司令室を出たシンジはミサトにある質問をした。
「ミサトさん？」
「は、はい！なんでしょうか！」
「普通でいいですよ？それよりもレイと使徒戦の時の女の子の病室ってどこですか？」
「わ、わかったわ。レイは201室で使徒戦の時の女の子は鈴原サクラと言って356室に居るわ。…会いに行くの？」
「ええ、その前に発令所の人たちに挨拶をしようかと思いまして」
そうしてシンジとミサトは発令所に向かった。発令所に入るなり発令所要員全員が固まったがシンジが普通で。と言ったため普通に自己紹介をした。
「僕は国連軍総司令兼国連軍総司令部所属、第23特務隊ヴァールハイト隊長を勤めている碇シンジ大将です。国連軍から“協力者”としてエヴァンゲリオン初号機のパイロットをすることになったからよろしくお願いします。…あ、あと重要な時以外は堅苦しいのは無しでシンジでお願いします。」
「わ、私は技術部所属の伊吹マヤ二尉です。よろしくね、シンジ君」
「僕は第一作戦部所属の日向マコト二尉です。よろしく。」
「青葉シゲル二尉だよ、これからよろしくシンジ君」
自己紹介が終わるとシンジは何処かに電話をして迎えを呼んでミサトに地上に連れて行ってもらうように頼み地上に向かった。
「ミサトさん、迎えが来ますから地上に連れて行ってもらえますか？あと国連軍機が一機自動飛行で来ますから気にしないでくださいね」
「わ、わかったわ。着いてきて」
数十分後地上に居るとシンジの専用機[セイバーガンダムMk-Ⅱ]が飛行変形してやって来て人型に変形してシンジの目の前に降り立った。
「こ、これは?!」
「これは僕の専用機ZGMF-X23S-Ⅱ[セイバーガンダムMk-Ⅱ]ですよミサトさん。それじゃあ僕はレイと鈴原サクラちゃんのお見舞いしてから一旦基地に戻って用意を持って来ますよ。自分で用意した家に帰ります。あ、そうそう、僕の家はミサトさんの家の横の部屋なんでよろしくお願いしますね」
「ええ、よろしくね。シンジ君」
ミサトに近所の挨拶を済ますとシンジは[セイバーガンダムMk-Ⅱ]に乗り込みレイとサクラのお見舞いに向かった。
サクラの病室
シンジはサクラの病室に入ると笑顔で自分がエヴァンゲリオンのパイロットだったことを教えた。
「やぁ、鈴原サクラちゃん。怪我は大丈夫かい？」細く微笑む
（バカ兄貴見たいじゃなくてカッコいいな人だな～）
「は、はい。所で貴方は？」
「僕はシンジと言って君を助けたロボットのパイロットだよ」
「あ、ありがとうございました！」
「うん♪どういたしまして♪あ、そうだ、怪我した所見せてみて、治してあげるよ」（満面の笑み
（な、なんて可愛い笑顔なの！バカ兄貴とは違うわ！）
そう言ってサクラはシンジに怪我した所を見せた。サクラは逃げる途中で階段を踏み外して落ちたため足と腕を骨折していたのだった。シンジはそれを治癒能力で治した。それを見たサクラは驚きで一杯だった。
「はい、治ったよ」
「はえ?!あ、ほんとだありがとうございます！けどどうやって治したんですか？」
「僕の能力という奴かな？なぜか最近出てきてね。便利でしょ」
それからしばらくサクラと話したシンジはレイのお見舞いをするためにレイの病室に向かう用意を始めた。
「そろそろ僕は行くよ」
「また、会えますかね？」
「わからないがまた会ったら話をしようね♪」
（その笑顔は反則やで～///）
「は、はい！また！」
そう言ってシンジはサクラの病室を後にした。
レイの病室
レイの病室に入るとレイはシンジに質問をした。
「……誰？」
「僕は碇シンジ、君のお兄ちゃんだよ」
「私に兄なんて居ないわ…私は人形だから……」
「レイは人形なんかじゃない！！！」
シンジはレイの人形という言葉に反応してシンジはレイを抱き締めて否定をした。
「レイは人間だよ！誰が何と言おうともレイは僕の妹だ！」
（なに…この感情は…暖かい……）
そしてシンジがレイを放そうするとレイが引き留めた。
「もうすこしこのままがいい」
「わかったよ」
～そして13分後～
「ありがとうお兄ちゃん(///」
「レイ、僕らと一緒にミサトさんのところで暮らさない？」
シンジはレイに一緒に暮らすか質問した。それに対してレイは嬉しそうに返事をした。
「うん！お兄ちゃんと一緒が良い！」
「じゃあ一緒に来てくれ」
「うん！」
そう言うとシンジはレイを連れてセイバーに乗り込み副官を迎えに行った。
そしてシンジは戦略自衛隊時代からの副官の霧島マナ一佐とレイを連れて部屋に帰った。そして部屋に入るとシンジはサキエルのコアを取り出した。するとコアは光を放ち収まるとそこには14才くらいの一人の女の子がいた。その女の子はサキエルが人になった姿だった。そしてシンジがヴェーダを駆使して碇サキという戸籍を偽造して娘とした。それから四人はご飯を食べると明日に備えて眠むった。
ゼーレ
ゲンドウはゼーレの定例会議に来ていた。そして議長のキール・ローレンツから驚きの言葉を受けた。
「碇…いや六分儀君、ゼーレは人類補完計画を放棄することに決まった」
「な、なぜですか！」
「人類補完計画はサードインパクトを起こして人類を一つに補完するというものだ。だが、死海文書の最後のページが解読されたのだ。そこには人類補完計画を実行すると人類が全滅するとな、それが理由だ」
「左様、人類を補完する。それこそが人類補完計画なのだ。全滅してはもともこもない」
「しかし使徒は倒さねばならん、予算については一考しよう」
「わ、わかりました。」
「「「「「人類の未来の為に」」」」」
ゲンドウが了承した事によりゼーレの会議は終了した。
そして死海文書の最後のページはシンジが解読をしてゼーレに送りつけたものだった。
サキは学校には行かずに国連軍の第23特務隊ヴァールハイト開発部所属として昼間は家の中で研究に没頭しているある意味マッドである。