横浜みなとみらいでエクセルとシャーリーに、現在のプリキュアの世界について状況を説明する咲達とのぞみ達。
そんな時、ホシイナーとナケワメーケを引き連れたユグドラシルの残党が現れ、その上で新たな兵器・オルトロスを召喚する。
咲達とのぞみ達はふたりはプリキュアＳＰＬＡＳＨ ＳＴＡＲとＹＥＳ！プリキュア５ＧｏＧｏ！に変身し、エクセルもバリアジャケットを装備して、共にオルトロス、ホシイナー、ナケワメーケを対峙する。
その頃、真理奈達はなぎさ達に看取られているライハと会うが、ライハはミュータントとなって、すぐさま横浜みなとみらいに飛び去って行く。
なぎさ達はプリキュアに変身してライハを追い、真理奈とヴィヴィオとアインハルトも後を追う。
一方、なのは達は・・・
「ふ～ん、中はこうなってるんだ。」
ブルースカイ王国大使館の中で、スバル達が準備を終えるのを待っている。
「ねぇ、トーマ君。リリィちゃんとずっと一緒にいる感じだけど、お付き合いしてるの？」
レンはなのはがブルースカイ王国大使館の中を見渡しているのを他所に、トーマとリリィの関係を聞く。
「いぃっ！？」
「あれ？顔が真っ赤になってるってことはお付き合いしてるんだね？」
「い、いやいや！リリィとは大事な友達で、コンビのパートナーだから！」
「ふ～ん？怪しいな～？」
レンは薄ら笑いの表情でトーマを見る。
「でも、トーマ君とリリィちゃんなら上手くいけるだろうから気にしないとして、問題はなのはちゃんとユーノ君だよね～？あの２人とくっつかせるきっかけないかなぁ？」
レンはトーマとリリィの恋沙汰の方は上手くいくだろうと思って話を逸らし、今も大使館の中を調べているなのはとユーノを見て、二人と寄り添うきっかけはないか気にしていた。
「もう、レンちゃんったら・・・」
「僕の事呆れてるけど、ホントは興味あるんでしょ？」
レンは注意してくるまのんにニヤケ顔でそう言う。
「う・・・実はそうかも・・・（////）」
まのんはレンに言われると、少し顔を赤らめながら肯定する。
「お待たせしました！」
二階からスバル、ティアナ、エリオ、キャロが下りてきた。
「あ、スバルさん。皆さん。」
「準備は終わったの？」
「うん、バッチリ！」
まのんとレンはスバル達にユグドラシルの残党の確保をするための作戦の準備はできたのか聞くと、スバルは準備は終わったと返答した。
「クレインさんは？」
ティアナはこの場にいないクレインはどこにいるのか、レンに聞いてみた。
「クレインはついさっき、フラムから連絡が入って、外で通信してるよ。」
レンはクレインが今やっている事を伝える。
「ひめは？ここに住んでるんだよね？」
「ひめはめぐみ達と一緒にゼロを捜してるわ。」
「ほぇ～、そっちもそっちで大変だね・・・」
ティアナはレンにめぐみ達は今どうしてるか教える。
「お待たせしました。」
玄関の方から声が聞こえ、そちらに振り向くスバル達。
そこにクレインが入ってきて、スバル達の元に合流する。
「フラムさんからの連絡で、ぴかり神社に来るように伝えられました。ユグドラシルの情報が入りましたので、そこでお話しするとの事です。」
「ぴかり神社に・・・」
クレインはスバル達にフラムはぴかり神社で待っており、そこでユグドラシルの残党について分かったことを話すと伝える。
「フラムはお調子者だけど、頼りになるから当てにしていいよ。」
レンはまのん達にそのように言う。
その後、なのは達がクレインと同行し、ぴかり神社に向かっている所を、３人の人影がブルースカイ王国大使館の屋根の上から見届けている。
その先頭にはセレナが、セレナの右後ろにはヘルヴィムが立っていた。
「全く、見ず知らずの輩達と戯れるとは・・・何をしているんですの、レンは・・・」
「いつまで経っても子供ね・・・」
「まぁまぁ、レンの好きなようにしておきなよ。」
セレナとヘルヴィムはなのは達と一緒に歩いているレンを見て、溜息を吐き、セレナの左後ろに立っている黒い騎士服を身に纏った髪型が亜麻色のポニーテールの少女がセレナとヘルヴィムを宥める。
「それよりも、ユグドラシルの雑魚達が無駄な抵抗をしてるみたいだね？」
チャリオットと呼ばれた少女はユグドラシルの残党の動向について言う。
「えぇ。ウルトラマンとプリキュアと同士討ちする狙いでしょうが、わたくし達からすれば下らない喜劇物ですわ。」
「任務の方も支障はありません。ウルトラマンゼロが脱走した件についても、自らの手で解決できると思っての事。要らぬ心配です。」
ヘルヴィムはユグドラシルの残党の事を見下し、セレナはゼロが脱走した事も心配はいらないと言い切る。
「へぇ～？セレナ、なんか嬉しそうじゃん？」
チャリオットはそんなセレナを見て、揶揄うように言う。
「！？う、嬉しそうになんてしてません！（////）」
「あっはは！図星つかれて焦っちゃって！ま、私としては虐待を受けたミュータントが気になるかな。天瞳流のお姉さんから仕込めば、刀の扱いも良くなるかもよ？」
チャリオットはセレナを揶揄いつつ、ライハの事で気になっていた。
「あの翼蛇ですか・・・確かに人間界には捨て置けない者ですし、彼女については彼らにお任せしましょう。」
「えぇ。先程レンと一緒にいたあの女もいずれ機会があります。気にすることではありません。」
ヘルヴィムとセレナはチャリオットにそう言う。
「まぁ、確かに問題はないけどさ、ちょうど近くに寄るわけだし・・・ちょっと挨拶くらいはしたいと思わない？」
チャリオットは不敵な笑みを浮かべながら、セレナとヘルヴィムにそう言う。
「また出ましたわね、あなたの悪い癖・・・」
ヘルヴィムはチャリオットの言葉に頭を抱える。
「チャリオット。あなたも騎士なら、少しは弁えなさい。」
「まぁまぁ、そう固いこと言わずにさぁ～。」
セレナはチャリオットに再び叱ると、チャリオットはセレナからのお叱りを気にせず、瞬間的にセレナの背後に回り込む。
その後、チャリオットはセレナの金色の胸甲の下に手を入れて胸を揉み始める。
「キャアァッ！？チャ、チャリオット！いきなり何を！？ひゃあん！（////）」
「ふぅん？前に触った時より大きくなったね？女の子は恋をすると綺麗になるって話聞くけど、やっぱりゼロのお兄さんと何かあったかなぁ？」
「な、なにを馬鹿なことをぉっ！？それにあんな男とはそんな関係ではっ！キャアァッ！（////）」
「あれ？その言い方だととっくに会ってたんだ？その人とのファーストコンタクトが聞きたいね♪」
「ですから！そんな関係ではないと言っているのです！いい加減に・・・いやあぁっ！？（////）」
セレナはチャリオットに胸を揉みしだかれ、彼女の拘束から抜け出そうとするが、頭が真っ白になり、思うように力が入らず、段々と息が荒げるだけである。
「ええい！いつまで戯れてるんですの！？会うくらいはさせてあげますから、支度なさい！」
ヘルヴィムはセレナとチャリオットに怒って言い出す。
チャリオットはもう満足したのか、セレナから離れ、一方のセレナは屋根の上に膝を付いて顔を真っ赤になりながら荒げた息を整える。
「流石、ヘルヴィム！物分かりがいいねぇ！」
「ハァ、ハァ・・・お、お前は～っ！！（////）」
セレナは嬉しそうな表情をしているチャリオットに対し、顔が真っ赤になりながら怒る。
その後、セレナが落ち着いてきた後、メダリオンで魔法陣を展開し、大使館の屋根の上から姿を消す。
その頃、横浜みなとみらいに降り立ったライハは、人間の姿に戻り、建物の陰に隠れて目の前の光景を覗き見る。
ライハの目の先には、ユグドラシルの忍び装束の兵士が操る街路樹オルトロスが、ブルーム達を薙ぎ倒していってる光景だった。
「なんだ、あの怪物は？」
ライハはオルトロスを初めて見たのか、目を見開いて驚く。
街路樹オルトロスはブルーム達に木の葉を無数に飛ばす。
ブルームとイーグレットはドリーム達を守るようにバリアを張る。
しかし、そのバリアは耐えきれず、ブルーム達に直撃される。
「キャアァァァァァッ！！！」
ブルーム達は街路樹オルトロスの攻撃により、地に伏せる。
エクセルはカモメホシイナーとカラスナケワメーケの連携に苦戦していた。
「さっきから強力な魔法を撃ち込んだのにしぶといわね！」
カモメホシイナーは水を消防車のポンプから放射する水のように吐き出す。
エクセルはラウンドシールドでカモメホシイナーの攻撃を防ぐ。
カラスナケワメーケは天に向かって雄叫びを上げると、カラスナケワメーケの背後からカラスの群れが次々とやって来て、そのままエクセルの方に襲い掛かる。
「う、うそでしょ！？」
エクセルはカラスの群れにギョッとなり、クリスタルケージで身を守る。
（あいつ、見ない顔だな？しかも今のサークル、あいつらと同じ奴なのか・・・）
建物の陰から見ていたライハはエクセルを見て、スバル達やヴィヴィオ達と同じ異世界の人間だと気付く。
街路樹オルトロスは根っこでブルーム達を捕らえ、そのまま締め付ける。
「何なの、こいつ・・・ホシイナーとナケワメーケとは桁違いじゃない・・・！」
ブルームは街路樹オルトロスを見て、ホシイナーやナケワメーケより強いと思い知る。
（・・・ったく、見てらんねぇな！）
ライハは建物の陰から出て、街路樹オルトロスに向かって走り出す。
街路樹オルトロスはライハが近づいて来ることに気付き、振り向く。
ユグドラシル兵は街路樹オルトロスの反応が気になって、同じ方向に振り向くと、ライハが真っ直ぐ街路樹オルトロスに向かってくるのを発見する。
「ライハ！？」
「生きてたのか！？」
ユグドラシル兵はライハが生きてたことに驚いた。
「あなた！ここは危ないわよ！」
エクセルはライハに気付き、逃げるように諭すが、ライハはエクセルの注意を聞かず、ベンチを踏み台にしてジャンプする。
それと同時にライハは翼蛇の姿になり飛翔する。
「え、えぇ～っ！？」
「蛇になりましたよ！？」
ドリーム達はライハが翼蛇の姿になったところを見て驚きを隠せなかった。
ライハは掌から電気を放出し、刀を形成する。
そして、ライハは刀に電気を溜めて、横薙ぎに振ると、三日月状の刃が街路樹オルトロスの根っこを切断する。
よって、街路樹オルトロスの根っこに捕まってたブルーム達は着地し、街路樹オルトロスから離れた。
「た、助かった～・・・」
「あのまま絞め殺されるトコだったナリ～・・・」
ドリームとブルームは街路樹オルトロスから解放されて安心した。
「でも、あの蛇は何なの？」
アクアはライハに対して警戒心を持つ。
カモメホシイナーとカラスナケワメーケはエクセルに挟み撃ちする。
その時・・・
「だぁぁぁぁぁっ！！！」
「やぁぁぁぁぁっ！！！」
カモメホシイナーとカラスナケワメーケは突然吹き飛ばされた。
その理由はエクセルを助けるために、ブラックとホワイトがカモメホシイナーとカラスナケワメーケを蹴り飛ばしたからである。
「やっと追いついたよ。」
「大丈夫？」
ブラックはライハを見て肩をすくめ、ホワイトはエクセルに大丈夫かと心配する。
「え、えぇ。平気よ。」
エクセルはホワイトに大丈夫だと言い返す。
「ルミナス・ハーティエル・アンクション！」
虹色の光が街路樹オルトロスの動きを封じられる。
その虹色の光はシャイニールミナスのルミナス・ハーティエル・アンクションである。
ルミナスは街路樹オルトロスが動かない間、ライハの元に走っていく。
「お前、なんで付いて来たんだよ？」
「ライハさんの事が心配だったんです。」
ルミナスはライハになんで来たのか聞かれ、ライハが心配だから来たと答える。
その時、街路樹オルトロスの動きを封じた虹色の光が破られ、街路樹オルトロスは木の葉を無数に飛ばす。
「っ！？チィッ！」
「キャッ！？」
ライハはそれに気づき、ルミナスを突き飛ばす。
代りにライハは街路樹オルトロスの攻撃を受けてしまう。
「ライハさん！」
街路樹オルトロスの攻撃を受けたライハは地に伏せ、人間の姿に戻ってしまう。
ルミナスはライハの元に駆け付ける。
「大丈夫ですか！？」
「うぁ・・・ぐぅ・・・」
ルミナスは街路樹オルトロスの攻撃によるダメージに苦しんでいたライハを抱きかかえる。
しかしそんな中、街路樹オルトロスがルミナスとライハに迫っていく。
「プリキュア・マーブル・スクリュー・マックス！」
ブラックとホワイトはプリキュア・マーブル・スクリュー・マックスを放って、街路樹オルトロスに命中する。
「ルミナス！ライハをお願い！」
「ここは私達が引き受けるわ！」
ブラックとホワイトは、ライハをルミナスに任せて、街路樹オルトロスを相手にする。
カモメホシイナーとカラスナケワメーケはライハを狙って急降下する。
「ブレイブハート！」
〈アクセルシューター。〉
エクセルはアクセルシューターでカモメホシイナーとカラスナケワメーケに命中する。
その直後、ブルームとイーグレットはカモメホシイナーとカラスナケワメーケをキックでルミナスとライハから離す。
「ルミナス！」
ライハを担いで街路樹オルトロスから離すルミナスは声がした方に目を向けると、真理奈、ヴィヴィオ、アインハルトが駆け付けてきた。
「皆さん！」
「ヴィヴィオ！アインハルト！」
ルミナスはライハを担いだまま真理奈の元に行き、エクセルとシャーリーもヴィヴィオとアインハルトがいるのを気付き、すぐに駆け付ける。
「あっ！エクセル！シャーリーさん！」
ヴィヴィオとアインハルトはエクセルとシャーリーと再会する。
「無事だったんだ・・・」
「はい！でも、シャーリーさん、背が縮んじゃいましたね？」
「う・・・い、いろいろあってね・・・」
「それより、あの怪物は何なの？どういうことか説明して。」
真理奈はヴィヴィオとシャーリーとの会話を割り入って、今の状況を教えるよう伝える。
勿論、真理奈はちゃんと名前を教えた。
その光景を黒いコートを着た人物が建物の上から見届けている。
「愚かなことだな、研究をこのように使うとは・・・」
黒コートの人物は街路樹オルトロスを見てそう言う。
その後、握っていた手を広げると、ピンクの光の球が曝け出す。
その一方、シャーリーは今までの経緯を真理奈達に話した。
そして、真理奈もライハについて話した。
「いずれにしても、面倒なことになったわね・・・」
真理奈は今も街路樹オルトロス達と苦戦しているブラック達を見て、思い悩む。
実際、ブラックとホワイトはプリキュア・マーブル・スクリュー・マックスを放ったが、街路樹オルトロスは浄化されなかったのだ。
しかも強く、他にもカモメホシイナーやカラスナケワメーケもいるのだ。
ブラック達はこの状況を打開できるのか・・・