セレナを助けるために地獄の傀儡師が用意した最強のポケモンミュウツーに挑むサトシ。しかしミュウツーの圧倒的な強さの前にフシギダネが倒されてしまった。さらにポケモンがダメージを受けるとセレナにもダメージがいってしまうと言う仕掛けを用意していた。さらに地獄の傀儡師によってジンがロケット団のボスであることがタケシ達にばれてしまった。サトシ達とジンの仲を引き裂こうとする地獄の傀儡師。果たしてサトシは勝てるのか？
地獄の傀儡師「あなたが彼とライバルにならなければ彼女がこんな目にあうことはなかったのですよ」
サトシ「何度も言わせるな！ジンがロケット団のボスでもあいつは何も悪さをしていないだろ？」
地獄の傀儡師「彼の父親はロケット団のボスと言う犯罪者です。彼にはサカキと同じ冷たい黒い血が流れてます。今はそうでもいずれ罪を犯します」
サトシ「だからジンはお前と同じ闇の住人だと言いたいのか？」
地獄の傀儡師「はい！そうです。彼は所詮闇の住人。光にはなれません」
ジン「俺はやはりあっち側の人間なのか・・・」
地獄の傀儡師「それに彼のパートナーのライチュウは故郷の仲間を裏切りましたからね」
ピカチュウ『違う！ライチュウは裏切り者なんかじゃない』
地獄の傀儡師「貴方がそう思っても故郷の森のポケモン達は彼を許すと思いますか？」
ピカチュウ『それは・・・』
ライチュウ『やはり俺は裏切り者か。俺にフローラの兄の資格はない』
サトシ「ジン・・・」
ピカチュウ『ライチュウ・・・』
地獄の傀儡師「さて話はこれくらいにして続きを始めますか？」
サトシ「くぅ・・・ゼニガメ、君に決めた！」
ゼニガメ『おう！』
コウヤ「サトシやつ、かなり動揺している」
ヒイロ「これはまずいです」
サトシ「ゼニガメ、バブル光線！」
ゼニガメ『バブル光線！』
ミュウツー『・・・・』
ミュウツーはサイコキネシスでバブル光線を止めて跳ね返した。
サトシ「かわせ！」
ゼニガメ『ああ！』
ゼニガメは跳ね返ってきたバブル光線をなんとかかわした。
サトシ「よし！」
地獄の傀儡師「あまいですよ」
サトシ「え？」
かわしたバブル光線は方向転回をしてゼニガメに命中する。
ゼニガメ『ぐああああ！』
サトシ「ゼニガメ！」
セレナ・フローラ「『きゃあああああ！』」
サトシ「セレナ！」
ピカチュウ『フローラ！』
セレナとフローラに電流が流れる。
サトシ「（どうすればいいんだ・・・このままだとセレナが・・・）」
セレナ「・・・・トシ」
サトシ「え？」
セレナ「サトシ・・・私は・・・大丈夫・・・だから・・安心して・・・」
サトシ「セレナ・・・」
セレナ「私は・・・・未来のポケモンマスターの・・・・彼女よ・・・これくらい耐えてみせるわ」
サトシ「セレナ・・・お前」
セレナ「それに・・・ジンは・・・・貴方のライバル・・・でしょう？・・・・誰の子供だろうと・・・関係ないわ！・・・そんな最低男の・・・言ってる・・こと・・なんて・・聞く必要ないわ・・・だから私は大丈夫だから・・・思いっきりバトルして・・・・私どんな時も・・・諦めないで・・バトルをするサトシが大好き・・・だから」
フローラ「私もセレナと同じです」
ピカチュウ『フローラ・・・』
フローラ『私も・・・どんな時も・・・全力バトルを・・・しているピカチュウが・・・私の夢を・・・応援してくれる・・・ピカチュウが・・・大好きです・・・それに故郷のみんなは・・・お兄ちゃんを・・恨んでいませよ」
ピカチュウ『え？』
ライチュウ『どういうことだ！』
フローラ『実はオレンジ諸島にくる前に故郷によってきたんだよ。その時故郷のみんなはお兄ちゃんの理由を知っていたみたいだよ』
ライチュウ『なんだって！』
フローラ『誰もお兄ちゃんを恨んでなかったよ。それどころか自分が同じ立場なら同じことをしたと言ってくれたよ』
ライチュウ『あいつらそんなことを・・・』
フローラ『だからお兄ちゃんは裏切り者なんかじゃないよ』
ライチュウ『フローラ・・・』
ヒイロ「ジンさん、実は僕はジンさんの秘密を知っていました」
ジン「なんだと」
ヒイロ「サトシとジンさんの話を聞いてしまったのです。セレナの言う通りです。ジンさんが誰の子供だろうと関係ありません」
ジン「ヒイロ・・・」
サトシ「わかったよセレナ」
セレナ「サトシ！」
サトシ「どんな時でも最後まで諦めずに全力を尽くす！それが俺のポケモンバトルだ！」
セレナ「サトシ(涙)」
サトシ「行くぜ！ゼニガメ、一発当ててツカサさんのミュウツーの目を覚まさせてやろう」
ゼニガメ『ああ、そうだな。こんなところで負けるか」
ゼニガメから青いオーラが出た。
サトシ「これは？」
タケシ「あれはげきりゅうだ！」
カスミ「ピンチになると発動するゼニガメの特性ね」
ジン「ありがとうサトシ。俺はあっち住人なんかにはならない。もう俺は何も恐れない」
ヒイロ「ジンさん」
ジン「ヒイロ、お前のおかげで吹っ切れることができた。ありがとう」
ヒイロ「そんな僕は何もしていません//////」
ジン「だがきっかけをくれたありがとう」
ヒイロ「はい//////」
ツカサ「・・・・」
ナツミ「ツカサくん(汗)」
サトシ「ゼニガメ、れいとうビーム」
ゼニガメ『れいとうビーム』
ミュウツーはサイコキネシスでれいとうビームを止める。
地獄の傀儡師「無駄なことを「今だ！ハイドロポンプ」何！」
ゼニガメ『ハイドロポンプ！』
ミュウツー『！！！』
ゼニガメの回転ハイドロポンプはミュウツーに命中する。
サトシ「よし！」
地獄の傀儡師「はどうだん！」
サトシ「え？」
ミュウツー『・・・・』
ミュウツーははどうだんを放つとゼニガメに命中する。
ゼニガメ『ぎゃああああ』
サトシ「ゼニガメ！」
ゼニガメ『(_)』
セレナ・フローラ「『きゃあああああ！』」
サトシ「セレナ！」
ピカチュウ『フローラ！』
セレナ「大丈夫よ」
フローラ『これくらい平気よ』
サトシ「わかった絶対助けるからな」
セレナ「うん！」
サトシ「カビゴン、君に決めた！」
カビゴン「俺の強さにお前が泣いた」
サトシ「カビゴン、ヘビーボンバー」
カビゴン『俺の必殺技・・・』
カビゴンはミュウツーの頭上にとんだ。
地獄の傀儡師「サイコキネシス」
カビゴン『ヘビー・・・・何！』
サトシ「カビゴン！」
カビゴン『こんなもんに負けるか！』
カビゴンはサイコキネシスを弾き飛ばした。
地獄の傀儡師「何だと！」
ミュウツー『！！！』
カビゴン『・・・・ヘビーボンバー』
サトシ「さらにメガトンパンチ！」
カビゴン『メガトンパンチや！』
カビゴンのメガトンパンチがミュウツーの顔面に命中してミュウツーがつけていた仮面が粉々になった。
ナツミ「仮面が粉々になった。これで洗脳がとけたでしょうか？」
ミュウツー『・・・・』
サトシ「仮面は壊れたけど洗脳まだとけていないか」
地獄の傀儡師「（まさかここまでとは・・・仕方ありません。あのカビゴンにはさっさと退場させるためにあの手を使いますか）ミュウツー、はどうだん」
サトシ「来るぞ！カビゴン、用心しろよ」
カビゴン『ああ、任せておき』
しかしはどうだんはカビゴンではなく観客席に飛んで行った。
サトシ「え？」
ラン・ピチュー「『え？』」
サトシ「ラン！」
ピカチュウ『ピチュー！』
カビゴン『まずい！』
カビゴンは物凄い速さでラン達の前まで行った。はどうだんはカビゴンに命中する。
カビゴン『ぐわわわわ！』
サトシ「カビゴン！」
カビゴン『(_)』
コウヤ「あいつ、まさかカビゴンがランを庇うのわかっていてわざと観客席にはどうだんを打ったな」
セレナ・フローラ「『きゃあああああ！』」
サトシ「セレナ！」
ピカチュウ『フローラ！』
地獄の傀儡師「さて次はいよいよ君のエースの登場ですね」
サトシ「お前・・・カビゴンを倒すためにわざとランを狙ったな」
地獄の傀儡師「ええ、そうです。私が興味あるのは貴方のリザードンとエルレイドとピカチュウです。それ以外の雑魚にようはありません」
サトシ「カビゴン達は雑魚なんかじゃない！」
地獄の傀儡師「まあ、そのカビゴンは少しマシでしたよ」
サトシ「お前(怒)」
セレナ「サトシ！」
サトシ「セレナ・・」
セレナ「そいつの挑発に乗っちゃダメ。冷静になって」
サトシ「（そうだ！挑発に乗ったダメだ）ありがとうセレナ」
セレナ「うん！」
サトシ「よし！頼むぜリザードン、君に決めた！」
リザードン『俺、参上！』
サトシ「リザードン、セレナを助けるために力を貸してくれ」
リザードン『ああ、任せろ！俺の仲間を雑魚呼ばわりしたことを後悔させてやる』
サトシ「よし！リザードン、かえんほうしゃ！」
リザードン『俺の必殺技かえんほうしゃ！』
地獄の傀儡師「サイコキネシス！」
ミュウツー『・・・・』
サイコキネシスでかえんほうしゃを止めた。
サトシ「火力アップだ！」
リザードン『おりゃあああああああ！！』
火力アップしたこでサイコキネシスを貫いた。
ミュウツー『！！！』
ミュウツーはダメージを受ける。
ヒイロ「さすがリザードンです」
カスミ「これなら行けるわね」
ラン「行け〜リザードン」
ピチュー『頑張れリザードン』
トゲピー『頑張れリザードンのおやっさん』
ナツミ「トゲピー・・・変なこと覚えてますね(汗)でもならもしかして」
コウヤ「（ミュウツーはエスパータイプだからあの技を覚えているはずだ）」
ツカサ「（ミュウツー・・・・）」
サトシ「よし！このまま攻めるぞ！」
リザードン『ああ！』
地獄の傀儡師「はどうだん」
サトシ「メタルクローで切り裂け」
リザードン『メタルクロー！』
はどうだんをメタルクローで切り裂いた。
サトシ「今だ！地球投げだ！」
リザードン『行くぜ！俺の必殺技地球投げ！』
リザードンはミュウツーを掴んで飛んで地球投げを放った。ミュウツーは地面に激突する。
サトシ「いいぞ！リザードン」
地獄の傀儡師「さすがサトシくんのエースですね」
リザードン『へん！テメェの自慢のポケモンはボロボロじゃないか？他人のポケモンなんか使うからそうなるんだよ』
ツカサ「・・・・」
ナツミ「ツカサくんどうしました？」
ツカサ「ミュウツーの実力はこんなものじゃない」
ヒイロ「え？」
地獄の傀儡師「では仕切り直しです。ミュウツー、じこさいせい」
サトシ「じこさいせいだと！」
リザードン『やっかいな技を覚えてやがるな』
地獄の傀儡師「ではここからはが本番ですよ」
地獄の傀儡師は腕輪を手につけた。
サトシ「え？あれはまさか！」
ヒイロ「え？あれはまさかメガリング？」
ツカサ「まさか！メガシンカを？だがいくら洗脳していてもトレーナーと絆がなければメガシンカは出来ないはず「いや、出来る」え？」
ヒイロ「え？」
レッド「まさか地獄の傀儡師があれを持っていたとは」
カスミ「どういうことですか？」
レッド「地獄の傀儡師は使うのはおそらく」
地獄の傀儡師「では行きますよ・・・・・・・・・・・・・メガウェーブ！」
ミュウツー『！！！・・・・・・ぐわわわわ！』
ツカサ「ミュウツー！」
地獄の傀儡師の腕輪から出た紫色のオーラを浴びたミュウツーの鎧は粉々に砕けて紫色の光包まれメガミュウツーＸへとメガシンカするのだった。
サトシ「なんだ？あれはメガシンカ？でもなにか違う」
リザードン『ああ、まがまがしい波動を感じる』
リザードンの優先かと思った矢先追い詰められた地獄の傀儡師はミュウツーをメガシンカさせてきた。しかしいつものメガシンカと違い様子が変だ。果たして何が起きたのか？
ランとピチューのポケモンナビゲーター
ラン「ランと」
ピチュー『ピチューの』
ラン・ピチュー「『ポケモンナビゲーター』」
ラン「今回紹介するのはお兄ちゃんのバタフリーだよ。バタフリーはキャタピーの時にお兄ちゃんが初めてゲットしたポケモンだよ。ピジョンを倒しちゃうくらいの根性を持っているんだよ。そのあとバタフリーに進化してジム戦でも大活躍したんだよ」
ピチュー『バタフリーのお兄ちゃんはお嫁さんと一緒に旅立っただよね』
ラン「うん！でもいつかまた会えるいいな」
おまけ
地下室を進むロケット団は広い部屋についた。
ムサシ「何かしらこの部屋」
コジロウ「物凄い厳重だな」
ニャース「とにかく行ってみるニャ！」
次回予告
サトシ「ミュウツーのメガシンカによって形成また逆転されてしまう。メガシンカしたミュウツー前に波動モードのリザードンまでもが倒されてしまう。頼むぜゼロ！この悪い流れを変えてくれ！次回『メガウェーブの脅威！ゼロの新たなる２つの力』みんなもポケモンゲットだぜ！」