翌朝シンジ達は四人で食卓を囲んでいた。
「…おいしい」
「そうよね～シンジはやっぱり料理うまいよね～」
「さすがだね♪お父さん♪」
そこでシンジの料理を食べたレイ、マナ、サキは次々にシンジの料理に好評を出した。そして朝食を食べ終わるとシンジとレイとマナは中学校に向かいサキは国連軍基地開発部に向かった。
～第壱中学校～
第壱中学校に着くとシンジはレイに先に教室に行くように伝えた。
「レイ、先に教室に行っといてくれないか？僕とマナは先に職員室に向かわなきゃいけないから」
「うん、先に行ってるね♪」
そう言うとシンジとマナは職員室に向い、レイは教室に向かった。
2-A教
「おはよう、綾波さん」
「おはよう」
「「「「「!?」」」」」
教室にレイが入ると女子の一人が挨拶をした。それをレイは挨拶で返すとクラス全員が驚いた。なぜならレイが口を開く事がめったにない人物だったからだった。そしてレイが席に着くとクラスは元に戻った。
「そういえばトウジ、転校生が来るらしいよ」
と眼鏡をかけた少年 相田ケンスケが黒いジャージを着た少年、鈴原サクラの兄 鈴原トウジに話しかけた。
「転校生なぁ～この時期に珍しいな」
と素っ気ない言葉をトウジは返した。そしてしばらくするとチャイムが鳴って先生が入ってきた。
「諸君！喜べ！男子と女子の転校生だ！」
先生がそう言うと教室にシンジとマナは入り自己紹介を始めた。
「第二東京から仕事の都合上転校してきました碇シンジです。趣味は料理です」
「シンジと同じで第二東京から仕事の都合上転校してきました。霧島マナです」
そして二人が自己紹介を終えるとシンジとマナは席に着いた。そして一限目の授業が始まった。授業が始まってしばらくするとシンジのパソコンにメールが来た。
≪碇君が昨日のロボットのパイロットY/N≫
(機密じゃないのか？まぁ、YESっと)
「「「「「「「「えぇぇぇぇぇぇ～～！！」」」」」」」」
シンジが正直に返信すると教室が揺れた。 そしてその放課後トウジはケンスケとシンジを学校の屋上に連れて行った。そこでトウジはシンジに妹を助けたことについて礼を言った。
「妹を助けてくれてホンマありがとう！」
「トウジ、僕の友達になってくれない？」
「ああ、もちろんや！センセと呼ばせてくれ！」
「う、うんいいよ。よろしくね。」
「ケンスケも友達になってくれない？」
「よろしくね碇」
その出来事から一週間後の同時刻の授業中に緊急の警報が発令された