ネルフ本部
ネルフはエヴァンゲリオン初号機の起動シークエンスを準備していた。
（人類補完計画どうやって潰そうかな～）
シンジはそういうことを考えながらエントリープラグの中にいた。すると伊吹マヤ二尉達オペレーターが発進シークエンスを開始し出した。
『冷却完了‼ケイジ内 すべてドッキング位置』
『パイロット……エントリープラグ内コックピット位置に着きました！』
『プラグ固定終了‼』
『第一次接続開始‼』
『エントリープラグ注水！』
エントリープラグの中にLCLが注水し始めると発令所のリツコから通信が入る。しかしシンジに焦りの様子はない。
『その液体はLCLと言って肺がLCLに満たされると直接酸素を取り込んでくれるわ』
「う～んいいですね。血の味がして♪」
シンジの呟きに発令所が静まり返った。しかしすぐに
ハッ と元に戻り発進シークエンスを再開した。
『し、主電源接続、全回路動力伝達、起動スタート‼』
『神経接続異常なし、初期コンタクトすべて問題なし』
『双方向回線開きます！』
『シンクロ率、はっ、86.7％！』
双方向回線が開かれ、出てきたシンクロ率にとリツコは驚きの表情を出した。
「凄いわね、訓練なしに80％台なんて」
「エヴァンゲリオン発進準備！」
その掛け声で機体のロックが外されていく。しばらくすると完了したと通信が入った。
「発進準備完了！」
「碇司令！構いませんね？」
「ああ、使徒を倒さぬ限り我々に未来はない」
ミサトは振り返りゲンドウに発進許可を取ると前を向きエヴァンゲリオン初号機を発進をさせた。そして地上に出るとサキエルから5kmの距離に射出された。そしてシンジは辺りを見回してトウジの妹を探して発見するとミサトに通信を入れた。
（たしかトウジの妹は～と……いた！）
「葛城一尉！前方二時の方向300M先のビルの下に人が居ます！確保しましたからどこに向かえばいいですか？」
『なんですって‼そこから後方100Mのビルの下の所に保安部を向かわせるわ！』
そう通信をいれてトウジの妹を保安部が居るところに運ぶとトウジの妹を保安部が保護して行った。それを確認するとサキエルはあと2kmというところまで来ていた。そしてシンジはミサトに通信を入れて武器を聞き出して攻撃に入り素早くシンジはサキエルに接近してコアを一度強く殴ると空中高く蹴り上げた。
「テヤッ!!」
するとサキエルは空中で爆散し、消え伏せた。しかしエントリープラグの中でシンジはスーパーボールくらいの赤い玉を握っていた。それはサキエルのコアだった。シンジはそのコアを異空間にしまうと疲れ過ぎて意識を失った。