最初はシグマとVAVAから。
ワイリーを追加（2020/01/31）
X1のボス追加（2020/02/04）
シグマ/Sigma（Σ）
所属組織：元イレギュラーハンター第17精鋭部隊隊長
ハンターランク：元特A級
製作者：Dr.ケイン
概要：Xシリーズ恒例の黒幕。かつてエックスとゼロの上司であり、Dr.ケインが製作したレプリロイドの中で最も優秀かつ最強の存在としてイレギュラーハンターの組織中で重要な存在であった。エックスの実力を高く評価している反面、悩むことで判断を遅らせているなど彼の甘さを指摘している。しかし、過去に紅いイレギュラーとの交戦による後遺症かケインから聞かされた「エックスに秘められた無限の可能性」を試すために、自らイレギュラーとなって反乱を起こす。以降は各大戦で暗躍しつつ、エックスの無限の可能性とゼロの真の力に執着していく。本作は原作では曖昧となっていたDr.ワイリーとの繋がりが独自に明かされている。
各シリーズでの動き
X1以前
イレギュラーハンターとして活動している中で自分に引けを取らない実力を持つガルマの部隊がイレギュラーによって全滅したという報告を聞き、単独で赴く。序盤は動きを的確に見分けながら互角に渡り合うがラーニングシステムの学習能力により動きを読まれ、徐々に追い詰められて大破寸前になるが突然の発作で苦しんだことで逆転に成功する。以降はこのイレギュラー 後のゼロを部下として自分の部隊に配属させる。
イレギュラー化についてはこの時の戦闘でゼロに搭載されていた「ロボット破壊プログラム」に感染・独自の進化を遂げた影響とも言われているが定かではない。更に「The Day of Σ」において、ケインからエックスの無限の可能性を聞かされたことで「進化」という言葉に妄信し、自分たちレプリロイドの進化のために大半の特A級ハンターを離反させ、反乱を起こす。
X1
終盤ステージにおいてエックスと交戦。ベルガーターを瞬殺したエックスを褒めた後に自らサーベルを引き抜いて戦い、徐々に追い詰めていくが事前に取り外しておいた右腕でガードされ、ハイパーゼロブラスターで胸部を抉り取られてしまう。しかし、事前に製作を進めていた狼型の巨大メカニロイドに頭部ユニットを移し替えることで逆転、一時はエックスを機能停止へと追い込む。その後止めを刺すべく追撃を加えるがひらりマントにより攻撃を反射され動揺、その隙に波動拳を撃たれてシグマパレス諸共海の中へと消えて行った。
X2
カウンターハンター事件を裏から操作しており、オストリーグの洗脳などえげつないことをしていた。サーゲスにブラックゼロを製作させてエックスたちの目の前に現れるが復活したゼロによって破壊され、一時撤退する。その後はエックスたちと戦い、一同を戦闘不能状態にすることに成功するがミニドラの出した「スロー」を飲んでしまったことで機動力が大幅に低下。復活までの時間稼ぎをされてしまい、集中攻撃で爆散する。シグマウィルス形態ではメインコンピューターにダメージの演算処理を行わせることによってダメージを受けていないように見せるがからくりがバレてしまったことでメインサーバーを破壊され、エックスのギガクラッシュで限界量以上のダメージを受けて敗北する。
サイバーミッション
少年型でありながら優秀なプログラマーであるテクノを洗脳し、イレギュラーハンター本部のマザーコンピューターにハッキングを仕掛けさせ、事態を混乱させた。電脳世界で動いていたエックスとマーティの目の前にX1時代の姿で登場し、交戦するが最早時代遅れなのか二人のコンビネーションに倒されてしまう。テクノのアジトではウルフシグマのボディを再製造していたがこちらも難なく破壊されている。
X3
ドップラーを洗脳し、式典に招待されたレプリロイドたちをイレギュラーとして改造させた。その中でエックスに関する戦闘データを集めさせ究極のボディを作らせる。エックスがシグマキャッスルに単独で侵入した際にはそのデータを基に強化を施しており、エックスをじわりじわりと追い込んでいくが最後のとどめを刺そうとした寸前に隠し持っていたビームサーベルでボディを溶断されてしまうが満身創痍状態であったエックスに対して究極のボディであるカイザーシグマで挑み、彼を完全な「鬼」へと堕とす。
その後、途中で乱入してきたジャイアンたちの猛攻すら耐え抜いて説得の末に正気に戻ったエックスに最大出力のレーザーでとどめを刺そうとするが覚醒したエックスには全く歯が立たず真・昇龍拳で破壊される。
それでもしつこくウィルス形態となってエックスの身体を乗っ取ろうとするがドラえもんのワクチンプログラム入りの電光丸で切り捨てられてしまい、崩壊してしまう。
ソウルイレイザー
ワクチンプログラムで消滅したかと思われていたがイレイズ事件の黒幕であるベルカナの手によって復活。
やりたい放題にやっていたベルカナに手を焼いていたのか彼女を倒したドラえもんたちに礼を言っていた。X2のネオシグマ、新たな形態シグマビーストでドラえもんとゼロを追い詰めていくがビッグライトで巨大化したドラえもんの頭突きで破壊され、またもや敗れる。本家ではX4で唐突に復活したように描かれていたがおそらくソウルイレイザーで復活した影響だという解釈も取れる。
X4
イレイズ事件後しばらく身を潜めていたが嵐の夜にレプリフォースの最高指揮官であるジェネラルの自宅を訪問。彼にイレギュラーハンターを叩くように誘惑するが拒絶され、一旦はその場を去る。だが、その後はスパイとして潜入させたダブルなどを動かしてレプリフォース大戦を引き起こさせた。終盤は自らも戦闘衛星へと乗り込み、機能を掌握。地球に向けて攻撃を行おうとするがエックスたちの妨害で失敗、最後の抵抗として衛星を地球へ落そうとするがこれもジェネラルの犠牲により失敗に終わる。ゼロと対面した際には自分の過去を打ち明け、ゼロこそがすべての元凶と教える。
ブリキの迷宮
本編ではケインの話程度でしか存在を明かされなかったが終盤に登場したγが後に利用されていたことが判明する。
X5
レプリフォース大戦から半年後に再び出没。ゼロの右腕を破壊した後にシグマヘッドとしてエックスたちの目の前に現れる。今までと比べて呆気なく倒されるがその真の目的はウィルスを全世界に拡散させることだった。その後は、雇ったダイナモに命令をしてスペースコロニー「ユーラシア」を地球へ衝突させるべく向かわせ、以降はその動向を見守っていた。終盤ステージでは共倒れになったエックスに止めを刺すべく現れるが芝居だったことが判明しそのまま交戦。4人のコンビネーションに敗北するもののファイナルシグマWのボディで徹底的に痛めつける。その後、最後に残ったゼロを覚醒させるべく様々な手を使うがアイリスの告白で決意を固めたことで別の方向で覚醒してしまい、片足を破壊される。
その後も復活したエックスたちの攻撃でボディを破壊されてしまうが最後の抵抗としてゼロとアイリスを自爆に巻き込む。更に死にかけの状態でエックスに致命傷を与えるがマーティの槍でとどめを刺された。
X6
ゲイトが万が一の保険としてバイオシグマの形態で不完全な復活をさせられていたがアイゾックの手によってブンビー・ヘリを改造したような頭部ユニットに意識を移され完全に復活。ゼロの捜索に一役買う。ドラえもんの世界に到着後はワイリーから新たなボディを渡されてアイアンゴーレムに侵入してきたエックスとマーティを妨害するべく出撃、マーティと激戦を繰り広げた末に中破して撤収する。
各形態
初期形態
ケインに製作された時の状態。この当時は顔に傷はなく、エックスと初めて交戦した際に付けられた。主武装は専用のサーベルと額から放つレーザー。サイバーミッションでもこの姿を見せている。
ウルフシグマ
巨大な狼型メカニロイドの額部分にシグマの頭パーツが合体することで起動する。本来完成した後に世界征服へと乗り出すはずだったのだがエックスとゼロが予定以上に早くシグマパレスへ乗り込んできたため、腕と下半身は未完成。しかし、口から吐く炎や電撃、両手から放つ稲妻は非常に強力で強化アーマーを纏ったエックスを一時戦闘不能状態へと陥れた。サイバーミッションでも再製造されていたが既に弱点を見切られていたため、またも敗北した。
ネオシグマ
カウンターハンター基地で初めて現した姿。初期形態に近い形状であるもののカラーリングが変更され、両腕には長い爪が装備されている。性能も大幅にアップされており、エックスたちハンターを三人も相手にしながら一時的に戦闘不能に陥れるほど。尚、マンドリラーのデータを利用したのか初期形態では弱点だったエレクトリックスパークを使用している。ソウルイレイザーでもこの姿で登場し、ゼロとドラえもんを翻弄するが爪はドラえもんの頭を斬りつけようとしたときに折れてしまった。
シグマウィルス
本体であるウイルスプログラムを実体化させた、ワイヤーフレームのような頭の姿で 実体のないプログラムであるはずだが、エックスたちに物理的な攻撃を行うことができる。 口から、破壊光線と雑魚敵を吐き、ダメージは基地のメインサーバーで演算処理されるためダメージが蓄積されない。
セイントシグマ
今までの形状から変化し、背中の棘状の装飾品から電撃を放ち、腕には火炎放射器とシールドを装備している。ドップラーから得たエックスの戦闘データを基に製作されたこともあってビームサーベルで破壊されるまでは一切ダメージを負うことはなかった。
カイザーシグマ
ドップラーに作らせた最強のボディを身に纏った姿。 ミサイルや爆弾、巨大なバスターなど強力な武器を多数搭載し、ひみつ道具を駆使したジャイアンたちの攻撃を諸ともしなかった。弱点武器が皆無に等しい程強い防御力を持つが頭が急所。
シグマビースト
ライオン型メカニロイドと合体した姿。瞬間移動や破壊光線などを使用してくる。原作ゲームでは体色が変化するギミックがあり、ゼロとエックスのどちらかでしかダメージを与えることができない。
シグマファントム
ボロ布で全身を隠した死神のような姿でビームサイズを持っている。ほとんどの攻撃を無効化するが炎にだけ弱い。
デスシグマ
シグマファントムからボロ布を脱ぎ去った姿。 目からレーザー光線、肩からブーメランを放ち、ビームサイズを投擲武器として使う。
シグマガンナー＆アースシグマ
巨大な人型メカニロイドの半身と地面から突き出る巨大なシグマヘッド。ガンナーはレーザー攻撃、アースは吸い込み及び吸い込んだ岩やスクラップを吐き出す。オブジェを召喚して相手を追い込んでいく。
シグマヘッド
建造中だった女神像に潜んでいた巨大なシグマの頭部。今までと比べて耐久性が著しく低いがこれはエックスたちにわざと倒されてウィルスを拡散するためだった。耐久性に問題はあるものの目から電撃弾、口からレーザーを発射するなど攻撃面では火力が強い。
サイコシグマ
零空間において姿を現した時の形態。過去の物と比べるとシャープなデザインになっており、機動力と攻撃力に特化されている。影のような分身を発生させながら突進する「サイコダッシュ」、掌から放つ電撃「ヘルスパーク」を使用し、強力な衝撃波「ヘルブレイド」を放つ。
ファイナルシグマW
シリーズ屈指の巨体を誇り、原作では未完成であったが本作ではチャモチャ星で登場したγのデータを基に改良が施されて完全な状態へと仕上がっている。仮面ライダーシリーズのキングダークのようなポーズを取りながら姿を現し、その驚異的な性能でエックスたちを窮地へと追いやる。全身を電子化することで攻撃を回避するなど明らかにγを上回っている。
バイオシグマ
ゲイトが万が一のためにと復活させておいたシグマ。既に死にかけの状態で本人の意識も消えかかっていたがアイゾックの手により移し替えられ、シグマが操作する分身のようなものに変化した。ゲイトが正体を現したワイリーを始末するために起動させたが逆にシグマの手により致命傷を負わされてしまう。その後は、ヘルシグマに変貌するために自壊する。
ヘルシグマ
バイオシグマが変貌した形態で皮を剥がされた巨大なゾンビのような姿になっており、体中にコードが接続されている。下半身と両腕が機能していないため口部のみでしか攻撃ができないが火力が高い。額から大量の雑魚敵を量産する。
ブンビー・シグマ
本作オリジナルの形態でワイリーがとりあえずブンビー・ヘリを改造してシグマの意識を移したもの。いわゆるタケコプターを付けたシグマヘッドのようなもので戦闘力は皆無。エックスたちからは大爆笑された。
ハイブリッドシグマ
本作オリジナルの形態でワイリーから提供されたボディにブンビー・シグマが合体したもの。姿はX1時代の姿とほぼ同じだが武装に関してはX1～X3の集大成と言えるもので中破しながらもマーティの武装のほぼすべて破壊した。離脱後はワイリーの元へ戻って来たのだがダメージが大きかったことで爆発してしまう（当のシグマはボディを捨てたことで無事）。
VAVA/Vile
所属組織：元イレギュラーハンター第17精鋭部隊⇒ドップラー軍団⇒アチモフ軍団
ハンターランク：元A級
製作者：？
概要：エックスとゼロの元同僚。シグマには劣るものの高い機動力と攻撃力を持っている。しかし、電子回路に異常を抱えており、その圧倒的火力に任せて行動し、周囲の被害も考えず暴れまわる危険人物として部隊内では恐れられており、毎度監禁されることは珍しくない。本編の最初に留置場送りにされていたがシグマの手引きにより解放。自分より格下のエックスが脅威として扱われる様を見て反抗の意を抱き、シグマには完全に属さず単独行動をする。こちらはイレハン版の物を基にしており、X3ではよりエックスに対して執着を深めている。X6では、残骸がドラえもん側の22世紀の世界へ運ばれ、Dr.アチモフの手で復活する。アチモフに対しては文句を言いながらも行動を共にしており、ドップラー軍団時代と比べて態度が軟化しつつある。
各シリーズの動き
X1
シグマの手引きによって解放された後、セントラルハイウェイでエックスと交戦。ライドアーマーを巧みに操ってエックスを敗退に追い込んだがゼロの援護により腕部を破損、気に喰わなかったものの離陸し始めていたデスログマーの甲板に乗り移って離脱した。その後はライドアーマーと自分の強化のためにシグマに賛同して離脱したナウマンダーとクワンガーを殺害、シグマパレスにてゼロを捕らえてエックスを追い詰めていくもののゼロの自爆によりライドアーマーが大破、自身もエックスに頭部を連打で殴られ機能停止する。
サイバーミッション
マザーコンピューターの暴走でX1時代の姿で登場。本人ではないため、エックスにあっさりと倒されてしまう。
X3
シグマに洗脳されたドップラーの手でVAVAMK-IIとして強化改造されて復活する。前回の戦いの後遺症で激しい頭痛の悩まされており、酒やドップラーが渡したワクチンプログラムで誤魔化している。エックスに復讐するべく執念を燃やして手始めにヴァジュリーラと交戦したエックスを陰で観察、そこからドップラーが捕らえていたドラえもんに目を付け、廃工場にダミー人形を設置して誤って転送されてきたエックスを誘き寄せる。その後はいちど死亡した際に習得した「鬼」の力でエックスを完膚なきまで叩き伏せる。その後、とどめを刺そうとしたが後を追ってきたマーティたちの乱入で撤収、エックスに自分と対等に戦いたければ自らも「鬼」となれと言い残す。
終盤のシグマキャッスルで再びエックスと交戦した際は互角の勝負を繰り広げ、「鬼」同士の戦いの末に二度目の敗北をする。
その後については原作ゲームでは爆散しているという扱いになっているが本作では後にベルカナを通じてDr.アチモフに回収されていたことが判明した（このため、X8のVAVA.Vに改修されるのかは不明）。
X6
復活後のリハビリを兼ねてツンドラマンステージで登場。戦いに迷いを生じ始めたツンドラマンに致命傷を負わせるがまだ万全の状態ではないらしく、ゼロを目の前にしながらも氷漬けにされたペンギーゴとキバトドスを回収を優先して撤退した。アチモフを通じてエックスたちの様子を把握しているらしく再戦に備えて力を蓄えている。
姑息な手段をあまり使わなくなったことからゼロには違和感を持たれ、かつて自分が破壊したクワンガーと普通に会話をしているなど性格に変化が現れている(当のクワンガーが自分を破壊したことについて追及していないあたり謝罪でもしたのだろうか？)
終盤のアチモフ要塞戦でイレギュラー軍団の一員として参加、ドラえもんズとゼロを加勢しに来たワイリーセカンドナンバーズを一人で圧倒する。その後は新型ライドアーマーでエックスの下へと駆け付けて対決するがワイリーの妨害もあって一時休戦、共闘する。その後、ワイリーの言葉で動揺しているエックスに一喝を入れ、そのまま戦線を離脱して行った。
各形態
初期形態
X1時代の姿。デザインは肩のキャノン砲の事情や性格を踏まえてイレハン準拠。特A級ハンターを葬れる実力があるだけに現れてはエックスたちを苦しめている。額にΣのエンブレムはない。X6再登場以降はこの姿になっている。
VAVAMk-Ⅱ
X3の時の姿。ドップラーに強化改修されたたものの武装は依然として豊富で本作ではイレハン版の武装も使用している。背部に備えられたシールドはチャージトルネードファングの一撃にも耐えられるほどの強度を持つ。エックスに敗北後は初期の姿に戻された。
専用ライドアーマー
初期タイプ
X1編、サイバーミッション編に登場したVAVA専用機。通常のライドアーマーを大幅にカスタマイズしたもので通常の量産タイプと比べてスピードとパワーが向上している。初戦のエックスとの戦闘ではゼロバスターで片腕が破壊されたが、ナウマンダーの占拠した兵器工場から調達した新装甲で無力化、バスターを含めるレーザー兵器への耐久性を高める。最終的にゼロの自爆で大破してしまうがパイロットの保護機能も高いのか搭乗していたVAVA本人は無傷だった。サイバーミッション編のは飽くまでプログラムであるため、VAVAごと爆散した。
DRA-00
廃工場にて搭乗していたキメラベースのライドアーマー。装備はカンガルーと同様だが黒いカラーリングが施されている。エックスのクロスチャージショットで破壊される。
ブラウンベア
ドッペルタウンでのエックスとの戦いの際に搭乗した先述したものとは違い、ビーム砲やミサイルが装備されている。「鬼」化したエックスにより破壊されたため、性能が完全に引き出されることはなかった。
ビッグアーム
X6編で登場した脚部がロケットブースターに変更された宇宙用にカスタマイズされたDr.アチモフ製のライドアーマー。元ネタは「ソニック・ザ・ヘッジホッグ3」と「ソニック＆ナックルズ」に登場するエッグマンのメカ（名前もそのまんま）。元ネタとの違いは頭部部分が存在しないこと。元々は宇宙用に改修した専用ライドアーマーを登場させる予定だったが作者がその前に「ソニック3」に実況動画を見ていたこともあって採用した。ちなみに元ネタは飽くまで空中戦だったため、ブースターを換装すれば、大気圏内でも活動することができる。装備はスパイク付きのアームのみだがオプションによる追加装備で戦力を補うことができる。
・旧シリーズから
Dr.ワイリー/Dr. Wily
本名：アルバート・W・ワイリー
所属組織：なし
経歴：ローバート工科大学卒
LITマニュアルデザインコンテスト5年連続準優勝
世界技術大賞銀賞
ノーブル物理学賞ノミネート
レース大会『バトル＆チェイス』優勝？
逮捕及び脱獄歴多数
主な発明品：ワイリーセカンドナンバーズ
ワイリーサードナンバーズ
ワイリーフィフスナンバーズ（時給戦隊アルバイター）
ワイリーセブンスナンバーズ
フォルテ
ゴスペル
ゼロ
イエローデビルシステム
レゲー
ダブルギアシステム
その他多数
概要：「ロックマンシリーズ」の主な主要敵キャラで本作が原作ゲームから大きくかけ離れるようになった要因の一つ。かつて世界征服のためにロックマン打倒を目指していたが時代の流れを察し、姿を消す。その後、死亡したと思われていたが肉体をサイボーグにするなどして生き延びていた。
性格の基準は、メガミックス版のワイリーをベースにしている。本作ではX2の頃から秘かに活動しており表舞台に現れたのはX6編から。ロックマンの流れを受け継ぐエックスの打倒、そして、己の最高傑作であるゼロを自分の下へとより戻そうとしており、シグマとも結託している模様。
各シリーズの動き
ロックマンシリーズ
主な動機は「メガミックス」「ギガミックス」に準ずるが本作では「ロックマン10」以降から分岐しているため、「ロックマン11」の事件は起こしていない。
X2
本編では明かさなかったがゼロを改修するべく仮のボディに人格をインストールしてカウンターハンター サーゲスとして活動する。
シグマに協力している傍ら、オストリーグを洗脳するなどかつてライトナンバーズにしたことを連想するような卑劣な行動を取っていたが、有賀版で度々見せていたコミカルな行動も取っている。結局、ゼロのパーツを全てエックスたちに取られた上に基地での最終決戦ではサーゲスタンクを使っていいところまで追い込んだがビートブードが投げた時限バカ弾を受けたことで時間を稼がれてしまい、エックスの波動拳で倒されてしまう。
X4
明確には登場していないがゼロの夢などで登場している。
ブリキの迷宮
経緯は不明だがチャモチャ星で「ミスター」と名乗り、皇帝ナポギストラーに接近。ドクロボットなどを製造してチャモチャ星での独裁政治を支えている裏でセカンズ、サーズの強化再生を行い、データ収集を目的としてγの再製造を行った。ナポギストラーがエックスたちに倒された後、転送装置を使い、地球へ帰って行った。
X5
ゼロを目覚めさせることを条件にシグマのスポンサーとして、彼のサポートをする。しかし、地球に壊滅的打撃を与えかねないスペースコロニー『ユーラシア』の衝突については賛同しておらず、シャドーマンを通じて秘かにエニグマのパワーアップパーツを届けさせるなどさり気なくエックスたちの手助けをし、ゼロが自分の予想とは別方向に覚醒した時に逆に面白いというなど彼なりの度量の広さを見せた。ダブルギアのデータ及び、かつて製造したブラックゼロを回収した謎の勢力、ゼロの設計データと酷似しているダイナモに不信を感じる。
X6
ゼロのDNAデータを手に入れたゲイトの監視とゼロ捜索用のタイムマシンの建造のために、アイゾックとして表舞台で活動をする。終盤においてゼロがドラえもんの世界に流されていることを発見し、タイムマシンへと改造したワイリー戦艦で向かい、そこで世界征服計画完遂寸前だったアチモフと激戦を繰り広げることになる。その末で戦艦を変形させた巨大ロボ「ワイリーアイアンゴーレム」は戦闘で大破、エックスたちに内部へ侵入されながらも脱出する。その後はラーメン屋を開いているダークマン達の下で生活している。
各形態
サーゲス
カウンターハンターとして活動していた姿。小柄ではあるものの小回りが利き、飛行ユニットと連携することで高い戦闘能力を発揮する。
サーゲスタンク
カウンターハンター基地における強化形態。複数の砲台で高い火力を誇るが設計ミスで同時に発射することができない。
アイゾック
ゲイトの下で活動しているときの姿。アイゾックとしての姿は飽くまでオーバーボディのようだがアルバイターにやられているところを見る限り飽くまで頭部と胴体部のみだと思われる。エックスがシェルダンを倒した段階で本性を現し、装甲をすべて解除してワイリーとして再び表舞台に舞い戻る。
初期案：連載初期の頃に考えていたアイゾックの正体は「新訳ドラえもん のび太のBIOHAZARD」に登場したのび太ワイリーにする予定でX6編でかつての仲間と共にいるエックスを見て自分が失ってしまったものを持っているエックスに対して憎しみをぶつけるというシナリオだった。そして、バイオシグマの攻撃に巻き込まれて致命傷を負い、最後はドラえもんの幻影を見て静かに息を引き取るという結末だった。しかし、シリーズが進行するにあたってメガミックスの要素が強くなったこともあり、この初期案は没になった。
・「ドラえもんシリーズ」から
Dr.アチモフ/Dr. Achimoff
本名:不明
所属組織：なし
経歴：一切不明
主な発明品:アチモフマシーン
アチモフ要塞並びにアチモフロボ
ベルカナ
ダイナモ
ミニイエローデビル
概要:「ザ・ドラえもんズ」シリーズで度々登場する悪のマッドサイエンティスト。原作では作品の事情であまり強い印象がなかったが本作では偶然Xシリーズの世界を発見、倒されたイレギュラーを再生させて自分の手駒にした。特に『X2』時に最初に回収したヒャクレッガーからはかなり信頼されているようで他のイレギュラーたちも彼に反抗している様子はない。ベルカナからは「パパ」、ダイナモからは「親父」と呼ばれている。
各シリーズの動き
X2
初登場。偶然タイムパトロールの目から逃れようとした際に本作の世界を発見。自分の世界にはない高い戦闘能力を持ったレプリロイドたちに目をつけ、行動を開始する。この時点でマグネ・ヒャグレッガー、ホイール・アリゲイツ、バブリー・クラブロス、ブラックゼロを回収したと思われる。
X3
本人は登場していないがこの時期にベルカナとダイナモを開発していたらしく、最終回でダイナモが機能停止寸前だったヴァジュリーラを回収している。
X2 ソウルイレイザー
ベルカナを送り込んでレプリロイドのデータを回収させると同時に計画の一環として消滅しかけたシグマを復活させる。しかし、彼女自身がドラえもんとの戦闘で重傷を負ったので回収のためにダイナモとヴァジュリーラを派遣する。
X5
ダイナモにシグマウィルスの入手、ベルカナに再生可能なイレギュラーを回収をさせるべく送り込む。更に戦闘のサポートしてブラックゼロを派遣させ、フォルテの介入などで損傷を受けたものの計画は成功し、さらにワイリーが残した『ダブルギアシステム』のデータを入手した。
X6
計画が大詰めとなり、ドラパンを利用してドラえもんズの親友テレカを奪うことを計画。しかし、招集に疑問を感じたキッドの要請でドラえもんがその場におらず、更にドラメッドとドラリーニョがテレカを使っていたかったため、ダブルギアを移植した『ロックマン11』のボスたち(本作ではドラミの同級生)を地上に送り込む。
終盤でようやくアチモフマシンが完成するもののワイリーの妨害で計画の実行が遅れ、最終的には彼の嫌がらせでマシンが破壊されてしまった。
エックスたちに敗北後は、撤退を試みたがまたもやワイリーの情報提供によってタイムパトロールに逮捕されてしまう。
黒マスクの男/Black Boy
本名:不明
所属組織:恐竜ハンター
経歴:航空法多数違反
逮捕経歴あり
概要:劇場版「ドラえもん のび太の恐竜」に登場するテンガロンハットを被った恐竜ハンターのリーダー格。劇場版におけるのび太たちの活躍で逮捕されていたもののX4編のブラックゼロによるタイムパトロール本部の強襲でセキュリティが解除されたのを機に脱獄した。その後組織のリーダーとして再臨したものの、かつての取引相手であるドルマンスタイン卿の逮捕と白亜紀時代に建設していた本部がタイムパトロールにより押収されてしまった影響で活動を縮小せざるを得なくなる。
各シリーズの動き
X7
組織を再編するため、新たな戦力としてX世界のイレギュラーに目をつけ、裏業界で人脈のあるアルスと接触し、取引を行う。その後、契約として20名のイレギュラーを手配することを約束されるがアクセルとレッドによってアルスが処分されてしまったことから白紙になってしまった。
・「Xシリーズ」のボスキャラたち
X1編
アイシー・ペンギーゴ/Icy Penguigo
異名：雪原の皇帝
所属組織：イレギュラーハンター第13極地部隊⇒アチモフ軍団
ハンターランク：元特A級
製作者：？
概要：X1きっての一番最初に倒されるであろうペンギン型レプリロイド。変化のない極地暮らしに退屈しきっていたが、シグマの応援要請を受けてシティ・アーベルに赴き、第17精鋭部隊と共に行動していた。その中でエックスの甘さに対して苛立ちは感じていたものの射撃の腕前に関しては評価していた。シグマが反乱した際には元々自分の能力を高く評価してくれたこともあり、彼に付いて行く。ひねくれ者であるがエックス曰く「言いたいことはしっかり言う真面目な奴」で決して悪人であるというわけではないらしい。
各シリーズの動き
X1
反乱を機にシグマ側へと付いて早速雪山エリアを占拠した。ライドアーマーで自分の部屋に上がり込んできたエックスに対して文句を言うものの、すぐに攻撃せずにライドアーマーを外に置いてくるまで待ってやるなど律儀な一面を見せた。戦闘で早速床を利用した滑り込み攻撃を仕掛けるが部屋に穴が開いていたことが災いして外に待機させたライドアーマーに衝突して爆死するというあんまりな最期を遂げる。
エックスもこの最後に関しては流石に気を引いたようで倒れた彼の亡骸を丁寧に葬るように手配した。
サイバーミッション
マザーコンピューターがデータを基に復元したもの。エックスとマーティの目の前に立ちはだかるが攻略法を見極められていたため、簡単に倒される。
X6
X5編でベルカナに回収され、ドラえもんの故郷である22世紀の世界でDr.アチモフの手によってダブルギアを新たに装備して復活、ツンドラマンの下へと向かうゼロとアイリスをキバトドスと共に強襲した。しかし、二人の連携に嵌まり氷漬けにされ、VAVAに回収されるという相変わらずの扱いを受ける。アチモフ要塞内では新たにワイリーナンバーズと交戦する。
アーマー・アルマージ/Armor Armarge
異名:鋼鉄の甲弾闘士
所属組織：イレギュラーハンター第8機甲部隊隊長⇒アチモフ軍団
ハンターランク：元特A級
製作者：？
概要：鉄壁の防御力を誇る装甲を纏うアルマジロ型レプリロイド。武人肌の堅物でイレギュラーハンター部隊の指揮権をほとんどを掌握したシグマを上官と判断して反乱に加わる。兵器の原料が採れる鉱山を占拠した後にエックスを待ち構える。
各シリーズの動き
X1
原作通りにエックスと交戦する。エックスに対しては「射撃能力は高い」と評価している一方で波動拳不発（技名を詳しく知らなかったこともある）により他のハンターを倒したのは偶然ではないかと思う一面がある。最終的にはエックスの実力を認め、満足しながら機能を停止する。
サイバーミッション
本編ではカットしたが原作ゲームには登場している。
X6
残骸を回収され、ドラえもん側の22世紀で再生させられる。命の恩人であり、新たな上司ともいえるアチモフに対しては敬意を払っており、VAVAを復活させることを警告するなど彼なりに気遣っている。アチモフ要塞内ではゼロと交戦し、セイバーを紛失し代用品で戦っている彼に対して容赦せず、とどめを刺す寸前まで追い込むなど実力は向上している。
バーニン・ナウマンダー/Burnin' Noumander
異名:灼熱のオイルタンク
所属組織：イレギュラーハンター第4陸上部隊隊長
ハンターランク：元特A級
製作者：？
概要：トボけた外見とは裏腹に自分より力の劣る相手は徹底的に潰すという残虐な面を持つナウマンゾウ型レプリロイド。部下から嫌われていたこともあってシグマの反乱に参加した際には誰もついて来なかった。動きこそ鈍重だが圧倒的な火力を有しており、この武力を以て部隊を束ねていたようだがVAVA相手には運が悪く、エックスと戦うことなく破壊された。
各シリーズの動き
X1
原作同様に工場地帯を占拠して兵器生産工場へと改造しようとしていたが乗り込んできたVAVAのせいで支障をきたす。挑発する彼に乗せられて交戦したものの動きが鈍重なことを付かれ、ダメージを負わせることなく破壊されてしまう。その後残骸はエックスに発見され、DNA端末の未回収された。
X2
スクラップ工場で廃棄された姿が確認されている。その後虫型メカニロイドに寄生される形で再起動、イレギュラー討伐に来たマーティとビートブードに襲い掛かるがコアであるメカニロイド本体が彼女の破壊されたことによって機能停止した。その後残骸から属性チップを取り出される。
ソウルイレイザー
直接は登場しないがゼロの話でDNAソウルの力によって復活していた模様。
ランチャー・オクトパルド/Launcher Octopuld
異名：深海の武装将軍
所属組織：元イレギュラーハンター第6艦隊
ハンターランク：元特A級
製作者：？
概要：作戦や戦闘に美しさを求め、美しく戦うことに至上の喜びを感じている自称「水中戦闘のアーティスト」。シグマの反乱においては自分の美意識を認めてくれたとして参加し、海上都市を占拠して海路を遮断した。親しい友人の中にボルト・クラーケンがいる。
各シリーズの動き
X1
海上都市を占拠した後にマーティを利用して、エックスを芸術的に倒すという計画で進めていたが二人が喧嘩したことで思うようにはかどらなかったため自らが前線に出陣。しかし、それでも喧嘩をやめなかったため、強硬手段でエックスを倒すというプランに変更。エックスを追い詰めるものの反省したマーティとの連携で破壊される。彼の死は後のボルト・クラーケンに影響を与え、彼がイレギュラーハンターを退職する動機となる。
ソウルイレイザー
直接は登場しなかったがゼロの話でDNAソウルの力によって復活した模様。
ブーメル・クワンガー/Boomer Kuwanger
異名：時空の斬鉄鬼
所属組織：イレギュラーハンター第17精鋭部隊⇒アチモフ軍団
ハンターランク：元特A級
製作者：？
概要：正義や悪といった概念を持たない頭脳派のクワガタ型レプリロイド。反乱前は弟のビートブードの面倒を見るなど部隊内での評価は高かった。反乱時はシグマから聞かされたエックスの「無限の可能性」を見極めるべく参加する。
各シリーズの動き
X1
シティ・アーベルのシンボルタワーを要塞へと改造し、エックスを待ち構えていた。シグマをも凌ぐとされるスピードを駆使しているにもかかわらず、自分を戦闘不能にまで追い込むエックスを高く評価する一方で投降に一切応じないなど融通が利かないところがある。一緒に投降しようと態々本部から脱走してきたビートブードに対しても「邪魔だから帰れ」と言うがその直後、VAVAの不意打ちによって死亡。彼にパーツを奪われてしまう。
X2
ビートブードの回想で登場。彼をいじめるスタッガーを咎めた後に部隊の転属を進めるなど弟の安否を気遣う面が見られる。この時、ビートブードの異名ともなる「鋼鉄のリベンジャー」を名乗らせるきっかけとなった。
X5
墓地から残骸を盗まれるシーンが登場する。
X6
リサイクル研究所でまさかの再登場を果たした。アチモフの手により着脱式の強化装備をしており、更にダブルギアシステムを用いることで驚異的な戦闘能力を発揮する。自分の意志でアチモフについており、弟のビートブードに関しては自分の事を気にするなと間接ではあるが伝えている。
終盤のアチモフ要塞内戦ではイレギュラー軍団の中でVAVAに次いでの実力を発揮し、交戦したドラえもんを終始圧倒した。最後はヴァジュリーラを回収しにイレギュラーハンター一同の前に現れ、自分を撃てないビートブードに対して「いずれそれが命取りになる」と警告を送って離脱した。
スティング・カメリーオ/Sting Chameleao
異名:幽林の妖撃手
所属：イレギュラーハンター第9特殊部隊副隊長⇒ドップラー軍団
ハンターランク：元特A級
製作者：？
概要：いかなる場所にも適応可能な保護色能力を持つ部隊きっての実力者であるカメレオン型レプリロイド。任務遂行のためには手段を選ばず、その行き過ぎた合理主義思想から卑怯者扱いされている。シグマにその実力を純粋に買われ協力を持ちかけられたことから彼に加担し、密林基地の警備を担当している。本作ではギャンブル癖があり、よく負けている模様。
各シリーズの動き
X1
密林基地でエックスを待ち構えていたが彼の奇襲によって頭部を吹き飛ばされる。しかし、事前に組み込んどいた予備ユニットで再起動、逆襲しようとするが中古の安物だったらしく抵抗がままならないまま連行されていくのであった。
X3
留置場に監禁されていたがマックの手によって解放され、ドップラー軍につく。空母を占拠して、離脱を試みたもののマーティたちの襲撃を受けて戦闘に入る。強化された光学迷彩によって優位に立とうとするがラッシュのきゅう覚までは誤魔化すことができず、尻尾を咬まれたことで居場所がわかってしまい、彼女のアイスチャージショットによって氷漬けにされてしまう。その後は、処分されることなく、再び留置場送りとなるのだった。以降、ずっと留置場生活。
X2編