いていたⒶ～Ⓓの4つの歴史。此方の年表に合わせると、【Ｖ】～【Ｗ】が、【霊夢マリサ死亡、格納庫消失Ⓑ】。 【Ｗ】～【Ｚ】の歴史が【霊夢生存マリサ死亡Ⓒ】、【α】～【β】の歴史が【霊夢マリサ生存Ⓓ】。
【霊夢マリサ死亡、格納庫存在Ⓐ】の歴史は【AA】～【Ｒ】まで
【Ｗ】西暦200X年9月2日 タイムトラベラー魔理沙、人間の魔理沙と入れ替わる。霊夢と接触。
同日午前10時20分⇒咲夜の時間停止に巻き込まれてしまったタイムトラベラー魔理沙は、仕方なく咲夜を捜すことにする。
同日午後⇒霊夢に正体がばれてしまったタイムトラベラー魔理沙。思い切って正体をばらし、妖怪になるよう勧める。
同日夜⇒ 霊夢、妖怪になることを決意。タイムトラベラー魔理沙はここで約束を交わし、西暦215X年9月21日へ帰る。 【Ｘ】へ
その後人間の魔理沙が現れて、霊夢の自宅へ泊って行く。
西暦200X年9月3日⇒霊夢、紫に博麗の巫女を辞めて妖怪になることを伝える。紫、それを承認。
9月4日夜⇒博麗神社の宴会で人間を辞める宣言。最後まで魔理沙が食い下がったので霊夢が真相を伝えるも、魔理沙は信じなかった。
【Ｙ】9月4日午後7時⇒150年前に戻って来た魔理沙は、博麗神社へ向かい、人間マリサも参加する宴会を影から覗き見る。途中早苗に絡まれるも、やり過ごす。 そして 霊夢の巫女を辞める宣言を聞き、マリサが怒って帰って行った所を見届け、魔理沙はマリサの後を追って行く。
同日午後10時15分⇒魔法の森をトボトボと歩くマリサを発見。密かに泣くマリサに魔理沙は声を掛け、事情を説明しようとするも、マリサは聞く耳を持たず、弾幕ごっこへと発展してしまう。隙を突いて何とか逃げ出し、たどり着いた先は妖怪の山。そこで一部始終を見ていたこいしに誘われ、地霊殿へと向かう。
同日午後11時00分⇒旧地獄に到着。勇儀の誘いを断り地霊殿へ到着し、さとりに出会う。詳しい話はまた明日ということになり、魔理沙は泊まって行くことに。
同日午後11時45分⇒地霊殿の部屋で寝る。
9月5日午前6時10分⇒暑さで目が覚めた魔理沙。風呂へと向かい、そこで空と出会う。風呂から出た後にお燐と出くわし、さとりとこいしの部屋の場所を聞きだし、そこへ向かう。
同日午前8時00分⇒さとりの部屋で未来のことを話す魔理沙。さとりにマリサの事を相談すると、逆に助ける必要があるのか問われ、魔理沙は精神的に追い詰められながらも助けるときっぱり答える。そんな魔理沙に、さとりは一つの案を授け、こいしと共にマリサの家へと向かう。
同日午前8時50分～午前9時5分⇒マリサの家に到着し、マリサの説得を試みるも、話を全く聞く様子がない。魔理沙は意を決し、こいしの協力を得てマリサを捕まえて眠らせて、自分の時代（西暦215X年9月21日午後5時）へと連れて行った。 ⇒【Ｚ】へ
【α】同日午前9時15分⇒マリサを出発時刻から10分後に戻し、魔理沙は215X年9月22日の正午へと帰って行った。【β】へ
同日午前9時25分⇒霊夢の神社にマリサが向かい、9月4日の宴会で酷い事を言った事を謝り、自分も魔女になると和解する。ついでに未来の魔理沙に会い、未来の霊夢達と話したことを霊夢に伝えた。【α】～【β】の歴史
同日午後1時10分⇒咲夜の証言によると、マリサは霊夢がふざけた事を話したことにいまだ怒っているようだった。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
同日午後2時00分⇒紅魔館の廊下で咲夜と対面するマリサ。こっそり侵入したことがばれて追い返されそうになるも弾幕ごっこに勝利する。それから9月4日の宴会での事を聞かれ、タイムトラベラー魔理沙の事と、つい先程和解したことを咲夜に話した。【α】の歴史
同日午後2時15分⇒大図書館に辿り着いたマリサは、捨食と捨虫の魔導書を抜き取り、退散しようとする。しかしパチュリーに見つかり、弾幕ごっこが始まるものの、パチュリーを退けて、当初の目的を果たす。【α】～【β】の歴史
同日午後3時30分⇒霊夢はマリサの家に謝りにいったが、マリサは聞く耳を持たなかった。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
9月6日午後3時20分⇒紅魔館で行われた咲夜と霊夢のお茶会。何を言って怒らせたのか気になる咲夜だったが、霊夢は真相を話すことを恐れて何も話さず。翌日もう1度マリサに謝りに行く事に。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
（新）9月6日午後3時20分⇒⇒紅魔館で行われた咲夜と霊夢のお茶会。今度は霊夢とマリサは打ち解けていたので、↑のような歴史にはならず、時間旅行者霧雨魔理沙の仲立ちもあって、マリサと心から仲直りできたことにホッとしていた。そして霊夢の話のこともあって、前回の歴史より三日早く時間旅行者霧雨魔理沙のことを互いに知ることになった。【α】～【β】の歴史
9月7日午前9時35分⇒マリサの家に再び謝罪にいく霊夢。霊夢の説明は最後まで信じてもらえなかったものの、マリサとの関係を修復することはできた。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
9月9日午後2時57分⇒霊夢、咲夜とのお茶会で、咲夜がお嬢様から提案された吸血鬼になることを断ったことで、レミリアが圧力をかけてきていることに悩む。霊夢は、大切な人と過ごす時間がどれだけ貴重な物かを説いて、よく考えるように説得する。ついでに、ここで時間旅行者霧雨魔理沙の存在を、咲夜が知っていたことに霊夢が初めて気づく。お互いに情報交換を行い、咲夜は、霊夢の全ての秘密を知った。【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】共通
（新）9月9日午後2時57分⇒↑と基本的に同じ。違うのは咲夜の方から上記の悩みを打ち明けたことくらい。
9月16日午後2時15分⇒紅魔館に招待された霊夢、そこで咲夜が吸血鬼になったことを知る。咲夜は霊夢の言葉で考えを改めて、永遠にレミリアに仕える道を選ぶ。【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】共通
マリサが魔女になった時もこの結末は変わらない。それと同時に、女神咲夜≠十六夜咲夜となり、二人の存在は一致しなくなり、死後、女神咲夜の元へ魂が還る事はことはなくなった。（正確には死ななくなったので、女神咲夜の元へ魂が還らない。もし死ねば女神咲夜と記憶が一致する）
9月19日午前11時00分⇒博麗神社を訪れたマリサ。真の魔法使いになったことを霊夢に報告し、霊夢は喜んだ。【α】～【β】の歴史
9月20日午前9時以降⇒魔導書を持って紅魔館を訪れたマリサは再び咲夜と出会う。そこで互いに吸血鬼と魔法使いになったことを知る。その後マリサは大図書館に行き、パチュリーに自分が魔女になったことを報告した。【α】～【β】の歴史
9月21日⇒マリサはアリスの家に遊びに行くようだ。【α】～【β】の歴史
西暦2008年4月6日午前10時⇒ 霊夢、博麗の巫女を後任の巫女（退魔師の家系の少女）に譲る。そして博麗の名を捨てることなく、霊夢は仙人になるべく茨華扇の屋敷へと向かう。【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】共通の歴史
9月10日午前11時5分⇒マリサへの対抗心から古い歴史より1ヶ月早く修行を終えて、霊夢は見事仙人へと昇華する。そのことを山から降りてマリサへ伝えに行くと、彼女は喜び、霊夢の仙人祝いと称して宴会を催した。【α】～【β】の歴史
10月10日午前11時05分⇒ 半年に渡る修行の末、霊夢は見事仙人へと昇華する。そのことを降りてマリサに伝えに行くと、彼女は複雑な気持ちを抱えつつも歓迎の言葉を投げた。そして、肉体の時間を止める魔法（老いをごまかす魔法）を使うかどうか迷う。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
西暦2010年5月15日午後4時00分⇒仙人霊夢に弾幕ごっこで負けまくる17歳の人間魔理沙。魔女になってしまうかどうか悩むも、結局人として生きることを決意。姿を偽る魔法を使用する。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
西暦201X年6月6日午後9時～6月7日午前0時⇒白玉楼へと向かう吸血鬼咲夜。妖夢と将棋しながら時間旅行者霧雨魔理沙を待ち続けるも、結局姿を現さなかった。【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】共通事項
西暦2020年3月29日午後1時20分⇒27歳の人間魔理沙。努力が実り霊夢と五分五分で戦えるように。この時霊夢に自分が魔女になったと嘘をつく。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
西暦2054年8月2日午後3時00分⇒霊夢と妹紅の弾幕ごっこを羨望の眼差しで見つめる人間魔理沙。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
同年8月3日午前11時30分⇒61歳の人間魔理沙。秘密を知ったアリスに、人間を辞めるように説得されるも、それを拒否。人であることの誇りを持って。そしてアリスにだけ、この世界をひっくり返す魔法（タイムトラベル）を開発してることを明かす。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
西暦205X年1月30日午前7時40分⇒老人マリサ、心臓発作が起きて、そのまま帰らぬ人となる。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
西暦205X年1月30日午前7時40分⇒寒い日のこと、突然襲い掛かった激しい頭痛に耐えきれず、マリサは倒れ込んでしまい。その間、マリサの家に偶然来たアリスが倒れていることに気づき、呼びかけていた。【α】～【β】の歴史
同日午前10時⇒目を覚ました時、人間のまま死んだ自分の記憶が突然流れ込んでいたことに気づく。さらにアリスの存在にもここで初めて気づき、とりあえず霊夢の元に向かう事に。【α】～【β】の歴史
同日正午頃⇒霊夢の家を強襲したマリサは、霊夢を見て歓喜に震え、彼女の胸に思いっきり飛び込む。落ち着いた後、それが昔の人間だった頃の記憶の残滓であると説明し、西暦215X年に時間旅行者霧雨魔理沙が来た時の決意を語った。【α】～【β】の歴史
西暦205X年1月30日午前10時02分⇒マリサ、心臓発作を起こし死亡したのをアリスから知らされた霊夢。さらに遺書を読んだ霊夢は悲しみに明け暮れる。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
西暦205X年2月4日午前9時49分⇒紅魔館でマリサの遺書と、遺した研究の書類を調査するアリスとパチュリー。結論は一週間後に【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
西暦205X年2月11日午前11時05分⇒死の間際までマリサが研究していた題材はタイムトラベルと判明。マリサ亡き後研究を引き継ごうとする二人だったが、霊夢はタイムトラベラーの魔理沙の存在を告白する。話し合いの結果、霊夢が約束した100年後まで待つことに決める。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
西暦205X年5月12日⇒床に伏せた早苗をマリサは看病しに行っていた。【α】～【β】の歴史
西暦205X年5月15日⇒東風谷早苗死亡【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】共通
西暦205X年5月17日午前11時30分⇒妹紅の自宅に茸を届けに行ったマリサ。早苗の死を悲しむマリサを妹紅が慰めていた。その時輝夜が現れ、4か月前（西暦205X年1月30日、マリサが記憶を取りもどした日）の歴史改変について聞く。マリサは考えた末に100年後に輝夜の話をすることで合意。輝夜は満足したように永遠亭へと帰って行った。【α】～【β】の歴史
西暦2070年2月22日午前10時00分⇒マリサの家に来た紫。未来を知りたいと言うが、マリサに私は魔理沙じゃないと言われる。幻想郷のことで悩む紫をマリサは励まし、紫は帰って行った。【α】～【β】の歴史
西暦2070年4月10日午後12時20分⇒人里でのんびりしていたマリサの隣に紫が現れ、外の世界の事情や、西暦2070年2月22日に話したことの結果を伝える。この年、外の世界では光速航行が発明されて、幻想郷への影響を懸念していたが、結局はなんともなかった。【α】～【β】の歴史
西暦2108年9月10日午後2時00分⇒仙人化した霊夢に100年目の試練。マリサの気がかりがなかった霊夢は、命を刈りに来た死神相手に無傷で勝利し、見に来ていたマリサとご機嫌で帰って行った。【α】～【β】の歴史
同日午後2時30分⇒四季映姫の命令で、影から霊夢達の戦いを覗いていた小町は、冥界に戻り、四季映姫に報告した。【α】～【β】の歴史
西暦2108年10月10日午後2時～2時10分⇒仙人化した霊夢に100年目の試練。死神との戦いに瀕死になりながらも勝利する。それを影から覗いていた小町は映姫に報告。50年前のマリサの裁きのこともあり、彼女に興味を持つ。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、マリサ魔女化｝
西暦2108年10月10日午後4時00分⇒西暦2108年9月10日に起きた、霊夢と死神の戦いに違和感を覚えた四季映姫は、過去の資料を漁り、小町を呼び付ける。しかし記録の不備はなく、違和感はぬぐえない。後日、映姫は、小町と共に霊夢に会いに行く事に決める。【α】～【β】の歴史
同年10月12日午後4時20分⇒霊夢の家を訪れる小町と映姫。タイムトラベラー魔理沙の存在を聞くも、霊夢は拒否し、険悪な状態で別れる。しかし霊夢の様子のおかしさからタイムトラベラーの存在を確信。215X年になった時、霊夢を見張ることを決断する。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史（旧）｛第4章、マリサ魔女化｝
同年10月12日午後4時20分⇒霊夢の家を訪れる小町と映姫。映姫は霊夢と軽い雑談を交わしたものの、最後まで違和感を拭いきれなかった。【α】～【β】の歴史
西暦2151年4月19日午後4時35分⇒幻想郷のとある山中で、博麗杏子（215X年の博麗の巫女となる少女）の母親を仙人霊夢が救出し、人里の家へと送り届ける。【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】の歴史共通
西暦215X年9月20日午後5時00分⇒魔法の森上空で魔理沙と別れ、自宅に帰ったにとり。そこで〝宇宙飛行機を製造しなかったにとり″と出会い、こちらのにとりと融合して一つになった。【Ｖ】以降の歴史｛第3章、ボイジャー1号破壊、アンナ説得｝
同日午後5時45分⇒にとりが魔理沙の家を訪れるも、彼女は寝てしまった為に出なかった。仕方なく帰る事に。【Ｗ】～【Ｘ】の歴史。（旧）｛第4章、霊夢仙人化｝
西暦215X年9月20日午後5時45分⇒霧雨魔理沙の家を訪れ、マリサを呼び出したにとり。自宅へ連れて行き、格納庫が消えたことについて問いただすも、マリサは分からないと答える。その時に、にとりは自分が勘違いしていることに気づき、魔理沙が時間遡航から帰ってきたら、家に呼ぶように、マリサに伝言する。【α】～【β】の歴史
西暦215X年9月21日午前11時頃⇒未来を救った魔理沙だったが、気持ちはすっかりと晴れない。紅魔館のパチュリーとアリスに相談しに行く。（旧）｛第4章、霊夢仙人化｝
同日午後3時⇒霊夢に会いに行くことを決める。（西暦200X年9月2日へ時間遡航）【Ｗ】へ （旧）｛第4章、霊夢仙人化｝
【Ｘ】西暦215X年9月21日午後0時⇒博麗神社の妖怪封じの結界は消え、魔理沙邸の前には霊夢、アリス、咲夜がいた。魔理沙と霊夢は再会を果たす。（ノーマルエンド）【Ｘ】～【Ｙ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
同日同時刻⇒光学迷彩で隠れていた河城にとりがこの状況を目撃。空気を読んで、自身の融合と宇宙飛行機の消失について訊ねる用事を破棄することに。【Ｘ】～【Ｙ】の歴史（旧）｛第4章、人間マリサの魔女化｝
同日午後1時⇒お互いに情報交換を行った事で、201X年の出来事、出発前の出来事が無かった事になっていた。さらに人間マリサの無念の遺書を読み、魔理沙は200X年9月4日へ遡ることを決意する。しかし、過去へ跳ぼうとした時に、四季映姫と小野塚小町の妨害が入る。魔理沙は仕方なく彼女らの話を聞くことに。【Ｘ】～【Ｙ】の歴史（旧）｛第4章、マリサ魔女化｝
同日午後4時18分～午後4時55分⇒タイムトラベルは過去の人々の歴史を踏みにじると言う四季映姫、それに対し魔理沙は不幸な結末を変えたかっただけだと主張。四季映姫は魔理沙の過去の行いで判断しようとするも、そこで見たのは滅びた未来の姿。魔理沙の行いに大義を感じた四季映姫は今回は見逃すことにし、魔理沙は200X年9月4日、時の回廊を経由して時間遡航する。【Y】へ。 【Ｘ】～【Ｙ】の歴史（旧）｛第4章、マリサ魔女化｝
同日午後4時55分～4時59分まで⇒映姫の言葉で、影で話を聞いていた紫が現れる。外の世界は順調に科学が発展しつつあり、幻想郷のもう1人の賢者、摩多羅隠岐奈が外の世界の動向を見てる事を明らかに。（旧）｛第4章、マリサ魔女化｝
【Ｚ】同日午後5時⇒昏睡したマリサを連れた魔理沙が現れる。魔理沙は待っていた霊夢達に事情を説明し、一緒に魔法使いになるよう説得する事を決め、マリサを起こす。目が覚めたマリサは激昂しながら魔理沙に向かう。宥めたり、ここが未来の世界だと話しても聞く耳を持たないマリサ。魔理沙はマリサにこの時代の幻想郷を見るように言って、飛び出して行った。（旧）｛第4章、マリサ魔女化｝
同日午後5時20分～40分⇒二階に上がって着替える魔理沙。そこでアリスから思いの丈を聞いた。（旧）｛第4章、マリサ魔女化｝
同日午後5時40分⇒マリサが帰ってこないので、話の流れで夕飯を食べる事に。咲夜と一緒に時を止めて買い物に向かう。その時咲夜から吸血鬼になった時の事やマリサ（魔理沙）への気持ちを聞いた。そして食事を作り、帰って来たマリサも加えて夕飯を食べた。（旧）｛第4章、マリサ魔女化｝
同日午後6時～6時30分⇒215X年の幻想郷を見て回って、タイムトラベルが本物だと納得したマリサ。魔理沙と霊夢達の話を聞く事に決める。霊夢達は未来の話をして、マリサに遺書を見せたりなど、自分達の気持ちも交えて魔女になるよう強く勧める。全ての話を聞いたマリサは、魔理沙と二人きりで話すことに。
そして外に出た二人。悩むマリサを後押しして、マリサは魔女になることを決意する。霊夢達の見送りと別れの言葉を受けて、時間旅行者魔理沙はマリサを連れて200X年9月5日午前9時15分へと戻って行った。【α】へ（旧）｛第4章、マリサ魔女化｝
同日午後6時25分（αの歴史）⇒一つ前の歴史（【Ｚ】）で、魔理沙と共にマリサを説得したことを思い出し、霊夢、咲夜、アリス、パチュリーの4人がマリサの家に集まる。そして明日魔理沙が帰って来ることを伝え、再びここに集合することを決めて解散。その話を影で聞いていた八雲紫は、昨日現れた宇宙飛行機について、魔理沙について事情を改めて訊ねると宣言する。
【β】西暦215X年9月22日正午⇒150年前にマリサを返し、元の時間に戻った魔理沙を暖かく迎えたのは、仙人になった霊夢、種族的魔法使いになったマリサ、同じくアリス、パチュリー、加えて吸血鬼の咲夜だった。マリサ達から話を聞き、全てが上手くいったことを知り、魔理沙は安心する。そして、この時間でマリサ達とこれからも生きていくことを決意し、魔理沙は博麗神社の宴会に向かって行った。（真エンド）⇒翌日の【γ】へ続く。
【γ】西暦215X年9月23日午前9時⇒今日は何をしようかと迷う魔理沙。そんな時、マリサからにとり、紫、輝夜の伝言を知り、説明するべくにとりの家に彼女らを集め、未来の話（第3章の内容）をする。この時、にとりの宇宙飛行機の有無で紫と揉めたが、互いに別々の歴史での記憶による齟齬であることで決着した。
――――――――――
時の回廊での出来事
7度目【Ｗ～Ｘの間】（【Ｗ】の歴史で、西暦200X年9月4日の夜にて。魔理沙不在。時の女神咲夜のみ）魔理沙の歴史改変による変化を観測する。このことを魔理沙は知らない。
8度目【Ｙ】（魔理沙がマリサを助けに過去へ遡る時）マリサの歴史を見ていた女神咲夜は、魔理沙の身を案じる。魔理沙は大丈夫だと答え、騒動の種となったタイムトラベルの魔導書を預け、200X年9月4日へと時間遡航する。
9度目【α～βの間】（魔理沙がマリサの歴史を変えた（魔女にした）時）気づいた時には時の回廊に居た魔理沙。時の回廊が半分消えていた。現れた女神咲夜に事情を聴くと、マリサが魔女になったことで、タイムトラベラー魔理沙の特異点化が消えて、世界の上書きに巻き込まれそうになり、そうならないように全宇宙の時間を止めていたとの事。そして女神咲夜は、自身の力を用いて、マリサと同一化できると言い、魔理沙に選択を迫る。
魔理沙は悩みに悩んだ末、自分を自分と見てくれる霊夢達、（マリサと古い歴史の私の違いを知った上で私を受け入れてくれる）が居る事、そしてアンナの星へと遊びに行く約束を思い出し、自分は霧雨マリサとは別の霧雨魔理沙として生きることを決意。女神咲夜は了承し、魔理沙が今後二度と消えることのないように特異点化を強めて、魔理沙は改めて西暦215X年9月22日正午へとタイムトラベルして行った。
10度目【γ】（γの歴史で、西暦215X年9月23日）⇒女神咲夜に、大団円に終わったことを報告する魔理沙。ついでに、時間停止中でも止まっていられる秘訣を聞き、再会の約束をして西暦215X年9月23日午後7時に帰る。
【Ｗ】西暦200X年9月2日 タイムトラベラー魔理沙、人間の魔理沙と入れ替わる。霊夢と接触。
同日午前10時20分⇒咲夜の時間停止に巻き込まれてしまったタイムトラベラー魔理沙は、仕方なく咲夜を捜すことにする。
同日午後⇒霊夢に正体がばれてしまったタイムトラベラー魔理沙。思い切って正体をばらし、妖怪になるよう勧める。
同日夜⇒ 霊夢、妖怪になることを決意。タイムトラベラー魔理沙はここで約束を交わし、西暦215X年9月21日へ帰る。 【Ｘ】へ
その後人間の魔理沙が現れて、霊夢の自宅へ泊って行く。
西暦200X年9月3日⇒霊夢、紫に博麗の巫女を辞めて妖怪になることを伝える。紫、それを承認。
9月4日夜⇒博麗神社の宴会で人間を辞める宣言。最後まで魔理沙が食い下がったので霊夢が真相を伝えるも、魔理沙は信じなかった。
【Ｙ】9月4日午後7時⇒150年前に戻って来た魔理沙は、博麗神社へ向かい、人間マリサも参加する宴会を影から覗き見る。途中早苗に絡まれるも、やり過ごす。 そして 霊夢の巫女を辞める宣言を聞き、マリサが怒って帰って行った所を見届け、魔理沙はマリサの後を追って行く。
同日午後10時15分⇒魔法の森をトボトボと歩くマリサを発見。密かに泣くマリサに魔理沙は声を掛け、事情を説明しようとするも、マリサは聞く耳を持たず、弾幕ごっこへと発展してしまう。隙を突いて何とか逃げ出し、たどり着いた先は妖怪の山。そこで一部始終を見ていたこいしに誘われ、地霊殿へと向かう。
同日午後11時00分⇒旧地獄に到着。勇儀の誘いを断り地霊殿へ到着し、さとりに出会う。詳しい話はまた明日ということになり、魔理沙は泊って行くことに。
同日午後11時45分⇒地霊殿の部屋で寝る。
9月5日午前6時10分⇒暑さで目が覚めた魔理沙。風呂へと向かい、そこで空と出会う。風呂から出た後にお燐と出くわし、さとりとこいしの部屋の場所を聞きだし、そこへ向かう。
同日午前8時00分⇒さとりの部屋で未来のことを話す魔理沙。さとりにマリサの事を相談すると、逆に助ける必要があるのか問われ、魔理沙は精神的に追い詰められながらも助けるときっぱり答える。そんな魔理沙に、さとりは一つの案を授け、こいしと共にマリサの家へと向かう。
同日午前8時50分～午前9時5分⇒マリサの家に到着し、マリサの説得を試みるも、話を全く聞く様子がない。魔理沙は意を決し、こいしの協力を得てマリサを捕まえて眠らせて、自分の時代（西暦215X年9月21日午後5時）へと連れて行った。 ⇒【Ｚ】へ
【α】同日午前9時15分⇒マリサを出発時刻から10分後に戻し、魔理沙は215X年9月22日の正午へと帰って行った。【β】へ
同日午前9時25分⇒霊夢の神社にマリサが向かい、9月4日の宴会で酷い事を言った事を謝り、自分も魔女になると和解する。ついでに未来の魔理沙に会い、未来の霊夢達と話したことを霊夢に伝えた。【α】～【β】の歴史
同日午後2時00分⇒紅魔館の廊下で咲夜と対面するマリサ。こっそり侵入したことがばれて追い返されそうになるも弾幕ごっこに勝利する。それから9月4日の宴会での事を聞かれ、タイムトラベラー魔理沙の事と、つい先程和解したことを咲夜に話した。【α】の歴史
同日午後2時15分⇒大図書館に辿り着いたマリサは、捨食と捨虫の魔導書を抜き取り、退散しようとする。しかしパチュリーに見つかり、弾幕ごっこが始まるものの、パチュリーを退けて、当初の目的を果たす。【α】～【β】の歴史
（新）9月6日午後3時20分⇒⇒紅魔館で行われた咲夜と霊夢のお茶会。今度は霊夢とマリサは打ち解けていたので、↑のような歴史にはならず、時間旅行者霧雨魔理沙の仲立ちもあって、マリサと心から仲直りできたことにホッとしていた。そして霊夢の話のこともあって、前回の歴史より三日早く時間霧雨魔理沙のことを互いに知ることになった。【α】～【β】の歴史
9月9日午後2時57分⇒霊夢、咲夜とのお茶会で、咲夜がお嬢様から提案された吸血鬼になることを断ったことで、レミリアが圧力をかけてきていることに悩む。霊夢は、大切な人と過ごす時間がどれだけ貴重な物かを説いて、よく考えるように説得する。ついでに、ここで時間旅行者霧雨魔理沙の存在を、咲夜が知っていたことに霊夢が初めて気づく。お互いに情報交換を行い、咲夜は、霊夢の全ての秘密を知った。【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】共通
（新）9月9日午後2時57分⇒↑と基本的に同じ。違うのは咲夜の方から上記の悩みを打ち明けたことくらい。
9月16日午後2時15分⇒紅魔館に招待された霊夢、そこで咲夜が吸血鬼になったことを知る。咲夜は霊夢の言葉で考えを改めて、永遠にレミリアに仕える道を選ぶ。【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】共通
マリサが魔女になった時もこの結末は変わらない。それと同時に、女神咲夜≠十六夜咲夜となり、二人の存在は一致しなくなり、死後、女神咲夜の元へ魂が還る事はことはなくなった。（正確には死ななくなったので、女神咲夜の元へ魂が還らない。もし死ねば女神咲夜と記憶が一致する）
9月19日午前11時00分⇒博麗神社を訪れたマリサ。真の魔法使いになったことを霊夢に報告し、霊夢は喜んだ。【α】～【β】の歴史
9月20日午前9時以降⇒魔導書を持って紅魔館を訪れたマリサは再び咲夜と出会う。そこで互いに吸血鬼と魔法使いになったことを知る。その後マリサは大図書館に行き、パチュリーに自分が魔女になったことを報告した。【α】～【β】の歴史
9月21日⇒マリサはアリスの家に遊びに行くようだ。【α】～【β】の歴史
西暦2008年4月6日午前10時⇒ 霊夢、博麗の巫女を後任の巫女（退魔師の家系の少女）に譲る。そして博麗の名を捨てることなく、霊夢は仙人になるべく茨華扇の屋敷へと向かう。【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】共通の歴史
9月10日午前11時5分⇒マリサへの対抗心から古い歴史より1ヶ月早く修行を終えて、霊夢は見事仙人へと昇華する。そのことを山から降りてマリサへ伝えに行くと、彼女は喜び、霊夢の仙人祝いと称して宴会を催した。【α】～【β】の歴史
西暦201X年6月6日午後9時～6月7日午前0時⇒白玉楼へと向かう吸血鬼咲夜。妖夢と将棋しながら時間旅行者霧雨魔理沙を待ち続けるも、結局姿を現さなかった。【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】共通事項
西暦205X年1月30日午前7時40分⇒寒い日のこと、突然襲い掛かった激しい頭痛に耐えきれず、マリサは倒れ込んでしまい。その間、マリサの家に偶然来たアリスが倒れていることに気づき、呼びかけていた。【α】～【β】の歴史
同日午前10時⇒目を覚ました時、人間のまま死んだ自分の記憶が突然流れ込んでいたことに気づく。さらにアリスの存在にもここで初めて気づき、とりあえず霊夢の元に向かう事に。【α】～【β】の歴史
同日正午頃⇒霊夢の家を強襲したマリサは、霊夢を見て歓喜に震え、彼女の胸に思いっきり飛び込む。落ち着いた後、それが昔の人間だった頃の記憶の残滓であると説明し、西暦215X年に時間旅行者霧雨魔理沙が来た時の決意を語った。【α】～【β】の歴史
西暦205X年5月12日⇒床に伏せた早苗をマリサは看病しに行っていた。【α】～【β】の歴史
西暦205X年5月15日⇒東風谷早苗死亡【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】共通
西暦205X年5月17日午前11時30分⇒妹紅の自宅に茸を届けに行ったマリサ。早苗の死を悲しむマリサを妹紅が慰めていた。その時輝夜が現れ、4か月前（西暦205X年1月30日、マリサが記憶を取りもどした日）の歴史改変について聞く。マリサは考えた末に100年後に輝夜の話をすることで合意。輝夜は満足したように永遠亭へと帰って行った。【α】～【β】の歴史
西暦2070年2月22日午前10時00分⇒マリサの家に来た紫。未来を知りたいと言うが、マリサに私は魔理沙じゃないと言われる。幻想郷のことで悩む紫をマリサは励まし、紫は帰って行った。【α】～【β】の歴史
西暦2070年4月10日午後12時20分⇒人里でのんびりしていたマリサの隣に紫現れ、外の世界の事情や、西暦2070年2月22日に話したことの結果を伝える。この年、外の世界では光速航行が発明されて、幻想郷への影響を懸念していたが、結局はなんともなかった。【α】～【β】の歴史
西暦2108年9月10日午後2時00分⇒仙人化した霊夢に100年目の試練。マリサの気がかりがなかった霊夢は、命を刈りに来た死神相手に無傷で勝利し、見に来ていたマリサとご機嫌で帰って行った。【α】～【β】の歴史
同日午後2時30分⇒四季映姫の命令で、影から霊夢達の戦いを覗いていた小町は、冥界に戻り、四季映姫に報告した。【α】～【β】の歴史
西暦2108年10月10日午後4時00分⇒西暦2108年9月10日に起きた、霊夢と死神の戦いに違和感を覚えた四季映姫は、過去の資料を漁り、小町を呼び付ける。しかし記録の不備はなく、違和感はぬぐえない。後日、映姫は、小町と共に霊夢に会いに行く事に決める。【α】～【β】の歴史
同年10月12日午後4時20分⇒霊夢の家を訪れる小町と映姫。映姫は霊夢と軽い雑談を交わしたものの、最後まで違和感を拭いきれなかった。【α】～【β】の歴史
西暦2151年4月19日午後4時35分⇒幻想郷のとある山中で、博麗杏子（215X年の博麗の巫女となる少女）の母親を仙人霊夢が救出し、人里の家へと送り届ける。【Ｗ】～【Ｘ】【α】～【β】の歴史共通
西暦215X年9月20日午後5時00分⇒魔法の森上空で魔理沙と別れ、自宅に帰ったにとり。そこで〝宇宙飛行機を製造しなかったにとり″と出会い、こちらのにとりと融合して一つになった。【Ｖ】以降の歴史｛第3章、ボイジャー1号破壊、アンナ説得｝
（新）同日午後5時45分⇒霧雨の家を訪れ、マリサを呼び出したにとり。自宅へ連れて行き、格納庫が消えたことについて問いただすも、マリサは分からないと答える。その時に、にとりは自分が勘違いしていることに気づき、魔理沙が時間遡航から帰ってきたら、家に呼ぶように、マリサに伝言する。【α】～【β】の歴史
同日午後6時～6時30分⇒215X年の幻想郷を見て回って、タイムトラベルが本物だと納得したマリサ。魔理沙と霊夢達の話を聞く事に決める。霊夢達は未来の話をして、マリサに遺書を見せたりなど、自分達の気持ちも交えて魔女になるよう強く勧める。全ての話を聞いたマリサは、魔理沙と二人きりで話すことに。
そして外に出た二人。悩むマリサを後押しして、マリサは魔女になることを決意する。霊夢達の見送りと別れの言葉を受けて、時間旅行者魔理沙はマリサを連れて200X年9月5日午前9時15分へと戻って行った。【α】へ（旧）｛第4章、マリサ魔女化｝
同日午後6時25分（αの歴史）⇒一つ前の歴史（【Ｚ】）で、魔理沙と共にマリサを説得したことを思い出し、霊夢、咲夜、アリス、パチュリーの4人がマリサの家に集まる。そして明日魔理沙が帰って来ることを伝え、再びここに集合することを決めて解散。その話を影で聞いていた八雲紫は、昨日現れた宇宙飛行機について、魔理沙について事情を改めて訊ねると宣言する。
【β】西暦215X年9月22日正午⇒150年前にマリサを返し、元の時間に戻った魔理沙を暖かく迎えたのは、仙人になった霊夢、種族的魔法使いになったマリサ、同じくアリス、パチュリー、加えて吸血鬼の咲夜だった。マリサ達から話を聞き、全てが上手くいったことを知り、魔理沙は安心する。そして、この時間でこれからも生きていくことを決意し、魔理沙は博麗神社の宴会に向かって行った。（真エンド）⇒翌日の【γ】へ続く。
【γ】西暦215X年9月23日午前9時⇒今日は何をしようかと迷う魔理沙。そんな時、マリサからにとり、紫、輝夜の伝言を知り、説明するべくにとりの家に彼女らを集め、未来の話（第3章の内容）をする。この時、にとりの宇宙飛行機の有無で紫と揉めたが、互いに別々の歴史での記憶による齟齬であることで決着した。
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時の回廊での出来事
7度目【Ｗ～Ｘの間】（【Ｗ】の歴史で、西暦200X年9月4日の夜にて。魔理沙不在。時の女神咲夜のみ）魔理沙の歴史改変による変化を観測する。このことを魔理沙は知らない。
8度目【Ｙ】（魔理沙がマリサを助けに過去へ遡る時）マリサの歴史を見ていた女神咲夜は、魔理沙の身を案じる。魔理沙は大丈夫だと答え、騒動の種となったタイムトラベルの魔導書を預け、200X年9月4日へと時間遡航する。
9度目【α～βの間】（魔理沙がマリサの歴史を変えた（魔女にした）時）気づいた時には時の回廊に居た魔理沙。時の回廊が半分消えていた。現れた女神咲夜に事情を聴くと、マリサが魔女になったことで、タイムトラベラー魔理沙の特異点化が消えて、世界の上書きに巻き込まれそうになり、そうならないように全宇宙の時間を止めていたとの事。そして女神咲夜は、自身の力を用いて、マリサと同一化できると言い、魔理沙に選択を迫る。
魔理沙は悩みに悩んだ末、自分を自分と見てくれる霊夢達、（マリサと古い歴史の私の違いを知った上で私を受け入れてくれる）が居る事、そしてアンナの星へと遊びに行く約束を思い出し、自分は霧雨マリサとは別の霧雨魔理沙として生きることを決意。女神咲夜は了承し、魔理沙が今後二度と消えることのないように特異点化を強めて、魔理沙は改めて西暦215X年9月22日正午へとタイムトラベルして行った。
10度目【γ】（γの歴史で、西暦215X年9月23日）⇒女神咲夜に、大団円に終わったことを報告する魔理沙。ついでに、時間停止中でも止まっていられる秘訣を聞き、再会の約束をして西暦215X年9月23日午後7時に帰る。