特徴としては、殆どイッシュのポケモンで構成されている。ただ、トウヤの父はカントー出身なので、他地方のポケモンが僅かながらにいる。
サンダース♂
特性：蓄電
持ち物：光の粘土
技：電撃波/放電/ボルトチェンジ/シグナルビーム/目覚めるパワー(草)/ハイパーボイス/毒々/身代わり/高速移動/電磁浮遊/影分身/光の壁/電磁波/バトンタッチ
トウヤの幼馴染ポケモン。トウヤのポケモンのリーダー格。トウヤが8歳の時、カントーに単身赴任している父の元へ行った時に出会ったイーブイが進化したもの。サトシのピカチュウよりもパワーとスピードに優れる反面、小回りや機動力に関しては劣っている。
ポカブ→チャオブー→エンブオー♂
特性：猛火
持ち物：気合のハチマキ
技：火炎放射/瓦割り/熱湯/岩石封じ/雷パンチ
トウヤが旅立ちの際に、アララギ博士から貰ったポケモン。シューティーのツタージャと、サトシのミジュマルとは同期。のんびり屋で気が優しく、力持ち。サトシがゲットした個体と比べてパワーに優れる。因みに、エンブオーの時でないと覚えられない熱湯を、ポカブの頃から使用可能。
9話でチャオブーに、24話でエンブオーに最終進化する。
ワシボン→ウォーグル♂
特性：負けん気
持ち物：無し
技：馬鹿力/鋼の翼/岩雪崩/フリーウォール/ブレイブバード
何故か1番道路に生息していた。本来の生息地ではない為に敵が多かったが、実力だけは反則的に高かったので、他のポケモン達は迂闊な事が出来なかった。トウヤにゲットされてからは、凶暴な性格は鳴りを潜めて行った。14話にて、ウォーグルに進化。サトシのマメパト(現ハトーボー)とは、ライバルであると同時に良くタッグを組む関係である。パワー、タフネス、テクニック、スタミナは勝っているが、スピードは劣る。
ミジュマル→フタチマル♀
特性：激流
持ち物：無し
技：リベンジ/シェルブレード/秘密の力
夢の跡地で、ポケモンやトレーナー狩りをやっていた。生まれつき、ホタチを2枚持っている。進化してからは3枚になり、三刀流戦法を取る様になった。シューティーもゲットしようとしたが、余りの強さに手持ちポケモンが全滅してしまい、諦めてプルリルに代えた。どうやらプラズマ団に対して恨みがあるらしく、実際団員の腕を切り落とした。
女である事を捨てたらしく、顔の至る所に傷跡を残している。
モンメン→エルフーン♀
特性：すり抜け
持ち物：無し
技：エナジーボール/メガドレイン/マジカルシャイン/甘える/綿胞子/コットンガード/ムーンフォース
スカイアローブリッジでゲット。バルチャイに襲われていたが、トウヤに救われ、彼を気に入った。草タイプだけでなく、フェアリータイプの技を覚えている。
カベルネの手で強制的に進化させられ、草タイプの技が著しく弱体化してしまった。その為、補助技やフェアリー技を主軸にした戦い方にシフトチェンジした。
ダストダス♂
特性：誘爆
持ち物：なし
技：圧し掛かり/ダストシュート/毒々/リサイクル/ドレインパンチ/地団太
ヒウンシティのゴミを求めにやって来たヤブクロン系統のボス。サトシとトウヤのポケモン達の連携の前に敗れ去り、トウヤにゲットされた。攻撃のリーチが長い。
キバゴ→オノンド→オノノクス♂
特性：型破り
持ち物：竜の牙
技：竜の怒り/ドラゴンクロー/アイアンテール/剣の舞/逆鱗/切り裂く
元はアイリスのポケモン。死にかけの所をトウヤに救われ、アイリスの逮捕後はトウヤのポケモンとなった。生まれたてではあるが、ゲーム的に言えば6Vの個体値を持っており、戦闘センスは極めて高い。
キバゴの時は素直にトウヤの言う事を聞いていたが、オノンドに進化した瞬間反抗期と化した。後にミロス島でオノノクスに進化したが、益々手が付けられなくなってしまった。
シンボラー♀
特性：色眼鏡
持ち物：なし
技：サイコショック/エアスラッシュ/熱風/冷凍ビーム/シャドーボール/エナジーボール
リゾートデザートでゲット。典型的な特殊アタッカー。無口且つポーカーフェイスだが、トウヤに対する忠誠心は比較的高い。
ランドロス♂
特性：力ずく←→威嚇
持ち物：なし
技：破壊光線/ギガインパクト/砂嵐/馬鹿力/岩雪崩/地震/アームハンマー/剣の舞/神通力/地割れ/ストーンエッジ/叩き落とす/ロックカット/大地の力/サイコキネシス/アイアンテール/逆鱗/気合球/草結び/ヘドロウェーブ
ミロス島の守護神だったが、今作開始前の7年前からトウヤと面識があった。イッシュを出て世界中を旅しており、見聞を広めていた。トルネロスとボルトロスを止める為に召喚され、その際にトウヤの手持ちに加わった。
伝説のポケモンだけあって、トウヤの他のポケモンとは一線を画す実力を持つ。トウヤに使役されるポケモンと言うよりは、寧ろ彼を支える保護者に近いポジション。
メイのキープポケモン
エモンガ♀
特性：静電気
持ち物：なし
技：目覚めるパワー/エアスラッシュ/メロメロ/ボルトチェンジ/放電/甘える/欲しがる
キバゴ同様、元はアイリスのポケモン。キープという形でメイがボールごと所持しているが、名目上はトウヤのポケモンな為、ここに記載。元々はお調子者だったが、メイ達の仲間に加わってからは、躾をされたのかある程度は礼儀を弁える様になった。アイリスの指示は全く受け付けないが、メイの指示は素直に聞いている辺り、2人のトレーナーとしての実力差が露骨に浮き彫りとなっている。
バトルは面倒臭いと思っている反面、サトシ達に煽てられてやる気を出す事が多々あり、実力も平均以上となっている。その一方で、サトシから聞いたポケモンコンテストに強い興味を示している。
ビクティニ
特性：勝利の星
持ち物：なし
技：ニトロチャージ/思念の頭突き/瓦割り/蜻蛉帰り電光石火/火炎弾/サイコキネシス/エナジーボール/シャドーボール/気合球/マジカルシャイン/鬼火/電磁波/雷撃/青い炎/凍える世界/Vジェネレート
リバティガーデン島にいたが、そこで起こったプラズマ団騒動の後、メイに懐いた為、サトシ一行に加わる。過去にイッシュのドラゴンと関わりがあったのか、威力こそ低いが(それでも通常のポケモンにとっては大きなダメージになる)彼らの専用技を使う事が可能。
知能が高く、トウヤやサトシ等のメイと親しい人間にも懐いており、必要だと判断すれば彼らの指示にも迷わず従う。