西暦2205年、時間を遡り過去へ干渉することによって歴史を改変しようとする歴史修正主義が現れた
時の政府はこれに対抗するため、ものに宿る心を目覚めさせて引き出す事が出来る能力者審神者に歴史の守護を託した
審神者達は刀剣・槍・薙刀等の武具から想いを引き出し、刀剣男士と呼ばれる戦士を生み出す
しかし本来審神者に必要な霊力を持っている人間は稀有な為そもそもの審神者の数が圧倒的に足りない
故に誰しもが審神者になれる訳ではなく、そしてまた相応しい者が審神者になる訳でも無い
神を従えるという事に酔いしれ付喪神である刀剣男士達を粗野に扱い暴行を加え、更には手入れをせず放置したり折ったり、あまつさえ夜伽を強要するような審神者も出てくる始末
それが世間一般で言うブラック本丸、ブラック審神者と言うものである
しかもそれだけに留まらず政府がそんな審神者を排出しない為に作った見習い制度も正常に機能せず、逆に乗っ取りが行われ審神者が泣く泣く本来居た本丸を離れる事になったている
そして本丸もその後必ずと言っていいほどブラック本丸になっているのが現状である
本来なら刀剣男士は付喪神と言う神の末端に属するとは言え神であることには変わりない
そんな彼等に無体を働いたとなれば呪いや祟などが来ても文句は言えない
かと言って逆に気に入られ過ぎるのも問題である
彼等刀剣男士に気に入られ、真名（本当の名前）を知られてしまい彼らの神域に連れ去られ眷属とされ人ではなくなってしまう事もあるからだ
要するに神隠しである
こうも問題が多発しているが、政府としては圧倒的に足りない戦力を補わねばならない
そこで政府は新たな部署を政府内に設けた
それは本丸や審神者に関する問題全てを扱う専門の役人の集まりである『政府対策課』である
この物語はその部署で“三条三兄妹（姉妹）”と呼ばれる3人が様々な問題を解決していく話である
『いくら何でも政府おかしくないか？！』
『仕事増やしてるの政府な気がするんだけど！』
『ブラック本丸の前にお前らが滅べブラック政府！！』
…………多分