基本的に、DP最終話時点までのポケモンの状態は変わらない(イッシュの旅に同行するフカマルを除く)。
ベストウイッシュでゲットしたポケモンに加え、ゲットするポケモンが増えている。
原作組
アニポケでゲットしたポケモンの一覧。但し、アニポケとは違って一部は進化する可能性がある。
ピカチュウ♂
特性：静電気、避雷針(両方所持)
持ち物：電気玉
技：10万ボルト/電光石火/アイアンテール/ボルテッカー/波乗り/瓦割り/目覚めるパワー(氷)/エレキボール/草結び/雷パンチ/メガトンキック/影分身/身代わり/電磁波/毒々
言わずと知れたサトシの相棒。今作ではゼクロムとエンカウントしておらず、結果的にオーバーロードによる弱体化に食らってない。その為、シンオウリーグ時を凌駕する実力を保ったままとなっている(サトシの指示なしでも並大抵の600族ポケモンを瞬殺可能、サトシがいたら伝説のポケモンにも勝利しやすくなる)。ジム戦では、殆どを後輩達に活躍を譲っているものの、プラズマ団やモラルの無いトレーナーをボコる時は鬱憤を晴らすかの如くバトルをする。
トランス・オンによる強化形態
アルセウスから貸し与えられたスピリット・ジュエルによるサトシのピカチュウの強化変身。ゲーム的に言えば、種族値が120加算される。また、通常形態が使用していた技も、引き続き全て使用可能。
タイプも追加され、幅広い敵に対応出来る様になった。言い換えれば、弱点となるタイプも増えたという事も言える。よって、状況によっては通常のピカチュウの方が有利という事もあり得る。また、1回のバトルで1回の強化変身しか出来ないと言う制限も無く、ジュエルのエネルギーがある限りは幾らでも能力の行使が可能。エネルギーを使い切った場合、強制的に通常形態に戻され、エネルギーの回復までに2時間半のインターバルを要する。
各形態の超必殺技は全て特殊攻撃に分類されるが、対象のポケモンの防御と特防の実数値を比較し、防御が低ければ物理攻撃に、特防が低い場合は特殊攻撃扱いとなる。
アイス・ウィザード(電気・氷)
HP 50
攻撃 40
防御 70
特攻 100
特防 75
素早さ 105
合計 440
特性；フローズンキャッスル
永久凍土の薄い氷を身に纏う事で、相手から受ける攻撃技を半減する。
ジュエルの基となった、氷柱のプレートの力が大きく引き出された。氷タイプが追加。魔法使いの様な、摩訶不思議な技を使った戦いを得意とする。
電撃の弓と氷の矢で敵を射抜くブリザードアロー、氷の弾を発射して地形や障害物に当たった場合は小さな氷の弾に分かれて放射状に飛び散るショットガンアイスが追加される。
超必殺技は、敵の真下に魔法陣を出現させて身動きを取れなくし、そこから噴き出る冷凍ガスで氷漬けにする『マジカルアイスエイジ』。
フレイム・ニンジャ(電気・炎)
HP 45
攻撃 80
防御 55
特攻 60
特防 55
素早さ 145
合計 440
特性：業火障壁
2ターンに1度、いかなる技を無効化する炎のバリアーを張る。
火の玉プレートの力が引き出された姿。忍者の様な姿になる。炎タイプが追加。素早い動きやで相手を翻弄したり、分身を形成して身代わりや連続攻撃、連携攻撃を行う。対多数戦、乱戦に特化している。また、忍者らしく隠密・諜報活動も得意。
超必殺技は、背中に背負っている火炎手裏剣を相手目掛けて投げつけ、分身の術で量産して相手を確実に殲滅する『炎魔手裏剣陣』。
グラス・カンフー(電気・草)
HP 55
攻撃 110
防御 75
特攻 60
特防 75
素早さ 65
合計 440
特性：ステータスガード
能力低下と状態異常が無効。
緑のプレートの力が引き出された形態。カンフーを得意とし、武術家の様な姿となる。草タイプが追加。完全に近接戦闘に特化している。とはいえ、大自然の力を吸収して体力やPPを完全回復させる『ネイチャーコントロール』の能力がある為、理論上は無限に活動可能。
超必殺技は、拳を地面に叩き付け、尖った木が地面から発生し、相手が食らうまで追尾する『フォレストインパクト』。
シェイン・エンジェル(電気・フェアリー)
HP 50
攻撃 75
防御 60
特攻 85
特防 60
素早さ 110
合計 440
特性：天使の加護
HPが0になった時、1度だけ完全回復する。また、全ての能力が2段階上昇する。
精霊プレートの力が引き出された形態。純白の天使の様な姿となる、フェアリータイプが追加。全てのステータスのバランスが1番良く、使い勝手が良い。まだフェアリータイプの存在を、イッシュの人間の大多数は知らない為、存在そのものが初見殺しとなっている。
超必殺技は、回転しながら聖なる巨大な竜巻を生成し、それを纏って回転しながら相手に突撃する『ホーリーサイクロン』。
フカマル→ガバイト→ガブリアス♂
特性：砂隠れ←→砂の力
持ち物：ガブリアスナイト
技：竜の波導/アイアンヘッド/地震/炎の牙/流星群/穴を掘る/剣の舞/ドラゴンクロー/逆鱗
ヤマブキ空港からイッシュ地方に向かう際に、勝手にサトシに付いて来て、そのまま旅に同行する事に。ポーカーフェイスだが、アイリスの身勝手な言い分には流石に堪忍袋の緒が切れて進化。今作のメイン手持ちポケモンとしては、ピカチュウに次ぐ実力者。
ライモンで起こったN戦で最終進化に到達。その直後に、メガシンカまで行い、ガバイトでは敵わなかったNのワルビアルを圧倒するまでになった。
ミジュマル♂
特性：激流
持ち物：なし
技：水鉄砲/アクアジェット/エアスラッシュ/凍える風/リベンジ/シェルブレード
アララギ研究所にいたが、サトシに褒められたので彼に付いて行く事に。種族の関係上、剣捌きが得意。主に、それを使った白兵戦を得意としている。トウヤのチャオブー、シューティーのジャノビーは同期。オリジナル技として、シェルブレードに冷気を纏わせたアイシクルブレードが存在する。メスポケモンをナンパしてはあえなく撃沈する一面を見せるが、バトルの実力は確か。モノズが流星群を練習して失敗すると、只の流星群が何故か降り注ぐと言うジンクスに見舞われる(ピカチュウはデジャブを感じている)。
マメパト→ハトーボー♀
特性：強運
持ち物：なし
技：風起こし/電光石火/燕返し/エアカッター
1番道路でゲットした。他のメスの個体よりも飛行能力が相当高い。歴代鳥ポケモン同様、偵察もやる。トウヤのワシボンや、ツタージャとは仲が良い。喋る時は比較的丁寧な口調。
ポカブ→チャオブー→エンブオー♂
特性：猛火
持ち物：なし
技：火炎放射/ニトロチャージ/瓦割り/岩石封じ/ブラストバーン
カラクサタウンで、弱いという理由により捨てられたポケモン。サトシに助けられたことで彼のポケモンになった。ゲットされる前の状況故か、ポカブの時点から大技や相性の悪い技を何度も食らっても中々倒れる素振りを見せない程のタフさを持つ。ミジュマルとは仲が悪いが、非常時にはそうとは思えない程のコンビネーションを見せる。後に自らを死亡寸前に追いやる形で捨てたスワマと決着を付けた。これにより、本当の意味でサトシのポケモンとなった。
ツタージャ→ジャノビー♀
特性：天の邪鬼
持ち物：なし
技：リーフストーム/リーフブレード/蔓の鞭/メロメロ/目覚めるパワー(炎)/アクアテール/竜巻/毒々/蛇睨み/胃液/身代わり
元は財閥の令嬢『ジョクア』のポケモンだった。だが、財閥が不祥事に倒産し、ジョクアもソープに沈められた事で彼女を見限り、野生に戻った。サトシとの出会いは、パンケーキをいただこうとした時。アニメ版とは別物レベルに強化しており、自力で苦手タイプの対策をキッチリ行っている。ピカチュウに次ぐ技のデパート。本編16話のリバティガーデン島でのプラズマ団戦でジャノビーに進化した。
ズルッグ♂
特性：自信過剰
持ち物：なし
技：睨み付ける/頭突き/飛び膝蹴り
タマゴから孵った。暴れん坊で喧嘩早い。何かと、他のポケモンに突っかかる。だが、レベルが他のサトシのポケモンと比べて非常に低い為、技を使っても逆に自分がダメージを受ける。とは言え、プラズマ団のポケモンを倒せる実力は持っているので潜在能力は高め。また、意外にも人間には素直。
クルミル→クルマユ→ハハコモリ♂
特性：虫の知らせ
持ち物：なし
技：糸を吐く/虫食い/体当たり
ヤグルマの森でゲット。気が強い性格。糸を吐くの粘着力は、何大抵の力では引き千切る事は出来ない。ヒウンジム戦でクルマユ、EP16でハハコモリに最終進化。ハハコモリになってからは穏やか且つおっとりな性格に変化した。また、バトルだけでなく家事も積極的にこなせる様になるなど、何気にハイスペック。
ダンゴロ→ガントル♂
特性：頑丈
持ち物：なし
技：砂嵐/ストーンエッジ/岩砕き/ボディパージ/鉄壁/撃ち落とす/地震/頭突き
4番道路でゲット。聴覚が優れている。重量級ポケモンではあるが、本作のサトシは実戦レベルで扱えるようになっている為、原作程勝率は悪くない。アララギ研究所にいる間は、ラグラージやドダイトスに特訓して貰っている。
ガマガル♂
特性：すいすい
持ち物：なし
技：ハイドロポンプ/超音波/マッドショット/泥爆弾/ヘドロウェーブ/雨乞い
ライモンシティに向かう途中でゲット。元々は、池の底にいた野生ポケモンのリーダー的存在。その為、中間進化系というのもあって中々の実力を持っている。
オリジナル
本作で独自にゲットしたポケモンの一覧。DP最終話から本編までの3ヶ月間で仲間に加わった者と、アニメBWではゲットしていないが今作ではゲットしたポケモンを記載する。
エーフィ♀
特性：マジックミラー
持ち物：なし
技：イコキネシス/光の壁/リフレクター/欠伸/マジカルシャイン/シャドーボール/瞑想/朝の陽ざし/自己暗示
イーブイの時、隠れ特性を持っているという理由でポケモンハンターに密漁されかけた。その際に、サトシとピカチュウに救出された(親や兄妹もいたが、全員殺されてしまった)。それ故か、自分を助けてくれたサトシ以外の人間は全く信用していない。但し、健康診断等を行う関係上、オーキド博士やケンジに対しては触らせる事を許可している。シゲルのブラッキーとは親密な関係にある。
バシャーモ♀
特性：加速
持ち物：マゴの実
技：影分身/バトンタッチ/身代わり/火炎放射
本編開始前の3ヶ月の修行の間にゲット。生まれつき左足が不自由で、生来の気の弱い性格も相まってサトシ以前のトレーナー達の元ではバトルに中々勝てなかった。雑魚のレッテルを張られた挙句にリンチされ、ポケモンレンジャーに保護された経歴を持つ。
現在はリハビリによって左足の件は大幅に改善された。サトシのポケモンでは珍しく、サポートをするのが得意。主にジュカインとラグラージのパワーアップを行う。
ラグラージ♂
特性：激流
持ち物：なし
技：アクアテール/冷凍パンチ/地震/アームハンマー/ストーンエッジ/カウンター
レイジから受け取った孵化余りのタマゴから孵した。サトシが重量級ポケモンのバトルのやり方を本格的に視野に入れるきっかけを作ったポケモン。サポートに特化したバシャーモと良くタッグを組む。
エンペルト♀
特性：激流
持ち物：なし
技：ラスターカノン/ハイドロポンプ/冷凍ビーム/高速移動/ハイドロカノン
色違いの個体。シンオウより北にある、ポッチャマ系統の群れの出身。ポッチャマの頃からプライドがそれほど高くなく、協調性がある、色違いという性質の所為で群れから迫害されたうえに追放されてしまった。各地を彷徨い、マサラタウン近くで餓死寸前の所をサトシとドダイトスとゴウカザルに救出され、ゲットされた。ベイリーフ、バシャーモとは仲良し。
ペンドラー♂
特性：加速
持ち物：なし
技：鉄壁/毒々/アイアンテール/ベノムトラップ/メガホーン/ロッククライム/ポイズンテール/バトンタッチ
クルミル同様、ヤグルマの森でゲット。元は、フシデ系統の群れのボスを務めていた。その為、ゲットした時点でもかなりの強さを持っている。縄張りに入って来た侵入者であるサトシに襲い掛かるなど獰猛な一面を見せるも、ゲット後は普通に忠実。攻撃技を持っているものの、どちらかと言えば味方のステータスを上げる方が得意。
モノズ♀
特性：張り切り
持ち物：なし
技：悪の波導/大地の力/竜の息吹/電撃波/ハイパーボイス/流星群/奮い立てる/諸刃の頭突き
色違いの個体で、元はアイリスのポケモン。だが、アイリスの言う事は全く聞いていない(これは、ドリュウズやエモンガも同様)。実はモンスターボール越しにサトシのフカマルの事を見ており、羨ましがっていた。それと同時に、フカマルの事が好きになった為、アイリスの拘束後はサトシのポケモンになる。流星群を練習しているが、失敗して唯の流星になり、何故かそれは全てミジュマルに向かって飛んでいく。ホモドエジムでヤーコンとバトルしている時に流星群が完成した。
ユニラン→ダブラン→ランクルス♀
特性：防塵
持ち物：なし
技：サイコキネシス/シグナルビーム/自己再生
色違いの個体。元は、ヒウンシティに住んでいたイタズラ者。ズルッグとのバトルでゲットされる道を選んだ。メタな事を言うと、BWをプレイしていた時に色違いが出て来たので、その思い出補正で今作のサトシのポケモンとして登場させた。ライモンシティに到着するまでの間にダブランに進化し、N戦やライモンジムでも活躍した。その後、フキヨセジムのトリプルバトル時に最終進化。
ゲンガー♂
特性：浮遊
持ち物：なし
技：マジカルシャイン/毒々/ヘドロ爆弾/シャドーボール/催眠術/夢喰い/悪の波導/祟り目/恨み/呪い/10万ボルト/気合球/エナジーボール/凍える風
カントー地方(1回目)を旅した時に付いて来て、ジム戦後にナツメに引き取られたゴーストと同一の個体。ポケウッドの女優としてイッシュにやって来たナツメからサトシに託された。イタズラ好きなのは相変わらずで、同じ性格のオニゴーリともすぐさま意気投合した。流石に、サトシのトレーナーとしての実力が大幅に上昇しているのもあって、彼に対しては比較的忠実になり、多少の落ち着きも身に着けた。
因みに、交換しないと進化しない筈だが、オーキド博士は『サトシに付いて来た時点で、ゲットはしなくても彼のポケモンと見なされ、その段階でナツメの所に行った事で交換したとされ、進化の条件が満たされた』という仮説を立てている。
ラティアス♀
特性：浮遊
持ち物：ラティアスナイト
技：瞑想/自己再生/願い事/ミラータイプ/不意打ち/リフレクター/光の壁/電磁波/冷凍ビーム/10万ボルト/竜の波導/流星群/サイコキネシス/鋼の翼/エナジーボール/追い風/サイコショック/波乗り/草結び/目覚めるパワー(炎)
アルトマーレの守護神。他にもラティオスやラティアスがやって来た事、サトシと一緒に行きたいという希望もあって、カノンから託された。この時、プレミアボールに入っていた。いつの間にかラティアスナイトを所持しており、メガシンカが可能。テレパシーで会話する。また、人間にも変身可能で、カノンのみならず、ポケスペで見せた擬人化形態も見せる。バトルは好まない(最低限自衛の為の特訓はする)為、研究所にいる時はアララギ博士やシゲルの手伝いを人間形態で行っている。
コマタナ→キリキザン♂
特性：負けん気
持ち物：気合のタスキ
技：不意打ち/アイアンヘッド/ハサミギロチン/ローキック/けたぐり/リベンジ/ストーンエッジ/サイコカッター/ダブルチョップ/メタルバースト/追い打ち/辻斬り/叩き落とす/ダメ押し/地獄突き/鉄壁/剣の舞/電磁波/挑発/ステルスロック/敵討ち/研ぎ澄ます
ミロス島で孤高に振る舞っていたが、別個体の同族にリンチされていた所をサトシとピカチュウに助けられたため、その恩義に報いるべく電気石の洞穴にて加入。サトシを様付けしており、彼の命令とあらば他者を殺める事も厭わない程の忠誠心を持つ。
また、野生時代に悪タイプの技を封じられた時に備えて超感覚のスキルを編み出しており、これを以ってゴーストタイプ相手にもノーマルや格闘技をデフォルト且つ急所有りで攻撃を行える様にしている。
オーキド研究所からの応援組
イッシュリーグ優勝を目指し、アララギ博士に預けているボックスメンバーを強くするべく、サトシが呼び寄せた助っ人ポケモン達。今作の主な活躍はイッシュでサトシがゲットした後輩達に譲っている為、出番は少ないが、イッシュのトレーナーが対抗するには少なくとも四天王相当の実力を持っていないと太刀打ち出来ない。
カビゴン♂
特性：厚い脂肪
持ち物：食べ残し
技：冷凍パンチ/破壊光線/眠る/守/圧し掛かり/ギガインパクト
オレンジ諸島出身。見た目の割に素早く、バタフライも出来ると言うチート。ピカチュウ、リザードンに並ぶ最強ポケモン候補ともされている。主に後輩たちの技受けをし、ダメだったところを指摘する役に徹する。
ヘラクロス♂
特性：根性
持ち物：カムラの実
技：角で突く/メガホーン/寝言/気合いパンチ/破壊光線/堪える/起死回生
ジョウトでサトシが最初にゲットした。虫タイプの中では最強とも言われている。また、見た目がしっかりしている為か、虫タイプのポケモンがダメなカスミでも平気。アララギ研究所では、主にクルミル、ズルッグの面倒を見ている。
ジュカイン♂
特性：深緑
持ち物：なし
技：エナジーボール/電光石火/叩く/リーフブレード/ソーラービーム/高速移動/リーフストーム/宿り木の種/身代わり/雷パンチ/気合球/日本晴れ/光合成/竜の波導/地震/岩雪崩/守る
AGにおけるエース。シンオウリーグでは、タクトのダークライを倒した実績がある(伝説のポケモンを倒したサトシのポケモンは、彼以外にはリザードンとピカチュウもいる)。また、瞬間的なスピードは、スピードフォルムのデオキシスに匹敵する。ゴウカザルと練習試合をしょっちゅうやっており、最近はカビゴンやリザードンを倒す事を目標にしている。
オニゴーリ♂
特性：精神力
持ち物：なし
技：冷凍ビーム/凍える風/頭突き/影分身/絶対零度/フリーズドライ/噛み砕く
サトシがAGでゲットしたポケモンの中では、強い部類に入る。今のところ、進化してからは公式戦では無敗となっている。普段はイタズラ好き且つ陽気だが、アイリスがキバゴを強くする為に虐待をしていた時は流石に怒っていた。
ドダイトス♂
特性：深緑
持ち物：なし
技：光合成/エナジーボール/ロッククライム/リーフストーム/地震/ウッドハンマー/噛み砕く/ストーンエッジ/ロックカット/呪い
ナエトル時代はスピードをウリにしたバトルをしていたが、ハヤシガメ以降はパワーを生かしたバトルにシフトチェンジ。今作のサトシは、苦手分野だった重量級のバトルを実戦レベルでこなせる様になったため、勝率は少しずつ上がっていっている。
ゴウカザル♂
特性：猛火
持ち物：なし
技：火炎放射/穴を掘る/マッハパンチ/フレアドライブ/トンボ返り/猫騙し/岩雪崩/ダストシュート
元はシンジのポケモンだったDPにおけるエース。業火とも言える強力な猛火の特性を持つ。サトシにゲットされた経緯こそリザードンに似ているものの、ダイスケを拒絶したリザードンと異なり、最終的にシンジと認め合った。
リザードン♂
特性：猛火←→硬い爪
持ち物：リザードナイトX
技：火炎放射/切り裂く/翼で撃つ/ドラゴンテール/地球投げ/鋼の翼/オーバーヒート/逆鱗/竜の舞/炎のパンチ/雷パンチ/気合いパンチ/シャドークロー/ソーラービーム/フレアドライブ/ブラストバーン
ピカチュウと双璧を成す実力者。つい最近、炎の究極技『ブラストバーン』習得した。現在はリザフィックバレーで修行中。だが、今回はイッシュでサトシがゲットしたポケモン達が彼らだけで優勝出来る様にするべく、アララギ研究所に出張に来た。この時、シンジがボールを持っていた。シューティーに絡まれた際に出されたが、シンジがトレーナーとして優秀な為、難無く言う事を聞いている。相手からすれば、サトシとは別ベクトルで悪夢の組み合わせである。
ミロス島で起こったアイリス戦で、初めてメガリザードンXにメガシンカした。