この回は本作が160話を大きく超え、「流石にこの量を読んで追いつくのはしんどい…」と思っている初見の方向けに作ったあらすじまとめ回です。
プロローグからライオンハート編のこれまでのお話が整理してあるので初見の方はもちろんのこと、長らく読み続けていただいてストーリーがうろ覚えになって来た方でも（多分）安心の内容になってます。
プロローグ
ごくありふれた我々と同じ世界に住む高校二年生の青年、深海悠河はある時電車の脱線事故で命を落とす。しかし彼の御霊は死後の世界に行くことなくとある青髪の女神のもとへ誘われ、仮面ライダースペクターと15の眼魂を授かり、ハイスクールD×Dの世界へ転生することとなる。
しかし、向こうの手違いで15の眼魂はバラバラになり、『紀伊国悠』という事故に遭い昏睡状態に陥っていた青年の体に転生する。己のミスの隠蔽もかねて女神は彼を転生させたため、自身の転生に関する事情を隠さねばならない悠河は『紀伊国悠』として新たな人生を歩むこととなる。
彼の友人である『天王寺飛鳥』、『上柚木綾瀬』と交友を結び駒王学園へ通い始めたところにこの世界で人知れず存在する堕天使の一人、『ミッテルト』に遭遇。聖書の神が作り人知れず人間に宿る『神器《セイクリッド・ギア》』というアイテムの所有者狩りを目撃したことで命を狙われるも仮面ライダースペクター』に変身し撃破する。しかし、初めての実戦と命を奪った事実にごく一般人の彼の精神は耐え切れなかった。
戦士胎動編《コード･ムーブメント》 第一章 旧校舎のディアボロス
それから一週間、彼の精神は学生生活のなかで一応の落ち着きを取り戻すもそのトラウマに悩まされる日々を送る。そんな中で彼のクラスメイトの一人、『兵藤一誠』に彼女ができる。その事実にうらやましがっていると、彼がデート中の真っ只中に家でくつろいでいたところに発見した何者かが残したメモ書きに不安を覚える。慌てて一誠の元へ向かうと既に一誠は堕天使の一味の一人だった彼の彼女、『レイナーレ』にやはり神器を持っていたという理由で殺害されていた。友を奪われた強烈な復讐心に駆られ、二度目の変身を遂げるも、まだ戦闘経験のないに等しい彼では太刀打ちできず逃がしてしまう。
しかし翌日には殺害されたはずの一誠が生き返っており、何食わぬ顔で教室にいる彼に驚くも純粋にデートを楽しんでもらいたかった彼を騙し、なじったレイナーレへの復讐心をさらに燃やすこととなる。
さらに後日、コブラケータイを駆使し学園の最上級生であり悪魔でもあるリアス・グレモリー率いるオカルト研究部の会話からレイナーレの居場所を掴んだ悠河は早速アジトへ乗り込んでレイナーレと交戦し、これを仕留めるも彼の心にはまたしても命を奪った罪悪感と虚無感しか残らなかった。
その後、事情聴取もかねてリアスに呼び出された悠河は一誠が蘇ったのは『悪魔の駒《イーヴィル・ピース》』と呼ばれるアイテムで人間から悪魔に転生したからだということを知らされる。そして一誠には神器の中でも特に強力な神器、『神滅具《ロンギヌス》』の一つ、『赤龍帝の籠手《ブーステッド・ギア》』が宿っていた。スペクターの力に目をつけたリアスが彼をオカルト研究部並びに自身のグレモリー眷属へ勧誘するも戦いたくない彼はそれを拒否した。
戦士胎動編《コード･ムーブメント》 第二章 戦闘校舎のフェニックス
堕天使たちとの戦いで心に傷を負った悠河は苦しみ続けるが、偶然出会った謎の銀髪の少女、『ポラリス』とのふれあいで心を癒す。
ある日、一誠が悠河の力を見込んで自分たちに助力してほしいと頼み込む。元七十二柱の名家、グレモリー家の次期当主であるリアスが許嫁である同じく元七十二柱のフェニックス家の三男、ライザー・フェニックスとの政略結婚の破棄をかけた戦いへ最初は戦いへの恐れから拒否するも一誠の真っすぐな思いを見て、恐怖を乗り越えて参戦を決意する。
試合に向けて10日間の強化合宿ののち、悠河はハーレム王を目指す学園一の巨乳好き『兵士』の兵藤一誠、レイナーレとの一件を経てグレモリー眷属に加入した心優しきシスター『僧侶』の『アーシア・アルジェント』、学園のマスコット『戦車』の『塔城小猫』、端正なルックスで強い人気を誇る同級生の『騎士』の『木場裕斗』、学園の二大お姉さまの一角『女王』の『姫島朱乃』、そして彼らを率いる『王』のリアス・グレモリーと共に婚約破棄をかけた試合が始まる。
駒王学園を模したフィールドにて、リアスから新たな3つの眼魂を貸し与えられた悠河はそれらと特訓の成果を生かして、仲間と共に次々にライザーの眷属を撃破する。しかし敵も甘くなく、仲間は次々と倒れ行き、ついには敗れればそく試合終了となるリアスにも危機が及ぶも、レイナーレ以上の力を持つライザーへの恐怖を仲間が傷つけられる怒りで一時的に克服した悠河が立ち上がる。
最初はニュートン魂をはじめとする多彩な英雄眼魂の力でライザーを翻弄するが、一瞬のスキを突かれて敗れてしまう。試合に敗北し、婚約破棄が認められなかったことに意気消沈する悠河だったが、魔王ルシファーであるリアスの兄、『サーゼクス・ルシファー』との語らいの中で力と向き合うことを決め、さらにはフーディーニ眼魂も託される。
婚約パーティーに乗り込んできた一誠がライザーに一対一の決闘を申し込む。上級悪魔の圧倒的な力に対抗すべく、左腕を自身の内に宿る赤龍帝ドライグに捧げて力を得た一誠はライザーと互角以上の勝負に持ち込み、最終的にはアーシアの聖水の効果でライザーを弱らせ勝利した。
戦士胎動編《コード・ムーブメント》 第三章 月光校庭のエクスカリバー
ライザーとの一件からしばらくたったある日、悠河は学園の生徒会長もまた『ソーナ・シトリー』という元七十二柱に連なる悪魔であることを知る。
ある日、堕天使の幹部『コカビエル』がキリスト教の3つの宗派がが保管する七つに分かれた聖剣『エクスカリバー』の内の3本を強奪し駒王町に潜伏、それを追うべく同じくエクスカリバーを持つ二人の教会の戦士、『ゼノヴィア』と一誠の幼馴染でもある『紫藤イリナ』がやって来る。悪魔を良しとしない彼女らはグレモリー側に手出し無用と話を通す。しかしエクスカリバーの研究『聖剣計画』の被検体であり多くの同胞の命を奪われ、そこでリアスと出会った過去を持つ木場はエクスカリバーの復讐心に燃え、破壊すべく単独行動を始める。
それを放っておけない一誠はソーナの眷属悪魔である『兵士』の匙元士郎や小猫、さらに悠河と共にゼノヴィアたちへの協力を申し出、木場共に主に無断でエクスカリバー破壊へと動き出す。探索の末、『天閃の聖剣《エクスカリバー・ラピッドリィ》』を握りかつてレイナーレ達堕天使に属した教会の元戦士、『フリード・セルゼン』と交戦し、この事件の背後に木場と因縁深い『聖剣計画』の責任者『バルパー・ガリレイ』がいることを知る。
その夜、事件の黒幕であるコカビエルが動き出し、奪ったエクスカリバーを一つに束ね、そのエネルギーを利用して駒王町をリアス達ごと吹き飛ばそうと画策する。その先の目的がエクスカリバーを奪われた天使陣営、魔王の妹を殺された悪魔をたきつけて戦争を起こすことだと知った悠河たちは駒王学園を舞台にした決戦の場に駆け付ける。
『夢幻《ナイトメア》』『天閃《ラピッドリィ》』『透明《トランスペアレンシー》』さらにイリナから奪った『擬態《ミミック》』の四本を統合したエクスカリバーを操るフリードの力はすさまじく、ゼノヴィアが拾ったムサシ眼魂の力で応戦するもフリードには届かない。
しかし、同胞たちから作った聖剣使いの因子の結晶を手に入れて神器の究極『禁手』に目覚め、魔剣を自在に創造する『魔剣創造《ソード・バース》』から本来ありえない聖剣と魔剣の融合『双覇の聖魔剣《ソード・オブ・ビトレイヤー》』を手にした木場と奥の手である破壊の化身とも呼べる聖剣デュランダルを手にしたゼノヴィア。二人の力にエクスカリバーを砕かれたフリードは敗れ、バルパーはエクスカリバーを作った以上コカビエルに用済みと捨てられて殺されたことで木場は過去との因縁に決着をつけることになる。
残る黒幕、コカビエルとの戦い。堕天使幹部の中で武闘派と名高い彼の力はライザーを凌駕しており、聖魔剣とデュランダルを操るゼノヴィアの力をもってしても倒せない。オオメダマを繰り出してなお無傷のコカビエルに怯えた悠河はいよいよすべてを投げ出して敵前逃亡をしてしまう。しかしそれを許さないポラリスの 咤激励により、悠河は真に自分が戦う理由を見つける。
聖魔剣という本来ありえない減少の理由、聖書の神の死をコカビエルが暴露し、それに深い衝撃を受けて自殺を望んだゼノヴィアを救った悠河は今まで起動できなかったフーディーニ眼魂を起動しフーディーニ魂にチェンジ、強い意志によって凄まじい力を発揮したスペクターはコカビエルを凌駕しついには深手を負わせることに成功する。
赤龍帝と対なす堕天使陣営の神滅具『白龍皇の光翼《ディバイン・ディバイディング》』の所有者『ヴァーリ』がコカビエルを連れ去った後、悠河は自分の行いを謝罪し改めてオカルト研究部の正式なメンバーとなるのだった。しかし、転生悪魔になることだけは魔を嫌う女神アクアの力の影響で叶わなかった。
その一方で家の管理、稽古等の様々なサポートと一誠たちへの将来的な協力の意志を示すポラリスへの恩返しのためにも悠河はレジスタンスにも参加を決意するのだった。そして、街に残ったゼノヴィアはリアスに拾われて半ばやけくそで『騎士』の駒で悪魔へ転生し、悠河の家にホームステイすることとなり二人の大きな戦力をリアスは得るのだった。
死霊強襲編 《コード･アサルト》 第一章 停止教室のヴァンパイア
コカビエルが起こした事件によって均衡を保っていた悪魔、天使、堕天使の三大勢力の関係は大きく揺らぎ、事件の舞台となった駒王町で三勢力の首脳会談が開かれることとなる。それまでの間に街へやって来た神器研究を行う堕天使の組織『神の子を見張る者《グリゴリ》』の総督であり、神器マニアの『アザゼル』とその部下の白龍皇ヴァーリが一誠に接触する。
これまでの戦いによりリアスたちの力が増したことで二人目の『僧侶』である吸血鬼の『ギャスパー・ヴラディ』の解放がサーゼクスより許可されるも、引きこもりがちであり視界に収めたものを停止する神器『停止世界の邪眼《フォービトゥン・バロール・ビュー》』を恐れる彼はリアスの意に反して表に出ようとしない。しかし、かつての悠河のように己の力を恐れるギャスパーに一誠と悠河は真摯に向き合い、勇気づけることに成功する。
その裏でゼノヴィアも己の人生を全く正反対にした選択に悩むが、同居する悠河
感動の余韻も冷めぬまま、なんと天界のトップ『ミカエル』が来訪し、グレモリーの協力者という曖昧な立場を改め正式に天界陣営に来ないかというスカウトを受ける悠河はすぐには答えを出せなかった。
そして来る日、駒王学園にて開かれた首脳陣が参加する駒王会談。ミカエル、サーゼクス、さらにソーナの姉でもある同じく魔王の『セラフォルー・レヴィアタン』、そしてアザゼル達の話し合いは円滑に進み、本題である2名の四大セラフと四大魔王、そして聖書の神を失った過去の戦争により疲弊し、種族の危機の現状を憂いての和平協定に踏み込む。
しかし会談の最中、世界最強のドラゴン『無限の龍神《ウロボロス・ドラゴン》オーフィス』を首魁とするテロ組織、『禍の団《カオス・ブリゲート》』が襲撃し、ギャスパーの神器を暴走させたテロを引き起こす。
魔法使いたちと悪魔の現体制に反旗を翻し旧魔王の一族を信奉する『旧魔王派』との戦いの末、ギャスパーの解放に成功するも、ヴァーリは自身がかつての魔王ルシファーの子孫であることを明かし、強者との戦いを求める彼は禍の団への寝返りを宣言する。赤龍帝の一誠、白龍皇のヴァーリ。アザゼルの研究成果によって一時的に禁手を発動する一誠だがルシファーの血を引き才能と経験ともに上のヴァーリには及ばない。
しかし、ヴァーリの放つ『半減』の力によりリアスの巨乳をも半分にされるとアザゼルに吹き込まれた上につまらない人生と断じ、刺激的なものにするために両親を殺害すると宣言したヴァーリに一誠は激昂し、ヴァーリを圧倒するほどの力を発揮して赤いオーラと共に放つ蹴撃『ウェルシュ・レッド・ストライク』を発動させてヴァーリを撃退する。
今回の事件の首謀者であるヴァーリと同じく旧魔王の子孫であり一大派閥、旧魔王派を率いる『カテレア・レヴィアタン』も、五大龍王の一角、『黄金龍君《ギガンティス・ドラゴン》ファーブニル』を封じた人工神器『堕天龍の閃光槍《ダウンフォール・ドラゴン・スピア》』の鎧を纏ったアザゼルが撃破し事件は終息を迎えた。
その後、悠河と一誠のミカエルへの嘆願により、天界のシステムの影響で主に祈りを捧げられなくなった悪魔のゼノヴィアとアーシアは再びお祈りができるようになる。その日、首脳陣たちによって結ばれた『駒王協定』により長らく争い続けてきた三勢力の和平が実現し、悠河は首脳陣直属の部下、『駒王和平協定推進大使』に任命され和平に仇名すテロリストたちへの戦いに身を投じることとなった。
そして後日、駒王学園に教師として勤務することになったアザゼルはオカルト研究部の顧問として未熟なリアスたちを指導することとなる。
死霊強襲編 《コード･アサルト》 第二章 冥界合宿のヘルキャット
7月の夏休みシーズン、一誠の家はグレモリー家によって大豪邸に改築され、リアスは冥界への里帰りに眷属たちと悠河、アザゼルを引き連れる。列車に乗って次元の狭間を超えて冥界へ行き、広大な自然と中世風の街並みに感動する一誠たちはリアスの両親との挨拶を済ませグレモリーの城下町の観光を楽しんだのち、悠河を除いた悪魔組は魔王領にある都市ルシファードにて開かれる勇猛な若手悪魔たちの会合に参加する。
一人留守になった悠河はポラリスの眼魂情報を基にかつて現ウリエルと初代ベルフェゴールの一騎打ちが行われた『魔烈の裂け目』に向かう。そこで謎の悪魔『アルギス・アンドロマリウス』と彼が召喚するガンマイザーに襲われるも、サーゼクスの妻であり『女王』の『グレイフィア』の助けにより難を逃れる。
その戦いにて自身の力不足を痛感した悠河はアザゼルの考案したメニューの元、一誠たちと共に後日のシトリー眷属との試合に向けた強化合宿に参加する。そこで神器や各勢力の様々な知識、堕天使の師のもとで八極拳を身に着け戦闘力を向上させることとなった。
修行から戻って来た悠河は一誠たちと一緒に若手悪魔のパーティーに参加するが、そこに現れたアルギスが魔力を受け付けない大量の土人形と英雄眼魂から生まれ強力な力を持つガンマイザーを召喚しテロを引き起こすも、これらをゼノヴィアたちグレモリー眷属と匙たちシトリー眷属が撃破する。
その裏で猫又の妖怪でも上位に位置する種『猫』と呼ばれる種族だった小猫、その真名の『白音』を連れ去ろうとするヴァーリの仲間である姉の『黒歌』が現れる。かつて力に溺れて暴走し、はぐれ悪魔となった姉に小猫は怯えるも一誠とリアスの活躍により誘拐を防がれ、戦いの最中一誠は見事に真の禁手『赤龍帝の鎧《ブーステッドギア・スケイルメイル》』に覚醒を遂げる。
一方、悠河は事件の黒幕が前世において自分が死ぬ二年前に事故で亡くなった妹、『深海凛』と知るも全くの別人のようになっていた彼女は『仮面ライダーネクロム』に変身し悠河に大ダメージを負わせる。眼魂と命を奪おうとしたところに非常事態と判断し『ヘルブロス』に変身したポラリスが駆け付け、どうにか窮地を逃れる。
目が覚めた悠河はポラリスの部下、『イレブン』に妹の状態を知らされ敵の手から妹を取り返す決意を示すのだった。その裏で旧魔王派にクレプスと名乗る謎の女性が『神祖の仮面』という悪魔社会を大きく揺らがすほどの情報を提供しているとも知らず。
死霊強襲編 《コード･アサルト》 第三章 体育館裏のホーリー
夏休み明け、アーシアのもとに若手悪魔の会合にも参加した現魔王ベルゼブブを輩出した名家アスタロト家の次期当主、『ディオドラ・アスタロト』が現れ連日求婚する。アーシアにとってディオドラは彼を神器で癒したことで教会を追放される原因になった人物だが、アーシアは彼の求婚を拒否し変わらず一誠たちのもとにいることを決める。
さらに、ゼノヴィアの同胞だったイリナが転生天使として駒王町に戻り、駒王学園に一誠たちの同級生として通うことになる。今までいなかった天界陣営のスタッフでもある彼女はリアスたちオカルト研究部に歓迎されるのだった。
夏休みにて大敗を喫したグレモリーVSシトリーの試合に続いて、今度はアスタロトとの試合が行われる。しかし禍の団と手を組んだディオドラは試合開始早々にアーシアを攫ってしまう。眷属でないため試合に参加できない悠河とイリナも旧魔王派の襲撃を受け、ディオドラを追うべく試合のフィールドに侵入するが再びネクロムに変身した凛が悠河の命と眼魂を狙うべく襲い掛かる。キャプテンゴーストの上で行われた戦い、ネクロムの驚異的な力に押される悠河は船諸共ディオドラがリアスたちと相対する宮殿に不時着し、今度はネクロムと組んだディオドラ、悠河とリアスたちグレモリー眷属の対決となる。
激闘の末、ネクロムを撃退しディオドラを下した悠河たちだったがアーシアを捉える結界には細工がされており、アーシアの持つ回復の力を反転させ強力無比なダメージを結界の範囲内にいる者に与える仕様となっていた。結界内に入ったサーゼクスやアザゼルたちVIPの命も危ぶまれる中、一誠は強化合宿で編み出した女性の衣服を手で触れずに破壊する『ドレスブレイク』でアーシアの衣類を巻き込んで結界装置を破壊し、再会を喜ぶのだった。
リアスたちに敗れたディオドラは親類のアジュカと比較され続け、劣等感を抱いた己の心情を吐露し、同じく偉大な魔王の兄を持つリアスに諭されて改心し旧魔王派が追い求める旧魔王の遺産『神祖の仮面』の情報を提供する途中で真の黒幕である旧魔王派のリーダー『シャルバ・ベルゼブブ』に消され、アーシアは一誠をかばって次元の狭間に飛ばされてしまう。
その様を見てアーシアが死んだと思った一誠は暴走、二天龍の究極の力『覇龍《ジャガーノート・ドライブ》』を発動させシャルバを跡形もなく消し飛ばすが命を削るその力は止まらない。しかし次元の狭間でアーシアを救出したヴァーリたちの協力と、一誠の活躍とサーゼクスやアザゼル達の悪ふざけから生まれたグレモリー家のコンテンツ『おっぱいドラゴンの歌』、極めつけにリアスの胸の力で無事に暴走は静まるのだった。
目覚めた一誠は覇龍の強大な力に引き寄せられるように現れたオーフィスと対を成す龍、『赤龍神帝グレートレッド』とそれを観に現れたオーフィスとの邂逅を果たし、二天龍のライバルであるヴァーリといずれは決着をつける約束を結んだ。その裏でシャルバというリーダーを失った旧魔王派は『クルゼレイ・アスモデウス』の指導の下、神祖の仮面の収集に注力し水面下での活動を行うこととなった。
死霊強襲編 《コード･アサルト》 第四章 放課後のラグナロク
アスタロト戦での約束で一誠とのデートを楽しむ朱乃は日本神話の神々との会談で来日した北欧神話の主神『オーディン』とその護衛についていた堕天使幹部の父『バラキエル』と再会する。母の『姫島朱璃』を守れなかったバラキエルを恨む朱乃は父に敵意を向け距離を置いていた。
同じく護衛任務にあたることとなった一誠たちの前に北欧神話の悪神『ロキ』がユグドラシルの力を手にし、和平路線を推し進めるオーディンを打ち倒して鎖国、革命を成し遂げんと最恐の魔獣フェンリルを引き連れて現れる。あらゆるオーラや魔力を吸収し、その叡智で多彩な魔法を繰り出すロキに苦戦するがオーディンのグングニルの攻撃とヴァーリの参戦により一時的に撃退することに成功する。
強者との戦いを追い求めるヴァーリチームは協力を申し出、さらにはロキの力をイレギュラーと判断したポラリスも素性を隠して一誠たちと共にロキと戦うことになる。ポラリスを怪しむリアスたちだったが、ポラリスは特異点の情報を提供、さらに悠河を助けてきたことを明かしてある程度の信頼を得ることとなる。さらには戦後、ディンギルについての情報提供も約束した。
これまでの戦いで傷つきながらも無茶を続け戦い、自分を救ってきた悠河にゼノヴィアは自らの内に恋心があることを自覚し、悠河を引き止めようとするが、転生やレジスタンスの事情を隠して仲間に嘘をついてきた悠河には戦って仲間を救う以外に自分が一誠たちの仲間である資格を持ち続ける方法はないと断じ戦う覚悟を決める。
オーディンと日本神話との会談当日、会場にロキが現れるが転移結界を発動させて戦いの舞台を冥界に移す。かくしてロキとフェンリルに加えロキがユグドラシルの力で生み出した人工生命体『プラセクト』との大群との決戦が始まる。それらをポラリスや夏の修行で一誠の世話をした今回の戦いに加わった『龍王タンニーン』も加わり、一気に軍勢を蹴散らす。
超回復と叡智をもたらすユグドラシルの腕を破壊するにはオーディンから託された一誠が持つ『雷神トール』のミョルニルのレプリカと、悠河に託されたグングニルのレプリカが真の力を発揮するほかない。しかし力を引き出しきれない一誠と悠河、ヴァーリはフェンリルとロキの驚異的な力の前に屈し、さらには悠河はロキの力で変身不能にされてしまう。
ヴァーリが決死の覇龍を発動させてフェンリルを道連れに消えるも、ロキはフェンリルの新たなクローンを召喚。ゼノヴィアが悠河を守りに入るが、非力にも悠河の目の前で殺害される。しかし、助っ人として駆け付けた最強の四大セラフ、ウリエルが時空間を操る力でゼノヴィアを生き返らせクローンを瞬殺するのだった。
一度はゼノヴィアの死を目の当たりにしたことで折れかかっていた戦意が息を吹き返し、生身で悠河は一誠たちと共にロキと戦う。その最中、突如飛来した光が生み出す精神空間で悠河たちは悠河を転生させた女神アクアの仲間である謎のドラゴンと邂逅し、悠河は転生に関する事情を打ち明ける。それでもこれまでともに同じ時間を過ごし、戦い抜いてきた仲間を受け入れてくれたリアスたちに悠河の心の迷いは張れる。
そして謎のドラゴンが送った15の眼魂の力を一つにするアイテム『プライムトリガー』により悠河は『仮面ライダープライムスペクター』へと進化を遂げ、凄まじい負担を強いるもその驚異的な力でロキを圧倒する。そこにグリゴリの実験で複数の同系統神器を移植されて内に眠る龍王ヴリトラの意識が覚醒し、龍王化した匙の助力でロキの動きを封じ、一誠と悠河はミョルニルとグングニルの力でロキを倒すことに成功するのだった。
戦いの後、裏でポラリスと交戦していたネクロムがいくつかの眼魂とユグドラシルの腕を回収しいずこかへ去る。悠河は肉体の主である紀伊国悠ではない自分の真の名を名乗り、戦いを生き抜いたポラリスはリアスと握手を交わし今後の協力を約束するのだった。
後日、レジスタンスのアジトで行われる会議に招かれた悠河だがゼノヴィアもうっかりついてきてしまい、全てを知ったゼノヴィアは悠河だけに背負わせないと自身もレジスタンスに加わることとなる。
六華閃のレーヴァテインとガルドラボーク、四大セラフといった協力者がそろい踏みした会議にて悠河とゼノヴィアはこれまで戦ってきた凛はレジスタンスの敵である真なる神、『ディンギル』の上位神のアルルが取り憑いていたものだったと知る。『ディンギル』、そして故郷を滅ぼされ異界からやって来たポラリスの過去も知ったことでディンギルを討ち、凛を救う覚悟を固める。
しかし、人間の体に取り憑かないといけないほどに弱体化したアルルをすぐに討つべきだと訴える六華閃と妹を救いたい悠河の意思を尊重するウリエルとラファエルの対立を収めるためにポラリスは10月末までの期限を設け、それまでは悠河に一任し自身も救出に協力する旨を示した。
会議の後、二人きりになり互いの全てを知った悠河とゼノヴィア。妨げるものも迷いもなくなった悠河の告白は受け入れられ、ようやくゼノヴィアと悠河は長い同居を経て結ばれるのだった。
英雄集結編 《コード･アセンブリー》 第一章 修学旅行はパンデモニウム
学園祭が近づき、オカルト研究部もその催し物の準備に取り掛かるころ、悠河の学年は学生の一大イベント、修学旅行で京都に行くこととなった。ゼノヴィア、綾瀬、飛鳥、そして飛鳥にほのかな恋心を抱く同級生の『御影藍那』と班を汲んだ悠河は京都を満喫するも、一緒に行動していた一誠たちの班共々九尾の少女『九重』率いる京都の妖怪たちの襲撃を受ける。
悪魔でも京都勢力に狙われないフリーパス券があるにも拘わらず狙われたのは同時期に京都妖怪の長、九重の母である『八坂』が何者かにさらわれたからであった。襲撃を謝罪した九重の嘆願で、一誠たちは八坂奪還の助力を約束する。
翌日、嵐山の渡月橋にて神滅具の一つ、『絶霧《ディメンション・ロスト》』の力で周囲の空間を精巧にに再現したフィールドに転移させられた一誠と悠河たちは八坂誘拐の犯人、禍の団の派閥『英雄派』のリーダー『曹操』と遭遇する。彼の所有する神器は最強にして始まりの神滅具『黄昏の聖槍《トゥルー・ロンギヌス》』であり、神をも滅ぼす力すら持つ。神器所有者の人間で構成された彼らの目的は強大な力を持つ異形という困難に挑み、打ち破り現代の英雄になることだった。
同じく神滅具の『魔獣創造《アナイアレイション・メーカー》』を操る『レオナルド』、『魔帝剣グラム』を始めとする数多の魔剣を操る幹部の『ジークフリート』、本来は炭素結合を操作して宝石を生み、巨万の富をもたらす能力を戦闘に転用して絶対防御を生み出す『極彩色の宝界《インエグゾースティブル・社員》』を所持する幹部の『信長』、そして『絶霧』を操る幹部の『ゲオルク』といった腕利きぞろいの英雄派の力に圧倒されながらも一誠の指揮とコンビネーション、さらにヴァーリチームの剣士『聖王剣コールブランド』の主の『アーサー・ペンドラゴン』の妹『ルフェイ・ペンドラゴン』と彼女の操る古代兵器『ゴグマゴグ』の介入でどうにか撃退する。
その夜、大規模な実験を行うと宣言した曹操を倒すべく、母親を助け出したい九重を連れて二条城へ向かう悠河たちだったが、途中で絶霧に呑まれ別空間に転移させられてしまう。
孤立した悠河の前に曹操が現れ、悠河を『英雄使い』と呼ぶ彼は同じ人間の強者であるとして悠河を勧誘するも断られてしまう。すぐに交戦し、多種多様な英雄の力を組み合わせて戦う悠河だったが、曹操が一瞬だけ発動させた禁手の前に敗れ、アルルとの取引で曹操に提供されたネクロム眼魂で『ネクロムスペクター』に変身させられ、傀儡にされてしまう。
一方で禁手を発動した構成員たちを倒し、二条城に辿り着いた一誠たち。曹操は八坂と京都のパワースポットの力を利用してグレートレッドをおびき寄せると実験の目的を明かす。
龍王化した匙が曹操に操られた八坂を抑える間、教会が回収した6本のエクスカリバーをデュランダルの鞘にした新武器『エクスデュランダル』を解放したゼノヴィアの一撃を皮切りに、『聖剣創造《ブレード・ブラックスミス》』を操る『ジャンヌ』と『巨人の悪戯《バリアント・デトネイション》』を使う大男『ヘラクレス』を加えた英雄派の幹部たちとの戦いが始まる。
しかし続々と禁手を発動させた幹部たちを太刀打ちできず、敗北の毛色が濃くなったその時、一誠が解放した新しい力によってリアスが召喚され、その乳首を押したことで『騎士』『戦車』『僧侶』3つの駒の力を自在に発動できる新たな力『赤龍帝の三叉成駒《イリーガル・ムーブ・トリアイナ》』に目覚めた。その力に当てられたことで動きを止めたネクロムスペクターのネクロム眼魂をゼノヴィアが取り除いたことで、悠河も正気に戻った。
悠河も英雄の力を絆を結んだ仲間に付与できる『英友装《ヒーローズ・リインフォースメント》』を発動させ、一誠たちと共に曹操たちを逆に圧倒。さらに今回の助っ人で五大龍王『西海龍童 玉龍《ミスチバス・ドラゴン ウーロン》』と共に『初代・孫悟空』が現れ一気に形勢逆転し不利を悟った曹操は一誠の追撃で右目を失いながらも仲間と共に撤退するのだった。
その後、孫悟空と相手の胸の声を聴ける一誠の『乳語翻訳《パイリンガル》』の力を借りて九重は八坂の心を取り戻し、親子は無事再会を遂げるのだった。
英雄集結編『コード：アセンブリー』第二章 学園祭のライオンハート
修学旅行も終わり学園祭の準備が本格的に始動したころ、かつて戦ったライザー・フェニックスの妹、レイヴェル・フェニックスが駒王学園に編入し、小猫とギャスパー一年組と同学年になる。学園祭の準備も進めつつ来るバアル戦に向けてトレーニングを欠かさない彼らは冥界のテレビで記者会見に出ることとなった。
記者会見の裏で奈良県の山奥にある遺跡にて、発掘調査をしていた上柚木綾瀬の父親を殺害したクレプスは飛鳥の兄であり元フランス外国人部隊の『天王寺大和』と共に旧魔王派の念願、旧レヴィアタンの魂が宿るとされる神祖の嫉妬の仮面を手にする。
そこで仮面ライダーダークゴーストの力を手にしたアルギスとエキサイティングスタッグのプログライズキーとレイドライザーを使用し変身したイレブンとの混戦が起こるが、激闘の末、仮面を手にしたのはイレブンだった。
一方、次元の狭間を調査中にレジスタンスの母艦『NOAH』に侵入したヴァーリチームたちはその存在をまだ秘匿したいポラリスと彼女が作り出した究極兵器の試作型『ゼクスドライバー・オリジン』で界装した仮面を被った男『ドレイク』と交戦し破れ、その記憶を消されることとなった。
後日、一誠のふとした発言から乙女心を傷つけられたリアスと、一誠の関係に大きな亀裂が走ってしまう。実は一誠には自分を貶め、一度は殺された初めての彼女のレイナーレの存在が恋愛面での深刻なトラウマとして残っていた。心情を全て吐いた一誠はアーシアたちとの語らいの中でそのトラウマと向き合う覚悟を決める。
そして来るバアル戦。レーティングゲーム一位の王者『ディハウザー・ベリアル』や冥界のゲームファン、さらに一誠の活躍に伴って人気急上昇中の『おっぱいドラゴン』のファンと多くの民に注目される中、リアスの従妹であり若手悪魔最強とうたわれる、魔力ではなく己の肉体一つで努力を重ねのし上がって来た男『サイラオーグ・バアル』率いるバアル眷属との試合が始まった。
白熱する試合展開の中で、トイレ休憩に行った悠河は幽閉されたロキの部下であるヴァルキリーの『ジークルーネ』の襲撃を受けるが撃破。しかし、ダークゴーストに変身したアルギスも現れ眼魂を奪われるピンチに陥るがポラリスが派遣したドレイクの助力もあり、どうにかこれを撃退する。
会場に戻った悠河は神滅具『獅子王の戦斧《レグルス・ネメア》』の禁手『獅子王の剛皮《レグルス・レイ・レザーレックス》』を鎧として纏ったサイラオーグと歴代所有者の怨念に満ち満ちた覇龍を乗り越えた一誠の新たなる真紅の鎧『真紅の赫龍帝《カーディナル・クリムゾン・プロモーション》』の一騎打ちをレイヴェルやイリナ、おっぱいドラゴンを熱く応援する子どもたちと共に見届ける。互いのプライドと夢がぶつかり合い、誰もが熱狂する壮絶な殴り合いの末、戦いを制したのは一誠だった。
戦いの後、一誠は拳を交えたサイラオーグと言葉を交わし、サイラオーグはアルギスの魔の手から冥界の多くのファンの夢と自分たちの戦いを守ってくれた悠河に感謝し、いつの日か拳を交えることを約束する。
それから数日後の学園祭の終わり、リアスと部室で二人っきりになった一誠はついにリアスへ思いを告白し、二人はようやく結ばれるのだった。
レジスタンス
ポラリス率いる謎の集団。ディンギル討伐を目的としており、次元の狭間に身を隠す次元航行母艦NOAHを拠点に活動している。表舞台への露出を避ける彼女らは、大量のGNドライヴを始めとする未知数の戦力、スーパーコンピューター『スキエンティア』に集積された異界の情報と広い情報網を保有する。
メンバーは以下の通り。
ポラリス
イレブン
深海悠河
ゼノヴィア
ドレイク
協力者は以下の通り。
ミカエル
ガブリエル
ウリエル
ラファエル
ガルドラボーク・ジャフリール
レーヴァテイン・レイド
プロジェクト・ロンギヌス
レジスタンスが遂行する謎の計画。悠河とゼノヴィアには知らされておらず、その全貌は不明。
ポラリスの世界（機界《アルムンドゥス》）
レジスタンスのリーダーであるポラリスが生まれ育った世界。異形は存在せず、我々の世界よりもはるかに発展した科学で豊かな生活が約束されたかのように思えたが、スーパーコンピューター『シャスター』の暴走によりあらゆる社会システムを機械に乗っ取られ、シャスターが管理する世界に生まれ変わる。
しかし、ポラリスとその仲間のアルタイル、デネボラ、カノープス、さらに過去からやって来たその三人の子供時代率いる革命軍の奮闘によりシャスターの支配は終わりを迎える。人間の手による真の平和が始まるかに思えたが、異界より現れたディンギルの侵略を受け、不死身の神々を倒すことができなかった彼らは生き残った人々と共にNOAHを建造して異界への脱出を試みるも失敗し、ポラリスとイレブンだけが生き残った。
神祖の仮面
旧魔王時代に、旧四大魔王と初代ベルフェゴール、初代マモン、そして旧ルシファーも恐れた凶魔王サタンが残した遺産。被るだけでその仮面に対応した魔王の強力無比な力が得られるが、旧魔王派が求める理由は別にある。
神祖の嫉妬の仮面（レヴィアタン）（奈良の遺跡）
神祖の暴食の仮面（ベルゼブブ）（秦の始皇帝陵墓）
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竜域《エネルゲイア》
本作におけるD×D世界の別称。人間界を中心に三大勢力の世界、アースガルズ、オリュンポス、須弥山など神話世界を含めた世界をディンギルはそう呼称する。
ディンギル（真神）
時空を超えた空間、神域《デュナミス》に住まうメソポタミア・シュメール神話に登場する神の名を持つ神々。不滅の肉体を持ち、最上位神を頂点にした階級社会を形成している。竜域へ並々ならぬ憎悪を持ち、その侵略を狙っている。次元障壁により竜域への干渉手段を失ったが、竜域に残った叶えし者たちとそれを率いるアルルが暗躍している。
叶えし者
ディンギルと契約を交わし、眷属となった者の呼称。彼らの信仰はディンギルのさらなる力となる。願いを叶えるための力を与えられた彼らはその願いの内容や規模によって以下のレベルに分類される。
深度1：ディンギルに対する猜疑心が消失する。
深度2：精神的な闇が深くなる。
深度3：ディンギルを崇拝し、人格に変化が生じる。
深度4：ディンギルと敵対するもの、自身を邪魔するものを排除する。
深度5：与えられた力に魂が耐え切れず消失し、そのエネルギーは主たる神に捧げられる。
神竜戦争
三大勢力の戦争よりもはるか昔、異界『神域《デュナミス》』より襲来した真なる神ディンギルとこの世界『竜域《エネルゲイア》』に属する人間や神話間で起きた戦争。不死身の神と彼らが増やす叶えし者という眷属に甚大な被害が及ぼされるも、最終的には5人の勇者の奮闘と5匹の強大な龍たちによって神々が神域へ追いやられ、神域と竜域を隔てる次元障壁ができたことによって戦争は終結した。
しかし、強固な結界の効果で当事者たちの記憶は封印され、残存した叶えし者たちの暗躍で史料は抹消。ごくわずかに残った史料と叶えし者たちの改変によってこの世界でのメソポタミア・シュメール神話が生まれた。
現在、その情報を知るのはレジスタンスのメンバーとポラリスから提供された情報をアザゼルが共有した各勢力のVIPとグレモリー眷属にシトリー眷属、アルル達叶えし者と史料を基に調査中のヴァーリチームのみである。
創星六華閃
神竜戦争期に登場した5人の勇者の一人、ウェポンマスター アームドが立ち上げた武器職人たちの組織であり、それを束ねる最高峰の武器職人の6つの名家の呼称。
鍛冶職人という強者や大きな組織の言いなりになりがちな弱い立場にある同業者を守り、その技術向上に努める。その真の目的はいずれ来るディンギルの脅威に備えることだが長い年月により忘れ去られつつある。
その当主は初代が作り出した最高峰の武具と蒼星鏡を受け継ぐ。
スダルシャナ・サイン（チャクラム）（当主不在）
ガルドラボーク・ジャフリール（魔導書）
レーヴァテイン・レイド（剣）
天峰叢雲（日本刀）
？？？
？？？
特異点
本作に登場する、類まれな運命力を持つ者たちの呼称。世界はバタフライエフェクトによって無限に分岐するのではなく彼らの選択によってのみ未来は決まり、平行世界が生まれる。特異点でない者も、特異点の影響を受けて覚醒することもある。
以下、判明済みの特異点たち。
兵藤一誠
リアス・グレモリー
アザゼル
ヴァーリ・ルシファー
サイラオーグ・バアル
デュリオ・ジェズアルド
曹操
幾瀬鳶雄
神崎光也
？？？
？？？
？？？
イレギュラー
正史には登場しない特異点よりもさらに特異な人物たちの呼称。特異点ではないものの本来存在するはずのない彼らの行動は未知の世界線を生み出す。彼らが生み出す可能性はウリエルの超既視感をもってしても予測できない。
信長に関しては正史の世界にも存在はしていたが、英雄派の幹部になったことでポラリスにイレギュラーとして認識されている。
深海悠河
深海凛
ポラリス
イレブン
信長
正史
上記のイレギュラー達がD×D世界に介入することのなかった世界線。
神竜戦争やそれに関連する人物の存在はあれど、基本的には原作の世界と大差ない歴史をたどるとされる。本作ではウリエルとポラリス、アルルが主にその情報を握っている。