神鳥の住む山で霧に迷うコナンだったが迷いを晴らし頂上にいるサトシ達と合流するのだった。そして神鳥の背中に乗って遥か上空の魔女イリエスのもとに向かうのだった。果たしてサトシ達は魔女イリエスを倒せるのか？
上空
サトシ「見えてきた」
コウヤ「だけどこの邪悪な波動を何とかしないと近づけないぞ」
神鳥「波動の勇者よ！剣で邪悪な波動を斬れ」
ルカリオ『わかった！勇者の剣！とりゃああ！』
ルカリオは邪悪な波動を勇者の剣で斬った。
ヒイロ「邪悪な波動が消えていく」
ジン「これで近づける」
イリエス「随分な真似してくれたわね。神鳥を連れてきても完全体になった私には勝てないわよ」
サトシ「勝手に決めるなよな。俺達はお前に絶対勝つぜ」
イリエス「いいわ。力の差を見せてあげるわ」
イリエスは腕から触手を出した。
ヒイロ「サーナイト、バシャーモ」
コウヤ「ロズレイド」
ジン「ライチュウ」
サトシ「ピカチュウ、リザードン、ゼロ」
サトシ・コウヤ・ジン・ヒイロ「「「「頼むぜ（頼みます）」
ピカチュウ『任せて！』
リザードン『ああ！任せろ、俺のクライマックスはここから始まるぜ』
ゼロ『いくぜ！俺のビッグバンは止められないぜ』
バシャーモ『行くぞ！サーナイト』
サーナイト『はい！』
ライチュウ『お前を倒す！』
ロズレイド『血祭りにしてあげるわ』
触手がサトシ達に襲い掛かる。
サトシ「ピカチュウ、１０万ボルト！」
ピカチュウ『１０万ボルト！』
１０万ボルトで触手を吹き飛ばす。
サトシ「ゼロ、イリュージョンサイコカッター！」
ゼロ『イリュージョンゼロスラッガー』
スパッ！スパッ！
イリュージョンゼロスラッガーで触手を次々と切断する。
サトシ「リザードン、かえんほうしゃ！」
リザードン『俺の必殺技かえんほうしゃ！』
かえんほうしゃで次々と触手を燃やすのだった。
ヒイロ「バシャーモ、かえんほうしゃスラッシュだ！」
バシャーモ『ゴッドスラッシュ！』
バシャーモはかえんほうしゃをソードにして触手を次々と切断する。
ヒイロ「サーナイト、マジカルシャイン」
サーナイト『マジカルシャイン』
マジカルシャインで触手を吹き飛ばす。
コウヤ「ロズレイド、エナジーボールを剣に変換して切り裂け」
ロズレイドはエナジーボールを変換して紅く輝く剣を出した。
ロズレイド『くらいなさい』
ロズレイドはエナジーボールの剣で触手を次々切り裂いた。
ジン「ライチュウ、エレキボール！」
ライチュウ『ビッグバンアタック！』
エレキボールで触手を次々と吹き飛ばすのだった。
コナン「ルカリオ、ボーンラッシュ」
ルカリオ『メタルプランティング』
ルカリオはボーンラッシュで触手を次々と切断する。
イリエス「やってくれたわね」
サトシ「俺達はお前何かに負けない！」
ジン「サトシ！一斉攻撃だ！」
サトシ「よし！ピカチュウ、１０万ボルト。ゼロ、イリュージョンサイコカッター。リザードン、かえんほうしゃ！」
ピカチュウ『１０万ボルト！』
ゼロ『イリュージョンゼロスラッガー！』
リザードン『かえんほうしゃ！』
コウヤ「ロズレイド、タネマシガン散乱！」
ロズレイド『くらいなさい！タネマシガン』
ヒイロ「サーナイト、ムーンフォース！バシャーモ、かえんほうしゃときあいだまの合体技石破天鷲拳」
サーナイト『ムーンフォース！』
バシャーモ『流派！東方不敗の名のもとに！俺のこの拳が真っ赤に燃える！勝利を掴めと轟き叫ぶ！爆熱ゴッドフィンガー石破天鷲拳！』
ジン「ライチュウ、破壊光線！」
ライチュウ『ファイナルフラッシュ！』
コナン「ルカリオ、はどうだんだ！」
ルカリオ『トリガーフルバースト！』
サトシ達のポケモンの技がイリエスに命中する。
イリエス「無駄よ！」
サトシ「やはり回復するか」
イリエス「それにしても貴方もそんな化け物をパートナーに持つなんてね」
コナン「化け物だと！ルカリオのどこが化け物だ！」
イリエス「だってそのルカリオはシンクロすると貴方もダメージを受けるのでしょう？自分のトレーナーを傷つけるなんて化け物のすることよ」
コナン「違うルカリオは化け物なんかじゃない」
ルカリオ『コナン・・・』
サトシ「お前いい加減にしろ！」
ピカチュウ『くらえ！アイアンテール』
イリエス「邪魔よ」
ピカチュウ『うわわわ』
サトシ「ピカチュウ！」
ピカチュウ『わかった！はあああ！』
イリエス「これは？あなた何者？」
ピカチュウ『この力に驚くのは無理ないか。僕は覚醒モードのピカチュウだ！』
イリエス「覚醒モード・・・ピカチュウだと？」
ピカチュウ『お前強いな・・・・だけど覚醒モードまでは読めなかったみたいだな』
イリエス「面白いわ相手してあげる」
サトシ「コナン、俺とピカチュウで時間を稼ぐからルカリオを立ち直させろ」
コナン「わかった」
ルカリオ『コナン・・・・俺は・・・』
コナン「ルカリオ・・・約束を忘れたの？みんなでラン達のとこに帰ると言う約束を」
ルカリオ『・・・そうだ！ピチューと約束したんだ！』
ピカチュウ『クロス１０万ボルト！』
イリエス「ぐおおおお！」
サトシ「やったか？」
イリエス「確かに強いわ。私が不死身じゃなければ倒せたわね」
ピカチュウ『やっぱり、覚醒モードでもダメか』
コナン「お待たせ」
サトシ「やっときたか」
イリエス「化け物が何か用かしら？」
ルカリオ『俺は化け物なんかじゃない！俺には帰りを待ってくれている奴がいる。俺は波動の勇者で探偵だ！」
コナン「違うだろ？ルカリオ、俺達だろ？」
ルカリオ『そうだったな。行くぜ！コナン』
コナン「ああ！ルカリオ、波動の勇者モードだ！」
ルカリオは波動の勇者モードになった。
コナン・ルカリオ「『魔女イリエス！さぁ、お前の罪を数えろ！』」
イリエス「今さら数えきれるか」
コナン「ルカリオ、グロウパンチ」
ルカリオ『グロウパンチ』
イリエス「ぐああああ！・・・・調子に乗るな―――――――っ！」
コナン・ルカリオ「『うわわわわわ！』」
サトシ・ジン・ヒイロ・コウヤ「「「「コナン、ルカリオ！！」」」」
コナンとルカリオは神鳥の背中からおちてしまった。同じ頃ポケモンセンターでは
ポケモンセンター
セレナ「ラン・・・」
ラン「セレナ・・・」
セレナ「ラン！目を覚ましたのね」
アリス「セレナちゃん、大変よ」
セレナ「え？」
アリス「外を見て」
セレナ「あれはサトシ達の戦いが中継されている」
ラン「コナン！ルカリオ」
ナツミ「ランちゃん、起きたのですね」
タケシ「みんなテレビを見てくれ」
セレナ「この人は？」
アリス「オレンジリーグヘッドリーダーエンドウ・マモルよ」
カスミ「この人が・・・」
エンドウ『オレンジ諸島に住むみんな聞いてくれ！今このオレンジ諸島を滅ぼそとしている魔女イリエスと戦っているトレーナーがいる魔女イリエスはとても恐ろしいだからみんなも彼らを応援してほしい（負けるなよコナン！）』
カスミ「え？」
セレナ「どうしたの？」
カスミ「コナンとルカリオが・・・神鳥の背中からおちた」
ラン「いや―――――っ！コナン―――――っ！(涙)」
ピチュー『ルカリオ―――――(涙)』
タケシ「負けるな」
カスミ「まだ助かるわ！」
ラン・ピチュー「『負けないで・・・コナン、ルカリオ！』」
セレナ「え？風」
その時オレンジ諸島全体に風が吹き始めた。
上空
コナン「ルカリオ、聞こえるか？」
ルカリオ『ああ！オレンジ諸島の人々とポケモン達・・・そして』
コナン・ルカリオ「『ランとピチューの声が！』」
ルカリオのマントは翼にかわりコナンは背中に捕まる。
サトシ「あれは」
ヒイロ「コナンとルカリオです」
ルカリオはコナンを神鳥の背中におろす。
コナン「今度こそ決めるぞ！」
ルカリオ『ああ！』
ルカリオは魔女イリエスに向かって飛び立つ。
魔女イリエス「このエネルギー波でオレンジ諸島ごと消し飛ばしてやるわ」
サトシ「みんな、ルカリオの援護だ！」
コウヤ「ああ！」
ヒイロ「任せてください」
ジン「いいだろ」
ルカリオは魔女イリエスに向かって飛ぶが触手が邪魔するがピカチュウ達がこれを破壊する。
コナン「行け！ルカリオ、ブレイズキックだ！」
ルカリオは両足に炎のエネルギーを溜めて魔女イリエスに向かって飛ぶ。
ルカリオ『くらえ！ブレイブソード』
ルカリオは全身波動を高めて勇者の剣のエネルギーを身にまとう。
イリエス「ぐあああああああああ」
魔女イリエスの胸に命中する。
イリエス「私は不死身よ。これくらいで『ピシッ』何？まさか！『ピシッ』宝石が砕けはじめている・・・・・なるほどこれが・・・・・」
ルカリオ『そうだ！魔女イリエス・・・それが死だ！』
イリエス「そう・・・これが死。・・・・死ぬの初めてね・・・・ふふふ・・・はははは・・・・・・」
パリーン
ドカ―――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――――ン
魔女イリエスの宝石は粉々に砕けて大爆発をするのだった。
サトシ「やったのか？」
コウヤ「ああ！」
コナン「ふぅ〜疲れた」
ルカリオ『そうだね』
ヒイロ「早くポケモンセンターに戻りましょう」
サトシ達はポケモンセンターに向かうのだった。
ポケモンセンター
カスミ「戻ってきたわ」
タケシ「本当だな」
セレナ「サトシ！」
サトシ「うわ！セレナ」
セレナはサトシに抱きついた。
セレナ「良かった・・・・・・サトシが生きて戻って・・来てくれて(涙)」
サトシ「セレナ・・・・心配かけたな」
フローラ『ピカチュウ！』
ピカチュウ『わあ！フローラ』
フローラ『良かった・・・・・ピカチュウが無事で・・・(涙)』
ピカチュウ『もう大丈夫だよフローラ』
カスミ「あんた達ね。人前なんだからね(汗)」
タケシ「まあ、今日くらいいいだろ」
カスミ「・・・そうね」
コナン「ははは(汗)」
ラン「コナン！」
コナン「ラン！」
ランはコナンに抱きついた。
ラン「心配したんだよ。おちた時は凄く怖かったよ(涙)」
コナン「ラン、もう大丈夫だよ。俺はここにいるから」
ラン「うん！それよりこの大きなポケモンさんは？」
コナン「あれは神鳥だよ」
ラン「神鳥？ポケモンじゃないの」
神鳥「ああ、私はポケモンではない」
コナン「ありがとう神鳥。おかげで魔女イリエスを倒すことができた」
神鳥「先代との約束を果たしただけだ。私はこれからまた別の世界に行く」
コナン「そうか・・元気でな神鳥！」
神鳥「私はもともとこの世界の者ではない。神鳥というのはこの世界の人間達が名付けたのだ。私が産まれた世界では私はこう呼ばれていた・・・ラーミアと」
神鳥は大空を飛んで時空の彼方に消えて行った。
コナン「元気でな・・・神鳥・・いやラーミア！」
こうしてサトシ達は魔女イリエスを倒したのだった。そしてオレンジ諸島に再び平和が戻るのだった。
ランとピチューのポケモンナビゲーター
ラン「ランと」
ピチュー『ピチューの』
ラン・ピチュー「『ポケモンナビゲーター』」
ラン「今回紹介するのはお兄ちゃんのケンタロスだよ。ケンタロスはサファリゾーンでゲットしたんだよ」
ピチュー『しかも３０匹もゲットしたんだよね』
ラン「あれは凄いよね」
おまけ
ピチュー『お兄ちゃん、ルカリオ！(涙)』
ピカチュウ『ただいまピチュー』
ルカリオ『約束は守ったぜ』
ピチュー『うん！おかえり』
次回予告
サトシ「魔女イリエスの事件から１週間いよいよオレンジリーグが始まった。行くぜ！必ず勝つぜ！そして俺達の前にあの伝説のキャプテンと呼ばれるヘッドリーダーが現れる。次回『開幕オレンジリーグ！伝説のキャプテン登場』みんなもポケモンゲットだぜ！」