シンジは第壱中学校に転校してから数日たつとクラスの人気者になった。ある日の体育のサッカーの時に司令塔として活躍し、イナズマイレブンの技を打ち込んだからだった。
そしてシンジが転校してきてから一週間後の授業中にマナの携帯が鳴った。
「シンジ！レイ！目標が接近中らしいわ！」
「了解！」
「わかったわ」
そう言うとシンジ、レイはネルフに向かい、マナはシンジに言われた通りに基地に向かった。
ネルフ発令所
シンジはネルフに着くとプラグスーツに着替えエヴァンゲリオンに乗り込んでいた。そこにミサトから通信が入った。
『シンジ君、発進準備いいかしら？』
「葛城一尉、使用可能武器は何が有りますか？」
『使用武器？使用可能はプログレッシブナイフとパレットライフルよ』
「わかりました。それと発進準備は出来ました」
『了解よ。エヴァ初号機、発進！』
そう言うと通信が切れとエヴァンゲリオン初号機が発進された。
「シャムシャエル…君に恨みは無いが…！」
初号機はシャムシャエルに向かってパレットライフルを撃つ。パレットライフルの弾はシャムシャエルに向かって発射された。すると煙が立ちシャムシャエルが見えなくなった。
「なっ‼」
「うわぁ～～！！」
煙が立ってすぐに煙の中からシャムシャエルのムチが急に出現し初号機の腕を掴むと後ろにあった山に叩きつけられた。すぐにシンジは山を見回しトウジとケンスケを探した。そしてトウジとケンスケは初号機が手をついた所のちかくに居た。
(この山は‼トウジとケンスケはどこにいる！)
「見つけた！」
トウジとケンスケを見つけたシンジはシャムシャエルを蹴り遠くに飛ばすとマナに通信をいれてトウジとケンスケをモビルスーツで助けるように伝えた。マナは使徒戦が行われている所の上空にミラージュコロイドを展開していた国連軍第23特務隊ヴァールハイト旗艦[ミネルバ]で待機していたのだ。
「マナ！そこの山にトウジとケンスケが居るからモビルスーツで助けてミネルバに運んで離脱しろ！」
「合点承知！」
「トウジ！ケンスケ！さっさと乗れ！」
「霧島？」
「霧島か！助かった！」
そう言うとトウジとケンスケはマナのセイバーに乗り込みミネルバに帰還するとミネルバは戦域から離脱した。離脱したのを確認するとミサトから通信が入った。
『シンジ君！何かってなことしてるの！』
「人命救助は我々国連軍の仕事だ！」
しかしシンジはミサトに怒鳴り通信を切った。するとシンジは機体を操作しGガンダムのドモンの格好を取った。