ジョウト地方ウツギ研究所にて一人の少女が眼鏡をかけた白衣の男、ウツギに対面する。
「こんにちは、博士。私を呼び出して何のようですか？」
「やあ、コトネちゃんよく来てくれたね。実は君に重要なお願いがあるんだ」
「お願い？」
「コトネちゃん、ポケモンに特性があるのは知っているよね。その特性で調べたいことがあるんだ」
「調べたいこと？」
「うん。例えば僕を含めた博士達が渡す初心者ポケモンの三匹はしんりょく、もうか、げきりゅうの特性を持っている。だけど同じ種族であるにも関わらずそれを持っていない場合があるんだ」
「どういうことですか？」
「言うよりも見てもらう方がわかるかな」
ウツギがモンスターボールを取り出し、中身を取り出した。
「ワニャーッ！！」
出てきたのはむじゃきなワニノコ。そこらを飛び回ったりはしゃいだりとテンションが高いワニノコだった。
「博士この子は？」
コトネがワニノコに手を伸ばすとワニノコは嬉しそうにコトネに抱きつき、懐に入る。
「コトネちゃん。このワニノコはどういうことか、どんなにたきのぼりを使っても相手が怯まないし、体力が落ちてもたきのぼりの威力が上がらないんだ」
「それってげきりゅうの特性に当てはまらないってことじゃないですか！」
コトネが目を見開くが当の本人（ワニノコ）は不思議そうに首を傾げるだけだった。
「そう、ポケモンバトルを通してその特性を調べるのがコトネちゃんに頼みたいことなんだ」
「ヒビキ君やクリスちゃんは？」
ヒビキやクリスはともにコトネの幼なじみであり、コトネとは違い既に旅立っている。
「あの二人か……僕もそう考えたんだけど、あの二人に僕の用事をこれ以上押し付ける訳にもいかないし、何よりも引きこもりの君の為にこの課題を用意したんだ」
「引きこもりってなんですか！？ 私はインドアなだけですよ！ 実際着替えてここに来ているじゃないですか！」
自称インドア派のコトネがニート扱いされたことに頬をプリンのように丸くし怒る。確かにあの二人とは違って外に出ずに、旅立っていないとはいえ随分な言われようだ。
「お母さんに連れてこられたんでしょ？」
「さ、流石ウツギ博士。ポケモンだけでなく人間のことも研究しているんですね」
ひきつらせた顔でコトネがウツギを称賛するが、ウツギは何一つ嬉しそうにせず、むしろ称賛される意味がわからないと言わんばかりにため息を吐いた。
「研究していなくともそれくらい分かるよ。それよりもそのワニノコの調査はポケモンバトルを通して調べること。君のお母さんからも君が外に出てジム完全制覇させるように言われているんだ」
「NOoooooo！ 神は死んだ！」
訳のわからない悲鳴を上げ、コトネが絶望する。
「はい。これがワニノコのモンスターボール。後餞別にモンスターボールと傷薬、技マシン、それからランニングシューズもあげちゃおう！」
ウツギはコトネの悲鳴を無視してランニングシューズを履かせ、モンスターボール等多数の道具を入れたバッグを押し付けた。
「ちなみに特別ボーナスはジムリーダーを倒す度に出すよ。それまでの間、自分で稼いでね。後、ワニノコや捕まえたポケモンを回復したい場合は僕の後ろにある道具を使ったりポケモンセンターで回復出来るから」
そして止めを刺すように肩に手を乗せ、コトネに呟く。
「後は任せたよ。コトネちゃん」
コトネを外に行かせる為の呪文を唱えたウツギは、小さなツインテールを揺らしふらふらと外へ出ていくコトネを見えなくなるまで見送り、余ったモンスターボールを見た。
「ヒビキ君はヒノアラシ、クリスちゃんはチコリータ。君は誰かご主人になるのかな？」
「俺が主人になる」
「え？」
ウツギの背後から少年らしき声が聞こえ、振り向く前にスタンガンらしきもので首を当てられると電流（ポケモンのデンリュウにあらず）が流れた。
「ぐぁっ！」
首元に電流を流されたウツギが倒れ、その少年の声を聞く。
「さぁて、これから世界最強になる俺がお前の主人だ。光栄に思えよ」
その声の主がそのモンスターボールを持ち去ろうと歩み始め、ウツギが朦朧とした意識の中でその足を掴んだ。
「ま、待ってくれ。これからどうする気なんだい？」
「あんたには関係ない。邪魔をするな」
手を払われ、ウツギが最後に見たのは赤い髪の少年が最後のモンスターボールの中身を取り出した瞬間だった。
「ワニィッ！」
その中身はワニノコ。コトネのとは違い特性がげきりゅうのワニノコであり、性格も異なる。
「さっきの奴のワニノコよりも強そうだな。行くぞワニノコ」
ワニノコを連れて赤髪の少年がドアを開け、その場を立ち去った。
コトネちゃんの後書きコーナー
コトネ「コトネちゃんの後書きコーナーで～～す！ 今日のゲストはウツギ博士です。よろしくお願いします」
ウツギ「よろしく、コトネちゃん」
コトネ「ウツギ博士に早速質問します！ 何でタイトルが【ポケットモンスターハープ】なんですか？」
ウツギ「それかい？ それはね、コトネちゃんの名前に由来しているんだよ」
コトネ「私の名前ですか？」
ウツギ「そうだよ。コトネを漢字に直すと琴音、それをさらに英語に直すとハープサウンド。だからといって【ポケットモンスターハープサウンド】じゃ長すぎるから【ポケットモンスターハープ】にしたらしいよ」
コトネ「もしヒビキ君が主人公だったらどうなっていたんですか？」
ウツギ「おそらく、コダマとかになっていたんじゃないかな？」
コトネ「コダマって……」
ウツギ「そろそろ時間だし、コトネちゃんも頑張ってね。じゃあね」
コトネ「ｻｽｶﾞﾊｶｾｷﾀﾅｲ｡ﾊｶｾｷﾀﾅｲ｡……はっ、と言うわけで感想は感想に、誤字脱字は誤字、そして個人的に聞きたいことがあれば作者にメッセージを送って下さい。お気に入り登録や高評価お願いします！」