ジム戦を終えてポケモンセンターで一休みしていたサトシだったがシロナから衝撃の知らせを受けるのだった。
サトシ「どう言うことですか？セレナが拉致されたて」
タケシ「落ち着けサトシ！」
カスミ「そうよ落ち着なさいよ」
ラン「セレナが拐われた・・・」
サトシ「でも・・・セレナが・・・」
タケシ「まずは落ち着くんだ！そうしないとシロナさんも話せないだろ」
サトシ「・・・ごめん」
ピカチュウ『サトシ！』
サトシ「ピカチュウ！」
そこに回復を終えたピカチュウ達が戻ってきた。
ピカチュウ『シロナさん、セレナが拐われたて言ったけど・・・フローラは無事なの？』
シロナ『フローラも一緒に拐われたみたいよ」
ピカチュウ『！？』
ピカチュウはポケモンセンターを飛び出そうとするがリザードン達に止められる。
ピカチュウ『放してリザードン！僕はフローラを助けに行くんだ』
リザードン『落ち着けピカチュウ』
フシギダネ『そうだぜ！落ち着け』
ゼニガメ『まずは落ち着くんだ』
ラプラス『焦ってもなにもなりません』
カビゴン『落ち着くんやピカチュウ』
ゼロ『気持ちはわかるがまずは落ち着くんだ』
ピカチュウ『でも・・・・フローラを早く助けないと』
サトシ「ピカチュウのいうとおりだ！早く助けに行かないと」
リザードン『だから彼女達がどこにいるか知っているのか？』
サトシ・ピカチュウ「『あっ！』」
カスミ「全くシロナさんがそれを言おうとしているのにあんた達は」
サトシ・ピカチュウ「『すみません(汗)』」
コナン「それで何でシロナさんがセレナが拐われたことを知ってるのですか？」
シロナ『アリスちゃんとコウヤくんに手紙が届いたのよ』
カスミ「え？何でコウヤとアリスさんに手紙が届いたですか」
シロナ『地獄の傀儡師の用意した最強のポケモンとサトシがバトルするから来てほしいと言う手紙が届いたのよ』
サトシ「え？」
カスミ「サトシが地獄の傀儡師の用意したポケモンとバトルする？」
シロナ『来ないとセレナちゃんの命はないと書いていたわ』
サトシ「なんだって！」
タケシ「おそらく観客としてコウヤ達を招待したんだろ。こうなるとサトシの関係あるトレーナーの元にも来ているかもな」
カスミ「もしかしたらヒイロやジンの元にも届いてるかもしれないわね」
タケシ「ああ、そうだな」
サトシ「（ヒイロは届いたとしてもジンは大丈夫かな？地獄の傀儡師はあいつが一番恐れている奴だからな）」
コナン「それでコウヤ達は？」
シロナ『先に島に行ったわ』
サトシ「その島の名前は？」
シロナ『クロス島よ』
サトシ「わかりました。コナン」
コナン「うん！行こうクロス島に」
シロナ『私もすぐにクロス島に向かうわ。向こうで会いましょう』
サトシ「はい！」
サトシ達は船に乗ってクロス島を目指すのだった。
クロス島
サトシ「ここがクロス島か」
ラン「セレナとフローラは無事かな？」
カスミ「大丈夫よ」
タケシ「ああ、みんなでセレナを助け出そう」
ラン「うん！」
ヒイロ「サトシ！」
サトシ「ヒイロ！」
サトシ「やっぱりお前のとこにも手紙がきたのか？」
ヒイロ「はい！」
カスミ「でも何でサトシ本人には手紙が来なかったのかしら？」
タケシ「おそらくサトシの知り合いに出せば連絡すると思ったんじゃないかな」
ヒイロ「今、兄さんが島を調べています」
コウヤ「サトシ！」
サトシ「コウヤ、来てくれたのか？」
コウヤ「当たり前だろ？セレナの・・・友達の命が掛かっているんだから」
サトシ「ありがとうコウヤ！」
ラン「あれ？誰かくるよ」
サトシ「え？あれは」
レッド「サトシ！」
サトシ「え？父さん、師匠！それにジン」
ミナト「久しぶりサトシ」
ジン「しばらくだなサトシ」
サトシ「ジン・・・お前大丈夫なのか？」
ジン「正直言うと怖いさ。だがお前の恋人とライチュウの妹の命が掛かってるからな」
サトシ「ありがとうジン」
ジン「ああ！」
アリス「みんな」
コウヤ「姉さん」
ナツミ「来たみたいね」
ツカサ「ああ」
ヒイロ「どうだった兄さん」
ツカサ「この先の森を抜けたところに大きな屋敷が見えた」
アリス「おそらく地獄の傀儡師はそこにいると思うわ」
サトシ「じゃあそこにセレナがいるのですか？」
ツカサ「ああ、おそらくなあの野郎には俺も個人的に用があるからな」
サトシ「え？」
ナツミ「実はツカサくんのポケモンが地獄の傀儡師に拐われたのです」
カスミ「そうなんですか？」
ツカサ「俺達がオレンジ諸島に来たのは地獄の傀儡師が拐った俺のポケモンを見たと言う情報をつかんだからだ」
ナツミ「そのポケモンはツカサくんのポケモンの中でも最強のポケモンと呼ばれていました」
カスミ「え？最強のポケモン？そう言えば招待状には確か」
ツカサ「ああ、あいつが用意した最強のポケモンと書いていた」
ケンジ「まさか、最強のポケモンて拉致されたツカサさんのポケモン？」
ツカサ「それはわからないだがもしそうなら助けるチャンスだ！」
サトシ「それなら屋敷を目指しましょう」
ツカサ「ああ、そうだな」
シロナ「みんな、お待たせ」
サトシ「シロナさん」
レッド「これで全員か？」
ミナト「そうみたいだね」
レッド「みんな聞いてくれ！今回の俺達の目的はセレナちゃんとフローラの救出だ！サトシお前は手紙通り地獄の傀儡師が用意したポケモンとバトルするんだ」
サトシ「え？でも」
レッド「おそらくバトルをしないとセレナちゃんは殺されてしまうだろ」
サトシ「わかった。絶対バトルに勝ってセレナを助け出す」
カスミ「でも何で地獄の傀儡師はセレナを拐ったのかしら。サトシは一度も会ったことがなかったのに」
タケシ「確かに前に電話で会話しただけなのに何のためにこんなことを」
ジン「サトシ・・・少しいいか？」
サトシ「え？」
サトシとジンはみんなからはなれて話を始めた。
サトシ「どうした？ジン」
ジン「セレナが地獄の傀儡師に拐われたのは俺が原因かもしれない」
サトシ「どう言うことだ？」
ジン「あいつの目的はおそらくお前達と俺の中を引き裂くことだ」
サトシ「何のためにそうなことを」
ジン「セレナが死ぬことでお前が俺のことを憎むことで俺とお前の中を引き裂くつもり何だろう。そして俺は地獄の傀儡師に元に戻るしかない状況を作り出すつもり何だろう」
サトシ「そんなこと絶対させない」
ジン「サトシ・・・」
サトシ「セレナは絶対に助けるだから俺がお前を憎むことも絶対に起こらない！いや起こさせない」
ジン「そうだな・・・だが気をつけろ。あいつはどんな卑劣な罠を用意しているかわからいぜ。あいつの恐ろしさは俺が一番よく知っている」
サトシ「ああ、わかった。覚えておくよ」
レッド「話は終わったか？」
サトシ「父さん・・」
レッド「サトシの言う通りだ絶対にセレナちゃんは助け出す」
ジン「ああ、わかった俺も協力するぜ！」
サトシ「ありがとうジン」
レッド「では出発だ！」
コウヤ「はい！」
ラン「行こうお兄ちゃん」
ピチュー『フローラお姉ちゃんを助けよう』
サトシ「ああ！（待ってろセレナ絶対助けるからな）」
ピカチュウ『うん、そうだね（フローラ待っててね。今、助けに行くから）』
こうしてサトシ達は地獄の傀儡師の屋敷を目指すのだった。果たしてサトシ達は地獄の傀儡師からセレナを助け出せるのか？
ランとピチューのポケモンナビゲーター
ラン「ランと」
ピチュー『ピチューの』
ラン・ピチュー「『ポケモンナビゲーター』」
ラン「今回紹介するのはポケモンリーグだよ。ポケモンリーグは各地方にあるポケモンのバトル大会なんだよ。優勝するとその地方のチャンピオンとバトル出来るチャンピオンリーグに出ることが出来るだよ」
ピチュー『ポケモンマスターのレッドパパとバトルするには各地方のチャンピオンを全て倒して初めて挑戦出来るだよね』
ラン「うん、そうだよ」
おまけ
セレナ「う〜ん・・・ここは？」
フローラ『セレナ！』
セレナ「フローラ、無事だったのね。あれ？この腕輪は何かしら？」
フローラ『気がついたらつけられていたの』
セレナ「ここどこなんだろ？」
フローラ『わからない』
セレナ「サトシ・・・」
フローラ『ピカチュウ・・・』
次回予告
ラン「セレナが捕まっている屋敷を目指す私だけど途中の森で道に迷ってしまったの？なんかこの森に怖いな。次回『地獄の傀儡師の罠！クロスの森の亡霊』みんなもポケモンゲットだよ」