避けられぬ戦いで、ロロとシュナイゼルは亡くなります。今まで姿を見せなかったキャラを登場し、物語は終盤へと突入していきます！終盤では、多くの謎が解き明かされるでしょう。
世界は、とてつもない勢力図を示していた。3分の2という大半の領土が、大聖ブリタニア教国によって支配されていたのだ。悪のブリタニアは滅び、例えブリタニアを正しく建国しても、世界は否定と嫌悪を示すだろう。最後の戦いを前に、展開は思わぬ方向に流れを変えていくこととなる。
エメラルダ・ユン・ブリタニアは、キャサリンの姿をまとい、自らが治めていた古代ブリタニア帝国の跡地にいた。エメラルダは地に手を付き、何かを唱え始める。
「クロノースの神よ、アーカーシャによって封印された妾の作りし神殿を蘇らせたまえ〜！」
世界中が地響きし、神根島からも新たな遺跡が降臨する。世界各地は、神の再来と感じ祈りを捧げる。これこそ、エメラルダが待ち望んでいた本当の計画である。
時間は３日前に巻き戻る。シャルルとマリアンヌを消滅させたエメラルダはキャサリンに戻り、シュナイゼルとナナリーがいる浮遊艦アヴァロンに姿を見せる。ナイトオブラウンズのジノが守ろうとするも、キャサリンの強打な力の前にジノは弾き飛ばされる。
「其方らにブリタニアは再興できぬ。世界はシャルルの意志を継ごうとする皇族を殺しにかかるだろうぞ」
逃げようとするシュナイゼルに、キャサリンはサイコキネシスを使い、シュナイゼルの首を締め付ける。
「やはりそうでしたか。あなたの狙いは、全皇族の継承権剥奪と抹殺。ナナリーの話で推測はできていました。まだ手はある。あなたはいずれ、必ず滅ぼされる…」
グチャリ、とキャサリンはサイコキネシスでシュナイゼルを締め殺す。ナナリーの姿がない。誰かが移動させたのか。つまり、シュナイゼルは自らを犠牲に、囮として待っていた。
「勿体無い頭脳よの。仕方ない。政庁に戻ろうかの」
キャサリンは少し離れた片隅を見て、笑みを浮かべる。そうして、キャサリンは姿を消す。キャサリンが見た片隅では、暗くて狭いがシャーリーとナナリーが隠れていた。見抜かれているにも関わらず、キャサリンは手を出さなかったのだ。
「大丈夫、ナナちゃん？」
震えるナナリーの手を握る。シュナイゼルが亡くなった。ナナリーにとっても大切なお兄さんだったはずなのだ。皇族がたくさん殺されている。怖いわけがない。いつ自分が狙われるか怯えているのだ。
「どこだ、ナナリー！こ、これは？」
ジノは気絶。シュナイゼルは血を流して亡くなっていた。片隅からナナリーを連れてシャーリーが出てくる。少しは震えが止まったが、ナナリーの目に涙が零れている。駆けつけた護衛官にシュナイゼルの遺体を移動させ、ナナリーが落ち着くのを待つ。
トウキョウ租界の政庁では、地下牢獄に監禁されていたヴィレッタ・ヌウとロロが解放されていた。解放の助けたのはエデンの騎士団で、シャーリーと連絡が取れないのを不信に思ったゲイルとロメインは仲間を説得。政庁を襲撃し、機密情報局のメンバー全員を救出するのだった。しかし、キャサリンとＤ.Ｄ.の姿はなく、政庁は物抜けの殻状態だった。
一方、学園に戻ったルルーシュは、待ち伏せていたジェレミアと接触。ショッピングモールへとギアスの効かないジェレミアから逃げるのであった。途中、出会った警官らにギアスをかけ行く手を阻ませるものの、ギアスキャンセルの力で圧倒。Ｇ列車周辺まで追い詰められる。
「Ｖ.Ｖ.は死んだ。皇帝陛下も亡くなった。しかし、私は疑問に思っていることがある。なぜ、ブリタニア皇族を、皇帝陛下を狙った？」
「くっ！」
ルルーシュはＧ列車のゲフィオンディスターバーを起動させる。ジェレミアの足が、体が動けなくなる。
「俺が、ルルーシュ・ヴィ・ブリタニアだからだ。母マリアンヌの子どもだからだ！」
ジェレミアはそうかと確信する。ようやく理解した。
「私も亡くなったマリアンヌ様の護衛に付いていました。これで思い残すことはありません。…マリアンヌ様！」
「俺を殺しに来たわけじゃ…」
ルルーシュはＧ列車の起動を止め、ジェレミアにまだ終わっていないと語る。未来は、歴史は変わった。俺に忠義を尽くせる覚悟が残っているなら、亡きマリアンヌの代わりに忠義を尽くしてくれ、と。
ジェレミアが仲間に加わり、ヴィレッタやロロが戻って来た。けれど、その不意を狙い、またしてもキャサリンが現れる。
『もはや、其方らの好きなようにさせん！』
「そこまでだ、ブリタニアの反逆者キャサリン・グ・ブリタニア！」
コーネリアがキャサリンに剣を抜いて襲いかかる。それを逆手に取ってか、キャサリンはロロの後ろに移動し、
「ロロと共に殺せるか、コーネリア？お前が来ないのなら、妾から行くぞ？」
ロロはギアスを使い、キャサリンを一時停止させる。ロロは抜け出せない。しかし、ロロのギアスは一時停止させたかに思えたキャサリンに首を締められる。
「妾にギアスは効かんぞ、偽りの弟ロロ・ランペルージ」
ロロは遠くへ投げ飛ばされる。ギアスが解け、コーネリアやヴィレッタたちが気付いた時には、ロロとキャサリンは遠くにいた。ロロはギアスの負担で弱っている。何度も何度もキャサリンに投げ飛ばされ、ロロにはもう起きるだけの力も無くなっていた。キャサリンはロロを持ち上げ、首をへし折る。ゼロやヴィレッタ、コーネリアたちが追いついた時には、すでに遅かった。
「何てことを。ロロまで殺されるとは。ゼロ、ユフィからの言伝だ。あの女を倒すには、全ての中心。日本で開発され、地下奥深くに眠っている天地要塞グランド・ヴレイヴを壊せ、と」
『あの女の正体、そして命の根源か！』
「ゼロ。ブリタニア軍の正規軍、いやエデンからの通信だ。カレンのことも話があるらしい」
扇の連絡により、ゼロはモニター越しにエデンと話す。
『どうしましたか、エデン？カレンのことでお話があると連絡がありましたが？』
エデンは頷き、
『そのカレンさんをお返ししたいと思います。ですが、条件があります』
『こちらのエースパイロットをお返ししてくださるのなら、条件次第で引き受けましょう』
エデンはセシルにナイトメアのデータを、黒の騎士団に転送する。
『これは勝手に改造してしまった紅蓮のデータです。ナイトメア研究担当ロイド・アスプルント大佐とセシル・クルーミー中尉がやってしまったので、少し申し訳がないと思っています。ですが、このデータを基に、より強力なナイトメア部隊を作ることができると思い、お話を持ちかけました』
「勝手に改造されたのは釈だけどさあ。ゼロ、彼等のブリタニアと組めば、あのブリタニア教国にも勝てるかもよ〜」
ラクシャータはキセルを吹かしながら、少し興味深々にデータを見ていた。
『引き受けましょう！我々にも強力な戦力が欲しかった』
『交渉成立です。アヴァロンにそちらの艦隊のデータをお送りください。ブリタニア教国に反抗する艦隊にも援軍を要請致します。ゼロ、最後の戦いは近づいています』
エデンの申し出を受けたゼロは、超合衆国連合に神聖ブリタニアが加わることを示し、世界と運命を賭けた最後の戦いの準備を急がせる。帰って来たカレンに、黒の騎士団幹部は皆喜び、アヴァロンからも紅蓮聖天八極式が渡された。ジェレミアは亡きＶ.Ｖ.が残したジークフリートを戦力に加え、星刻の神虎(シェン・フー)など続々と戦力が整えられていった。ブリタニア軍は、スザクやＣ.Ｃ.のランスロットの新型機の開発を急ぎ、ゼロにシュナイゼルが使う予定だった天空要塞ダモクレスの位置を教える。
キャサリンは黒の騎士団や旧ブリタニア軍が手を組んだのを知り、最終決戦に備えて各国に戦力を整えるよう促す。
「ダモクレスが奴等の最終切り札かもしれんのう。妾の天地要塞グランド・ヴレイヴに対抗しようと云う腹と見える」
後ろで、Ｄ.Ｄ.は笑っている。
「まったく、妾もゼロも、あのシャーリーが運命のキングとは知らなかったぞ、Ｄ.Ｄ.？」
「それはそうでしょう。ゲイルやロメインには効きますが、ヴレイヴの力はシャーリーには使えません。もし、シャーリーが自分の価値に気づいたら、あなたの負けですから」
Ｄ.Ｄ.はコーヒーを一口飲み、キャサリンに微笑む。未だに敵か味方かキャサリンにも分からずにいた。
「お主はどちらの味方じゃ？復活しておる裏切り者どもは健在しておるし、妾と其方の計画をわざわざ破滅させる気か？」
Ｄ.Ｄ.はコップを皿に置き、
「Ｃ.Ｃ.が捕らわれ、世界から消滅できるならあなたの勝ち。だが、グランド・ヴレイヴが破壊されるのなら、シャーリーの勝ち。どちらも、私の契約を果たせる存在。今はどちらの味方でもありませんよ」
Ｄ.Ｄ.はコップを手に取り、コーヒーを少しずつ飲む。キャサリンは不満そうだが、勝つためにここまで来た。世界が誰の手に渡るかによって、Ｄ.Ｄ.がどちらかの味方をする。Ｄ.Ｄ.もまた世界の命運を握る一人なのだろう。
ー第7話に続くー