イレギュラーハンター
エックス/野比のび太
所属 第17精鋭部隊隊長
ハンターランク 特A級
今回はマザーコンピューター内に巣くう謎の存在を倒すため、マーティと共にプログラムデータとしてサイバー空間内で戦う。今回の敵は全てデータの復元体のため、特に迷いなく倒すがペンギーゴとの戦闘においては寂しそうに言う描写がある。
マーティ
所属 第17精鋭部隊副隊長
ハンターランク A級
エックスの恋人。エックスと共にサイバー空間で戦う。実力は着実に付いているようでデータの復元体ながら四体のイレギュラーを倒したようで襲ってきたギーメルを圧倒した（但し、これはギーメル本人がなめてかかったという事もある）。近接武器も使い慣れたのかシグマ戦ではパイルバンカー、ウルフシグマ戦ではシールドブーメランで攻撃し、槍を投擲で急所に命中させている。
ゼロ
所属 第17精鋭部隊
ハンターランク 特A級
X２編終盤で復活したエックスの戦友。この頃はまだ0番特殊部隊へ転属していない。サイバー空間で戦うエックスに対して彼は他の仲間と共に外での対処を行っていた。「結婚」の意味を理解していない。
ミディ
所属 ？
ハンターランク なし
少年型でありながらプログラマーの天才。エックスと協力して事件の解決にあたる。終盤、兄であるテクノの死亡により命の危機に晒されるがミニドラ救助隊の尽力により助かる。
豪速拳の雷王 スパーク・マンドリラー
所属 第17精鋭部隊
ハンターランク B級
ミニドラの世話役として登場。意外に懐かれているらしい。
鋼鉄のリベンジャー グラビティー・ビートブード
所属 第17精鋭部隊
ハンターランク A級
エックスの部下で今回は外の事件の対処に当たっていた。
天空の貴公子 ストーム・イーグリード
所属 第7空挺部隊隊長
ハンターランク 特A級
オストリーグの件で認められたのか再び特A級に返り咲いている。終盤にザインとギーメルを逮捕したらしい。最後に彼とティルが結婚することが明かされ、本編が終了する。
ティル
所属 イレギュラーハンター司令部
ハンターランク A級
終盤のみに登場。イーグリードと結婚することを明らかにする。
Dr.ケイン
今回はチョイ役。シグマのアジトを発見したことをエックスに伝える。
ミニドラ
相変わらずの悪戯好き。ミディに懐いて遊んでもらおうとする。終盤はスモールライトで小さくなり、ミディの命を助けるべく力を尽くした。
イレギュラー
シャドウハンター
ザイン
シャドウハンターにおける大剣使い。その大剣で多くのレプリロイドを倒したらしいがエックスには敵わなかった。シグマパレス戦でも敗北し、最終的にギーメルと逃亡するがイーグリードに逮捕される。
ギーメル
ザインの相方で彼とは正反対によくしゃべる。手裏剣と凧で戦闘するが相手がマーティだったのが悪く終始圧倒されてしまう。シグマパレス戦でもマーティに対して復讐すると誓うが逃亡中にイーグリードに捕まる。
テクノ
ミディの双子の兄で彼同様にプログラマーとして優秀なのだがそれをシグマに目をつけられ洗脳されてしまう。終盤、致命傷を負い息を引き取るものの最後は洗脳から解放されミディと別れを告げる。
シグマ
所属 元第17精鋭部隊隊長
ハンターランク 元特A級
X2編の宣言通りに復活。今回はイレギュラーハンター本部を混乱させるべく動くがエックスとマーティたちによって阻止される。今回も倒したものの再び現れるような言葉を残した。
VAVA
所属 元第17精鋭部隊
ハンターランク 元A級
データの復元体。そのため非常に弱くエックスのフルチャージショットで倒された。
雪原の皇帝 アイシー・ペンギーゴ
所属 元第13極地部隊
ハンターランク 元特A級
VAVA同様にデータの復元体。エックスとマーティを排除すべく動くが簡単にやられる。エックス曰く「言いたいことはしっかり言う真面目な奴」だったらしい。
その他
トーマス・ライト
エックスをサポートするべく出現。新型アーマーは制作できなかったもののファーストアーマーの強化版をエックスに授ける。
次回、いよいよX3へ！！