星空が煌めく最中、世界の四分の一を支配する帝国『エリクセリア』が燃えていた。街や建物が燃え崩れ、人々は逃げ惑う中、炎の中から黒く巨大な翼を広げ、翼から赤き閃光を放つ粒子を発射し、大地を裂いている天使が暴れまわっていた。そしてそれに立ち向かう白く巨大な悪魔が拳から黄色い光剣を放ち、黒き天使に突き向ける。悪魔の頭部の中にいる、赤と白に塗り分けられたスーツを着用しており、ひび割れたマスクの中には復讐の瞳を持つ銀髪の青年の姿が目に映る。
「ここで終わらせる……覚悟しろ『シド」！！」
シドと言う巨大な機械天使が、翠に輝くモノアイを光らせ、翼から六基の大砲を展開し、砲口から深紅の光剣を放ち、白き悪魔『ガンダム レギルス』を睨む。
「レイラの家族とエルフのこの仇、取らせてもらうぞ！！」
青年は愛する者の家族と民の命を奪われた怒りと憎しみと絶望を抱き、白き悪魔『レギルス』と共に漆黒の天使『シド』に立ち向かうのであった。
『目標座標RLG＼00567136458745＼……………』
薄暗い空間、見たこともない文字が並ぶと同時に、ノイズが発生する。
『“SID”Coor＼n……………0xFFFFFFFF NULL ^M＼0…K mpfen000D8B9A723E9FF198X8D99AF199281910 "%s(error %d)"**--0x0000001D………………… ################EXA#####–DB^H^H^H^H^H^H^H Vous mourezsivotre##9D02B9EA09F0A1 Biosv3.0 Wii Format^H^H^H^H^H^H^H^H^H^H?.(y/n)_ 02984BA7D98EB098F8BA98C0982877CB094B289A0D98B207 andrayda hat sich die Gestalt＼n＼0＼0^B………… 29847B8D7B2987G77A987E7A09809482B89D0A9881737019 0X09A09B8A0X07D9839D moriraiiiiii G.F.S.＼0G.F.S.＼0G.F.S.＼0G.F.S.＼0G.F.S.＼0G.F. S.＼0G.F.S.＼0G.F.S.＼0G.F.S.＼0G.F.S.＼0G.F.S.＼0 0x57 0x41 0x4B 0x45 0xA0 0x55 0x50 0x2E 0x00^B^B 0x57 0x41 0x4B 0x45 0xA0 0x55 0x50 0x2E 0x00^B^B』
すると空間が明るくなり、星空が見えてくる。森が燃え、巨大なクレーターの中心点に何かが光っていた。何か大きくて、流動経路が紫に光っていた。そしてその大きな遺物から巨大な翼を持った機械の怪物が現れ、頭部のモノアイが緑な光るのであった。
っと、彼は重い瞼を開き、窓から光が射す部屋にて目を覚ます。辺りを目だけで確認すると、天蓋付きのベッドの上にいた。天蓋から垂れ下がるカーテンと装飾が施されていた。
「ここは……何処……？」
彼はゆっくりと起き上がり、さっきの夢の事を思い出す。
「（また……あの夢を見た。これで何回目なんだろう……それに、あの大きな物と巨大な翼を持ったあれ…）」
彼は夢の事を考える大きな遺物とその遺物に取り付く巨大な翼を持つ魔獣。
「（何でだろう……あれを見ていると、懐かしく感じる。何でだろう……ダメだ、思い出せない…）」
彼は深く頭を抱えると、気づいていなかったのか、誰かが部屋に入ってきた。
「あぁ！ウィルが目を覚ました！！」
「？」
「ウィルが目を覚ましたと他の者に伝えてくれ！」
現れたのは、銀髪で後頭部に髪を巻いている青年であった。
「はい！」
青年はメイドに伝法を伝え、メイトが急いで伝えに行く。
「ウィル、何があったか覚えているか？」
青年は彼の名前である『ウィル』に問う。ウィルは頭を抱え、思い出そうとすると、頭から激痛が走る。
「つっ！！いったぁ〜」
「大丈夫かい！？急に動いてはいけないよ」
青年はウィルを心配そうにする。
ウィル…“ウィリアム・メルトロナス”。5歳半になったばかりだ。小国『メルトロナス』の王国家の三男で姉二人を含めれば五番目の末っ子王子となる。温厚な人達に囲まれており、辛い事も一切なく幸せに育てられてきたとの事。しかし、家の階段から転がり落ち、頭をしこたま打ったことで大騒ぎになったと……。
そして、そんなウィルを心配する少年の名は『オリヴァルト・メルトロナス』こそ、ウィルの八歳年上の兄で、聡明で名高い王国の王太子。
「ウィル、大丈夫かい？傷どう？」
「うん、大丈夫（兄さんたら、心配しすぎだよww）」
ウィルはオリヴァルトのブラコンに呆れていると、また扉が開く。
「…兄様」
入ってきたのはウィルの一番姉でオリヴァルトの妹。『レイネシア・メルトロナス』であった。彼女は可憐で儚げな雰囲気を纏った十二歳。
「ウィルが嫌がっていますよ、病み上がりなんですから、そこまでにしてあげてください」
レイネシアが笑っているような怒っているような笑顔で、オリヴァルトに注意する。
「は…はい」
「（相変わらず怖いなぁ、レイネシア姉さんは……）」
ウィルはそう思っていると、二番目の兄と姉である『ヒューバート・メルトロナス』と『ステラ・メルトロナス』がやって来た。
「ウィル！大丈夫か！？」
「もう痛くないの！？」
「頭はもう痛くないですけど、大丈夫です」
「「「「ほっ…」」」」
四人はウィルの安否確認に安心する。ヒューバート・メルトロナスは一番兄のオリヴァルトと違って、体育系のノリと筋肉主義で、いつも鍛錬に育んでいる。ステラ・メルトロナスはウィルの歳に近く、性格は勝ち気だけど、愛嬌があって憎めない。
そして心配しに見に来た五人兄弟の父母。国王『アルフォンス・メルトロナス』と王妃『アリス・メルトロナス』も安心していた。
ウィルの父王 アルフォンス・メルトロナスが統治する【メルトロナス】と言う立憲君主制国家。アトランティカ大陸西方に位置し、隣国である【エリクセリア帝国】との同盟国となる。農饒な土地から農業は盛んであり、真面目で勤勉な国民性から技術に優れた技術立国でもある。
そしてそんなメルトロナスでも思わぬ事に、北西の辺りに、奇妙な遺跡が帝国の同盟国である『スライバル商業連合』の商人や調査団達が報告して来た。遺跡の中には奇妙な鋼鉄でできた構造物や数十メートルもある異形な人形が発掘された。
アルフォンスは王妃やウィル達を連れて、遺跡の中を見学する。中に入ってみると、見たこともない文字や遺物、そして奥に行くと噂の異形な人形が並んでいた。帝国騎士や王国騎士達が人形の頭部にある椅子に座ると、人形が動き出し、さらに人形が神話に出てくるドラゴンへとなる。
その中で、一番目立つ人形があった。奥の間にある白き異形な人形であり、ドラゴンとは思えなく、人型とも言える姿であった。騎士達がその人形に乗ろうとするが、鍵が掛かっており、扉が開かなかった。
「父上、あの人形は？」
「あぁ、あれか…あの人形はどうしてか動かないのだ。奥の間にあったのか、恐らくあの人形は“王騎”かもしれない。エクセリア帝国第一皇太子である【アルマディオス・エリクセリア】に届けるつもりだ。」
「「「「「えぇ〜〜っ！？」」」」」
どうやら、ウィルを含む五人兄弟は白い人形に乗って見たかったと。だが操作は難しく、まだ解明されていない部分もあると言うのだと。ウィルは恐れ知らずに、白い人形に触れる。
「……？」
すると頭や心に感応波が流れる。ウィルは胸に触れ、感じ取る。
《
「………シド？」
【シド】と言う名前を言うと、ウィルの頭の中にあるものが映る。それはここではないどこかの世界の戦争であった。ここにある人形ともう一つ、完璧に人型と言える人間達が争っていた。さらに、星の海でも戦っており、その中に白い人形と青い人形がさっきの夢で見た黒い翼を持つ魔獣と戦っていた。すると白い人形が映ると同時に、文字が浮かび上がる。
《
「……ガン…ダム…レギルス？」
するとレギルスが振り向き、目が二つへと変形した。それは王騎と言うより、【白い悪魔】であった。
《“Xラウンダー”の少年よ……地平線の彼方へ》
「っ？」
《EXA–DBを解放せよ》
「何？」
するとレギルスのスリットアイが翠へと光り、流動経路が青白く輝く。
《っ！？》
調査団達が人形の異変に気付く。
「おい！何か光っていないか！？」
「これ…動くのか！？」
「離れろ！！」
そしてレギルスのスリットアイがツインアイへと変わり、頭部両サイドに内蔵されている頭部バルカンから、ビームバルカンを放つ。調査団は急いでレギルスから離れると、レギルスは威嚇射撃で離れらせ、足元にいるウィルに手を差し伸べる。
《行こう……》
「…………」
ウィルは勇気を出し、レギルスの拳に乗る
「「「「「「ウィル！！」」」」」」
アルフォンス達がウィルを呼ぶが、ウィルはレギルスのコックピットに入る。中は座席と全天周モニターであり、二つの操縦桿があった。ウィルは座席に座り、操縦桿を握る。すると操縦桿や足元のペダルに誰かの手が浮かび上がる。勇人はその他に従い、ペダルを踏む。するとレギルスが前に動き出す。次に右の操縦桿に搭載されているコントローラーが右へ捻る。それも従って動かしてみると、右へ方向転換する。すると画面上に数字が並ぶ。
【目標座標／
座標が特定すると同時に、奥の間の歯車が光り、バラバラになる。バラバラになったかけらが徐々に形を変え、巨大なワームホールを作り出す。レギルスの各部のスラスターが点火し、ワームホールへと入っていった。
「ウィル！！！」
そしてワームホールが暴走を始め、消滅した。それと同時に、他の人形が砂へと変わっていく。
「何が…起こっているのだ！？」
アルフォンスはこの状況を鵜呑みに出来ることもなく、ウィルの捜索をするも、何の証拠も懸命な捜索も虚しくウィルが見つかることはなかった…………
ある宇宙での13年後……。
「長きに及んだ漂白の時代は終わり、我ら人類は遍く銀河に繁栄の世界を手に入れた。
それが【アヴァロン】…麗しき理想郷、科学の英知と開拓の意志が築き上げた楽園の輝きを見よ……これこそが諸君の故郷、4億7000万の全市民が諸君の勇気と前進を称え、名誉ある兵士達の名を胸に刻んでいる。
讃えよ、人類銀河同盟に約束された久遠の未来を…。ここより、人類の悪なき挑戦は始まっていくのだ…だが諸君……忘れてはならない、この非常なる宇宙の深淵には時に容赦ない悪意が潜む事を。我ら人類の前途を脅かす【ヒディアーズ】の張遼を断固として阻止すべし！斯様なことを生物に人類の革新を阻まれてはならない！
英雄達よ、大いなる試練の時に奮起せよ…無念の地に散った犠牲を、今尚危機に瀕している。未来の同胞達を忘れるな！」
長官の演説を聞く人類銀河同盟兵士達は勇気を胸に、巨大な惑星間戦争に挑む覚悟をしていた。そしてその中に軍服着て勇ましい青年へと変わったウィルがいた。