ゼロの新たな２つの力でメガミュウツーＸを追い詰めるサトシ。ロケット団の活躍でセレナとフローラの仕掛けは解除された。しかし地獄の傀儡師はメガウェーブでメガミュウツーＸを強制的にメガミュウツーＹにメガシンカさせてゼロを一撃ＫＯされてしまうのだった。残るポケモンはピカチュウのみとなってしまった。
サトシ「ピカチュウ、残るお前だけだ。絶対に勝ってセレナ達を助けるぞ」
ピカチュウ『もちろんだよサトシ』
フシギダネ『しっかりやれよピカチュウ』
ゼニガメ『俺達の分もな』
カビゴン『任せたでリーダー』
ゼロ『絶対に勝てよ』
リザードン『自分の女は自分でちゃんと助けろよ』
観客席のランのモンスターボールからラプラスが出てきた。
ラプラス『私はバトルに参加出来ませんでしがしっかり頑張ってください』
ピカチュウ『ありがとう。みんな！必ず勝ってセレナとフローラを助ける。そしてツカサさんのミュウツーの洗脳をとくよ』
ツカサ「あいつら・・・」
ヒイロ「サトシ達はまだ兄さんのミュウツーを助けることをあきらめていませんね」
タケシ「それがサトシだからな」
ケンジ「ああ、そうだね」
カスミ「それにしてもセレナに仕掛けられたトラップを解除するなんてあんた達もたまには役に立つのね」
ラン「トラップを解除するなんておばさん達凄い漫才師だね」
ムサシ「だからおばさんと言うな(怒)」
コジロウ「あと漫才師じゃない(怒)」
ニャース「たまにとはなんだニャ(怒)」
ジン「いや、今回のお前達の働き大したものだ。感謝するぞ」
ムサシ「ツンデレボーイがお礼を言うなんて珍しいわね」
コジロウ「と言うか何で俺達に対してあんなに偉そうにしているんだ？」
ニャース「全くまるでニャ達の上司みたいニャ」
タケシ「（こいつらまさか）(汗)」
ケンジ「（ジンがサカキの息子でロケット団のボスだと知らないの？）(汗)」
ヒイロ「知らないですか？」
ムサシ・コジロウ・ニャース「「「え？」」」
ヒイロ「ジンさんは・・むぐ！」
ヒイロはカスミに口を塞がれる。
ヒイロ「（カスミ何するんですか？）」
カスミ「（いいじゃない。別に言わなくても）」
ヒイロ「（え？）」
カスミ「（だって黙っていたほうが面白いじゃない♪）」
ヒイロ「（面白いて）(汗)」
コウヤ「（あいつらロケット団のボスに対してあんな口を聞いてこれは最悪の場合クビだな）」
そんなやり取りしているうちにバトルは始まった。
サトシ「ピカチュウ、君に決めた」
ピカチュウ『任せて！』
地獄の傀儡師『メガミュウツー、サイコカッターです』
サトシ「ピカチュウ、集中してかわすんだ」
ピカチュウ『わかった』
ピカチュウは集中してサイコカッターをかわした。
サトシ「よし！」
ピカチュウ『確かに速いけどこんなのコウヤのムクホークに比べれば大したことない」
アリス「コウヤ、貴方との本気のバトルもムダじゃなかったみたいね」
コウヤ「ああ、僕のムクホークのスピードを体験したサトシとピカチュウならあれくらいかわせるはずだよ」
地獄の傀儡師「それならサイコカッター乱れ打ち」
メガミュウツーは大量のサイコカッターを出した。その数は１００発。
カスミ「凄い数だわ」
タケシ「こんな数はかわしきれないぞ」
サトシ「（この数をかわすのは無理だ。それなら）ピカチュウ、１０万ボルトで吹き飛ばせ」
ピカチュウ『１０万ボルト！』
ピカチュウの１０万ボルトがサイコカッターに命中して次々と吹き飛ばすのだった。
カスミ「凄いあの数をあんな方法で」
ジン「あいつ・・このバトルでまた成長したな」
サトシ「そのままミュウツーに１０万ボルトだ！」
ピカチュウ『わかった！ミュウツー！いつまでもそんな奴に洗脳されてんじゃないよ！ツカサさんの相棒なら洗脳くらい自分で解きなよ！くらえ！１０万ボルト』
１０万ボルトはメガミュウツーに命中する。
メガミュウツー『・・・・うぐぐ・・・・』
ツカサ「ミュウツー！』
メガミュウツー『・・・ツ・・・・カ・・・サ・』
地獄の傀儡師「まずいですね」
地獄の傀儡師は手に持ったスイッチを押した。
メガミュウツー『ぐあああああああ！！』
ツカサ「ミュウツー！」
メガミュウツーは再び洗脳されて目が赤くなった。
サトシ「また洗脳された」
ピカチュウ『もう少しだったのに』
地獄の傀儡師「サイコキネシス！」
ピカチュウ『うわわわ！』
サトシ「ピカチュウ！」
地獄の傀儡師「全く三年前に逃げた実験体が随分強くなりましたね」
サトシ「実験体？・・・・まさかお前がピカチュウを・・・」
地獄の傀儡師「そうです。当時このピカチュウは私の施設にいましたが逃げられてしまいました。私はポケモンハンターにピカチュウ捕獲を依頼しましたがポケモンマスターに保護されたの手を引きました。まああの時はサカキに変装して依頼をしましたけどね」
ピカチュウ『動けない・・・』
地獄の傀儡師「なるほどじしゃくで力をおさえてましたか。それなら・・」
レッド『まずい！』
ピカチュウからじしゃくが外された。
ピカチュウ『うわわわわわ！』
ピカチュウはサイコキネシスを吹き飛ばした。
ピカチュウ『ぐががががが』
ピカチュウの目は赤色になっていた。
カスミ「これがサトシの言っていたピカチュウの本来の力」
タケシ「なんて電撃だ！最終形態のライチュウと互角・・・いや伝説のポケモンクラスの電撃だ」
ジン「ピカチュウにはある伝説のポケモンの細胞が入れらているんだ」
ケンジ「伝説のポケモンの細胞？」
ジン「ああ、伝説のポケモンゼクロムの細胞が」
タケシ「ゼクロムの細胞が・・・まさかこれはその細胞のせいなのか？」
ジン「ああ、力が強すぎて暴走しているんだ」
レッド「あの力を押さえる役割としてじしゃくを持たせていたけどそれを外されたら暴走してしまうんだ」
カスミ「それならでんきだまを使えば」
レッド「ピカチュウ自信がでんきだまを使えるレベルにならないと無理だ」
カスミ「そんな・・・」
ラン「ピカチュウ・・・」
ピチュー『お兄ちゃん―――っ！(涙)』
フローラ『ピカチュウ―――っ！(涙)』
ピカチュウ『！！！ピチュー・・・・・フローラ・・・・・』
サトシ「ピカチュウ、しっかりしろ！」
ピカチュウ『サトシ・・・』
その時サトシのリュックに入っていたでんきだまが光始める。でんきだまはリュックから飛んで行ってピカチュウと融合するのだった。
ピカチュウ『はああああ！』
ピカチュウは黄色の光に包まれて光がおさまる。
サトシ「ピカチュウ！」
ピカチュウ『サトシ！心配かけてゴメン』
カスミ「ピカチュウ、何が起きたの？」
レッド「ついにピカチュウは新の力に目覚めたか」
ミナト「あれこそピカチュウの新の力。覚醒モードだ！」
カスミ「覚醒モード・・・」
ピカチュウ『待たせたな』
地獄の傀儡師「力を制御出来ても所詮貴方は施設から逃げられた失敗作です。つまり落ちこぼれと言うわけですよ」
ピカチュウ『そのおかげで僕はサトシに会えたんだ。それに落ちこぼれだって必死頑張れば伝説をこえることがあるかもよ』
地獄の傀儡師「全くあなた意外あの森の出身のピカチュウ達は始末したのに貴方は実験に耐えるとはね」
サトシ「お前(怒)」
ピカチュウ『サトシ！』
地獄の傀儡師「では見せて貰いましょう。落ちこぼれの力を」
ピカチュウ『それはどうかな？今度の僕はちょっと強いよ』
地獄の傀儡師「サイコキネシス」
サイコキネシスでピカチュウの動きを止めた。
地獄の傀儡師「はどうだん」
はどうだんがピカチュウに命中する。
フローラ『ピカチュウ！』
地獄の傀儡師「ふん！所詮落ちこぼれですね・・・・・・何！」
そこにはピカチュウが立っていた。無傷で
地獄の傀儡師「バカな」
サトシ「あたり前だろ」
地獄の傀儡師「何！」
サトシ「メガウェーブは所詮偽物のメガシンカだ！それにミュウツーのパワーがさっきより下がっているぜ」
地獄の傀儡師「なんだと」
ピカチュウ『ミュウツーは完全に洗脳されていないだよ。だから次で完全に洗脳をとく！』
ピカチュウはパワーをため始めた。
ピカチュウ『くらえ！クロス１０万ボルト！』
ピカチュウの巨大な電撃がメガミュウツーに命中する。
メガミュウツー『！！！！』
地獄の傀儡師「なんだと」
１０万ボルトによってあたりに煙が舞う。晴れるとそこにはメガシンカが解けて倒れるミュウツーの姿があった。
ガチャ！
セレナ「え？」
フローラ『鎖が？』
ラン「セレナ達の鎖が外れた」
レッド「どうやらミュウツーを倒すと外れる仕掛けだったみたいだね」
サトシ「セレナ―――――――ッ！」
セレナ「え？サトシ」
サトシはセレナを抱き締めた。
サトシ「セレナ・・・・よかった・・・無事で」
セレナ「サトシ(涙)」
ピカチュウ『フローラ、もう大丈夫だよ』
フローラ『ピカチュウ(涙)』
フローラはピカチュウに抱きついて涙を流した。
ツカサ「ミュウツー！」
ツカサは観客席から飛び降りてミュウツーのもとに行った。
ツカサ「ミュウツー、しっかりしろ」
ミュウツー『ツカサ・・・・俺は今ままで何を？』
地獄の傀儡師「何故だ！何故洗脳が解けた。何故負けたのだ」
ツカサ「あまり前だろ」
地獄の傀儡師「！？」
ツカサ「所詮お前が使ったのは偽物のメガシンカだ。サトシとピカチュウは本当の絆であんな奇跡を起こした。そして洗脳されながらもミュウツーには俺の声が届いていただから洗脳がとけたんだ。お前は絆の力に負けたんだ」
地獄の傀儡師「絆ですか・・・貴方はいったい何なのですか？」
ツカサ「通りすがりのポケモンカメラマンだ！覚えておけ！」
地獄の傀儡師「いいでしょう。今回は貴方達の勝ちと言うとにしましょう。ですが私はまだジンくんのことを諦めたわけじゃないですよ」
レッド「逃がさないぜ」
ミナト「観念するんだな」
アリス「いくら貴方でもこの数のトレーナーとバトル出来るの？」
地獄の傀儡師「ふっ・・」
地獄の傀儡師は手に持っていたスイッチを押した。
ドカ―――――――ン
レッド「なんだ！」
地獄の傀儡師「この屋敷の起爆スイッチを押しました。あと５分で爆発しますよ」
サトシ「え？」
レッド「みんな脱出するぞ」
タケシ「はい！」
サトシ達はクロス屋敷から脱出するのだった。
ジン「・・・・」
サトシ「ジン、早く！」
ジン「ああ」
地獄の傀儡師「ジンくん、貴方は私の最高作品です。貴方は私から逃れることは出来ませんよ」
サトシ達はクロス屋敷の外に出た。
ムサシ「急ぐわよ」
コジロウ「ああ」
ニャース「死にたくないニャ」
ロケット団が扉を出た瞬間。
ドカ――――――――ン
ムサシ・コジロウ・ニャース「「「嘘だ〜(汗)」」」
爆発に巻き込まれてロケット団は空の彼方に吹っ飛ぶのだった。
ムサシ・コジロウ・ニャース「「「やな感じ〜」」」
サトシ「なんとか間に合ったな」
コウヤ「そうだな」
カスミ「でも地獄の傀儡師は？」
レッド「あいつはおそらく生きている」
カスミ「え？」
レッド「あいつは犯罪者だがマジシャンでもあるからな脱出マジックで脱出しているはずさ」
カスミ「それじゃあまた私達の前に」
レッド「ああ、きっと現れるだろ」
サトシ「その時はまたバトルすればいいさ」
レッド「そうだな。取り敢えずセレナちゃんとフローラをポケモンセンターに連れて行こう」
サトシ「ああ、そうだな。あとツカサさんのミュウツーもな」
ミュウツー『すまない、洗脳されていたとは言えお前とピカチュウの恋人を傷つけて』
ピカチュウ『謝ることないよ』
ミュウツー『だが何かお礼がしたい』
サトシ「お礼と言われてもな・・・そうだ！それなら俺がツカサさんと互角にバトル出来るトレーナーになったらもう一度俺とピカチュウとバトルしてれ」
ミュウツー『そんなことでいいのか？』
サトシ「ああ！」
ミュウツー『わかった』
ツカサ「それならお前達がバトルフロティアを制覇出来た時に俺とミュウツーとバトルだ！」
サトシ「本当ですか？約束ですよ」
ツカサ「ああ、約束だ！（もっともその日そんなに遠くない気がするがな）」
レッド「それじゃあポケモンセンターに戻るぞ」
地獄の傀儡師から無事セレナ達を助けたサトシ達。ツカサのミュウツーも戻ってきて一行はセレナ達とミュウツーを休めるためにポケモンセンターに向かうのだった。
ランとピチューのポケモンナビゲーター
ラン「ランと」
ピチュー『ピチューの』
ラン・ピチュー「『ポケモンナビゲーター』」
ラン「今回は紹介するのはお兄ちゃんのフシギダネだよ。フシギダネは隠れ里で傷ついたポケモン達を守る用心棒をしていたけどお兄ちゃんに一緒に旅する道を選んだんだよ」
ピチュー『ソーラービームは凄い威力だよね』
ラン「うん、そうだね」
おまけ
サトシ「そう言えばあの３人はどこに行ったんだ？」
タケシ「いつの間にかいなくなっていたな」
カスミ「本当たまにしか役に立たないわね」
ラン「漫才師のおばさん達大丈夫かな」
ジン「あいつらなら多分無事だろ。そのうちまた現れるさ。心配するなまたピカチュウを奪おうとしたり俺とサトシのバトルを邪魔したら今度は半年じゃなくて一緒給料無しにするつもりだ」
ヒイロ「ジンさん(汗)」
コウヤ「クビにするとは言わないんだ(汗)」
次回予告
ラン「勇者の剣を使いこなすために特訓を始めるコナンとルカリオ。そんな中お兄ちゃんの提案で試し斬りをすることになったの。パパが用意した世界一硬い金属でやってみたら勇者の剣が大変なことになったの。次回『ウソでしょう！？勇者の剣が折れちゃった』みんなもポケモンゲットだよ！」