ライダー大戦を終え、世界を崩壊から救った後も旅を続けている士達。そんな彼らが新たに訪れてたのは『未来』の仮面ライダーである『エグゼイド』の世界。この世界では仮面ライダーに変身してバグスターと呼ばれる怪物と戦うゲーム『仮面ライダークロニクル』が流行している。だが、安全だったはずのこのゲームに突如異変が発生してしまう。この世界でいったい何が起きているのか？
芸間エム
仮面ライダーエグゼイドに変身する小学５年生の少年。まだ幼いながらも天才ゲーマーＭとして名を馳せている。この世界では医者となった士の患者らしい。
芸間クロト
仮面ライダーゲンムに変身する青年。エムの父親。幻夢コーポレーションの社長でもある。仮面ライダークロニクルを使って何かを企んでいる。
白服の男
クロトとは協力関係にある、常に薄ら笑いを浮かべて怪しげな雰囲気を漂わせる謎の男。何故か異世界からやって来たディケイドのことを知っているようだが……
以下ネタバレ
芸間エム
母親を事故で失って以来、心から笑わなくなったと周囲から思われているが、実際は父が仕事に没頭して一緒にいる時間が無くなったのが原因。幻夢コーポレーション製作のゲームを次々と攻略していたのも父の気を引くため。
そうとは気づいていないクロトは息子のために母親を蘇らせようと考え、エムにエグゼイドに変身するためのツールを与える。それ以後、仮面ライダーとして戦いながら、知らない内に遺伝子情報を提供していた。
やがて父の野望就実ため、士達に刃を向けるものの、誰かを傷つけてしまえばクロトの笑顔をますます失われると考え直し、反旗を翻す。
原典における宝生永夢、西馬ニコ、パラド、星まどかのリ・イマジネーションキャラ。裏切りは鏡飛彩のオマージュ。
芸間クロト
仮面ライダークロニクルの開発者だが、その目的はプレイヤー達に潜ませて培養したバグスターウイルスを集めて、事故死した自分の妻すなわちエムの母親を蘇らせること。
目的のためになら手段を選ばない冷血漢に見えるが、その行動原理は彼女を蘇らせてエムの笑顔を取り戻すためであった。
士達の到来に業を煮やして計画を前倒ししてまで進める中で追い詰められたクロトは、新型のマイティクリエイターＶＲＸガシャットを使って仮面ライダーゲンム・クリエイターに変身してディケイドとの決戦に挑む。
原典における檀黎斗、檀正宗、南雲影成のリ・イマジネーションキャラ。
白服の男
クロトに仮面ライダークロニクルの開発を持ちかけていた。このゲームの完成のため、異世界の存在であるロックシードとガイアメモリのデータを用意するなど謎が多い。
ゲムデウス・ヤルダバオート
クロトが集めたバグスターウイルスとマイティクリエイターＶＲＸガシャットの力で生み出した怪物。ヤルダバオート(偽神)の名の通り、ラスボスの前哨戦を担う。本元のゲムデウス程では無いものの、周辺地域をあっという間に破壊し尽くすパワーを有している。ゲムデウスとの外見の違いは全身が白いという点のみ。
門矢士
お馴染み我らがディケイド。この世界では医者の役割を与えられている。エムの主治医として困難に立ち向かっていく。
原典における鏡飛彩、花家大我、日向恭太郎の役目を担う。
小野寺ユウスケ
古代の超戦士クウガだが、クウガの姿での活躍は今回皆無。代わりにエムとはゲームを通じて士以上に仲の良い友人関係を築く。終盤でクウガゴウラムに変身し、ビートチェイサー2000と合体してビートゴウラムの姿になる。
原典における九条貴利矢の要素を一部担っている。
海東大樹
もう１人の世界を渡る力を持つ仮面ライダーディエンド。相変わらずお宝を求めており、今回は幻夢コーポレーションが所有するプロトガシャットやエムのライダーガシャットを狙う。
原典における花家大我の要素を一部担っている。