第二十四話「MEGA MARI X」
幻想郷各地に出現したシグマタワーを破壊するために動き出したゼロたち。手始めに魔理沙は魔法の森に出現したタワーへと乗り込む。高熱の作業エリアを潜り抜け、魔理沙はかつてエックスに倒されたバーニン・ナウマンダーに挑む。
第二十五話「あっ！博麗神社が凍った！」
博麗神社が凍ってしまったことにショックを受ける霊夢。一方、少し離れたところではフローズン・バッファリオがチルノたち妖精の遊び相手になっていた。彼の話ではウィルスは、自分たちをイレギュラー化させるものだという。破壊するように頼むバッファリオに対して霊夢が下した決断は・・・・・・・
第二十六話「昇龍拳！！」
迷いの竹林でてゐがカメリーオに追われている。あと一歩のところで早苗が駆けつけるものの透明化するカメリーオに早苗は苦戦する。果たしてこの透明術を破れるか？
第二十七話「強襲！カウンターハンター！」
てゐの案内のもと、早苗はシグマタワーに乗り込む。しかし、そこへカウンターハンター バイオレンが現れる。一方ドラグーンが警備する紅魔館では巨大な戦車が現れ、美鈴諸共倒されてしまう。
第二十八話「デストロン軍団、アタック！！」
ドラグーンの緊急要請を受けたにとり。だがサイバトロンメンバーはほとんど不在のため応援に行けない。そこへデストロンが自分たちを使ったらどうだと提案して来る。サイバトロンとデストロン、ここで共闘するのか？
第二十九話「番外編 ゼロとアイリスのクリスマス」
クリスマス数日前の夜。アイリスはゼロのために編み物をしていた。数日後、にとりの家でクリスマスパーティーを満喫しているサイバトロンとデストロン。アイリスは勇気を振り絞ってゼロに自作のマフラーをプレゼントするのだが・・・・・・・
第三十話「ショックだ」
ショックウェーブの奇襲により紅魔館は壊滅状態。レミリアは咲夜たちを守るために彼に実験材料として連れていかれてしまう。一方、ゼロとアイリスは、人里近くのシグマタワーでモスミーノスとヒャクレッガーを倒したのも束の間、魔理沙から助けを求められる。妖怪の山ではイーグリードとあるレプリロイドが戦っていた。
第三十一話「メガトロン復活」
ゼロたちが戦っている中、機能を停止していたメガトロンの元に謎の光が現れる。光は、メガトロンの目を覚まさせサイバトロンとデストロンが手を組む必要があると言って去ってしまう。その頃、妖怪の山ではペガシオンが執念とウイルスによって暴走していた。
第三十二話「天馬は再び空へ」
暴走の末メルトダウンを起こし始めたペガシオン。しかし、ゼロを見つけるや再び執念を燃やして彼に襲い掛かった。アイリスは彼を止めるべく説得を行おうとするが・・・・・・・
第三十四話「そんなバーガーな！？」
ペガシオンの最期を看取ったゼロとアイリス。だがそこへショックウェーブの幻想郷ミサイル攻撃が始まろうとしていた。サイバトロンのメンバー ゴングの激励により基地の場所を探そうとするサイバトロン。その結果、ゼロ、アイリス、グリムロックの三人が先陣を切ることに。
第三十五話「こんなはずでは・・・・・・・」
カウンターハンター基地に乗り込んだゼロたち。迎え撃ったアジールとバイオレンを倒した後、三人は最深部の部屋に辿り着くがそこでショックウェーブが自らを改造したショック・タンクが待ち構えていた。
第三十六話「イレイズの魔女」
アイアンハイドの応援により、ゼロはショック・タンクの撃破に成功する。ラチェットたちと合流し、レーザーウェーブも正気に戻ったがそこへ思いにもよらない人物が姿を現した。
第三十七話「面食らったのも無理はない！！」
現れたベルカナによって基地から脱出せざるを得なくなったゼロたち。一方外の世界ではスタースクリームが旧友スカイファイアーをデストロンに戻そうと動くがベルカナに追跡されていることを知って逃亡・・・・・・・結局捕まってしまうのであった。
第三十八話「スタースクリームは考えるのをやめた・・・・・・」
カウンターハンター基地壊滅後、一時的な危機は去ったもののトランスフォーマーの故郷 セイバートロン星は未だにシグマの手に堕ちていた。レミリアのことをフランに話せないゼロたち、新たに主に仕えることを誓うレーザーウェーブ、ベルカナに猛アプローチされるスタースクリーム・・・・・・だが、逃れることはできない。そして、スタースクリームは考えるのをやめた。
キャラ紹介 （今回からテックスペックを記載。トランスフォーマーは玩具基準。ゼロたちXキャラ及び東方キャラは作者の予測）
主要人物サイド
ロックマンXシリーズ
ゼロ
X（但し「X４」から）及びゼロシリーズの主人公である特A級ハンター。イレギュラーハンター元第０特殊部隊隊長で本作の主人公。時系列的にはX5後のゼロ。主武装はゼットセイバー及びサイバトロンの技術で「X２」時代の性能に戻ったゼロバスター。必殺技は、バスターとゼットセイバーの衝撃波を連続で飛ばす「ダブルチャージウェーブ」、地面を殴って広範囲に破片をまき散らす「アースクラッシュ」。他は「X4」「X5」時に習得した技を使う。
ファイナルシグマWとの激戦の末に体の半分を失い、救援に駆け付けたエックスと共に攻撃を受けてしまうものの最後の力でシグマに引導を渡した末にエックスに別れを告げて機能を停止する。しかし、目覚めたときには何故か魔法の森に倒れていた（その時、OPステージで破壊されたはずのゼットバスターも復活している）。最初に接触した魔理沙の勧めで彼女の家に居候することになるが、元の世界へ帰ろうと博麗神社を訪れたときは、百年以上も前にタイムスリップしていたことに戸惑う。
X４のアイリスの死が未だにトラウマになっており、彼女と再会時は罪悪感で距離を置こうと考えていたが魔理沙とアリスの機転、アイリスの謝罪によって和解する。その後、ボディのメンテを兼て妖怪の山をアイリスと訪れた際にイーグリードと再会、サイバトロンと接触し、以降は交流を持つようになる。
シグマタワー出現時はアイリスと共に行動し、マグネ・ヒャクレッガー、メタモル・モスミーノスを倒す。魔理沙の救援で妖怪の山に戻った時は、以前倒したスパイラル・ペガシオンに襲われるが最終的に正気に戻った彼からアイリスを守ってほしいと言われ託される。
アイリスに対しては、自分が殺めた経験からよく心配するが戦っていくうちにパートナーとしての意識するようになり番外編のクリスマスでは彼女を受け入れた。
カウンターハンター戦においてはアイリスとの連携、ショック・タンク戦では、アースクラッシュとダブルチャージウェーブの連続攻撃で勝利を切り開いている。
テックスペック
体力：７ 知力：７ 速度：８ 耐久力：５ 地位：６ 勇気：１０ 火力：７ 技能：８
アイリス
ロックマンX４のゼロルートのヒロイン及びボスで元レプリフォースのオペレーター。本作のヒロイン。レプリフォース士官 カーネルの妹でゼロとは、訓練生時代にイレギュラーハンターでのオペレーター研修の際に知り合い、好意を寄せていた。X４終盤、兄であるカーネルがゼロに倒されたことにより、復讐心に駆られファイナルウェポン内でカーネルのデータチップを取り込んでゼロの挑み、彼の胸の中でこと切れた。亡骸はそのままファイナルウェポン諸共消えたと思われていたがゼロと似た経緯で幻想郷に流れ着き、ゼロと再会するまでは人里の寺子屋で講師をしながら自分を保護してくれたアリスの元で生活をしていた。
ゼロに対しては好意を寄せているがX4の時のことを彼同様に罪悪感を持っていたらしく再会時は拒絶してしまった。しかし、その後はアリスと魔理沙の機転によりゼロに謝罪し、お互いの関係を修復することに成功する。以降はゼロと共に魔理沙の元に行くが彼女の家の汚さに呆れ、彼女の意思に関係なく掃除してしまう。
ゼロを支えたいという気持ちが強く、サイバトロンと交流を持つようになってからは自分の体を戦闘用に改造し、さらにパーセプターがライト博士のカプセルを発見して以降は、強化アーマーを纏うようになる。
元々平和を愛する優しい心の持ち主であったため、戦闘に関しても相手を傷つけることに罪悪感を感じている。紅魔館におけるレミリアとフランの喧嘩に関しても彼女なりのやり方で話し合いをさせて和解させている。X４時代の「レプリロイドだけの世界」という考え方に関してはアリスと生活している間に改めたのかこだわっていない。編み物も彼女から習ったようでクリスマス前にゼロへのプレゼントとしてマフラーを編んでいたが長さを間違えて蛇以上の長さになってしまった（サイズ的におそらくアナコンダ級）。
主武装はゼロバスターをベースにしたアイリスバスター、ゼットセイバーをベースにしたアイリスセイバーを使用する。他はエックス同様にアーマーを装着して対応する。主にフォースアーマーを使用しており、飛行時はファルコンアーマーを使用している。
テックスペック（戦闘用改造後）
体力：４ 知力：８ 速度：７ 耐久力：４ 地位：５ 勇気：１０ 火力：５ 技能：６
天空の貴公子 ストーム・イーグリード
ロックマンXのボスキャラでイレギュラーハンター元第7空挺部隊の隊長。人望と正義感に厚くゼロが妖怪の山へ訪れたときは部外者を受け入れない天狗たちからさえも信頼を得ている。シグマタワー出現時は、スパイラル・ペガシオンと交戦したがイレギュラー化によって能力を底上げされた彼を相手に敗北する。その後は、ラチェットに修理された模様。
テックスペック
体力：７ 知力：７ 速度：９ 耐久力：６ 地位：７ 勇気：９ 火力：６ 技能：８
爆炎の武道家 マグマード・ドラグーン
ロックマンX４のボスキャラでイレギュラーハンター元第14特殊部隊の隊長。ハンターとしての実力も指折りで上層部からの信頼も厚かったがエックス、ゼロと命がけで戦って勝ちたいという欲望を抱いており、その心境をシグマに付け入れられてしまい、スカイラグーン事件を引き起こしてしまう。その後はハンター本部を脱走、レプリフォースに付き、死闘の末ゼロに敗北し、謝罪する。その後は幻想郷の地底界と地上階の間の通り道で目を覚まし、戦いで果てようと下級の妖怪たちと戦っていた。しかし、体の限界が訪れ、噂を聞いて挑戦しに来た勇儀との戦いにおいて倒れてしまった。その後はにとりの修理を受け、咲夜にその実力を買われ紅魔館の門番にスカウトされる。アイリスの目の前において事の真相を伝え、命を取られても悔いはないと言い彼女にとどめを刺される覚悟をしていたが「亡くなった人たちの分まで生きてほしい」という言葉を受け、考えを改める。実力もあって紅魔館の門番としては十分で魔理沙を容赦なく返り討ちにしている。シグマタワー出現時も門番をしていたがショックウェーブの奇襲により、特殊セメントで固められて動けなくなってしまい、助けに来たデストロンに対しても警戒していた。その後は、修理を受けている模様。
テックスペック
体力：７ 知力：６ 速度：８ 耐久力：８ 地位：７ 勇気：９ 火力：８ 技能：７
トーマス・ライト
ロックマン含めるライトナンバーズの生みの親にしてエックスの製作者。本作では壊れたカプセルをパーセプターが修理したことによって登場した。本人の話によるとエックスを直した直後に来たらしい。シグマとの戦いを終わらせるべくアイリスと霊夢たちに強化アーマーを提供し、パーセプターと共に研究を行っている。アーマー披露の時は例の柔道着姿を、クリスマス回ではサンタの恰好をした。
テックスペック
体力：１ 知力：１０ 速度：０ 耐久力：３ 地位：８ 勇気：１０ 火力：０ 技能：１０
東方Project
博麗霊夢
東方Projectの主人公。博麗神社の巫女で実力はあるものの面倒くさいという理由で普段はあまり発揮しない（しかし、その実力は未知数で数々の異変を本気でない状態で解決しているため限界がわからない）。魔理沙の依頼でゼロを外の世界に送り返そうとしたものの一目でゼロが自分たちの時代の存在ではないと見抜く。妖怪たちに対して容赦がない分、チルノや妖精たちに対しては余程の悪戯をしない限りは大目に見るなどの器量はあり、処分するように懇願したバッファリオに対しても動きを封じるだけで済ませている（但し、同じエリアにいたキバトドスとペンギーゴは容赦なく倒した）。ちなみに周りからは貧乏と言われているがそういうわけではなく神社に関しても「改修がめんどいから」という理由でやっていないだけである程度の財源はある模様（働いているのかは不明）。ライト博士から自分専用のファルコンアーマーを受け取り、彼女の能力もあってエックスにはなかった高速飛行を実現している。
テックスペック（但し、現段階での把握のため本来の数値は未知数）
体力：６ 知力：６ 速度：８ 耐久力：７ 地位：５ 勇気：８ 火力：８ 技能：８
霧雨魔理沙
MEGA MARI及び東方Projectのもう一人の主人公。ゼロが初めて遭遇した少女で自称「普通の魔法使い」。霊夢とは正反対に日々実力を上げるために努力している。主に弾幕戦では火力を中心にしている（本人曰く「弾幕はパワー」）。ある意味で盗み癖があり（本人曰く「一生借りていくだけ）、家の中はガラクタだらけになっている。興味本位でゼロを居候させるがアイリスが加わったことにより、紅魔館から持ち出した魔導書をすべて返されてしまう。それでも懲りずに地下室を造って集め直そうとしたが日頃の行いが災いしてゼロと紅魔館組にリンチにされる。シグマタワー出現時は魔法の森の方へと行き、ナウマンダーと交戦。火力で押し倒した（巻き添えでスタッガーも死亡）。その後は妖怪の山へと向かうがホーネックのハチ型爆弾によって窮地に陥り、ゼロの救援を求めるものの助けに来てもらえずホイルジャックの手で助けられる。カウンターハンター戦においてもガイアアーマーを取りに行っている間に置いていかれ、到着した時にはすでに手遅れだった。ライト博士から専用のガイアアーマーを受け取ったものの排熱機能が不十分で初運用で蒸し焼きになりかけたため、ファーストアーマーに変更した。あまり関わろうとしない霊夢とは違ってチルノやフランのような子供の面倒見がいい。
テックスペック
体力：５ 知力：６ 速度：７ 耐久力：６ 地位：５ 勇気：８ 火力：９ 技能：７
東風谷早苗
守矢神社の巫女。出番は意外に遅かったがゼロに関しては外の世界にいたころプレイしていた「ロックマンX」を通じて知っていた。本作においては唯一ボスの弱点（但しX～X３まで）を知っているが弱点武器がないと苦戦する。シグマタワー出現時は、迷いの竹林でカメリーオと交戦し、昇龍拳でダウンさせて捕虜にするがタワー内ではバイオレンとの戦いで窮地に陥る。ゲームでしか見れなかったゼロとライト博士を見て大興奮していた。実力は霊夢と魔理沙に比べると若干控えめ。専用のセカンドアーマーを装着する。
テックスペック
体力：５ 知力：７ 速度：７ 耐久力：７ 地位：４ 勇気：６ 火力：７ 技能：６
十六夜咲夜
紅魔館のメイド長。早苗以上に出番は少ないがドラグーンを門番にスカウトするなどしている。「時を操る程度の能力」を駆使して、戦闘を行うがショックウェーブの奇襲時は彼の方が上手だったため倒されてしまう。
テックスペック
体力：６ 知力：８ 速度：１０ 耐久力：５ 地位：５ 勇気：８ 火力：５ 技能：９
レミリア・スカーレット
紅魔館の主である吸血鬼の少女。年齢に相応した態度を取ろうとするが未熟なため、まだ子供。ショックウェーブの奇襲時、妹であるフランたちを守るために実験素材として捕まる。
テックスペック
体力：６ 知力：７ 速度：８ 耐久力：７ 地位：８ 勇気：６ 火力：７ 技能：５
フランドール・スカーレット
レミリアの妹。400年近く監禁されていたため外に関してはあまり詳しくなく、ありとあらゆるものを破壊する程度の能力がなければ普通の少女。ゼロたちが紅魔館を訪れた際にはレミリアとおやつの件で喧嘩をしていたがアイリスの計らいで仲直りをする。ショックウェーブが奇襲を仕掛けて来た時は、彼が調合した特殊な聖水を浴びて重傷を負い、戦闘不能となる。
体力：７ 知力：４ 速度：８ 耐久力：７ 地位：７ 勇気：６ 火力：８ 技能：３
河城にとり
妖怪の山に住む河童。エンジニアでもあり、未知のものには目がない。ゼロが訪れる前にバンブルたちを居候させてその条件としてサイバトロンの技術を吸収していた。主に修理やパーセプター、ライト博士の助手をする。
テックスペック
体力：２ 知力：９ 速度：３ 耐久力：３ 地位：３ 勇気：５ 火力：１ 技能：１０
戦え！超ロボット生命体 トランスフォーマー
サイバトロン
情報員 バンブル
ミニボット部隊の一員。パーセプター、ホイルジャックと共に偶然幻想郷に迷い込み、にとりのところで世話になっている。人懐っこくて子供っぽい、サイバトロンのマスコットのような可愛い存在。たまに口が悪くなるのが玉に瑕。主にゼロとアイリスと共に行動している。フォルクスワーゲン・ビートルに変形する。近年のアニメでは少し大人になった（アドベンチャー）。但しほかの作品では喋れなくなったり、落ち着きがない（前者は実写とプライム。後者はアニメイテッド）。
テックスペック
体力：２ 知力：８ 速度：４ 耐久力：７ 地位：７ 勇気：１０ 火力：１ 技能：７
技術者 ホイルジャック
サイバトロンの発明家にして技術者（但し、マッドサイエンティストであると同時にトラブルメーカーでもある）。マスク顔で一人称が「吾輩」。しゃべる際に耳が光り、ガニ股で歩くのが特徴。主に修理や発明を中心に行っている。アイリスの戦闘用への改造の際、様々な武装案（腕に液体窒素を発射できるようにするや胸からミサイルを発射できるようにするなど）を提案するが前者はバンブルにダメ出しをくらい、後者はゼロに殺されかけたのでやめた。アリタリアカラーのランチア・ストラトスターボに変形する。最近のアニメではサムライに転職した（プライム）。
テックスペック
体力：７ 知力：９ 速度：７ 耐久力：５ 地位：８ 勇気：９ 火力：７ 技能：１０
科学者 パーセプター
科学者兼発明家。自走型顕微鏡に変形する。アイリスの強化やゼロの修理など、Xシリーズではできなかったことをやってしまっている。さらに流れ着いたライト博士のカプセルを修理し、以降は協力し合いながら研究をする。説明が長い。テレビでの出演に恵まれていない。
テックスペック
体力：７ 知力：１０ 速度：２ 耐久力：７ 地位：６ 勇気：７ 火力：７ 技能：１０
看護員 ラチェット
医師。主にメンバーの修理を行う。元々外の世界のサイバトロン基地で待機していたのだがシグマの策略によりシグマウィルスに感染、イレギュラー化して幻想郷に送り込まれた。普段は基地で仲間の修理を行うが時には前線に出ることもあり、カウンターハンター基地に自ら赴いた。日産・チェリーバネットをベースとした救急車に変形する。最近のアニメでも出番が多い（マイクロン伝説、アニメイテッド、プライム、アドベンチャーなど）。
テックスペック
体力：４ 知力：８ 速度：４ 耐久力：５ 地位：７ 勇気：８ 火力：３ 技能：１０
警備員 アイアンハイド
初代本編ではマイスターを差し置いて副官的役割を担っている。血の気が多いらしく、トンデモ発言を連発するが責任感も強く、イレギュラー化した際に暴力をふるってしまったゼロに対して謝罪の言葉を贈ろうとした。カウンターハンター基地においても彼がいなかったらゼロがやられていた可能性がある。日産・チェリーバネットに変形。故郷セイバートロン星にクロミアという恋人を残している。近年はアニメでの出番がない。
テックスペック
体力：７ 知力：８ 速度：３ 耐久力：９ 地位：７ 勇気：１０ 火力：７ 技能：７
戦闘員 クリフ
「血祭り」という発言で一部のファンから知られているミニボット部隊の一人。しかし、小柄なことと短気な性格が災いして、大体は返り討ちにあう。ポルシェ・924ターボに変形。近年の玩具はバンブルにリカラーでの発売が大半で実写では出番なし、アニメではチョイ役（アニメイテッド）と一話目でスタースクリームに殺害され、ゾンビとして蘇った後、メガトロンに真っ二つにされるなど悲惨（プライム）。
テックスペック
体力：４ 知力：４ 速度：７ 耐久力：４ 地位：５ 勇気：１０ 火力：７ 技能：５
副官 マイスター
マルティニカラーのポルシェ935ターボに変形。大方の出番をアイアンハイドに奪われてしまっているがやるときはしっかり部下をまとめてくれる気のいい副官。シグマによって連れ去られたサイバトロンメンバーの中で外のパトロールに行っていたため難を逃れる。その後は、事態の詳細を掴むべく残ったメンバーと共にセイバートロン星へ向かおうとするが紫の手で幻想郷に到着する。音楽好きで初代アニメでは、他のメンバーが「うるさい」と騒ぐほど大音量で流すブロードキャストのやかましい音楽に、ノリノリで踊ってみせた事がある。クリスマス回では喧嘩をし始めたブロードキャストとサウンドウェーブに代わって音楽を流した。実写一作目で「一番死にそうにないから」という監督の理由でメガトロンに殺されてしまった哀れな人でもある。
テックスペック
体力：５ 知力：９ 速度：７ 耐久力：７ 地位：８ 勇気：９ 火力：５ 技能：１０
諜報員 リジェ
F1カー・リジェJS11に変形。透明化する能力があり、イレギュラー化した際には人里でゼロの援護に回っていたアイリスを人質にとった。故郷セイバートロン星への思い入れが強く、あまり交流を持たない物静かな性格。アニメでは透明化する能力をフルに活用している。
テックスペック
体力：６ 知力：９ 速度：７ 耐久力：５ 地位：７ 勇気：５ 火力：６ 技能：１０
攻撃員 ゴング
ジープに変形するミニボットメンバー。自称「怪力ゴング様」と名乗るように小柄な割にはその怪力でデストロンメンバーに対して善戦しているときもある。幻想郷においてはイレギュラー化時ゼロをフルボッコにしていた。その後は、ショックウェーブのミサイル攻撃で諦めかけていたメンバーたちを一喝した。
テックスペック
体力：９ 知力：３ 速度：４ 耐久力：９ 地位：５ 勇気：１０ 火力：１ 技能：４
戦士 パワーグライド
A-10サンダーボルトⅡ対地攻撃機に変形するミニボットのメンバー。エアーボットが誕生するまではサイバトロンの中で数少ない空中戦力だった（序盤はみんな飛んでたじゃんと言ってはいけません）。VAVAのライドアーマーに攻撃したが呆気なくやられてしまう。初代アニメではムーンレーサーという恋人がいるのだが・・・・・・・・
テックスペック
体力：３ 知力：７ 速度：８ 耐久力：７ 地位：５ 勇気：８ 火力：６ 技能：９
ダイノボット部隊
サイバトロン基地で発見した恐竜の化石をヒントに新戦力として製作されたトランスフォーマー。
最初に作られたのはグリムロック、スラージ、スラッグの3人で、その後スワープとスナールを含めて5体が製作された。一般のサイバトロン戦士と異なり、コンボイに反逆できないようプログラムがなされており、初代アニメ序盤で彼らを利用してコンボイを倒そうとしてその事実に気付いたスタースクリームが「サイバトロンどもの奴隷」と表現した。
ロボットモードよりも恐竜モードの方が強く、デストロンのフレンジーにトラウマを植え付けた。しかし、合体戦士には敵わない。彼らメインの回は大活躍しており、ザ・ムービー、2010、実写でも大いに貢献した。本作では、地底界に迷い込み、こいしに連れられて地霊殿でペットとして飼われていた。
最近は玩具で合体できるようになり、スラッシュという妹分ができた。ビーストウォーズに同じ名前の人がいると言ってはいけない。
指揮官 グリムロック
ダイノボットのリーダーでティラノサウルスに変形する。ダイノボットの中では知能は比較的に高いがアホの子。初代アニメではよくコンボイに反抗していたが頼めば渋々動いてくれる。武器は、ロボットモードの時は剣、恐竜モード時は固いものを砕く顎とその口から出る火炎放射。
火炎放射はサイバトロン基地のマザーコンピュータを何度も破壊したほどの威力。ザ・ムービーから萌えキャラ属性が追加されたのか2010では恐竜モードでウェイター姿を披露した。何気に宇宙を救ったこともある。カウンターハンター基地ではゼロたちと同行し、彼らの援護に貢献した。
テックスペック
体力：１０ 知力：７ 速度：３ 耐久力：１０ 地位：９ 勇気：１０ 火力：８ 技能：１０
密林戦士 スラージ
ブロントサウルスに変形する。フレンジーにトラウマを植え付けた張本人。主体性が無く強い者に従う為、初代アニメではメガトロンから馬鹿と一蹴される。ダイノボットの中でもグリムロックほどではないが出番は多く、2010ではガルバトロンを蹴り飛ばした。なお、本編ではクリスター・マイマインの殻を噛み砕いてしまった。
テックスペック
体力：９ 知力：３ 速度：２ 耐久力：１０ 地位：４ 勇気：９ 火力：１ 技能：５
火炎戦士 スラッグ
トリケラトプスに変形。本人曰く「何でもかんでも嫌い」らしい。口から炎を吐くことができる上、首のエリマキはビームを反射してしまうらしいが劇中では見られない。
テックスペック
体力：９ 知力：４ 速度：３ 耐久力：９ 地位：４ 勇気：７ 火力：８ 技能：７
砂漠戦士 スナール
ステゴザウルスに変形。自分の名前をやたら叫んでしゃべる癖があり、ダイノボットにおける空気担当。原語版の口数は少なく陰気で、戦いの中でのみ自分の楽しみを見い出し、機敏さや主体性、協調性に欠けるという設定のせいで他のメンバーよりも活躍が少ない。
テックスペック
体力：９ 知力：６ 速度：３ 耐久力：９ 地位：４ 勇気：８ 火力：１ 技能：４
砲撃戦士 スワープ
プテラノドンに変形。ダイノボットの中で装甲は薄いが唯一の空中戦力。粗暴で好戦的なダイノボット軍団の中では比較的親しみやすい性格でアニメで初代アニメでは人間キャラであるスパイクたちとセイバートロン星で行動したこともあった。この時の「俺、スワープ、胃袋無くて良かった。」という迷台詞を残した。
テックスペック
体力：６ 知力：６ 速度：８ 耐久力：９ 地位：５ 勇気：７ 火力：７ 技能：７
デストロン
破壊大帝 メガトロン
ワルサーP38という拳銃に変形する荒くれ者のデストロン軍団を纏め上げた知略家にしてサイバトロンを苦しめる破壊大帝。破壊大帝と呼ぶ割には部下の裏切りに関しては寛容でよく裏切るスタースクリームに関しても何度も許している（但し、ザ・ムービーでガルバトロンに転生後は容赦なく処刑にした）。
本作においても得体の知れないVAVAの戦闘力を見て自軍に引き入れ、サウンドウェーブに監視させた後に動き出そうとしたところを始末しようとしたがオクトパルドたちの乱入で失敗に終わっている。その後は、セイバートロン星を制圧したシグマを討伐すべく部下と共に戻るがコンボイの体を乗っ取ったシグマに重傷を負わされ、昏睡状態へと陥る。その後は、サイバトロンの医療班とライト博士の治療でも目を覚まさず、謎の光の力によって目を覚ました。以降は、不服ながらもサイバトロンとデストロンの共同戦線を考える。
テックスペック
体力：１０ 知力：１０ 速度：４ 耐久力：８ 地位：１０ 勇気：９ 火力：１０ 技能：９
情報参謀 サウンドウェーブ
ラジカセに変形するメガトロンに仕える参謀の一人。常時メガトロンに忠実であるが、忠義者である故か不義な仲間の弱みを握る事を好む。 ザ・ムービーにおいてはビルドロン部隊から「ゴマすりの屑野郎」と言われてた。何気にデストロン軍のエンブレムのモデルになっている。メガトロンを救うべく全員で脱出を試みたもののバイオレンの攻撃によって全員負傷して幻想郷に墜落した。その後は、文句ひとつ言わずにゼロとサイバトロンに協力しているがライバルキャラであるブロードキャストとは相変わらず仲が悪い。
テックスペック
体力：７．５ 知力：９ 速度：２ 耐久力：６ 地位：８ 勇気：５ 火力：６ 技能：１０
防衛参謀 レーザーウェーブ
レーザー銃に変形するメガトロンの忠臣。400万年もセイバートロン星で留守を守っていた苦労人。シグマのセイバートロン星制圧時に捕らえられるが・・・・・・・・
テックスペック
体力：７ 知力：１０ 速度：２ 耐久力：７ 地位：７ 勇気：８ 火力：８ 技能：１０
航空兵 スカイワープ
F-15に変形するジェットロン部隊の一人。短距離ならワープする事ができる。初代アニメでは一番最初に目覚めるトランスフォーマーであり、復活して早々メガトロンを先に復活させるという忠誠っぷりを見せる。小さいものや空を飛べないものに対して愉快犯的にからかうのが好きな一面もあるため、カセットロンのフレンジーとはよく喧嘩する。
テックスペック
体力：７ 知力：９ 速度：１０ 耐久力：７ 地位：５ 勇気：９ 火力：８ 技能：８
航空兵 サンダークラッカー
スカイワープ同様にF-15に変形する。卑屈で事勿れ主義な性格であるが、他のメンバーに比べれば温厚な性格であり、初代アニメでは突飛な言動で喧嘩になったスカイワープとフレンジーをたしなめているシーンがあり、本作でも苛立っていたデストロンメンバーの中で唯一にとりに謝罪した。
テックスペック
体力：７ 知力：４ 速度：８ 耐久力：７ 地位：５ 勇気：８ 火力：７ 技能：７
特殊破壊兵 フレンジー
サウンドウェーブに仕えるカセットロンのメンバー。小柄でありながら両腕を変形して繰り出すハンマーアームは地震を起こすほど強力。とある理由でダイノボットがトラウマになる。幻想郷においては紅魔館へ救援に向かったもののドラグーンの昇龍拳を受けてしまう。ある意味でデストロンのマスコット的存在。
テックスペック
体力：３ 知力：５ 速度：３ 耐久力：６ 地位：５ 勇気：１０ 火力：９ 技能：６
特殊破壊兵 ランブル
フレンジーの色違い。紅魔館への急援の際は咲夜を救出した。フレンジーに比べると出番が少ない。実は海外ではフレンジーが彼で役が逆だった。
テックスペック
体力：２ 知力：５ 速度：２ 耐久力：９ 地位：５ 勇気：７ 火力：９ 技能：５
諜報破壊兵 ジャガー
フレンジー同様にサウンドウェーブに仕えるカセットロン。カセットロンの中で一番戦績が悪いが登場頻度は高い。紅魔館への救援の際にサウンドウェーブが繰り出した。ビーストウォーズ メタルスでまさかの再登場を果たした。
テックスペック
体力：５ 知力：８ 速度：５ 耐久力：６ 地位：７ 勇気：４ 火力：７ 技能：１０
空中攻撃兵 コンドル
コンボイとの戦績が最も高いカセットロン。カセットロンの中ではかなり優秀な方でエネルゴン酔いで戦闘不能になった際にはメガトロンが「あのコンドルまでもが！？」と言ってしまったほど。何気にコンボイの中枢部を破壊したこともある。
テックスペック
体力：５ 知力：６ 速度：８ 耐久力：５ 地位：６ 勇気：２ 火力：８ 技能：９
輸送参謀 アストロトレイン
機関車とスペースシャトルの二種類に変形するトリプルチェジャー。主に仲間の運搬に利用されるがセイバートロン星脱出時はバイオレンの攻撃により制御不能になり幻想郷に墜落する。その後は、怪我人を運んだりと搭乗しており、カウンターハンター基地では魔理沙とクリフに同行し、全員を基地から脱出させた。
テックスペック
体力：９ 知力：７ 速度：１０ 耐久力：７ 地位：６ 勇気：７ 火力：６ 技能：８
ビルドロン部隊
建設車両に変形するデストロンの陸上部隊で、6体が合体することにより巨人兵 デバスターになる。設定が色々とややこしく初期設定はメガトロンが、地球にて臨時基地で製作した部隊だったのに対して中盤のストーリーのおいて、オメガ・スプリームの回想ではビルドロンは、所属こそはデストロンだがセイバートロン星の優秀な都市建設技術者という設定でしかも彼と親友同士だったがメガトロンに洗脳されたということになっている。玩具の完成度も高くリメイクや再販も結構なお値段。幻想郷に墜落した後はデストロンの中で一番早く釈放され、人里の復旧作業、スペースシップのの建造に取り掛かっている。
建築兵 スクラッパー
部隊のリーダー格。ホイールローダーに変形する。設計に秀でているが、謙虚な性格でデバスターに合体する際には右脚に変形する。アメコミではなんと戦死してしまい、似ていたトランスフォーマーを代わりにリペイントして事なきを得たらしい。
テックスペック
体力：７ 知力：７ 速度：３ 耐久力：６ 地位：４ 勇気：４ 火力：２ 技能：８
衛生兵 グレン
副官ポジションでクレーン車に変形する。精密作業を得意とし、その腕はメガトロンやホイルジャックが認めるほどの腕前。部隊の中では主にリペア・改造を担当、デバスターに合体する際には頭から肩にかけての部分に変形する。腕前に反してこだわりが強く作業が遅れてしまうことがある。サウンドウェーブを「ゴマすりの屑野郎」と言った張本人。
テックスペック
体力：８ 知力：９ 速度：３ 耐久力：６ 地位：４ 勇気：５ 火力：５ 技能：１０
破壊兵ボーンクラッシャー
ブルドーザーに変形し、スカベンジャーと共に採掘を担当。デバスターに合体する際には左腕に変形自分が建物を取り壊す様子を味方に見せつけるのが好きで、取り壊しを芸術と考えているがメンバーの中では仲間意識が結構強い。、
テックスペック
体力：８ 知力：２ 速度：１ 耐久力：８ 地位：３ 勇気：７ 火力：６ 技能：５
採掘兵スカベンジャー
装軌式ショベルカーに変形、デバスターに変形する際には右腕に変形する。高性能の探知センサーを備えているが不運の持ち主で、初代アニメにおいてデバスターに合体する際にダイノボットに隙を突かれて集中攻撃を受けたり、メカの不調の為にミックスマスターから修理を受けていたところをサイバトロンに見つかりメガトロンに怒られるなど・・・・・とにかく不運な出来事が多い。
テックスペック
体力：６ 知力：２ 速度：３ 耐久力：６ 地位：４ 勇気：９ 火力：６ 技能：７
偽装兵 ミックスマスター
ミキサー車に変形、デバスターの左脚を担当する。ミキサーの中に特殊物質が入っており、それで鉱石やサイバトロン等を溶かし鉄を精製することや酸の調合が可能だが、それを危なく感じる仲間も少なくない。
テックスペック
体力：６ 知力：５ 速度：２ 耐久力：７ 地位：３ 勇気：５ 火力：６ 技能：９
輸送兵 ロングハウル
ダンプトラックに変形し、デバスターの胴体を担当する。ダンプトラック故に廃材や資材の運搬を担当するが後方支援が主な仕事であるせいで不満を持っており初代アニメで一度「まったく、アレ持って来い、コレ持って来いだ。いくらダンプトラックだからって限界ってもんがあるんだぞ！」と文句を言うシーンがある。
テックスペック
体力：９ 知力：５ 速度：２ 耐久力：８ 地位：４ 勇気：８ 火力：７ 技能：４
巨人兵 デバスター
ビルドロン部隊が合体して誕生する巨人兵。初代アニメでは大きさの概念を無視してスカイツリーぐらいあるのかと言えるぐらいのデカさになったりと初代のカオスさを象徴している。パワーは六体が合体したことにより強力であるが六体の統一された部分のみが頭脳であるため知能は異常に低く、サイバトロンにコントロールされたこともある。目の部分がゴーグルになったり普通の目になったりとややこしい。本作では未登場。
テックスペック
体力：１０ 知力：２ 速度：１ 耐久力：９ 地位：６ 勇気：１０ 火力：８ 技能：４
敵側
最凶総司令官 シグマコンボイ
史上最凶のイレギュラー シグマがサイバトロン総司令官 コンボイの体を乗っ取った姿。時系列的におそらく「X５」にシグマと同一人物。G1コンボイの顔にシグマ同様の傷があり、腕と足にスパイク付きのリング、X1時代のマントを着用している。最初の頃は、コンボイとして行動していたがセイバートロン星制圧後は、コンボイを演じる傍ら、ゼロを倒すべく過去に戦死した部下たちを復活させて幻想郷に送り込む。胸部にはサイバトロンのリーダーの証である「マトリクス」を格納しているが悪影響があるのかどうかは不明。肩のサイバトロンのエンブレムがシグマのものに変化している。
テックスペック
体力：１０ 知力：１０ 速度：８ 耐久力：１０ 地位：１０ 勇気：１０ 火力：９ 技能：１０
VAVA
元A級ハンター。時系列は「X３」後であるが外見はイレハン基準になっている。ゼロを倒すべく動こうとするが肝心なところでシグマに呼び戻されて不満を抱えている。漫画版同様にバーボンを飲んでいるらしい。幻想郷と外の世界においてはオリジナルのライドアーマーを使用していた。
テックスペック
体力：６ 知力：６ 速度：７ 耐久力：５ 地位：７ 勇気：８ 火力：８ 技能：８
航空参謀 スタースクリーム
元デストロンの航空参謀。メガトロンがシグマに敗北したのを機に彼に寝返った。元々メガトロンを出し抜いてニューリーダーに成り上がろうとしていたため、以降はデストロンを仕切る役割を与えられる。何故かベルカナに惚れられてしまい、彼女から逃げるのが日課になってしまっている（玩具に付く漫画で展開されているレジェンズの世界ではルナ・クローバーというウーマンデストロンに惚れられて逃げ回っているので異常な相手にはモテる模様）。キスされたときは、気絶するほど。ザ・ムービーでは重傷のメガトロンを同僚諸共宇宙へと投棄し、念願の破壊大帝へとなるが就任式直後、ガルバトロンとなった彼に処刑される。その後は幽霊になり色々とやらかし、コラボ先では使徒と融合した。
テックスペック
体力：７ 知力：９ 速度：１０ 耐久力：７ 地位：９ 勇気：９ 火力：８ 技能：８
科学参謀 ショックウェーブ
シグマによりカウンターハンターのリーダーに任命されたデストロン兵士。ショックというのが口癖でエイリアンタンクに変形する。シグマを絶対とし、彼の命令によりゼロのいる幻想郷への攻撃を指揮、紅魔館を単独で奇襲した上に実験素材としてレミリアを誘拐する。シグマタワー壊滅後は、エネルゲン爆弾を幻想郷に落とすと作戦準備を行おうとするがゼロたちが基地に侵入したため、自らのボディを強化、ショック・タンクとして立ちはだかる。最初はその圧倒的パワーでゼロたちを窮地に追いやるものの、アイアンハイドの妨害、ゼロに弱点を見抜かれたことによって敗れる。
その正体は、ベルカナによって強化改造を施されたレーザーウェーブ。記憶を一度削除されたため、メガトロンを見ても何とも思わなかったようだがゼロたちに敗北後に戻る。シグマの部下だった頃に「ダイノベース」、「タイムブリッジ」というものを開発していたようだがどの様なものかは不明。ゼロたちに回収された後はラチェットらに修理され、メガトロンの元へと戻りスペースシップの製作に参加する。
外見は、初代レーザーウェーブから「超ロボット生命体 トランスフォーマープライム」に登場するショックウェーブに変化している。
テックスペック
体力：９ 知力：１０ 速度：３ 耐久力：８ 地位：８ 勇気：９ 火力：１０ 技能：１０
ベルカナ
「ロックマンX２ ソウルイレイザー」のイレイズ事件を引き起こした黒幕。シグマの手によって復活させられ、その直後にあったスタースクリームに一目惚れする。性格に関しては原作とあまり変わりないがスタースクリームに対しては猛アプローチをしており、当の本人を恐怖のどん底へと叩き落していた。本人によると運命的出会いだったらしい。記憶が戻って離反したショックウェーブに代わって科学分野を担当する。セイバートロン星で何やら新しい開発をしているようだが部屋にはスタースクリームの写真がビッチリ貼られている。
テックスペック
体力：５ 知力：１０ 速度：５ 耐久力：６ 地位：７ 勇気：７ 火力：４ 技能：１０
ダブル
「X４」に登場するボス。体が液体金属にできており、姿を変える事ができる。月に潜入している模様。
テックスペック
体力：６ 知力：５ 速度：７ 耐久力：７ 地位：４ 勇気：８ 火力：７ 技能：７
カウンターハンター
アジール
「X２」に登場したカウンターハンターにおける切り込み隊長担当。地底界に向かったようだがイエローデビルに返り討ちにあったらしく負傷して基地に戻ってきた。ゼロ＆アイリス戦においては腕を四本追加したアシュラジールなる形態で挑んだがゼロの技量には敵わず呆気なく敗北する。
テックスペック
体力：５ 知力：７ 速度：８ 耐久力：４ 地位：６ 勇気：８ 火力：５ 技能：６
バイオレン
カウンターハンターの中ではショックウェーブを除けば一番高い。幻想郷においては早苗と交戦、優位に進めるがダイノボットの乱入により基地まで飛ばされてしまうという失態を犯した。その後基地でグリムロックにリベンジを挑んだものの強化しても全く敵わず、最後は天井に投げ飛ばされて棘に体を貫かれて死亡した。
テックスペック
体力：９ 知力：２ 速度：２ 耐久力：９ 地位：５ 勇気：８ 火力：５ 技能：３
シグマタワー ボス
幻想郷に送り込まれたイレギュラー。
緑林の小悪魔 ワイヤー・ヘチマール
X2に登場したイレギュラー。マシュラームと共に送り込まれた後、近くにひまわり畑でヒーローごっこをしていたところを幽香に目撃され、タワーに逃げ込んだものの呆気なく落城し、土下座して降伏した。
テックスペック
体力：４ 知力：２ 速度：６ 耐久力：３ 地位：２ 勇気：５ 火力：４ 技能：３
廃墟の小悪魔 スプリット・マシュラーム
X４に登場したキャラ。ヘチマールとヒーローごっこしていたが幽香に発見され、震えながら土下座謝罪した。メガトロンたちがセイバートロン星に戻った時も現れたがサウンドウェーブに返り討ちにされて逃げ帰った。
テックスペック
体力：４ 知力：２ 速度：７ 耐久力：３ 地位：２ 勇気：５ 火力：４ 技能：３
灼熱のオイルタンク バーニン・ナウマンダー
Xに登場した元第4陸上部隊隊長。相手をした魔理沙から「大デブ豚野郎」と呼ばれて激怒するが返り討ちにあう。
本作で最も早く死亡したキャラ。
テックスペック
体力：８ 知力：４ 速度：２ 耐久力：６ 地位：４ 勇気：７ 火力：８ 技能：４
ヒートナックルチャンピオン フレイム・スタッガー
X２に登場した元第17精鋭部隊所属の特A級ハンター。ナウマンダーの攻撃に巻き込まれて呆気なく死亡。
テックスペック
体力：７ 知力：６ 速度：５ 耐久力：６ 地位：４ 勇気：７ 火力：７ 技能：５
白銀の雪男 フローズン・バッファリオ
X３に登場するバッファロー型レプリロイド。シグマが送り込んだ割には大人しい方でタワーの外でチルノたちの遊び相手になっていた（チルノ曰く「いい奴」）。自分が再びイレギュラー化するのを恐れ、現場に現れた霊夢に自分を処分するように懇願するが彼女は本質を見抜いており、処分せずに動きを封じるだけで済ませた。その後は、サイバトロンに回収されて博麗神社にいる模様。
テックスペック
体力：７ 知力：６ 速度：５ 耐久力：７ 地位：４ 勇気：８ 火力：３ 技能：５
雪原の皇帝 アイシー・ペンギーゴ
Xに登場する元13極地部隊所属の特A級ハンター。シグマタワーに待機していたが霊夢に呆気なく倒される。
テックスペック
体力：５ 知力：６ 速度：７ 耐久力：４ 地位：４ 勇気：７ 火力：４ 技能：５
極北の暴れん坊 フロスト・キバトドス
X4に登場する元レプリフォース陸軍所属のトド型レプリロイド。暴れることしか考えておらず博麗神社を氷漬けにした犯人。霊夢にペンギーゴ諸共倒される。
テックスペック
体力：８ 知力：３ 速度：２ 耐久力：８ 地位：４ 勇気：７ 火力：５ 技能：６
幽林の妖撃手 スティング・カメリーオ
Xに登場する元第9特殊部隊副隊長。迷いの竹林でてゐを捕まえようとするが早苗に妨害され、彼女の昇龍拳で下あごを破壊されて捕虜になる。その後、彼女らの目の前に現れたバイオレンに助けを乞うが用済みとして始末される。
テックスペック
体力：３ 知力：８ 速度：６ 耐久力：３ 地位：４ 勇気：４ 火力：６ 技能：９
地底のバーバリアン スクリュー・マサイダー
X3に登場するサイ型レプリロイド。迷いの竹林で慧音と妹紅を襲うが彼女らによって動きを封じられる。本作で唯一主力メンバーで相手をしていないキャラ。
テックスペック
体力：６ 知力：５ 速度：４ 耐久力：７ 地位：４ 勇気：６ 火力：５ 技能：８
水晶の魔術師 クリスター・マイマイン
X２に登場したカタツムリ型レプリロイド。永遠亭組を捕獲し、アジールの命令で転送しようとするがサイバトロンの乱入で失敗。脱出を試みるものの落とした殻をスラージに噛み砕かれ、妹紅から「ナメクジ」と言われてしまい、柱の男の一人のような泣き方をして捕まる。ゲーム好きなのか待機中は「ロックマンXサイバーミッション」「ロックマンX３」をプレイしていた。
テックスペック
体力：４ 知力：５ 速度：３ 耐久力：７ 地位：４ 勇気：４ 火力：３ 技能：５
密林のゲリラコマンダー ウェブ・スパイダス
X4に登場した元ゼロの部下で元レプリフォース ゲリラ部隊隊長。早苗が乗り込んだシグマタワーについていたがシグマウィルスによりイレギュラー化の悪化による暴走で自殺した。
テックスペック
体力：４ 知力：８ 速度：４ 耐久力：５ 地位：６ 勇気：７ 火力：３ 技能：８
夢の島の堕天使 メタモル・モスミーノス
X2に登場したミノガ型レプリロイド。人里近くのシグマタワーに待機していたがゼロとアイリスを相手に敗北する。なお、本作では成体の状態で現れた。
テックスペック
体力：４ 知力：６ 速度：６ 耐久力：３ 地位：４ 勇気：６ 火力：７ 技能：６
紅のアサッシン マグネ・ヒャクレッガー
X2に登場する元第0特殊部隊所属の特A級ハンター。モスミーノスと共にゼロを相手にするが敗北する。
テックスペック
体力：４ 知力：８ 速度：９ 耐久力：３ 地位：５ 勇気：７ 火力：５ 技能：８
影の飛忍 エクスプローズ・ホーネック
X3で登場する元第0特殊部隊副隊長でゼロの元副官。妖怪の山で魔理沙を追い込んでいたがホイルジャックの手で捕獲される。
テックスペック
体力：３ 知力：８ 速度：５ 耐久力：３ 地位：４ 勇気：７ 火力：６ 技能：７
エアフォースプリンス スパイラル・ペガシオン
元レプリエアーフォース長官。イレギュラー化が最もひどく交戦していたイーグリードを圧倒した。ゼロに対しての憎しみをむき出しにしており、復讐戦とゼロに襲い掛かるがアイリスの姿を見て錯乱し、バンブルたちが回収したハチ型爆弾の山に突入し、重傷を負う。その後、正気に戻りゼロにアイリスを託す。
テックスペック
体力：６ 知力：７ 速度：９ 耐久力：５ 地位：６ 勇気：８ 火力：５ 技能：８
後は随時更新予定・・・・・・・・・
次回予告 なし
ロックマンXをテレビアニメ化したら序盤はイレハンベースになるんだろうか？
エグゼ、流星はやったのだからやってほしいな・・・・・初代も１～１０で（ロクフォルもカウント）。
紫たちのテックスペックは不明としか言いようがないです。
なにしろBAB・・・・・・・グバッ！？
本作の連載再開について
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再開してほしい
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できれば再開してほしい
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どっちでもいい
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してくてもいい
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