地球連合軍のオービットベース襲撃で、ウルトラマンダイナとＺＡＰのクルーらの介入で無事脱出をし、現在コロニーのメンデルにいた。
宇宙
コロニー メンデル
ドック
大河「助けてくれた事に感謝はします。」
ヒュウガ「我々は彼の要請でこの世界にやって来ました。」
大河「彼？」
アスカ「俺が彼らに頼んだ。他のウルトラマンも俺が頼んでこのコズミックイラに来たんだ。」
大河「君がか？」
アスカ「はい。それと俺が単独行動で得た情報だ。地球軍はデスザウラーとギルベイダーを復活させたようです。それに伴いレイブラッド星人やエンブリヲや１０１人評議会も表舞台から姿を現わす。」
大河「ついにこの戦争の終焉に姿を現しに来たのか。」
ヒュウガ「奴らを野放しにするとまた繰り返す、いや他の世界の支配し、同じようにする事も絶対阻止せねばならない。」
レイ「レイブラッドが完全復活した以上、俺が今度こそ息の根を止めてやる。」
アスカ「コズミックイラの世界の戦争を終わらせてやる。」
ウルトラマンベリアル、レイブラッド星人、エンブリヲ、１０１人評議会によるコズミックイラの世界の支配を終わらせるべく、この戦争に終止符を打つ事を強く決心する。一方、アークエンジェルの個室では、美月が普通の人間でなかった事に、キラとハルトとサキと刹那とウルトラマンゼロとリクは、彼女にその事で話をする。
アークエンジェル
個室
キラ「美月さん、さっき銃で撃たれた時、あなたは傷跡が回復しましたよね。」
美月「・・・・。」
ハルト「僕と流木野さんと同じカミツキ何ですか？」
美月「私はあなた達マギウスとは違うわ。」
サキ「違うって？」
刹那「どう言う事だ？」
美月「私は魔女よ。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイＮＥＯ）「魔女？」
美月「私は別の世界で元は普通の人間だったの。ソルシェウィサリスも別の世界よ。」
キラ「別の世界？」
サキ「それどう言う事？！」
美月「私はソルシェウィサリスと共に別の世界出身よ。ある事件をきっかけに私は機体と共にこの世界に飛ばされたの。私は気が付いたら何故か不老不死の魔女になっていたの。私は周りから迫害される日々ずっと身を隠して生活していた。そんな時、私はある男性と出会ってその人は私を匿い、一緒に生活を送った。やがて私はその人と恋をし、結婚してみなとこうが生まれて、幸せな日々を過ごしたの。でもその日々は続かなかった。ある日私の存在が周りに見つかって、私達家族は追われたの。そしてその人は私とみなとこうの目の前で撃たれて死んだの。」
美月は刹那達に自分の経歴を明かし、自分とソルシェウィサリスは別世界出身である事を明かし、コズミックイラの世界に飛ばされた時に自分の身体は不老不死の魔女になり、周りから迫害され、追われる日々の逃亡生活を送った。そんな中、追われている自分にとある男性と出会い、彼女を匿い、一緒の生活を送る。やがて２人は恋をし、結婚し、娘のみなと息子のこうが生まれて、幸せな日々を過ごしたが、ある日、自分の存在が周りに見つかってしまい、今度は家族と共に追われの身となり、逃亡生活を送るが、夫が撃たれて自分達の目の前で死んでしまった。
リク「あなたに辛い事があったんですか。」
美月「私はもう人間じゃないのよ。私とみなとこうはずっとバケモノ呼ばれよ。」
ハルト「そんな事ありません。あなたも僕達と同じ・・・・。」
美月「同じ？あなた達マギウスは先の戦いで仲間が２人死んだ事を忘れてない？」
ハルト、サキ「！！」
美月「マギウスだっていずれ戦って死ぬわ。そしてＲＵＮＥがやがれて尽きれば死ぬ事もあるわ。気安く同じと決めないで。」
ハルト、サキ「・・・・。」
自分の事を気遣うハルトにマギウスとはいえ違い、マギウスもいずれは死ぬ事を言った。一方、オービットベース脱出する際にメンバーが１人だけいなかった事に気付く。
大河「彼女がいない？！」
麗雄「命君の姿がいないぞ。」
１人だけいなかったのは命だ。彼女の姿がどこにもいなかった。
凱「命！！」
護「凱兄ちゃん、命姉ちゃんはまさかあの時連れさらわれたんだと。」
凱「くっ、あの時連れさらわれたのか？！」
地球連合軍のオービットベース襲撃時に命は連れさらわれた事に気付き、捕らわれた彼女は今地球連合軍のプトレマイオス基地にいた。
月面
プトレマイオス
格納庫
シャルル「こいつがパスダーが地球に降下した時に自身の滅亡した際の保険か。」
命「私をどうするつもり？」
シャルル「お前には魔獣ギルベイダーのコアになってもらおう。」
命「私がギルベイダーのコア？！」
シャルル「そうだ、お前の中にあるゾヌーダごと物質昇華があればギルベイダーは無敵となる。」
命「あの時、ＥＩー０１が地球降下した際に私はじゃあ・・・・！！」
シャルル「お前は既に人じゃなくなっていたのだよ。お前自身最初から気が付いていたはずだ。」
命「・・・・。」
シャルル「それだけでない、お前は永遠の永遠語りの１人だという事もだ。他既に４人は捕らえることに失敗したが、お前だけ捕らえた価値はある。ギルベイダー復活の生贄になってもらおう。」
捕らえた命はパスダー如くＥＩー０１が地球降下した際にゾヌーダという種子を植え付けられていた事で、それに目を付けたシャルルが彼女の持つゾヌーダごと物質昇華でギルベイダーの復活を目論んだ。一方、メンデルにある２隻の船がやって来た。
メンデル
格納庫
スワン「メンデルより２隻の船が来ます。」
大河「すぐ映したまえ。」
メンデル周辺の外の映像を映し出したその一隻の船はザフト軍のエターナルとアウローラだ。エターナルからメンデルに通信が入り、エターナル艦内の映像からアンジュとアスランとエルエルフとガイの姿が映し出された。
アスラン「大河長官。」
大河「アスラン君！！」
アスラン「驚かせて申し訳ありません。これには事情があります。」
プラントへ向かった４人から事情を話し、シャトルでプラントへ到着した４人は既に待ち伏せをしていたザフト軍の兵士達に捕まり、４人の前にパトリックとアマデウスとジュリオとカインとクルーゼが現れて、彼らの罠にかかり、４人はアプリリウス市の広場で公開処刑を行われようとし、見物に来た人々の中でマナの人々が４人の処刑を熱狂、狂気的に支持をし、まるで人間性すらなく、人の不幸、死に様を喜ぶ、嘲笑う姿にアスラン、アンジュ、エルエルフ、ガイはマナが人間性がない事、醜悪なまでに異常な光景、もはや解り合えない事に気付いた。処刑される寸前、その時ジャグラーが現れて、瞬間移動で蛇心剣で処刑台を破壊して４人は解放され、さらに上空から時空の穴が開いて、サラの焔龍號とナーガの蒼龍號、カナメの碧龍號が現れて、アンジュ達を連れていプラントのドックへと向かい、最新鋭艦のエターナルとアウローラを占拠したラクスらクライン派と合理し、エターナルとアウローラと共にプラントを脱出し、現在メンデルに入港し、エターナルの艦長であるクリムヒルトとアウローラの艦長のジルは、ヘリック共和国とＧＧＧの面々らと対面する。
クリムヒルト「初めましてだな、私の名はクリムヒルトだ。」
ジル「私の名はジルだ。」
マリュー「あなた達とは初対面ですね。」
クリムヒルト「そのようだな。」
ジル「カインの副官だったお前がラクス＝クラインの側近だったとはな。」
クリムヒルト「私は影からずっとラクス嬢の側近として活動して来た。そうではないか、ジル。」
ジル「ザフトだったお前には色々世話をされて来たな。」
マギー「あんたとラクスとリーゼロッテとサラマンディーネが裏からずっと支えてきたおかげでリベリタスがうまく進めれたね。」
大河「リベリタス？」
サラ「リベリタスとは、 ベリアルとレイブラッド星人、エンブリヲ、１０１人評議会の支配から解放すべく立ち上がった計画です。」
大河「君達も我々と同じくベリアル達の支配に抗うために立ち上がったのか？」
サラ「はい。私達アウラの民はクライン派の方々と共にずっと計画を立ててきたのです。本当の自由、そしてアウラを解放するために。」
大河「彼らを倒す事は我々も同じだ。」
サラ「そうですね。あなた達と力を合わせればベリアルらの支配を終わらせる事が出来ます。」
大河「君達と共に手を合わせて戦えれば、ベリアル達の支配を終わらす事が可能だ。」
サラ「共に力を合わせていきましょう。」
プラントからのウルトラマンベリアル、レイブラッド星人、エンブリヲ、マギウス１０１人評議会の支配に立ち向かうクライン派とアウラの民のサラと共に力を合わせて手を組んだヘリック共和国とＧＧＧ。彼らが共に力を合わせ、自分達の倒すべき相手に挑む。そしてラクスはキラと親友のアンジュと再会をする。
キラ「またお会いにしたね。」
アンジュ「久しぶりね、ラクス。」
ラクス「キラ、アンジュ。」
キラ、アンジュ「？」
ラクス「父が死にました。リーゼロッテが捕らわれました。」
キラ、アンジュ「！！」
キラとアンジュはラクスの口から彼女の父が死んだ事、リーゼロッテが捕まってしまった事を知る。そんな中、メンデルに地球連合軍、ザフト軍と宇宙人同盟と黒の騎士団が近付いてきた。
大河「何、地球軍、ザフト軍と宇宙人同盟と黒の騎士団が近付いて来ただと？！」
フェルト「地球軍は私達を追いに、ザフト軍と宇宙人同盟はクライン派を追いにやって来たと思われます！！」
大河「三巴か。」
サラ「ベリアル達の傀儡ですか。」
大河「戦うしかないな。」
メンデルに接近して来る地球連合軍、ザフト軍と宇宙人同盟と黒の騎士団にヘリック共和国とＧＧＧとクライン派とアウラの民は、すぐに迎撃に出て、発進したのはフリーダム、ジャスティス、ブルーフレームセカンドＧ、イライジャ専用ジン改、ランチャーストライク、ヴァルヴレイヴ１、ヴァルヴレイヴ４、ヴィルキス、焔龍號、ソルシェウィサリス、ライガーゼロ、キュリオス、ヴァーチェ、フラッグカスタム、バスター、ハーノインのキルシュバオム、キルシュバオム カスタム、グレイブカスタム、スターガオガイガー、キングジェイダー、幻竜神、強龍神、ビックボルフォッグ、ウルトラマンゼロ、ウルトラマンジードロイヤルメガマスター、ウルトラマンオーブ オーブオリジン、ジャグラー魔人態、ウルトラマンダイナフラッシュタイプ、ゴモラ、スペースペンドラゴン。地球連合軍からはドミニオン、アガメムノン級２隻、ネルソン級５隻、ドレイク級９隻、バージニア級３隻、ホエールキング２隻、カラミティ、フォビドゥン、カラミティ、スローネツヴァイ、ストライクダガー、ジンクス、ジェノザウラー、アイアンコングＰＫ、ランスロット・コンクエスター、モルドレッド、ガレス、ウォード、ゼガン、ダークロプスゼロ、ギャラクトロン、レギオノイドβ、ＺＸー０７、ザフト軍と宇宙人同盟と黒の騎士団からはヴェサリウス、ナスカ級２隻、ランメルスベルグ、バァールキート級３隻、斑鳩、ジン、シグー、新型機のゲイツ、バッフェ、イデアール、正式量産化されたキルシュバオム 、デュエルアサルトシュラウド、アードライ、イクスアイン、クーフィアのキルシュバオム、クレオパトラ、レイジア、テオドーラ、ヴィクトリア、エイレーネ、キングジョーブラック、蜃気楼、紅蓮聖天八極式、ヴィンセント可翔、暁可翔、斬月可翔、インペライザー、カブト・ザ・キラー。３つの勢力による三巴合戦が行われた。
ゴモラ「キシャアアアアー！！」
ゴモラが真っ向から出て、カブト・ザ・キラーに体当たりした。カブト・ザ・キラーはゴモラに右手のハサミで切り裂き、左手の大きなカニバサミでパンチした。
レイ「ゴモラ、奴の攻撃に気をつけろ！！」
カブト・ザ・キラーの攻撃を気をつけ、カブト・ザ・キラーの来る攻撃をしっかり目で見ていくレイ。カブト・ザ・キラーは次は頭の額からエメリウム光線を使おうとして来るのに気付いたレイは、ゴモラにすぐ頭の額を狙うよう指示を出す。
レイ「ゴモラ、頭の額を狙え！！」
レイの指示にゴモラは尻尾を振って、カブト・ザ・キラーの頭部の額に尻尾をぶつけて、攻撃を阻止した。
レイ「超振動波だ！！」
そのままゴモラは角から超振動波を放ち、カブト・ザ・キラーに喰らわせた。
幻竜神「フリージングライフル！！」
レイダーと交戦中の幻竜神はパワークレーンに内蔵されたフリージングライフルから冷凍光線を放って、レイダーのミョルニルを凍らせた。
クロト「てめぇ、凍らせやがったな！！」
自身のミョルニルを凍らせた幻竜神に２連装５２㎜超高初速防盾砲からビームを連射して攻撃した。
幻竜神「くっ！！」
左腕のデンジャンホーで攻撃を防ぎ、デンジャンホーからヴァンレイを放電し、レイダーに浴びせた。
強龍神「こいつを喰らいやがれ！！」
オルガのカラミティとやり合う強龍神は、遠距離攻撃をして来るカラミティに向かって、パワーラダーで連打して、ジャオダンジィに溜めたエネルギーで叩き込んだ。
オルガ「痛てぇじゃねぇか、てめぇ！！」
強龍神の攻撃を受けたオルガがケーファー・ツヴァイを至近距離から強龍神に砲撃し、腹部のスキュラを発射して攻撃した。
強龍神「うりゃあああああー！！」
左腰のメルティングライフルでカラミティに熱線を放ち、攻撃を与えた。
シャニ「紫のロボットぉぉぉぉぉー！！」
ビッグボルフォッグ「たああああああー！！」
互いに三度交えるビッグボルフォッグとシャニ。シャニはフォビドゥンでニーズヘグを振り回しながらビッグボルフォッグに斬りつけた。
ビッグボルフォッグ「くっ。」
フォビドゥンの鎌攻撃の攻撃でボディに傷を負ったビッグボルフォッグは、フォビドゥンは全身にＴＰ装甲である事で、物理攻撃が効かないので、どう対処していくのか。
ビッグボルフォッグ「これしかない、メルティングサイレン！！」
胴体のサイレンからメルティングサイレンを鳴らして、フォビドゥンに響かせて、ＴＰ装甲を無効化した。
シャニ「何変な音鳴らしてんだよ？」
シャニはビッグボルフォッグの鳴らしたメルティングサイレンが自身の機体野ＴＰ装甲を無効化された事に気付かず、ビッグボルフォッグがそのままムラサメソードで斬撃した。
シャニ「ぐぅっ！！」
ビッグボルフォッグの鳴らしたメルティングサイレンでＴＰ装甲を無効化されて、ムラサメソードで斬撃されたシャニのフォビドゥン。
シャニ「やりやがったなぁ！！」
機体にダメージを受けた事でシャニはキレて、フレスベルグでビッグボルフォッグの左右を挟んでビームを放った。
ビッグボルフォッグ「！！」
ビッグボルフォッグは左右から来たビームを下に回って回避して、４０００マグナムで射撃した。その時、ロロのヴィンセント可翔がニードルブレイザーでビッグボルフォッグに斬りつけにかかって来た。
ロロ「Ｇストーンのロボット、君はここで消えてもらうよ。」
ビッグボルフォッグ「その声はロロ＝ランペルージ！！」
ロロ「ギアスの天敵が！！」
Ｇストーンを持つビッグボルフォッグら勇者ロボをギアスの天敵とするロロはここで消しにかかろうとし、ニードルブレイザーでビッグボルフォッグに斬りかかるが、ビッグボルフォッグはムラマサブレードで防御した。
バン「いっけぇぇぇぇぇー！！」
ライガーゼロのブースターを展開しながらジンクスとジェノザウラーとストライクダガーをストライクレーザークローで次々と破壊していき、格闘戦で敵機を倒すバン。ダークロプスゼロがライガーゼロに向かってパンチで殴りかかろうとして来たが、劾のブルーフレームセカンドＧがアーマーシュナイダーで、ダークロプスゼロの頭部に刺突しながらそのままビームライフルで射撃して破壊した。
劾「俺にかかれば敵では無いな。」
イライジャ「ロボット怪獣を簡単に倒したな。」
劾「ああ、イライジャ、ちょっと俺は会わなきゃならない人物に会いにいく。」
そう言いながら劾は、１人で向かい、ある人物に会いに向かった。
ムウ「クルーゼ、カイン！！」
再び宿敵クルーゼとカインと対峙するムウ。ランチャーストライクを操縦するムウと新型機のゲイツ２機をそれぞれ操縦するクルーゼとカインが激突し、ムウは先手を打ってアグニで砲撃するが、２機は素早く回避し、クルーゼのゲイツはビームライフルで射撃し、カインのゲイツはビームクローで斬りつけた。
ムウ「２機相手はキツイな。」
キラ「ムウさん！！」
その時、キラのフリーダム、アンジュのヴィルキス、ハルトのヴァルヴレイヴ１、サキのヴァルヴレイヴ４、美月のソルシェウィサリス、バンのライガーゼロ、凱のスターガオガイガー、ウルトラマンゼロ、ウルトラマンジードロイヤルメガマスターが現れて、ムウを助ける。同時に地球連合軍からスザクのランスロット・コンクエスター、黒の騎士団からルルーシュの蜃気楼、カレンの紅蓮聖天八極式、ＣＣの暁直参可翔までも現れて来た。
キラ「ムウさん！！」
ムウ「キラ！！」
カイン「ようやく来たか。」
ルルーシュ「あの２人何を企んでいる。」
ＣＣ「とにかく私達も追うぞ。」
キラ達を見てクルーゼとカインは、すぐにメンデル内部へ入り込み、２人を追いに向かうキラ達とルルーシュとカレンとＣＣ、そしてスザク。だが、このメンデル内に大きな出来事を知る事になる。一方、ウルトラマンオーブ オーブオリジンとジャグラー魔人態とウルトラマンダイナフラッシュタイプはクルトのゼガン相手に戦っていた。
ゼガン（クルト）「別のウルトラマンか。ならあの２人同様、俺が始末してやる！！」
ウルトラマンオーブ オーブオリジンとウルトラマンダイナフラッシュタイプもウルトラマンゼロとウルトラマンジードと同様に自身の敵とみなし、ゼガンの胸からゼガントビームを発射した。
ウルトラマンオーブ オーブオリジン（ガイ）「来ます！！」
ウルトラマンダイナフラッシュタイプ（アスカ）「ああ！！」
ジャグラー魔人態「わかっている！！」
すぐにゼガントビームを回避した３人。３人が回避したゼガントビームが味方であるＭＳ部隊に当たり、当たった光線から異次元空間が発生して飲み込んだ。
ウルトラマンダイナフラッシュタイプ（アスカ）「まずいぞ、あの光線を喰らったら俺達も一溜りじゃない！！」
ジャグラー魔人態「喰らったらお陀仏だ！！」
ウルトラマンオーブ オーブオリジン（ガイ）「あの光線を何とかしないと！！」
ゼガンの放ったゼガントビームに当たったら異次元空間に飲み込まれてしまう。２人はバリアに当たらないようにするため、よくゼガンの放つゼガントビームを回避して行動に出る。
ゼガン（クルト）「死ねぇっ！！」
クルトは再びゼガンの胸からゼガントビームを放ち、ウルトラマンオーブ オーブオリジンとウルトラマンダイナフラッシュタイプとジャグラー魔人態に向けたが、３人は分かれて回避し、ジャグラー魔人態が飛び込んで蛇心剣でゼガンに斬撃した。
ウルトラマンオーブ オーブオリジン（ガイ）「はああああー！！」
続いてウルトラマンオーブ オーブオリジンがオーブオリジンを右手で持ったまま斬撃し、左手からオリジウムソーサーを放ち、ウルトラマンダイナフラッシュタイプがパンチで打ち込んだ。同じ頃、ディアッカ、ハーノイン、ヒルダ、ロザリーは、かつての仲間だったイザーク、アードライ、イクスアイン、クーフィア、サリア、クリス、エルシャと対峙していた。
ディアッカ「くっ！！」
イザーク「貴様らよくもディアッカ達の機体をノコノコと！！」
イザーク達が自分達の事を死んで別のパイロットが乗っていると思い込まれ、そのまま攻撃されていた。
サリア「私のクレオパトラ、見せてあげる！！」
エルシャ「ええっ。」
クリス「行くよ。」
ヴィルキスと似た機体クレオパトラに操縦するサリアとレイジアに操縦するエルシャとテオドーラに操縦するクリスが３機合わせてラツィーエルを出して斬りにかかった。
ヒルダ「！！」
３機から振りかかった剣をヒルダのキルシュバオムカスタムが両手の内蔵ビームソードで防いだ。
クリス「ロザリーとヒルダの仇！！」
ヒルダ「その声、クリスだな。」
クリス「？！」
サリア「どうしたの？！」
アードライ「何かあったのか？！」
クリス「今の声、もしかしてヒルダの声・・・・！！」
イザーク、アードライ、イクスアイン、クーフィア、サリア、エルシャ「！！」
ディアッカ「ようやく気付いたか？」
イザーク「お前、ディアッカなのか？！」
ディアッカ「当たり前だ。」
イクスアイン「ハーノイン、生きていたのか？」
ハーノイン「当たり前だ。俺が死んでいたと思っていたのか？」
イザーク達はディアッカ、ハーノイン、ヒルダ、クリスが生きていた事を知り、彼らから話を聞くためメンデル内部へ入り込み、機体を着地した。一方、激戦を繰り広げる三軍。
マリュー「ゴッドフリート撃てぇー！！」
主砲ゴッドフリート２門発射し、ドレイク級、ネルソン級を撃ち落とし、接近してくるストライクダガー、ジンクス部隊にイーゲルシュテルン、ヘルダートを同時に一斉発射し、迎撃した。
カティ「ラミアスめ、やるな。だが。」
マリューの打って出す行動にカティは、彼女は次を打って来るのは、ドミニオンだと気付き、それに伴い、ドミニオンからスレッジハンマーでアークエンジェルのゴッドフリートを直撃し、さらに艦尾両舷のバリアントにも直撃し、主砲、副砲を被弾させた。
ノイマン「主砲、副砲共に被弾！！」
マリュー「マネキンは私の行動を読んでいるね。」
スメラギ「彼女は私達２人の行動を把握しているわ。」
大学時代の同期だったカティを相手に、彼女に自分達２人の行動が読まれており、主砲や副砲が破壊され、ＭＳ部隊が隙を突いてアークエンジェルに攻撃し、このままではなす術がない。その時メンデルから最新鋭のＧＮアームズタイプＤと合体したロックオンのデュナメスが現れた。
ロックオン「このＧＮアームズで一気に決めるぜ！！」
ＧＮアームズタイプＤと合体した状態で、敵に挑み、まずは周辺にいる敵部隊の迎撃を行い、右アームのＧＮツインキャノンで遠方から来るジェノザウラー部隊にビームで撃ち込み、左アームの超大型ミサイルポッドでストライクダガー、ジンクス部隊にミサイル一斉発射して破壊し、そのままＧＮツインキャノンでアガメムノン級、バージニア級、ホエールキングを撃ち落とし、撃沈した。またキュリオスとヴァーチェは自身の機体に持つトランザムシステムを発動して、機体が真っ赤に発光して、インペライザー、キングジョーブラックなどと言ったロボット怪獣を瞬殺した。
ロックオン「次はこいつだ。」
ロックオンが次に狙おうとするのはドミニオンだ。ドミニオンを撃墜すれば自分達の勝利だと確信し、ＧＮツインキャノンで向けようとしたが、
ロックオン「くっ、うっ！！」
その時、ＧＮアームズタイプＤの背後からアリーのスローネツヴァイの攻撃を受けて大破し、すぐに合体解除したロックオン。
ロックオン「あれはスローネ・・・・アリー＝アル＝サージェスか？！」
ついに家族の仇であるアリーと遭遇したロックオンは、今ここで彼をこの手で倒すと言う執念を燃やして挑む。一方、メンデル内部にてクルーゼ、カインを追いに来たキラ達は、
メンデル
研究施設
キラ「ここは？」
ムウ「恐らく研究施設だろう。」
凱「お前まで来るとは、ルルーシュ、スザク、カレン、ＣＣ。」
ルルーシュ「ここがどこか気になるんでな。」
スザク「不気味だな。」
ＣＣ「・・・・。」
カレン「敵と一緒に歩くのも悪くないわね。」
メンデルにある研究施設へ進むキラ達。そこで施設内の上からクルーゼとカインが自ら姿を現した。
クルーゼ「君まで来てくれるとは嬉しい限りだ、キラ＝ヤマト君。 さぁ遠慮せず来たまえ。始まりの場所へ！キラ君、君にとってもここは生まれ故郷だろ？」
キラ「どうして僕の名前を？！」
カイン「君だけでない、刹那＝Ｆ＝セイエイいやソラン＝イブラヒム、ウルトラマンゼロ、朝倉リクまたの名はウルトラマンジード、君達２人もいるとは。」
刹那、リク、ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロＮＥＯ）「・・・・。」
クルーゼ「シャルルの息子ルルーシュ＝ヴィ＝ブリタニア、朽木スザク、紅月カレン、ＣＣ、獅子王凱。」
ルルーシュ「俺の事まで知っているのか？！」
カイン「バン＝フライハウト、フィーネ＝エレシーヌリネ、ジーク、アンジュリーゼ＝斑鳩＝ミスルギ、時縞ハルト、流木野サキ、神崎美月とその子供２人よ。」
バン「俺達の名前まで知っているのか？！」
クルーゼ「君もようやく来たか、叢雲劾。」
劾「・・・・。」
ムウ「叢雲！！」
カイン「これで役者は揃った。」
研究施設に集まった彼らにクルーゼとカインは今から話し始めようとし、クルーゼはキラとムウに２枚の写真を落とした。
キラ「？！」
キラが見たその１枚の写真は、カガリがオーブ首長国から脱出する際にウズミから渡された写真で自分とカガリが赤ん坊の時の姿と同じものだった事に驚く。そしてもう１枚の写真はムウが見たのは、幼い頃の自分と父親と一緒に写った姿だった事に驚いた。
ムウ「親父？！」
一同「？！」
クルーゼ「君も知りたいだろう？人の飽くなき欲望の果て、進歩の名の下に狂気の夢を追った、愚か者達の話を。君もまた、その息子なのだからな。」
キラ「ん？」
クルーゼ「ここは禁断の聖域。神を気取った愚か者達の夢の跡。君は知っているのかな？今の御両親が、君の本当の親でないということを。」
キラ「！！」
ムウ「貴様！！」
クルーゼ「だろうな。知っていればそんな風に育つはずもない。何の影も持たぬ、そんな普通の子供に。アスランから名を聞いた時は、想いもしなかったのだがな。君が彼だとは。てっきり死んだものだと思っていたよ。あの双子、特に君はね。その生みの親であるヒビキ博士と共に、当時のブルーコスモスの最大の標的だったのだからな。」
キラ「何を。」
クルーゼ「だが君は生き延び成長し、戦火に身を投じてからも尚存在し続けている。何故かな？」
刹那「貴様！！」
カイン「君は実にいい目をしているな、ソラン。君は誰かが傷付くと怒りの目になるな。」
刹那「くっ。」
カイン「君はウルトラマンゼロは一心一体化し、まさに君と彼は２つで１つの存在だ。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイＮＥＯ）「・・・・。」
カイン「だが君達２人は取り返しのつかない事をした。それは君達２人がリヤドでヴォルフ＝ムーロアにトドメを刺さなかった事、それが彼がゼネバス復活させる事になる。」
刹那、ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイＮＥＯ）「！！」
カイン「やがて彼はこのコズミックイラいや全世界を支配する王となるだろう。君達２人が殺さなかったせいで。」
刹那「貴様ぁっ！！」
リク「刹那！！」
カイン「ふっ。」
カインは殴りかかって来た刹那を蹴りで打ち込みながらパンチを繰り出して彼の腹に連打し、次に顔を思いっきり蹴った。
刹那「ぐわぁっ！！」
リク「刹那！！」
カイン「君はまだまだ子供だ。君は朝倉リク、ベリアルの遺伝を持つ君は最高傑作だ。」
リク「何が言いたい。」
カイン「君やキラ君も同じ作られた存在である事だよ。」
リク「キラが？！」
キラ「僕が何だって言うんですか？！」
クルーゼ「君は人類の夢、最高のコーディネイター。そんな願いの下に開発された、ヒビキ博士の人工子宮、それによって生み出された唯一の成功体。彼の息子。数多の兄弟の犠牲の果てにね。」
キラ「うっ！！」
ムウ「キラ！！」
アンジュ「クルーゼ、カイン！！」
カイン「アンジュリーゼ、君と会うのは３度目だ。エンブリヲ様が君の事を気に入ってくれたみたいだ。」
アンジュ「エンブリヲ？！」
エンブリヲ「そう、この私がエンブリヲだよ。」
クルーゼとカインの前に立って現れたエンブリヲ、世界を支配する者の１人が目の前で姿を現した。
刹那「エンブリヲ！！」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイＮＥＯ）「エンブリヲ、何故ここにいる！！」
エンブリヲ「おや、私の最大の障害であるウルトラ戦士、君もいるとはね。」
ハルト「あれがエンブリヲ。」
美月「彼からとてつもない邪悪が溢れて来るわ。」
みな、こう「・・・・。」
ウルトラマンゼロ（ウルトラゼロアイＮＥＯ）「奴からはベリアルとレイブラッド星人と同じ邪気が漂う。」
刹那「奴も吐き気を催す邪悪の１人だ。」
エンブリヲからとてつもない邪気を漂い、その強いプレッシャーを感じる刹那と美月とウルトラマンゼロは、彼が今目の前に現れた事にウルトラマンベリアルとレイブラッド星人と同じ邪悪であると決めた。
クルーゼ「覚えていないか、ムウ。私とカインは、戦場以前、君と出会った事があるのだよ。」
ムウ「何だと？！」
カイン「教えてやろう、私とラウは君の父親のクローンなのだよ。」
ムウ「何だと・・・・？！」
クルーゼ「ふふふふ。私は、己の死すら、金で買えると思い上がった愚か者、貴様の父、アル＝ダ＝フラガの出来損ないのクローンなのだからな。」
ムウ「お前ら２人が親父のクローンだと？！」
カイン「そうさ、私とラウは欲望にまみれた世界を生き抜き地獄を味わった。人間の醜さ、本性を。アンジュリーゼよ、君なら理解しているはずだ、マナいやホムンクルスの姿を。」
アンジュ「！！」
クルーゼ「ナチュラル、コーディネイター、マナ、宇宙人、どれも結局、自分達の都合のためにしか動いていない。私欲の為に彼らは動き、争いを呼び起こす。」
リク「それはお前達がそうさせたんだろ！！」
エンブリヲ「そうさせた？いやこれが彼らの本性だよ。君の父親のベリアルも同様だ。」
リク「くっ。」
クルーゼ「ふふふ。」
ルルーシュ「お前達が全ての元凶か。」
クルーゼ、カイン、エンブリヲ「？」
ルルーシュ「お前達に命じる。死ね。」
スザク「ルルーシュ・・・・！！」
ルルーシュは、世界の元凶たるエンブリヲが側にいることを知りながら、彼は自身の目からギアスを発動して死ねの命令を出すが、エンブリヲとクルーゼとカインにギアスが効いていなかった。
ルルーシュ「どうなっている？！」
エンブリヲ「君のギアスは私達には効かない。」
クルーゼ「クローンである私とカインは、アル＝ダ＝フラガの身体強化であらゆるもの影響を受けない。」
カイン「君のギアスは所詮は無意味なのさ！！」
ルルーシュ「くっ！！」
凱「ならサイボーグの、俺の勇気を受けろ！！」
ギアスの通じないエンブリヲとクルーゼとカインに凱が挑み、彼らにウィルナイフで切りにかかった。
カイン「！！」
戦闘用ナイフで凱のウィルナイフを受け止めるカイン。
カイン「サイボーグの君の動きは見え見えだ。」
凱「くっ。」
劾「させるか！！」
カインが凱と交戦中に劾が拳銃でカイン、クルーゼらエンブリヲにそれぞれ向けて撃ち、命中したが、カインの隻眼とクルーゼの仮面が落ち、 カインの片目とクルーゼの姿がムウに似ている事に驚き、撃たれたエンブリヲは平然としていた。
一同「！！」
クルーゼ「間もなく最後の扉が開く！私が開く！そしてこの世界は終わる。」
そう言いながら立ち去るクルーゼとカインとエンブリヲ。一方、ディアッカ達から聞かされた会話で世界の真実を知ったイザーク達は、
イザーク「なっ、何、そんな事が・・・・！！」
ディアッカ「ザフトと地球軍は双方とも牛耳られてる。」
アードライ「やはり間違っていなかったのか、プラントがアマデウスに裏から牛耳られてきた事を。」
ハーノイン「そのアマデウスはザラ議長いやプラントを裏から操り、戦争を拡大し、アマデウスにはエンブリヲという上がいる。」
サリア「あんた、エンブリヲ様に楯突く気？！」
ヒルダ「サリア、まだ真実に気付いていないようだな。お前もそいつにいい様にされるだけだ。」
サリア「何？！」
エルシャ「もしそうなら私はヒルダちゃんと一緒に行くわ。」
サリア「エルシャ。」
イクスアイン「俺達が本当にやらなきゃならない事はプラントを革命する事だ。俺達が目指す国を。」
ハーノイン「イクス。」
真実を知った者達、真実を知りディアッカ達の元へ着くアードライ、イクスアイン、エルシャと真実を受け入れらず着かなかったサリアとクリスとクーフィア、真実を受け入れたが故郷を捨てるわけにいかず残ったイザーク。一方、ゼガンと死闘を繰り広げるウルトラマンオーブ オーブオリジンとウルトラマンダイナフラッシュタイプとジャグラー魔人態とゼガンのゼガントビームをかわす事で精一杯だった。
ウルトラマンダイナフラッシュタイプ（アスカ）「こいつをどうすればいいんだ。」
ウルトラマンオーブ オーブオリジン（ガイ）「一か八かかけるしかない！！」
一か八かの勝負にかけるウルトラマンオーブ オーブオリジンはある行動に出て、ゼガンに挑みかかった。
ゼガン（クルト）「ならお前から消してやる！！」
先に来たウルトラマンオーブ オーブオリジンにゼガントビームを放ったが、ウルトラマンオーブ オーブオリジンがオーブカリバーからカリバーシールドを展開してビームを防いだ。
ウルトラマンダイナフラッシュタイプ（アスカ）「そう言う事か、なら！！」
ウルトラマンオーブ オーブオリジンがゼガンのビームをバリアで防いだ事で、バリアを展開してゼガンを閉じ込めて自爆させる事に思い付いたウルトラマンダイナフラッシュタイプがゼガンの後ろに現れてウルトラバリアを展開して、ゼガンを閉じ込めにかかった。
ウルトラマンオーブ オーブオリジン（ガイ）、ウルトラマンダイナフラッシュタイプ（アスカ）「うおおおおおおおー！！」
２人のウルトラマンがバリアで押しながらゼガンに近づけて、そして２つのバリアでゼガンを閉じ込めて、自分が撃ったゼガントビームが跳ね返って喰らった。
クルト「うわあああああー！！」
バリア内によってゼガントビームを受けて自爆をし始めるゼガン。自爆中のクルトは、ゼナに最後の会話をして来た。
ゼガン（クルト）「ゼナぁっ、俺は死んでいった仲間のためにずっと１人でシャドー星再建のために１人で戦って来た！！」
ゼナ「（私もお前と同じだった。いつか再び、シャドー星のためにそう思っていた。）」
ゼガン（クルト）「仲間は死に、俺とあんだけになった！！」
ゼナ「（だから生きる！！だから生きなければならないんだ！！だから生きる！だから生きなければならないんだ！かつて、望んだ道ではない。正しいのかどうかもわからない。だが試してみたいのだ。戦うのではなく・・・・共に・・・・。）」
ゼガン（クルト）「もう遅い。そんな生き方、俺にはいや俺はもうじき死ぬんだ・・・・！！」
ゼナ「！！」
ゼガン（クルト）「カム・タタール・シャドー。カム・タタール・シャドー。」
シャドーに安らぎを唱えて、バリア内でゼガンの自爆と共に最期を迎えたクルト。
ゼナ「・・・・。」
モア「ゼナさん。」
ライハ「彼は戦いだけしか生きれなかったのね。」
最後の教え子であるクルトを救うことが出来ず、彼の死、戦いだけしか生きれなかった彼を救えなかった事に静かな涙するゼナ。一方、ジャスティス、キュリオス、ヴァーチェ、焔龍號、エターナルはザフト軍のヴェサリウス、ランメルスベルグ、ナスカ級を追い詰めていた。
アスラン「はああああー！！」
ゲイツ、キルシュバオム、暁可翔を次々と撃破していくアスラン達。ヴェサリウスでは、捕まったフレイをクルーゼとカインの命令で救命ポッドに乗せてニュートロンジャマーキャンセラーのデータを彼女に渡したまま救命ポッドを射出した。
アデス「クルーゼ隊長とカイン隊長は何故捕虜を脱出させたんだ。」
ヴェサリウスオペレーター１「艦長、来ます！！」
アデス「！！」
ヴァーチェのＧＮバズーカかな放ったビームでヴェサリウス、ランメルスベルグ、ナスカ級ごと飲み込まれ、撃沈した。漂流した救命ポッドに乗ったフレイは
フレイ「アークエンジェル、アークエンジェル！！」
国際救難チャンネルを流して救援を求めるフレイ。またメンデルから出たキラ達は、フレイの声を聴く。
キラ「フレイ・・・・？！」
行方不明になっていたフレイが何故ここにいたのか知るキラ。
アンジュ「キラ。」
キラ「フレイ！！」
腕原種「いただく。」
急いでフレイを救出に向かうキラ。だが、キングジェイダーと交戦中のＺＸー０７がフレイの救命ポッドを掴みながらそのままフリーダムを殴りこんだ。
キラ「うわあああああー！！」
ＺＸー０７にフレイを奪われ、救出に失敗したキラ。一方、家族の仇であるアリーと交戦するロックオン。
ロックオン「ＫＰＳＡのサージェスだな！！」
アリー「ふっ、クルジスのガキに聞いたか！！」
ロックオン「アイルランドで自爆テロを指示したのはお前か！！何故あんな事を！！」
アリー「俺は傭兵だぜ。それになぁ！！帝国が中東の植民化に中東現地民が反発すんのは当たりめーじゃねぇかぁ！！」
ロックオン「関係ない人間まで巻き込んで！！」
アリー「テメェーだって同類じゃねーか、共和国の戦争に加担するＧＧＧの隊員がよぉ！！」
ロックオン「咎は受けるさ・・・・お前を倒した後でなぁ！！」
家族の仇であるアリーと激しくぶつかり合うロックオン、ロックオンのデュナメスがＧＮビームサーベルとアリーのスローネツヴァイのＧＮバスターソードが交えてぶつかり合い、衝突する２機。
ロックオン「絶対許さねぇ！！テメェーは・・・・戦いを生み出す権化だ！！」
サーシェス「喚いてろ！！同じ穴の狢がぁ！！」
ロックオン「テメーと一緒にすんじゃねぇ！！俺はこの世界を・・・」
オレンジハロ「テッキセッキン、テッキセッキン！！」
ロックオン「？！」
２機の交戦中に玉城の暁可翔が現れて来た。
玉城「ガンダムぅ、お前を倒してルルーシュためのその首を取ってやる！！」
ロックオン「邪魔すんな！！」
接近して来る玉城の暁可翔にロックオンはデュナメスの腰部フロントアーマー内と両膝からＧＮミサイルを発射して攻撃したが、玉城の暁可翔は傷付きながらロックオンのデュナメスに向かって特攻しかかった。
玉城「うおおおおおおー、俺は日本人だぁぁぁぁぁぁー！！」
最後の一絞りしながら機体と共にデュナメスに特攻して爆発し、最期を迎えた玉城。
ロックオン「しまった！！」
サーシェス「右側が見えてねぇじゃねーかぁ！！」
玉城の特攻で左腕を失ったデュナメス。その隙を突いたアリーがスローネツヴァイからＧＮファングを放出した。すぐにＧＮビームピストルを出して、ＧＮファングを全部撃ち落としたが、その隙を突かれてスローネツヴァイがＧＮバスターソードで大きく斬撃された。
ロックオン「うわあああああああー！！」
オレンジハロ「ソンショウジンダイ、ソンショウジンダイ、ソンショウジンダイ、セントウフノウ、セントウフノウ、セントウフノウ！！」
スローネツヴァイの大きな一撃で戦闘不能になったデュナメスは、隠れながら行動に移った。
ロックオン「はぁ・・・・はぁ・・・・ハロ・・・・デュナメスをアークエンジェルに戻せ。」
オレンジハロ「ロックオン！！ロックオン！！」
ロックオン「命令だ。」
オレンジハロ「ロックオン！！ロックオン！！」
ロックオン「心配すんな、生きて帰るさ・・・・。」
オレンジハロ「ロックオン！！ロックオン！！ロックオン！！ロックオン！！ロックオン！！ロックオン！！」
ロックオン「太陽炉を頼むぜ。あばよ・・・・相棒・・・・。くっ・・・・。」
オレンジハロにデュナメスをアークエンジェルに戻させて、一人で単身のまま挑みながら、偶然残った大型ＧＮキャノンの上に乗りながらコントロールをし、アリーのスローネツヴァイに照準をする。
アリー「くそっ。野郎は何処行った？！」
ロックオン「はぁ・・・・はぁ・・・・はぁ・・・何やってんだろうな・・・・俺は・・・・はぁ・・・・けどな・・・・こいつを殺らなきゃ・・・・仇を取らなきゃ・・・俺は前に進めねぇ・・・・。世界とも、向き合えねぇ・・・・。」
アリー「生体反応？！」
ロックオンの反応にキャッチしたアリーがそのまま襲いかかって来た。
ロックオン「だからさ・・・・狙い撃つぜぇぇぇぇぇー！！」
接近して来たアリーのスローネツヴァイに大型ＧＮビームキャノンをコントロールして発射したロックオン。だが、同時にスローネツヴァイのＧＮビームガンの攻撃を受けて、大破して吹き飛ばされた。
ロックオン「父さん、母さん、エイミー、わかってるさ・・・・。こんな事をしても変えられないかもしれないって・・・・元には戻らないって・・・・それでも・・・・これからは・・・・明日は・・・・ライルの生きる未来は・・・・刹那・・・・答えは出たのかよ？」
宇宙空間漂うロックオン、その時、ウルトラマンゼロが急いで駆けつけに現れ、彼を助け出そうとする。
ウルトラマンゼロ（刹那）「急いでくれ、ゼロ！！」
ウルトラマンゼロ「わかっている！！」
すぐに急いで向かおう全速するウルトラマンゼロ。
ロックオン「よう・・・・お前ら・・・・満足か？こんな世界で・・・・俺は、嫌だね・・・・。」
その時、大破した大型ＧＮビームキャノンの残骸が爆発して巻き込まれたロックオンは、死亡した。
ウルトラマンゼロ（刹那）「ロックオぉぉぉぉぉぉぉーン！！」
ロックオンの最期を見た刹那。そして戦いが終わり、ロックオンの死を知った仲間達は、
アークエンジェル
廊下
ティエリア「貴様達のせいだ！！貴様達がいながらロックオンは死なずに済んだ！！」
クルーゼとカインを追ってメンデルへ行った刹那達を激しく感情的に叱責するティエリア。彼の姿を偶然見た大河が彼の顔を思いっきり殴った。
ティエリア「ぐわぁっ！！」
大河「彼の死で悲しんでるのはお前だけではないんだぞ！！」
ティエリアにロックオンの死は自分だけでなく、周りの者達全員が全員悲しんでいる事にわからせる大河。
オレンジハロ「フェルト、ゴメン。」
フェルト「ハロは何も悪くないの・・・・！！」
ロックオンの死を泣きながらオレンジハロを抱くフェルト。
モア「ロックオンさんが死んだなんて・・・・。」
ゼナ「・・・・。」
バレル「仲間が死んだのか？！」
ロックオンの死を悲しむ者達。彼の存在がどれだけ大きかったか、そして彼がいたから共にやって来れたか。
エターナル
個室
キラ「ここは？」
アンジュ「目が覚めたのね。」
キラ「アンジュ。」
アンジュ「泣いていいのよ。あなたはずっと辛い思いをして来たから。」
キラ「！！」
アンジュ「だから人は泣けるのよ。」
キラ「うわああああああああー！！」
アンジュの膝元で泣くキラ。キラは戦いでどれだけ苦しく、辛い思いをして来たか。彼の素性を知るアンジュ。
次回 ３１話へ続く