プロローグ
インフィニット・ストラトス。
それは世界のパワーバランスを崩壊させ、瞬く間に世界に広まり男が蔑まれ女がソレを踏みつける女尊男卑の社会へと変貌した。
だが、それはあくまで世界の話。
日本では時を同じくして、優れた戦闘能力と自らの意思を持つ金属生命体ゾイドが誕生した。
ゾイドとは、ゾイドコアと呼ばれる球体のようなものに地球上の生物をスキャンしてスキャンした生物とよく似た姿の金属の外骨格で身体を覆い金属で細胞を構成した、すなわち生きた機械なのである。
このゾイドの登場により世界では唯一日本だけが社会の女尊男卑化を免れたのである。
しかし、ISの性能に酔いしきっていた世界は軍事的に弱体化したと思われた日本を資源獲得と領土拡大のために攻撃、第二次大戦のような対日包囲網を結成したのである。
だが、弱体化したと思われたアジアの小さな大国はそうではなかった。
海上の艦隊は水陸両用ゾイドウルトラザウルスのグラビディキャノンでことごとく沈み、ISを含んだ空軍はデスザウラーの荷電粒子砲により分子レベルで分解され、運良く上陸した陸軍はマッドサンダーのマグネーザーで蹴散らされた。
敵もただ蹴散らされたわけではなく接触次第攻撃したが、国防軍のゾイドには光学・実弾兵器を無力化するEシールドというものが標準装備されていたため無駄なことだった。
こうして連合側に多大なる犠牲を出し後に「第二次太平洋戦争」といわれるようになった戦争は、日本の完全勝利に終わった。合計死傷者７０万人。その全てが連合側であるから世界は度肝を抜かれたであろう。
この戦争の講和条件の内容は一方的な被害を被った日本が提示した。
その内容は
１・連合側は日本に対し多額の賠償金を支払い、自国の軍備を縮小すること。
２・日本の敵国指定を解除し、常任理事国にすること。
以上の２つで当然これには米中韓三国が猛反発したが当時の総理が、
「侵略者が被害者面してんじゃねえ！（要約）」
と反発、戦争に参加せず中立を貫いた東欧・アジア諸国が連合側を批判したため渋々了承し講和が成立した。
その後日本はPKOなど国際的に活躍するゾイド乗りや技術者育成の施設である、
「国立ゾイド学園」
を設立。これに欧米諸国が便乗し３年後ISの操縦者、技術者の育成も視野に入れた
「国立ゾイド・IS育成学園」
となり、退役ゾイド乗りやISパイロットを招集した日本最高の士官学校になり現在に至る。
そしてこの物語は世界初の男性ISパイロットの出現と、ある天才ゾイド乗りの入学により幕を開ける・・・
よろしくお願いします