リザードンの活躍でミュウツーを追い詰めた。しかし地獄の傀儡師は謎のアイテムでミュウツーをメガシンカさせるのだった。
サトシ「なんだ！あれは？」
ピカチュウ『メガシンカなの？でもなんか様子が変だよ』
リザードン『ああ、やばい感じがする。サトシ、本気で行くぞ』
サトシ「わかった。リザードン、波動モード！」
リザードン『はああああ！』
リザードンは波動を高めて波動モードとなった。
カスミ「リザードンが波動モードになった。これで勝てるはね」
タケシ「レッドさん・・・どうしてメガシンカ出来たんたんですか？」
レッド「地獄の傀儡師が使ったアイテムはメガウェーブと言ってポケモンを強制的にメガシンカさせるアイテムだ！」
ヒイロ「え？ポケモンを強制的にメガシンカさせる」
レッド「ああ、あれを使えば絆無しでメガシンカできる。そのかわりにポケモンに大きな負担が掛かるんだ」
カスミ「そんな・・・」
サトシ「リザードン、かえんほうしゃ！」
地獄の傀儡師「サイコキネシスで受け止めなさい」
サトシ「火力アップ」
リザードン『おりゃあああああああ！』
ミュウツーはかえんほうしゃをもろに浴びた。
サトシ「よし！」
リザードン『へん！どんな問題「はどうだん」何！・・・・・ぐああああ！」
サトシ「リザードン！」
セレナ・フローラ「『きゃああああ』」
サトシ「セレナ！」
ピカチュウ『フローラ』
セレナ「だ・・・いじょぶよ・・・」
フローラ「はい、大丈夫です」
リザードン『すまないサトシ・・・』
サトシ「リザードンまだ行けるか？」
リザードン『ああ、もちろんだ！』
サトシ「よし！メタルクローだ！」
地獄の傀儡師「受け止めなさい」
リザードン『なんだと！』
地獄の傀儡師「サイコキネシス」
メガミュウツー『・・・・』
リザードン『どわわわ！』
地獄の傀儡師「はどうだん！」
サイコキネシスで身動きがとれないリザードンはそのままはどうだんが命中する。
リザードン『ぐああああ！』
サトシ「リザードン！」
セレナ・フローラ「『きゃああああ』」
サトシ「セレナ・・・」
ピカチュウ『フローラ・・・』
リザードン『ま・・だこのまま負けるか！』
リザードンから赤いオーラが出てきた。
カスミ「あれは？」
タケシ「あれはもうかだ！」
ヒイロ「波動モードのままもうかを発動しましたか」
コウヤ「だがリザードンはすでに限界だ。これが決まらないと・・・」
サトシ「行くぜリザードン！」
リザードン『ああ！』
サトシ「これは新しい技か？」
レッド「あれはもしかして」
ミナト「間違いないよ」
サトシ「行くぞリザードン、ブラストバーンだ！」
リザードン『俺の超必殺技ブラストバーン！』
リザードンのブラストバーンがメガミュウツーに迫る。メガミュウツーにブラストバーンが命中かに見えたが・・・・
地獄の傀儡師「ミュウツー、まもるです」
サトシ「何！」
メガミュウツーはブラストバーンをまもるで封じた。
リザードン『く・・・そ！』
地獄の傀儡師「サイコキネシス！」
リザードン『ぐああああ！』
リザードンはブラストバーンのはどうで動くことが出来ずそのままサイコキネシスで壁に吹っ飛ばされた。
サトシ「リザードン！」
リザードン『ま・・・だ・・・やら・・れて』
バタッ！
サトシ「リザードン！」
リザードン『(_)』
セレナ・フローラ「『きゃああああ』」
サトシ「セレナ！・・・くそ！」
セレナ「サトシ・・・」
フローラ『ピカチュウ・・・』
ラン「どうしよう・・・このままだとセレナとフローラが(涙)」
コナン「あの仕掛けをなんとかしないとサトシ兄ちゃんが安心して戦えない」
ツカサ「仕方ないあいつに頼むか」
コナン「え？」
ツカサはポケギアのスイッチを入れた。
ツカサ「俺だ。・・・・そうかわかった」
コナン「ツカサさん？」
ツカサ「安心しろもう少しの辛抱だ！」
ラン「コナン！セレナが」
コナン「え？」
サトシ「セレナ！どうした？返事しろ！」
セレナ「・・・・」
サトシ「セレナ・・・・セレナ――――――っ！」
セレナ「・・・・トシ」
サトシ「え？」
セレナ「大丈夫よ・・・私は・・・まだ・・・生きているから」
サトシ「セレナ・・・よかった」
ラン「セレナ、生きていたんだよかった」
コナン「うん・・（だがもうセレナは限界だ。次に電流を浴びたら）」
ヒイロ「セレナ・・・・僕もう我慢出来ません」
ジン「ヒイロ！」
ヒイロはサトシの助っ人に向かおうとするがジンに止められる。
ヒイロ「どうして止めるのですか？ジンさん」
ジン「落ち着け！今助けに行けばセレナは殺される」
ヒイロ「そんな・・・」
サトシ「次はゼロ、君に決めた」
ゼロ『おう！』
サトシ「行くぞゼロ！」
ゼロ『ああ、任せろ』
サトシ「ゼロ、サイコカッター」
ゼロ『ゼロスラッガー』
地獄の傀儡師「受け止めなさい」
ゼロ『おりゃあ！』
サイコカッターは真上に飛びミュウツーに命中する。
メガミュウツー『！！！』
サトシ「よし！次は炎のパンチだ！」
ゼロ『行くぜゼロナックル』
地獄の傀儡師「サイコキネシス』
ゼロ『くそ！動けない』
地獄の傀儡師「やれやれ貴方の実力はこの程度ですか？」
ゼロ『なんだと！』
地獄の傀儡師「期待外れですね」
ゼロ『お前なんかに期待される筋合いはない！俺は・・・・こんなところで負けられないだ！」
そのゼロのオーラが出始める。
ゼロ『おりゃあああああああ！』
サトシ「あれは波動モードか。やったなゼロ！」
ゼロ『ああ！俺の波動モードは少し違うみたいだな」
サトシ「え？」
ゼロ『見ていろサトシ！・・・ルナミラクルゼロ』
ゼロから青い波動が出るとゼロの色が青になった。
カスミ「え？色が変わった」
タケシ「波動モードはあんなこともできるのか」
ゼロ『ミラクルゼロスラッガー』
ゼロのまわりからサイコカッターが出てきた。
ゼロ『おりゃあ！』
メガミュウツー『！！！』
ミラクルゼロスラッガーはメガミュウツーを切り裂く。
ゼロ『まだまだだぜ！』
赤い波動を出すと赤色に変わる。
ラン「今度は赤色になった」
ゼロ『ストロングコロナゼロ！』
ゼロはメガミュウツーに接近する。
ゼロ『ガルネイト・・・バスタ―――――――ッ！』
巨大な炎がメガミュウツーを襲う。
レッド「まさかこんな力を隠し持っていたとはな」
アリス「これでこの悪い流れが変わればいいけど」
ナツミ「そうですね」
サトシ「すげぇじゃないかゼロ！」
ゼロ『ああ！この力で２人を助けるぜ』
サトシ「ああ！」
セレナ「やっぱりサトシは凄い」
フローラ『はい！』
クラ！
セレナ「あれ？なんかめまいが・・・」
コナン「（まずい！セレナはもう限界だ！次に電流を浴びたら間違いなく命をおとす）」
ツカサ「（まだか？早くしないと）」
ピリリ
ツカサ「来たか！」
コナン「え？」
ツカサ「俺だ！それでどうだ・・・・そうか」
コナン「ツカサさん？」
ツカサ「もう大丈夫だ！」
コナン「え？」
地獄の傀儡師「なかなかやります。ですが終わりです・・・サイコキネシス」
ゼロ『何！』
サトシ「ゼロ！」
地獄の傀儡師「ふふふ、彼女はもう限界みたいですね」
サトシ「え？」
地獄の傀儡師「次に攻撃が当たれば間違いなく命を落とします」
ゼロ『くそ！動けない』
地獄の傀儡師「彼女が死ぬのもあなたが彼とライバルになったからですよ」
サトシ「違う！ジンは悪くない」
地獄の傀儡師「では彼女の最後を見せて彼とライバルになったことを後悔しなさい！メガミュウツー、はどうだん」
ゼロにはどうだんが命中する。
サトシ「ゼロ！」
地獄の傀儡師「これで彼女は死にますね。貴方は結局彼女を救えませんでしたね」
ゼロに命中したことでセレナとフローラに電流が・・・・・流れない。
地獄の傀儡師「どうなっている？なぜ電流が発動しない？」
サトシ「ゼロ！大丈夫か？」
ゼロ『ああ！なんとかな」
地獄の傀儡師「（まもるを使ったようには見えない）」
ツカサ「うまくいったな」
？？？「全くあんな場所に潜入させて」
ナツミ「あなたはダイキくん」
ラン「誰？」
ナツミ「ダイキくんと言ってツカサくんの親友です」
地獄の傀儡師「貴方達何をしたのですか？」
ツカサ「地下室にあった仕掛けならこいつが解除してくれた」
ダイキ「まあ、実際に解除したのはそこの３人だけどね」
カスミ「え？あんた達は」
？？？「あんた達はと聞かれたら」
？？？「答えてあげるが世の情け」
？？？「世界の破壊を防ぐため」
？？？「世界の平和を守るため」
？？？「愛と真実の悪を貫く」
？？？「ラブリーチャーミーな敵役」
？？？「ムサシ！」
？？？「コジロウ！」
ムサシ「銀河をかけるロケット団の２人には」
コジロウ「ホワイトホール白い明日が待ってるぜ」
ニャース「ニャンてな！」
タケシ「なんでお前達が地下にいたんだ？」
ニャース「お宝を探していたらジャリガールに電流を流している装置を見つけたから解体したニャ」
ダイキ「まあ、そう言うことだ」
地獄の傀儡師「まさかこんな誤算があるとは」
サトシ「よし！これで気にせずに戦えるな」
ゼロ『ああ！おっとそうだ！』
ゼロはルナミラクルゼロになってセレナのそばに行った。ゼロの手から出た不思議な光がセレナとフローラの傷を治した。
セレナ「あれ？痛みが消えている」
ゼロ『すまない。その鎖はかたくて斬れないだ』
セレナ「ううん、頑張ってねゼロ！」
ゼロ『ああ！２人とももう少しの辛抱だぜ！』
セレナ・フローラ「『うん！』」
サトシ「ありがとうゼロ！」
ゼロ『ああ、だがあの男のことだ。まだ何かあると思うぜ』
地獄の傀儡師「仕方ないですね。ミュウツーのもうひとつのメガシンカを使いますか」
サトシ「え？」
地獄の傀儡師「ミュウツー、メガウェーブ！」
メガミュウツー『ぐあああああ！』
ツカサ「ミュウツー！」
メガミュウツーＸは紫色のオーラを浴びてメガミュウツーＹにメガシンカした。
ラン「え？またメガシンカした」
コウヤ「メガシンカした状態からさらにメガシンカしただと」
レッド「あれはかなりミュウツーに負担が掛かるぞ」
ツカサ「ミュウツー・・・」
サトシ「ゼロ！」
ゼロ『ああ、わかっているミラクルゼロ「サイコカッター」ぐはっ！』
サトシ「ゼロ！」
ゼロ『(_)』
サトシ「そんな・・・」
ラン「ゼロがやられた」
レッド「なんて速さだ」
ミナト「残るはピカチュウだけか」
メガミュウツーの力の前についにゼロまでもが倒されてしまった。残るはピカチュウのみ。果たしてサトシとピカチュウは強敵メガミュウツーに勝ってセレナ達を助けられるのか？
ランとピチューのポケモンナビゲーター
ラン「ランと」
ピチュー『ピチューの』
ラン・ピチュー「『ポケモンナビゲーター』」
ラン「今回紹介するのはお兄ちゃんのピジョットだよ。ピジョットはピジョンの時にトキワの森でお兄ちゃんがゲットしたポケモンだよ。お兄ちゃんの初めてのジム戦で大活躍したんだよ」
ピチュー『今はマサラの森のポケモン達を守っているんだよね』
ラン「うん、そうだよ」
おまけ
数分前
ムサシ「この装置なんかしら？」
コジロウ「さあな」
ニャース「あのモニターに映っているのはジャリボーイニャ」
ムサシ「ちょっとなんでジャリボーイのポケモンがダメージを受けたらジャリガールが苦しんでいるの？」
？？？「この装置のせいさ」
ムサシ「え？だれ」
ダイキ「僕はダイキ、通りすがりのお宝ハンターさ」
ニャース「お宝ハンター？」
コジロウ「この装置はなんだ？」
ダイキはロケット団に事情を話した。
ムサシ「すると何！あの相手の男、そんな卑怯なことしてるの？」
ダイキ「そうなんだだからこの装置を解除するんだ」
ニャース「わかったニャ」
コジロウ「任せろ！」
ムサシ「こんな装置すぐ解除してやるわ」
次回予告
サトシ「ゼロ達が倒されてピカチュウだけになってしまった。波動モードも通用しない。その時ツカサさんの思いが奇跡を起こした。次回『ツカサとミュウツーの絆！ピカチュウ覚醒モード発動』みんなもポケモンゲットだぜ！」