ハンターベース コンピュータールーム
「・・・・・・」
ミディは、黙りながらコンピューターの操作をしていた。しかし、事件解決の兆しが見えてきたにもかかわらずその表情は何か寂しさが感じられた。
「・・・・・・やっぱり・・・・・・そうなのかな？」
プロテクトの解除まであと少しというところで彼は思わず手を止める。
「・・・・・・・・やっぱり、この事件の犯人は・・・・・・・」
「ドラ！」
「うわあぁ！？」
突然後ろから飛びついてきた何かにミディは悲鳴を上げる。そんなこともお構いなしにミニドラは彼の頭の上に飛びつく。
「ドッ、ドッ。ドラララ～！！」
「こ、この子は・・・・・・」
「いや～ごめんね～。」
そこへ巨体を誇るマンドリラーがゆっくりと歩いてきた。彼の上にも何匹かのミニドラがよじ登って遊んでいた。
「エックス隊長に面倒を頼まれていたんだけどこっちまで逃げてきちゃったんだ。」
「そ、そうなんですか・・・・・・・」
ミディは、ミニドラをマンドリラーに渡す。
「そのメカニロイドは一体何なんですか？」
「う～ん、エックス隊長の話ではミニドラって言うらしいよ？」
「ミニドラ・・・・・ですか。」
「ドラララ！」
ミニドラはまたミディの元へ戻ってきて彼の手を引っ張る。
「ドラ！ドドド！」
「えっ？あ、遊んでほしいの？」
「ドラララ！」
ミニドラは笑いながら答える。その顔を見てミディは思わず言いづらい表情をする。
「・・・・・ごめんね。今、大事な仕事をしているから手が離せないんだ。」
「ド？」
「この仕事が終わったら遊んであげるから。だから、向こうで大人しくしているんだよ。」
「ドラ、ドララ！」
ミディの言葉を理解しているのかミニドラは手を振りながらマンドリラーの元へと戻って行く。
「悪いね～。仕事の邪魔しちゃって。」
「いえ、大丈夫です。」
「もう一息頑張ってくれよ～。」
マンドリラーはそう言うとコンピュータールームから出ていく。ミディはその姿を見届けると再びコンピューターの操作へと戻る。
「終わったら・・・・・か。」
マザーコンピューター エリア：シグマパレス
「スパイラルクラッシュバスター！！」
「グワアッ！？」
「はあ！！！パイルバンカー！！！」
「ぎょえぇぇぇぇええ！？」
シグマパレス内ではエックスとマーティが再戦に挑んできたザインとギーメルを倒していたところだった。
「こ・・・・・・これが・・・・・・・俺様の限界だとでもいうのか・・・・・？」
「チキショォオ！！二度も女にやられるとは！！ミーの面子、もう丸潰れ！！」
ギーメルは致命傷を負ったザインを支えながらエックスたちと対峙する。
「まだ続けるつもり？」
「キー！！お前らこれで終わったと思うなよ！！いつか仕返ししてやるからな！！」
「アンタ、それこの間も言ったわよ？」
「だまらっしゃい！！」
ギーメルとザインは転送装置で転送されるかのようにデータ化して撤退する。それを確認するとエックスたちは再びシグマパレスの奥へと侵攻していく。
「この先の最終プロテクトを解除できれば事件は解決される。でも、最終プロテクトも本当にデータなのだろうか？シャドウハンター、さらにコンピューターをハッキングしている者、何かもう一つありそうな気が・・・・・・」
シグマパレス 最深部
「ここが最後のプロテクトの場所か。」
エックスとマーティは、部屋へと入る。
ここはかつて、肉食恐竜型メカニロイド『D-REX』が配置されていた部屋だ。シグマの反乱時はゼロを失ったことで怒りに燃えていたエックスに惨敗したが二人が入っても現れる様子はない。しかし、代わりに聞き覚えのある声が聞こえてきた。
『フッフッフッフ・・・・・・・よくここまでやり遂げたものだな、エックス。』
「「！？」」
エックスとマーティは思わずギョッとする。
「この声は・・・・・まさか！？」
エックスが天井を見上げるとシグマが最初の反乱の時のマント姿で現れた。
「シグマ！やはり、お前が黒幕だったのか！？」
「クックックッ・・・・・・・お前とそこの女性型の努力は称賛に値する・・・・・・だが、それもここまでだ！」
シグマは、マントを脱ぎ棄てサーベルを引き抜いてエックスに斬りかかる。
「エックス！」
マーティは、槍を展開してサーベルを受け止める。
「マーティ！」
「くう・・・・・・」
「ほう、私とやり合おうというのか？女。」
「誰が女よ！アタシにはマーティって名前があるのよ！！」
マーティはサーベルを押し返すとパイルバンカーに装備を変えてシグマの懐に潜り込む。
「うん！？（この女・・・・・・カウンターハンターとの戦いよりも動きが早くなっているぞ！？）」
「はああああ！！！」
マーティはシグマの脇腹にパイルバンカーを突き刺す。
「ちい！！」
シグマは、マーティの頭を掴むと放り投げる。投げられたところをエックスがキャッチし、二人同時にバスターを構える。
「「ダブルチャージショット！！」」
「ぐおぉっ！？」
2人のバスターは、シグマの両腕を破壊する。エックスはすかさず構えをとる。
「はあああああああ！！！！波動拳！！」
波動拳は、シグマの腹部を貫いた。
「ぐ、ぐおぉぉ・・・・・・・・・流石だな・・・・・・」
シグマは、敗北を認めながらも笑みを浮かべていた。
「フフフフフ・・・・・・・・・だが、残念だったな。それしきの力ではこの私を滅ぼすなど不可能なのだよ！ファ―――――――ハッハッハッハッハッ！！」
シグマは爆発しながら消えていく。
？？？
「ダメだ！ここも見つかった！！誰も奴を止めることはできないのか！？」
テクノは、焦りながらコンピューターを操作していた。その後ろでは負傷したザインとギーメルがいる。
「・・・・・・・・・これは俺たちも不味いな。」
「ギョッ！？ま、まさかここにあの鬼マーメイドが来るのか！？冗談じゃねぇ！！ミーたちは逃げるに限る！！」
二人はテクノを見限ったかのように事前に用意していたのか簡易転送装置で逃げ出した。
「ザイン！ギーメル！？・・・・・・・くそ！あいつ等、この落とし前をいつかつけてもらうぞ・・・・・！！」
ハンターベース コンピュータールーム
マザーコンピューターから戻ってきたエックスとマーティを出迎えたのはケインとミディだった。
「エックス！マーティ！ついにシグマの隠れ家を突き止めたぞ！」
「本当ですか？」
「幸いマザーコンピューターのコアを通じて転送することができるのじゃ。一刻も早くこの混乱に終止符を打っておくれ。」
「わかりました、ケイン博士。直ぐに出動します。」
一方のミディは何か心配そうな顔をしていた。
「それともう一つじゃがどうやらそこにはシグマに協力してマザーコンピューターをハッキングした犯人と思われる何者かがいるようなんじゃ。」
「あ・・・・・あのね、エックス・・・・・そのことなんだけど・・・・・・」
「ん？」
「ううん、やっぱり何でもないよ。二人とも気をつけて。」
「既にゼロとイーグリードたちにも連絡を入れておる。少し合流が遅れるかもしれんが気をつけるんじゃぞ。」
「「はい！」」
二人は、マザーコンピューターを経由して転送されていく。
「・・・・・・」
それを見届けるとミディはこっそりと部屋を出て行く。
「・・・・・・・・」
「ドラ？」
「うわっ！？・・・・・・なんだ、君か。」
目の前に飛び出してきたミニドラに一瞬驚いたがミディはすぐに冷静に戻る。ミニドラは仕事が終わったのかと思い、ミディについてくる。
「ドラドラ・・・・・・ドラララ？」
「・・・・・・ごめんね。まだ終わっていないんだ。悪いけど急がないと・・・・・・・」
「ドラ・・・・・・・ドラ！」
何かに気が付いたのかミニドラはポケットに手を突っ込む。
「ドッ、ドッ、ドララ！！」
ミニどこでもドアを出す。そしてすぐに別の道具を取り出す。
「ビッ、ビッ、ビッ！！」
ミニビックライトで何処でもドアを大きくする。
「・・・・・・もしかして、これで好きなところへ行けるの？」
「ドラララ！！」
「・・・・・・・ありがとう。でも、もう遊べないかもしれないんだ。」
ミディは、ミニドラの頭を撫でる。
「ドラ？」
ミディは、ミニドラを撫で終わるとどこでもドアの取っ手を掴む。
「テクノ兄さんの所へ！！」
最後でミディとテクノが兄弟ということがわかりましたが原作ゲームではある理由で・・・・・・これもXシリーズらしくなんか切ない。