シンオウ地方、テンガン山上空。空間に亀裂が入ると共にその中からケフェウス・ドラゴンは姿を現した。
そして、ケフェウス・ドラゴンは口から光線を放ちテンガン山山頂に直撃させたのだ。
光線の直撃した場所は火花のようなものを放ち、みるみると消滅していったのである。
ケフェウス・ドラゴンはシンオウ地方周辺に同じく光線を放ち消滅させてゆき、数時間後にはシンオウ地方全てを消滅させたのだった。
カロス地方、そこは人とポケモンが住む土地、この地方はマサラタウンのサトシがカントー、ジョウト、ホウエン、シンオウ、イッシュに続き旅をする新たな地方。
サトシはカロス地方の大都市ミアレシティに来ていた。
実はミアレシティは２回目なのだ。
1度目は飛行機でカントーからこの街にやって来た時である。
サトシはジム巡りをするためにカロス地方に来ており、このミアレシティのプリズムタワーにあるミアレジムに行ったのだが何故か取り合ってもらえずプリズムタワーから投げ出されてしまった。
その時に危ない所をシトロンとユリーカという兄弟に助けてもらったのだ。
兄のシトロンはホルビーというポケモンを連れていて試しにサトシとバトルをしてみたのである。
しかし、バトルの途中にロケット団が襲撃してきて傷ついたケロマツを助けるためにミアレシティに研究所を設けるプラターヌ博士の所に助けを求めた。
それから少ししてから再びロケット団の襲撃により研究所のカブリアスが暴走しプリズムタワーの上で暴れだしてしまったのだ。
サトシはカブリアスを助けた後にプリズムタワーから落ちそうになったピカチュウを助けるために自身も飛び降り絶体絶命となるもメガバシャーモに助けらたのである。
その後、シトロンとユリーカはサトシと一緒に旅をすることになりユリーカはその道中に将来のキープということで兄のシトロンにデデンネをゲットしてもらった。
そして、昔、マサラタウンのオーキド博士のサマーキャンプでサトシと面識のある少女、セレナを加えて4人で旅をすることになったのだった。
しかし、ミアレシティでなんとシトロンがミアレシティのジムリーダーだったことが判明したのだ。
シトロンは自身の発明した『シトロイド』というロボットのプログラムミスでジムを乗っ取られてしまったらしく、シトロンはサトシの協力でプリズムタワーに乗り込み激闘の末にジムを取り戻すことに成功したのである。
そして、シトロンはシトロイドのプログラムを正常に再プログラムし直すとシトロイドにジムを任せてシトロンはそのままサトシたちと旅に出ることになった。
ミアレシティを去る前にミアレシティに研究所を構えるプラターヌ博士に挨拶をしに行き、ここでもロケット団に襲撃されるがサトシたちはどうにか撃退し、そこでハリマロンと心を通わせたシトロンはハリマロンを一緒に旅に連れて行くことになったのだった。
そして、今、サトシたちは次の町へ向かうためにミアレシティを出ようとしていたのだ。
「よっし、次の町へ行くぞ!!」
『ピッカッチュ』
「サトシ、気合い入ってるわね」
「さすがですね」
「そんなことないぜ!!」
『ピカピカ』
「お兄ちゃんもサトシみたいに気合い入れて発明しないとね、いつもすぐに爆発するし」
『デネデネ～』
「もう、ユリーカ!!余計です」
その時
「何あれ!?」
『デネ～』
ユリーカは空を興味津々に指差していた。
「えっ!?」
『ピカピカ!?』
サトシはユリーカの指差す空を見るとそこには巨大なドラゴンがいたのである。
「ポケモンかな？」
『ピカピカ』
サトシは目を輝かせながらポケモン図鑑をそのドラゴンに向けた。
しかし、
『データナシ』
ポケモン図鑑が認識しなかったのだ。
「データなしだってピカチュウ!!」
『ピカピカ!!』
「それってつまり」
「セレナ、新種かもしれないぜ!!」
『ピカピカ!!』
「すごい……」
「お兄ちゃん、ゲットしよう」
『デデンネ!!』
「ユリーカ、そんなどうやって!?」
その時
『我が名はケフェウス・ドラゴン!!』
「喋ったわ……」
セレナは喋れるポケモン（もちろん、ロケット団のニャースを除けば）を初めて見たので驚愕していた。
「こいつも喋れるのか？」
『ピカピカ』
…俺は今までに喋れるポケモンに何回か会ったことがある、アーシア島で会ったルギアとか、来ないだのゲノセクトやミュウツー、でも、あいつらと違ってテレパシーじゃないよな、こいつ…
『我が電波の体が完全な物となるためのエネルギーとしてお前たちを電波変換し吸収させてもらう!!』
「お兄ちゃん、あのポケモン何を言ってるの？」
『デデンネ～』
「意味がわからない、吸収って……」
その時
ケフェウス・ドラゴンの口から光線が放たれ触れた場所がシンオウ地方のように消えていったのだった。
「うわぁぁ!!なんですかこれは!?」
「どうしよう、お兄ちゃん……」
『デネデネ……』
「よくわからないけど、みんな逃げようぜ!!」
『ピカピカ!!』
サトシたちは意味が分からないがここにいてはまずいと思い迫りくる光線から逃げたのだ。
その光線が触れ、消えた場所から周囲に広がるように消滅し始めていたのである。
そして、逃げ遅れて人やポケモンがどんどん消えていきその衝撃な出来事にミアレシティはパニック状態に陥っていた。
サトシたちは何とか逃げミアレタワー近くの広場に来たのだ。
「どうなってんだ……ピカチュウ」
『ピカピカ』
その時
「セレナ危ない!!」
ケフェウス・ドラゴンが現れ、セレナの方に光線を放ったのである。
「きゃぁぁぁ!!」
サトシは飛び出して間一髪でセレナと一緒に光線をよけた。
「ありがとう、サトシ……」
「セレナ、怪我はないか？」
「うん」
しかし、今度はシトロンとユリーカに消滅が広がっていったのだ。
「シトロン、ユリーカ!!」
『ピカピカァァ!!』
すぐに２人の元に消滅が広がりがそのまま２人は跡形もなく消えてしまったのであった。
「シトロン、ユリーカ、そんなっ……」
『ピカピカ……』
そして、先程の消滅がサトシとセレナの方にまで広がり始めたのである。
「サトシ、広がってきた!!」
『ピカピ!!』
…シトロン、ユリーカ、俺は２人は助けたい……でも、助ける方法がわからない……でも、それよりも今はセレナを守るのが先決だ!!…
サトシはセレナを連れて広場を駆け巡るもすでにセレナの体は震え始めていたのだ。
「サトシ……私………恐い……どうなっちゃうの……」
セレナは恐怖心で震えがどんどん強くなっていたのである。
「大丈夫だ、助かる!!シトロンやユリーカも必ず助け出すぜ」
『ピカピカ!!』
サトシはセレナの肩に手を置き少しでもセレナの不安を和らげようとするもサトシの顔にも不安の表情があった。
そして、既に消滅が広がっておりサトシたちが消滅するのも時間の問題だった。
その時
サトシとセレナを光線が横切ったのだ。
「きゃゃぁぁぁぁ!!」
セレナはサトシにしがみ付き硬直し動けなくなってしまったのである。
しかし、そんな２人に消滅は広がってきていた。
「セレナ、諦めるなっ!!」
『ピカピ、ピカカ!!』
しかし、周辺は殆ど消滅させられていたのだった。
「もうだめ……助からない……………ママ……会いたい……」
「セレナ……」
『ピカカ……』
そして、サトシとセレナの周囲に消滅が広がり迫ってきたのだ。
「ピカチュウ、10万ボルト!!」
『ピカッチュー!!』
ピカチュウが10万ボルトを放つも全く歯が立たずに10万ボルトは消滅してしまったのである。
『ピカピ……』
「ピカチュウ……」
…もう駄目だ…
その時
消滅が当然止まった。
「どうなってんだ……」
『ピカピカ……』
その様子を見ていたケフェウス・ドラゴンも驚いた表情をしていたのだ。
『どうなっている……まぁいい、再び攻撃するのみ』
ケフェウス・ドラゴンはもう一度光線を放ったのである。
その時
『なに!?』
空間から何者かが現れ光線を受け止めた。
「ディアルガ!!パルキア!!」
『ピカピカ!!』
時間を司るポケモン、ディアルガと空間を司るポケモン、パルキアが時間と空間、それぞれの力でバリアを作り光線を防いでいた。
『この世界の空間と時間を司る神か……違う世界の存在である私には効果は弱い』
先程の消滅の停止も時間と空間の力によるものだったが異なる世界の存在であるケフェウス・ドラゴンの力には効果は薄く再び消滅が広がっていたのだ。
「サトシ、また広がってきたわ……」
「どうしたら……」
『ピカピカ……』
光線を受け止めている2体にも限界が近づいていたのである。
『時間と空間の力私の物にさせてもらう』
その時
近くのビルの鏡のようになっていたガラスから空間が開き、反転世界の主、ギラティナが現れ、ケフェウス・ドラゴンを攻撃した。
『なにっ……』
「ギラティナ!!」
『ピカピカ!!』
そして、パルキアの肩のしらたまがひかり、空間の力がサトシとセレナを包んだのだ。
「パルキア、いったい……」
『ピカピカ……』
『空間の神、何をするつもりだが知らぬが吸収させてもらう』
「パルキア、危ない!!」
『ピカピカ!!』
ケフェウス・ドラゴンはパルキアに光線を放とうとするがディアルガがときのほうこうとシャドーダイブをしていたギラティナが攻撃したのである。
次の瞬間。
サトシとセレナは別の場所に移動していた。
「あれ、ここって……」
『ピカピカ……』
「サトシ、どうなってるの……？」
「セレナ、きっとパルキアが安全な場所に飛ばしてくれたんだ……ここ、マサラタウンだよな、ピカチュウ？」
『ピカピカ』
そこへ、
「サトシ……サトシじゃないか!!」
「!!オーキド博士!!」
『ピカピカ!!』
「カロス地方にいたはずじゃなかったのか、心配しておったんじゃぞ、カロス地方がポケモンかも分かるぬケフェウス・ドラゴンというものに襲われていると聞いて……」
「博士、そうなんだよ、でも、ディアルガたちが助けてくれて、それで多分パルキアがここに飛ばしてくれたみたいで……」
『ピカピカ……』
「なんということじゃ……サトシ、実はシンオウ地方が既に消滅させられておる、ついさっきカロス地方の被害と共に速報があったのじゃ」
「シンオウが……」
『ピカピカ……』
…シンオウ地方が……ヒカリ……それにシンオウ地方で出会った人々は無事なのだろうか…
「!!それじゃ、カロスは……」
『ピカピカ……』
「残念じゃが対抗手段がないのじゃ」
「そんな……」
『ピカピ……』
「……そんなの嫌よ……」
セレナはその場にうずくまったのだ。
「セレナ、大丈夫か？」
『ピカカ』
「サトシ……ママ、シトロン、ユリーカが……」
サトシはセレナの背中に手を置いてゆっくりと擦ったのである。
今、これがサトシに出きる最善のことだった。
どうすることも出来なくなったセレナは涙を流しながらサトシの顔を見た。
「もう……私……サトシしか頼る人がいなくなっちゃった……」
「セレナ……」
『ピカカ……』
「サトシ、とにかくママさんも心配しておる、連絡はしておくから一旦家に帰るんじゃ、詳しい話は明日しよう」
「……うん」
『ピカピカ』
「セレナ、行こう……」
「……うん」
「ただいま……」
『ピカピカ……』
「サトシ!!無事で良かったわ」
サトシはマサラタウンの自分の家に入るとすぐにバリヤードとサトシのママが出迎えくれたのだ。
サトシは『ただいま、ママ』と言いたかったがセレナを気遣ってママとは言えなかったのである。
今日はセレナはサトシの家に泊まることになった。
「セレナちゃんはサトシの部屋にするわね」
「どうして？」
『ピカピカ』
サトシのママはセレナの布団をサトシの部屋にひいていたのだ。
「セレナちゃんは心にダメージを受けたわ、きっと、何よりもサトシのことを頼りにしてるはずよ……だから、そばにいてあげなさい」
サトシのママは小声でそうサトシに告げたのである。
サトシはヘリコプターでセレナに言われた一声を思い出したのだ。
『もう……私……サトシしか頼る人がいなくなっちゃった……』
「わかったよ……ママ」
サトシは同じ小声でそう答えたのであった。
サトシは部屋にセレナと入るとベットを譲り、床に敷かれた布団に入ったのだ。
「ありがとう………サトシ」
「……セレナ、絶対に助けてやる」
『ピカピ？』
「サトシ？」
「俺はシトロンやユリーカにセレナのママ、カロス地方やシンオウ地方の人々を絶対に助けてやるぜ!!」
「サトシ……」
「だから安心してもう寝ろよ……なっ、ピカチュウ」
『ピカピ!!』
「ありがとう、サトシ、ピカチュウ」
そして、サトシはセレナがちゃんと眠りに着くのを確認すると自分も寝ようと布団をかぶったのである。
…強気なことを言ったけど、これからどうすればいいのかな…
サトシはそんな不安を感じならが無理やり眠り眠ったのだった。
遂にポケットモンスター登場です、アニメポケットモンスターXYの途中からこの物語に巻き込まれていく設定です…そしてそろそろ流星のロックマンとポケモンがクロスします