主人公、イカ娘は、海洋汚染を続けてきた人類を懲らしめるべく、地上世界を侵略するために陸上へとやってきた。しかし、最初の侵略拠点として目をつけた海の家「れもん」すら制圧できず、なんやかんやあって結局そこで働かされるはめに。 そしてその後時は経ち、当初の目的、海の家「れもん」の破壊した壁を6年で弁償し本人は「もう、地上は嫌でゲソ…海に帰ってゆっくりするでゲソ…」と言い、海へ帰ったのだった。
イカ娘が海の底で眠って数千年後、環境破壊や温暖化の影響か、異常な海面上昇の危機に陥る地球。とある博士は、学会にてその危険性を訴るが、人類全体の少数の者にしか信じてもらえずに嘆く、が、ならば信じぬ者共はほっておいて我らだけで宇宙へ脱出しようということになった。そうしてその博士の頭脳と少数の中にいた数千万人の技術屋と職人とで宇宙にコロニーを建設し、食料となる家畜や植物などを地球脱出第53陣までに十分な程に詰め込んで出発した。 地上生物絶滅間際、第54陣搭乗する博士だったがまだコロニーへ行けていない人間が多く、人間以外の生物を収容する余裕がなくなりジャッジと名づけた飼い猫を博士は、猫を小改造、タイムカプセルに入れ、1万年後に目覚めるように設定した。
海面上昇によって地上の生活圏が縮小、餌となる植物の減少などで地上生物のほとんどが息絶えてしまうが、博士の訴えは功を奏し、無事コロニーへ移住できたものたちは無事であった。海の生物、そして空を飛ぶ生物、主に魚などを主食とするカモメまどがかろうじて生き残り、ほんの極少数、人類もまだ活動していたようだが、人数が圧倒的に少なく文明を維持できなくなり緩やかに衰退していき、絶滅した。エビ、クラゲ、イソギンチャク、など、手や足・触手がある海の生物はカタツムリのように外套腔が肺に変化し地上へ生活圏を移す。地上より海の方が面積が広いが何故地上に生活圏を移したのかは謎である。
イカとタコが多く繁栄したために、彼らは自らの時代を軟体世紀と名付ける。
タコに比べ、イカの進化は目覚ましく、イカ年齢で14歳になると、完全なヒト型に変身する事ができるようになった。加えて、体液が「空気に触れてしばらくすると消えてしまう、色が変わる特殊な水性インクのようなもの」に変化し、その影響か身体の浸透圧が変化して水に溶けてしまうようになる。
一方、タコは高い知能を用いてイカよりも高度な技術を会得し、様々なマシンを生み出すようになる。そしてタコの中にも、ヒト型に変身する事ができる個体も存在した。
博士が封印したタイムカプセルが1万年の時を経て解放され、ジャッジが目覚める。軟体世紀では確認しうる唯一の地上哺乳類であり、魚類を捕獲・食べることが可能なため、イカ・タコ達は彼に尊敬と畏怖を抱く。そして、彼は博士の施した改造によりここからスプラトゥーン時代まで2000年以上、その先も永い時をを生きることになる。
スプラトゥーン時代から2000年前、イカは互いの縄張りを固辞する習性を持ち始める。このころ既に、4vs4でナワバリ争いを行うなど、ナワバリバトルの基本的なルールは確立していた。
スプラトゥーン時代から100年前、人類の残した災厄か12000年の時を経ても海面上昇の影響でより狭くなっていく地上。ナワバリを求めて、イカとタコの間で「大ナワバリバトル」が開戦、このバトルは1年間ものあいだ続いた。緒戦は、タコ陣営の勝利となる。勤勉なタコ陣営は、朝早く起きれなかったイカ陣営を難なく制圧。イカの享楽的な性分は、100年前も同じだった。
タコ陣営はその知能を使って「戦略タコツボ兵器」を開発・実戦投入。完全勝利一歩手前までにじり寄ったが、コンセントが抜けて無用の長物と化す。戦略兵器がコンセントを電源として作動するのは兵器としてどうかと思われるが、タコの技術力の背景には、人間の遺した知識が役立っているようだ。
大ナワバリバトルでは、若き頃のアタリメ司令、ブキチの祖父、イカ2名による伝説の部隊「カラストンビ隊」が活躍。1年ものあいだ続いた大ナワバリバトルは、イカ陣営の勝利で幕を下ろす。勝敗を判断したのは、ジャッジ君だったようだ。
そこから99年後、地上でなんやかんやあったものの、深海から目覚めたイカ娘は再び地上へと浮上してくるのだった。
元日本国長野県木曽山脈頂上、現ハイカラシティ～郊外…
「人類よ!私は帰ってきたでゲソ!!」
哺乳類と軟体動物のハイブリッドは1万2000年を時間旅行して地上へ再来したのだった。
おわり