プロローグ
意思の神、アグノム。
感情の神、エムリット。
知識の神、ユクシー。
シンオウの三つの湖、リッシ湖、シンジ湖、エイチ湖にいると言われている三匹。
その三匹は別の地方でも崇められていた。
それは自然が生い茂る場所、フィース地方。
五千年前の伝説と呼ばれしポケモンたちの争い。
それは、この世界に大きな被害をもたらした。
その争いの中で、致命傷を負った三匹がフィース地方に落ちてきた。
それが、アグノム、エムリット、ユクシーの三匹だ。
フィース地方の人々は、落ちてきてすぐは世界に大きな被害を与えるポケモンとして警戒していたが、三匹の傷を見ると一つの命を持つ生き物として、三匹を懸命に治療した。
人々の懸命な治療が実を結び、三匹は徐々に回復していった。
三匹はやがて完全に回復し、動き回れるようになった。
三匹は自分たちを救ってくれた人々の土地を見て回った。
そこは伝説のポケモンの技によってボロボロにされた土地、恐怖から怯えながら隠れて生活している人々とポケモンたちがいた。
3匹は心を痛めた。
自分たちのしてきた事が、こんなにも地上の人やポケモンを傷つけていたことを知った三匹は、人々に土地を護る力を与えた。
人々は力を貸してもらう代わりに大切に三匹守った。
しかし、それでは伝説のポケモンたちの争いは止まらなかった。
伝説のポケモンたちの争いは日々激しさを増していった。
それは、三匹の力を得たフィース地方の人々やポケモンたちでも護りきれなくなる程に。
そんなとき、伝説のポケモンたちの争いを止めるために立ち上がった男がいた。
男は自分が持つ力とアグノム、エムリット、ユクシーの力を使い、伝説のポケモンたちの争いを鎮めた。
人々は男と三匹に感謝し、記念碑とアグノム、エムリット、ユクシーのために彼らが気に入ったところへ祠を作った。
青と金色のアグノムには蒼の祠を……
ピンクと金色のエムリットには紅の祠を……
オレンジと金色のユクシーには黄の祠を……
自分たちを守ってくれていた人々に感謝し、祠の主となった三匹は様々な災害から人々を、ポケモンを、そしてフィース地方を護っている＿＿＿＿
時は流れて、現在。
今もフィース地方はアグノム、エムリット、ユクシーとともに発展している。
ポケモンバトル発祥の地、ポケモンコンテスト発祥の地として多くのポケモントレーナーが集まり、熱いバトルを繰り広げているこの場所は、同時に自然の地として多くの人々の心を癒す。
そんな中、フィース地方には裏で黒い陰謀が動き始めていた。
自分たちの目的のため、守り神のアグノム、エムリット、ユクシーの三匹を捕らえてゆく謎の黒衣装の集団とステキファッションと呼ばれる集団。
消えてゆく守り神と乱れゆくシンオウの伝説のポケモンたちの空間。
世界が争いの渦に巻き込まれてゆく。
守り神が消えた未来の人々を見たトレーナーの嘆きは果たして争う者に届くのか。
大悲劇の舞台の幕が上がる……！