シンカリオンE5はやぶさの運転士である速杉ハヤト、E6こまちの運転士である男鹿アキタ、E7かがやきの運転士である大門山ツラヌキ、E3つばさの運転士である月山シノブの4人は、絶望的な目をして目の前の光景を見ていました。
目の前にいるのは、動けなくなったN700Aのぞみのコクピット内で悔しそうに歯ぎしりをしている清洲リュウジ。
そして、彼らを見下ろしているのは「地の底より這い出し種族のエージェント」ことセイリュウが操縦するブラックシンカリオン、そして……
遡る事数時間前、進化研究所大宮支部にて……
本庄さんが、モニターを確認して敵の位置を捕捉します！
「漆黒の新幹線の情報を、浜松駅にて確認！
ただちに捕縛フィールドを射出します！」
フタバさんが、発車オペレーションを出します！
「ハヤトくん、アキタくん、ツラヌキくん、ただちにE5系はやぶさ、E6系こまち、E7系かがやきで現場に急行して下さい！
そして進化研究所山形支部にも応援要請！」
シンカギアのカードリーダ部に専用の『Shinca』をタッチすると、前方上部のディスプレイに表示されました。
『この車両は浜松行きです』
「シンカリオンE5はやぶさ、出発進行！」
「シンカリオンE6こまち、出発進行！」
「シンカリオンE7かがやき、出発進行！」
このまま、3人は浜松駅へと向かったのでした。
3人が浜松駅付近に来ると、展開されている捕縛フィールドが見えました。
「チェンジ！シンカリオン！」×3
3人はそれぞれE5はやぶさ、E6こまち、E7かがやきのシンカリオンモードに変型して捕縛フィールドの中へ突入したんです！
捕縛フィールドの中では、N700AのぞみとE3つばさが敵と相対しています。
「遅くなってゴメン、リュウジ、シノブ！」
「遅いぞ、お前たち！」
「……」
「それで、今日の相手は誰なん……グッ……！」
ツラヌキは、そこまで言って思わず息を呑みます。
いや、ツラヌキだけでなく他の4人もでしょう。
何故なら、目の前にいたのは前に苦戦を強いられたブラックシンカリオンなんですから。
「待っていたよ、シンカリオン……
そして……速杉ハヤト！」
一番の年長者である中学生のリュウジが、みんなに指示を出します。
「戦い方は、この前と一緒だ！
ツラヌキとシノブは、機動力でブラックシンカリオンの足を止めてくれ！
アキタは、弾幕で援護射撃を！
オレとハヤトで、アタックを仕掛ける！
最後のフィニッシュはお前だ、ハヤト！」
「ハイッ！」×4
しかし、みんなで行動開始をしようとした瞬間、とんでもない事が起こったんです。
何と、あと12時間以上は余裕で保つハズの捕縛フィールドが、跡形も無く全壊してしまったからです！
パラパラパラ……と砂の様に落ち行く捕縛フィールドの背後に彼らが見たモノ、それは空を埋め尽くす無数の巨大怪物体の群れだったんです。