イレギュラーハンター
エックス/野比のび太
所属 第17精鋭部隊隊長
ハンターランク 特A級
本作の主人公。本編では、レプリフォースの進行侵攻を止めるべく奮闘する。常に仲間のことを大切に思っており、自分が傷つく事も厭わないほど。初戦のマシュラーム戦ではマーティと揃ってマンドリラーのエレクトリックスパークを受けて倒れてしまうがすぐに復帰し、復帰後はドラえもんと共にクジャッカーを、ビストレオに引導を渡した。むやみに殺生はせず、ジェネラルに関しては投降を呼びかけていた。シグマとの最終決戦ではライト博士の承認によりアルティメットアーマーを開放、どこぞの顔面破壊大帝のような言葉を言い放ち、アースシグマの顔をビームブレードで剥いだ。ファイナル・ウェポンから脱出時は、いずれ自分もイレギュラーになってしまうのではと危惧し、ゼロにイレギュラー化した場合処分してくれと頼むがそれがマーティを傷つけることになってしまい、改めて彼女の大切さを知り、愛の絆を深めた。本編で登場するアルティメットアーマーは、未登場であったバスターからビームブレードを発生させる機能、背中のブースターで飛行する機能を使用している。今回の戦闘では波動拳、昇龍拳、竜巻旋風脚（鬼化時に使用）は使っていなかったが未だに使用可能。
マーティ
所属 第17精鋭部隊副隊長
ハンターランク A級
エックスの副官であり、正妻。本編ではかつての教官であったスティングレンを悲しみながらも倒すなど悲惨な部分が多い。X3で相棒となったラッシュと共にエックスのサポートに回る。ファイナル・ウェポン脱出時にエックスが密かにゼロに自分のことを処分してくれと頼んでいたことにショックを受け、妻である自分のことはどうでもいいのかとばかりに冷たく当たるが最終的に「今度隠し事をしたら離婚する！」と言って和解した。
ゼロ
所属 第0特殊部隊隊長
ハンターランク 特A級
エックスの親友であり本編のもう一人の主人公。本編では原作ゲーム以上に苦悩するところがあり、二次創作ゲーム「ロックマン アンリミテッド」のプロトゼロの記憶もあり、仲間を傷つけてしまうのではないかと考えるようになる。アイリスに関しては、徐々に距離を詰め、彼女のために戦いたいと思うようになる。ファイナル・ウェポンではダブルと交戦。左腕を奪われ、窮地に陥るがワイリー？の呼び声で一時的に覚醒し、ダブルを惨殺する。シグマ戦前ではシグマの話でアイリスに手を出すのではと恐れていたが彼女の本心を聞き、改めて彼女を護る為に戦う事を選ぶ。脱出時は、エックスにイレギュラー化された場合処分してくれと頼まれるが承諾はしていない模様。後にアイリスの大改修でパートナー回路を組み込まれ、彼女との絆を深めた。
アイリス
所属 元レプリフォース オペレーター
ハンターランク なし
ゼロ側のヒロイン。原作ゲーム及び岩本先生の漫画版では悲惨な最期を迎えるが本作では生存。スカイラグーン落下事件の現場でゼロたちに助けられ、以降は彼らのサポートを行う。兄のカーネルに対しては争ってほしくないという一方で今回の戦争に関して犠牲者が出てしまったことに関しては仕方ないのかもしれないとある程度自分たちに非があることを認めている。ソウルイレイザー編でのドラえもんたちとの交流もあり、ジェネラルやカーネルの理想である「レプリロイドだけの世界」に関して共感はせず、レプリロイドには人間との支え合いが必要だと考えている。ゼロと共にいることが多く、戦闘での帰還時や悪夢などうなされている彼の姿を見るたびに非力で何もできない自分に無力感を感じていた。宇宙港では兄とゼロの戦いを止めるべく単身で赴き危うく射殺されそうになるが遅れてきたエックスたちのおかげで事なきを得る。ファイナル・ウェポンでは、ダブルからカーネルの死を聞き、悲しみと兄を殺したダブルに対しての怒りで原作ゲームにおけるアーマーを装備しようとしたが精神世界において冥界にいた兄に再会、説得されたことによって未遂で終わった。マーティにも劣らぬ芯の強さを持ち、シグマから過去のゼロのことについて聞かされても動じることはなかった。帰還後は、ケインにゼロをサポートするためにマーティ同様に戦闘用に改造することを懇願、ドップラー、ミディ、ドラえもん含める4人の総力で見た目は変わっていないにもかかわらず体の65パーセントがゼロと同じパーツで構成され、互いの意識をリンクする「パートナー回路」を一緒に組み込んでもらった。ちなみに右腕はX1で大破したゼロのバスターを再加工しているため、チャージショットは、イレハンのハイパーゼロブラスターになっており、近接武器はカーネルの形見のサーベルをカスタマイズしたもの。
鋼鉄のリベンジャー グラビティー・ビートブード
所属 第17精鋭部隊
ハンターランク A級
エックスとマーティの部下。スカイラグーン事件ではレプリフォースにしか配属されていないノットベレーの残骸を回収して現場に駆け付けたカーネルに武装解除して同行を求めたが断られる。マシュラーム戦では、ほかのハンターたちと共に行動していたため難を逃れる。ファイナル・ウェポンではエックスたちと共にジェネラルの身柄を拘束しようと奮闘し、全ての元凶となったシグマに関しては亡くなったクワンガーに対しての怒りを露わにしていた。
豪速拳の雷王 スパーク・マンドリラー
所属 第17精鋭部隊
ハンターランク B級
マシュラーム戦でマシュラームの分身たちの攻撃を目の前によりによって居眠りをしていた。しかし、あまりにも邪魔をしたためエックスとマーティを含めてエレクトリックスパークを放ってしまい、反省書を書かされた。ファイナル・ウェポンではエックスたちと共に行動し、シグマ戦では片腕を失いながらも果敢に挑んで行った。
影の飛忍 エクスプローズ・ホーネック
所属 第0特殊部隊副隊長
ハンターランク 特A級
ゼロの副官。本編においてはスパイダス戦、キバトドス戦に参加。ファイナル・ウェポンでは、エックスたちと共にジェネラルの身柄を拘束するために同行していた。
ラッシュ
所属 第17精鋭部隊
ハンターランク なし
X3編から登場したマーティのサポートメカ。本編ではアディオンのパーツを装着してライドチェイサー形態になる。
天空の貴公子 ストーム・イーグリード
所属 第7空挺部隊隊長
ハンターランク 特A級
スカイラグーン事件時は都市の住民をイレギュラーを撃退しながら救助活動を行っていた。フクロウル戦ではゼロが旗艦に乗り込んでいる間部隊を率いて応戦していたが最新鋭のライドアーマー イーグルの集団を相手に右腕を吹き飛ばされ、重傷を負う。最終戦では宇宙をエックスたちに任せ、自分たちは地上の警護に回ろうとしたがそこでダブルに惨殺された17部隊とカーネルの姿を見ることになる。
ティル
所属 第7空挺部隊オペレーター
ハンターランク A級
イーグリードの妻でマーティの先輩にあたる。出番は少ないもののイーグリードの手当てをしたりなど随所で出てくる。
女性型ナビゲーター
所属 イレギュラーハンター司令部
ハンターランク ？
X1編から続投し続けている女性オペレーター。序盤のスカイラグーン事件での報告後は主にアイリスに役を持っていかれてしまったため、出番なし。
Dr.ケイン
今回はドップラーとの二人掛かりでカーネルの治療にあたるがダブルの手によって殺害されてしまいひどく動揺していた。戦争終結後は、アイリスの説得とスネ夫の助言によりアイリスの戦闘用への改修を決意し、実行する。
Dr.ドップラー
ケインの友人であり、本作では生存、刑期を終えた後に彼と共同でアディオンの製作を行った。カーネルの治療にも付き合っており、彼が惨殺されてひどく動揺しているケインを支えながら現場に駆け付けたイーグリードに警戒態勢を敷かせるよう指示を出す。戦争終結後はケインと共にアイリスの改造を行う。
ドラえもん
エックスの親友。今回はエックス同様にフォースアーマーベースのアーマーを身に着けて戦う。タヌキと呼ばれると異常に怒る。彼の秘密道具の活躍もあって漫画版では死亡したバッファリオが生存している。
ジャイアン
ガキ大将。同じ妹を持つ身でありながら軍を優先するカーネルに対して怒りを覚える。フクロウル戦では応援に駆け付けたナマズロスと共にデスログマーでライブ中継を行い、空軍を全滅させた。
スネ夫
あまり目立った活躍はなかったものの終盤ケインにゼロがワイリーの製作した最後のワイリーナンバーズと教えたほか、アイリスの戦闘用への改造の助け舟を出す。
しずかちゃん
ドラえもんたちと各地へと赴き、宇宙港戦はアイリスに代わってオペレートを行った。
野比玉美
出番は極めて少なかったものの序盤を見る限りはマーティを姉として認識している。
イレギュラー
ジェネラル
所属 レプリフォース 最高司令官
レプリフォースの陸軍、海軍、空軍、宇宙軍を統括する最高司令官。部下からの人望も厚く、イレギュラー認定されたときは自分たちの存在意義も考えたうえで演説を行っていた。その巨体はエックスたちが総攻撃しても耐えられるほど。終盤においてエックスたちと交戦、中破した末身柄を拘束されようとしていたがシグマの策略によって地上に攻撃を実行しようとするファイナル・ウェポンを止めるために自らを衛星の動力炉に向かい、自爆した。
カーネル
所属 レプリフォース陸軍士官
アイリスの兄であり、ゼロの親友。スカイラグーン事件時にビートブードから投降を呼びかけられたものの軍人のプライドゆえに拒否してしまう。終盤まで軍人としての意地を貫いてきたが宇宙港でのゼロとの戦いでアイリスのことを言われ、目標も達成したため、初めて武器を置いて投降した。しかし、その直後ダブルが仕掛けた時限爆弾が爆発し、アイリスをかばって瓦礫に押しつぶされ重傷を負う。その後、ケイン博士とドップラーの手術により一命を取り留めたと思われていたがダブルに殺害される。死後は、アイリスの精神世界で姿を見せ、妹をゼロの元へと送るべく促し、その姿を見守った。
シグマ
所属 元第17精鋭部隊隊長
ハンターランク 特A級
今回も影から暗躍。終盤において原作同様にゼロの過去を語った。最終決戦では手数が多いことを利用してエックスたちを追い詰めていったがアルティメットアーマーを身に纏ったエックスに敗北する。
ダブル
所属 第17精鋭部隊
ハンターランク C
エックスたちの元へ配属された新米ハンター。原作同様に情報をシグマに横流ししていたらしく、宇宙港ではエックスたちを抹殺するべく時限爆弾をセットした上に爆発させ、治療を終えたばかりのカーネルを殺害し、動力炉とデータチップを捥ぎ取り、アイリスを究極のレプリロイドへとさせるべく、エックスたちと別れた二人の目の前に現れる。ゼロを行動不能寸前に陥れるなど優位に立っていたがワイリー？の言葉で一時的に覚醒したゼロに完膚なきまでに叩きのめされ惨殺される。
密林のゲリラコマンダー ウェブ・スパイダス
所属 第0特殊部隊⇒レプリフォースゲリラ部隊隊長
ハンターランク 特A級
元ハンター出身のクモ型レプリロイド。ゼロたちが間違っていないと理解しつつもハンター上層部のイレギュラー認定に疑問を抱き、ジェネラルたちが掲げる「レプリロイドだけの世界」に共感し、作戦に参加する。クモの巣を利用してゼロたちをうまく追い詰めていくがスネ夫たちに目を奪われて拘束の途中だったドラえもんを野放しにしていたため敗北する。その後は身柄を拘束されハンターベースへと連行される。
廃墟の小悪魔 スプリット・マシュラーム
所属 バイオラボラトリー
ハンターランク なし
バイオラボラトリー管理用キノコ型レプリロイド。子供染みた言動を見せており、性格も子供そのものであるがマーティを「おばさん」と呼んでしまい、げんこつをもろに受けてのたうち回った。ソウルボディを用いてエックスたちを追い詰めるが居眠り中のマンドリラーを刺激したのが仇となり、エレクトリックスパークで倒される。その後はヘチマールと同様に更生施設へと送られた模様。
爆炎の武道家 マグマード・ドラグーン
所属 第14特殊部隊隊長
ハンターランク 特A級
ドラゴン型レプリロイド。第14特殊部隊の元隊長でハンターとしての実力も指折りで上層部からの信頼も厚かったが、エックスやゼロに対して「命を賭けて本気で戦いたい、そして勝ちたい」という欲望を抱いており、その心境をシグマに付け入れられてしまいスカイラグーン事件を起こしてしまう。火山地帯でゼロと交戦し、最終的には殴り合いの末に下半身を切断され戦闘不能になる。その後、火山活動の活発によって逃げ場を失ったゼロを脱出させるべく自らを犠牲にした。
極北の暴れん坊 フロスト・キバトドス
所属 レプリフォース陸軍
ハンターランク なし
漫画ではとんでもない強さをアピールしたが本作ではドジな面が強かった。ドラえもんに振り回された挙句最終的に施策の秘密兵器の自爆機能を作動させてしまい、基地もろとも爆発し、こと切れた。それでもバッファリオと先遣隊を氷漬けにしたためパワーはそれなりにあったと思われる。
アクアデストロイヤー ジェット・スティングレン
所属 レプリシーフォース
ハンターランク なし
かつてのマーティの恩師。今回の作戦において疑問を抱きながらも軍の命令が優先として実行した。撤退中、マーティに潜伏先が発見され、部下を逃がして彼女と交戦することになる。戦闘不能になりかけながらも彼女に挑み、最終的に亡骸は海の中に手厚く葬られた。本作では彼女との過去話を出している。
ネットワークガーディアン サイバー・クジャッカー
所属 ？
ハンターランク なし
ハンターベースのコンピュータをハッキングしようとしたクジャク型レプリロイド（正しくはコンピュータウィル
ス）。コンピュータの中に侵入したドラえもんとエックスと交戦し、ドラえもんをしつこく「タヌキ」と呼んでしまったため、ドラえもんが本気で怒った分身ハンマーによる無限増殖を目の前に発狂して自壊する。ちなみにおまけコーナーではオカマのラーメン屋台店主を演じた。
大空の参謀長 ストーム・フクロウル
所属 レプリエアーフォース 参謀長
ハンターランク なし
レプリエアーフォースを仕切る参謀でイーグリード率いる第7空挺部隊との戦闘を優位に進め、ゼロとの戦いでもうまく追い詰めていくがジャイアンとナマズロスのリサイタルを目の前に率いていた艦隊もろとも気絶して全滅する。その後身柄を拘束されハンターベースへと連行される。
鋼の破壊王 スラッシュ・ビストレオ
所属 レプリフォース陸軍
ハンターランク なし
レプリフォースの物資輸送作戦に参加。ドラえもんにわすれろ草をかがされた上にゼロ距離射撃をされるわ、牙を石頭で砕かれるわである意味でX1編のペンギーゴに匹敵するあまりな扱い。
その他
トーマス・ライト
いつもと変わらずエックスをサポートする。ゼロとの会話に関してはところどころにロックマンシリーズでのことを思い出している模様。
ロックマン
ゼロの夢の中で登場。時系列は二次創作品「ロックマンアンリミテッド」終盤。ゼロにトラウマを思い出させる。
アルバート・W・ワイリー
Dr.ワイリー。ゼロの夢に登場。ゼロがスリープモードになるたびに現れていたがアイリスとのリンクが完了後、一時的なのか現れなくなった。
ミディ
サイバーミッション編で登場した少年型レプリロイド。アイリスの改修にかかわる。
エアフォースプリンス スパイラル・ペガシオン
所属 レプリエアーフォース
ハンターランク なし
X5のボスキャラ。この時はフクロウルの作戦に参加していたが勝利が見えたため彼の命令で本部に帰還、機関直後に全滅の知らせを受けて驚く。
ブラックゼロ
X2辺終盤でゼロに破壊されたコピー。終盤に登場し、ドラえもんの世界のタイムパトロール本部を襲った。
ドラ・ザ・キッド
ドラえもんズのメンバーでドラえもんの妹であるドラミとは恋仲。ブラックゼロと交戦するが敗北する。覚えていない方と知らない方はドラえもんズを見よう！（作者推奨）
ベルカナ
ソウルイレイザー編で登場した女性型レプリロイド。本人の話によるとブラックゼロの妹らしい。製作者は・・・・・・
次回からはX5前の物語としてドラえもんの劇場版編をやろうと思います。