ー世の中、強い者が勝てるとは限らない。強者が勝者というのは、歴史上、とてもあり得ないことである。人には必ず弱点があり、負けを認めざる得ない戦いもある。少なくとも、死を意味する戦いでなくば、簡単に死ぬことはないであろうー
戦いの流れはブラックリベリオン終結に向かう。シャーリーの選択は？ルルーシュとスザクの結末は？アニメと原作の流れを取り込みながら、驚愕の結末を迎えることとなる。C.２.とＤ.２.、そしてジェレミアのジークフリートも立ち塞がり、この戦いの行方も気になるところだろう。
シャーリーの、エデンとしてナイトオブラウンズのビスマルクと対峙していた。そこは、エリア11の政庁の中枢だった。誰もいないはずの場所で、居てはいけないはずの二人がいた。
「エデン、いや、アッシュフォード学園の生徒、シャーリー・フェネット！」
シャーリーは仮面を外し、シャーリーとしての姿を明かした。
「誰の差し金ですか？ルルはもう、本国に連れて行かれたのでしょう？」
ビスマルクはニヤリと笑う。V.Ｖ.からの情報は本当だった。ならば、皇帝シャルルの話も受け入れるはずだろう。
物語は、行政特区から始まったユーフェミアの大量虐殺、ゼロの指示で動いた日本人の一斉放棄から遡る。
「ゼロの正体は、お前だったのか。全ては妹の、ナナリーのためか？」
ークロヴィスを、ユフィを殺したのもー
「義姉さんも、閃光のマリアンヌに憧れていたくせに」
ルルーシュはギアスの用意をしていた。隙あらば、ギアスをかけて母マリアンヌの真相を聞き出したかった。
コーネリアとの一連の話と、隙が出来たコーネリアにギアスで真相を聞き出している最中、Ｃ.Ｃ.のナナリーがさらわれたという話を聞き、最初は馬鹿げた話と聞き流そうとしていたルルーシュだが、神根島に向かったと聞き、コーネリアを回収した後向かおうとした。そこに立ち塞がったのは、言葉がおかしくなっているジェレミア・ゴッドバルトであった。オレンジ疑惑から階級が下げられ、ナリタ連山の紅蓮弐式に敗北を機に行方不明となっていた。そのジェレミア・ゴッドバルトが新型のジークフリートを操作して、戦いを挑んで来た。
コーネリアを回収出来ず、ジェレミアに攻撃され、振り切るのに精一杯だった。
シャーリーはというと、エデンとなって車に乗っていた。ナイトメア研究所に行くと、D.Ｄ.が待っていた。標的に逃げられ、シャーリーを探していたらしい。ゲイルの連絡で研究所に向かっていると聞いたので、ナイトメアで先回りして待機していたのだ。
「ユーフェミアの件は聞いた。上手くキャサリン皇女に渡してくれたようだね」
「お約束ですから。ここまで来て、契約を破棄したくないですし…」
まだ契約は誰一人果たしていない。標的を逃した自分にも責任あるが、エデンの騎士団が誰一人死んでいないことに安堵した。
戦いはまだ終わっていない。C.Ｃ.をあの世界で始末しなければ、体ごと消しても再生する。ルルーシュなどはシャーリーには酷だろうが、ゲイルたちに任せれば大丈夫だろう。シャーリーにはやってもらいたいことがある。シャーリーがルルーシュを庇うことをされては契約に支障が出る。
「シャーリー、貴女は政庁が落ち着いたら、そこに行ってもらいたい。政庁にはコーネリア総督含め高官たちがいるはずだ。君はキャサリン皇女と一緒に本国へ行ってもらいたいのだ。エデンの騎士団を正式に本国の軍隊として迎えてもらえるようにね」
シャーリーは頷き、エデンとして姿を変えるように別室へ向かう。ビスマルクと会うことになることは誰も知らない。ビスマルクがなぜ居るのかも知らない。シャーリーは久しぶりの本国帰りに内心はドキドキしていた。
ゼロとＣ.Ｃ.は、ジェレミアのジークフリートを振り切り、学園の本部に連絡を取っていた。本部では、幹部の報告で扇が撃たれたという情報があった。ゼロは扇の代理を幹部に任せ、神根島に向かう決意をする。
扇がカレンにゼロを追えと話すのは、その少し後だった。学園内では、ブリタニア軍の研究担当ロイドやその部下であるセシル・クルーミーがスザクを助けに来ていた。ゲフィオンディスターバーを破壊され、スザクに逃げられた黒の騎士団は、ニーナが作り出した後のフレイヤ弾頭の基礎版である爆薬に、敵味方問わず騒然としていた。
ゼロとＣ.Ｃ.は、再び立ち塞がったジェレミアに苦戦していたが、Ｄ.Ｄ.のアーロンがジークフリートの羽根を破壊して行動不能にしたため、Ｄ.Ｄ.がガウェインに挑んで来た。
「まったく、どいつもこいつも邪魔ばかりする。ルルーシュ、お前はナナリーを！こいつは私がやる」
「信用していいのか？」
「お前に死なれては困るだけだ。それに、ナナリーを助けたいのだろう？」
Ｃ.Ｃ.はハドロン砲を撃ち、隙を見てルルーシュを遺跡の近くへ降ろす。降ろされる前、Ｃ.Ｃ.がルルーシュにキスをしたことは、ルルーシュにとって予想外のことだった。
「ようやく、まともに戦えると言いたいが、もう大砲を撃つエネルギーはない。だが、負ける気もない」
Ｃ.Ｃ.はＤ.Ｄ.と自爆する覚悟でいた。不死身の肉体だ。それでも逃げるチャンスくらいは作れる。ジェレミアのジークフリートはハドロン砲の衝撃で、ジェレミアもろとも海に沈んでいた。
「いいだろう。本当はあのジェレミアと自爆するはずのお前がここに居る。私と自爆する気か？」
「相変わらず、お前の正体が分からん。時空を行き来できる力を持つ奴は、我々の仲間にいない。名を持ち、神に匹敵する力を持ち、ナイトメアまで手に入れる。そろそろ教えてはくれまいか？」
Ｄ.Ｄ.は、自分の正体を口走る。Ｃ.Ｃ.は怒り、アーロンに向かっていく。こいつだけは倒しておかないと、後々厄介になる。特に、アーロンというナイトメア。動きがジークフリートと似ていて、性能はこのガウェインと同等ときた。
「許せ、ルルーシュ。助けられそうにない。だが、こいつだけは倒しておく」
Ｃ.Ｃ.はガウェインを動かし、アーロンの動きを見極めながら掴む瞬間を見切る。ガウェインの手に掴まれたアーロンは身動きが取れず、ガウェインと共に海に落ちていく。
「ジークフリートと同じ目に遭うとは、油断していた。犠牲になる形は変わらんのか。己、Ｃ.Ｃ.〜！」
ー後は任せたぞ、ルルーシュー
ガウェインはアーロンを掴んで落ちていった。
ゼロは遺跡の形状を調べていた。そこにスザクが現れ、ゼロに銃を当たらないように撃つ。もはや逃げ道はあまり無い。ゼロはスザクに、ユーフェミアの件を話すが、スザクがギアスのことを誰かから教えられていた。さらに、スザクはカレンが居ることを知っていたので、ゼロの正体を知りたくないか、と尋ねて近寄らせた。その後、スザクはゼロの仮面を破壊して、ルルーシュだということを知る。
ルルーシュはスザクに休戦を申し込み、ナナリーを助けようと持ち掛けるがスザクの怒りがルルーシュの怒りを招き、二人は銃口を向け合う。
シャーリーは誰もいない政庁の中枢を歩いていた。どうして、誰もいないのか気になるが、奥の間に総督の椅子に座って居る男がいた。
「お待ちしておりました、エデン嬢。キャサリン皇女から話しは聞いています」
男はビスマルクと名乗る。彼はナイトオブラウンズのマントを来ていた。十二人居ると云われるブリタニア皇帝直属の騎士団だ。
そして、話は最初の流れに戻る。シャーリーは仮面を外し、ビスマルクの話に頷く。
「貴女のご両親には、上司のさらに上の幹部から話しを付けておきました。急ぎ本国へ。皇帝陛下の下に、全ての皇族が集まり始めています。貴女の……」
ビスマルクがそこから告げる真実に、シャーリーは涙する。隠されていた真実がビスマルクから明かされたのだ。
シャーリーはビスマルクと一緒に、本国へ向かう浮遊艦に乗る。物語はコードギアスー反逆のルルーシュＲ２に続き、本作はコードギアスーシャーリーのギアス完結編ーと続く。果たして、Ｄ.Ｄ.の話したこと、ビスマルクが告げた真実とは？戦いはさらに激しさを増していくのだった。