緑豊かなリゾート地グリーンフィールドを訪れたサトシ一行。しかしグリーンフィールドは謎の結晶現象に覆われていた。さらに突然現れた伝説のポケモンエンテイに母ハナコを連れ拐われてしまう。サトシとランは母ハナコを助けるために仲間達と共に結晶塔を目指すのだった。
ラン「ここが結晶塔だね」
コナン「ああ、でも入り口はどこだ？」
ヒイロ「結晶だらけで入れませんね」
ラン「お兄ちゃん、あそこから登って行けないかな？」
ランは水が上から流れている場所を指した。
サトシ「よし！フシギダネ、チコリータ、ヨルノズク頼むぜ！」
サトシはヨルノズクとフシギダネとチコリータを出すのだった。
サトシ「よし！つるのムチで引き上げてくれ」
フシギダネ『任せておけ！』
チコリータ『うん！』
サトシ「よし！登るぞ」
サトシはつるのムチで登り始める。しかしこの様子はテレビ中継されていた。
ポケモンセンター
オーキド「あれはサトシ？なにをしているんじゃ！」
カスミ「もうばれちゃった(汗)」
タケシ「目立ち過ぎだ(汗)」
その頃結晶塔のミーの部屋では。
結晶塔 ミーの部屋
ミー「あっ！あれってフシギダネとチコリータとヨルノズクだ！あのお兄ちゃんポケモントレーナーかな？」
ハナコ「・・・・」
ハナコはその様子を見ている。すると足を滑らして落ちそうになる。
ハナコ「！？・・サトシ！危ないじゃない。そんなことして！」
ミー「ママ、どうしたの？」
ハナコ「え？」
ミー「あのお兄ちゃん知っているの？」
エンテイ『追い出すか？』
ミー「ううん、それよりミーはポケモンバトルをして見たい。出来るかな？」
エンテイ『出来るさ。ミーが望めば』
ミー「そうだよね」
ミーはエンテイに会った時のことを思い出す。アンノーン・カードを並べていた時に突然アンノーンがミーの周りに現れさらに結晶が広がり始めた。しかしシュリー博士に会えないことに泣き出してしまう。
ミー「パパ、会いたいよ(涙)」
ミーがそう思った時アンノーンが反応してエンテイが実体化して現れるのだった。
エンテイ『私を呼んだのはお前か？』
ミー「パパ！・・・パパがエンテイになって帰ってきた」
エンテイ『私が・・・パパ。お前の望みを言え』
こうしてミーとエンテイは出会ったのだった。同じ頃サトシ達は。
サトシ「あそこを壊せば入れるかもな。よし！ヒノアラシ、君に決めた！」
ヒノアラシ『任せておけ』
リョウマ「サトシ、ヒノアラシをゲットしたのか？」
サトシ「ああ、そうだぜ！ヒノアラシ、かえんほうしゃだ！」
ヒノアラシ『かえんほうしゃ！』
ヒノアラシはかえんほうしゃを放つと壁に穴が空いた。
サトシ「よし！・・・え？」
しかし空いた壁はすぐにふさがった。
ラン「壁に結晶が」
メイミ「どうしよう」
コナン「何か方法は・・・あれ？・・水？・・！？もしかして。サトシ兄ちゃんもしかしら水は結晶にならないのかも知れないよ」
リョウマ「なるほどな。それなら銀河転生、水の戦士ミズゴロウ」
ミズゴロウ『おう！』
リョウマ「ミズゴロウ、みずてっぽう」
ミズゴロウ『派手に行くぜ！みずてっぽう』
サトシ「ヒノアラシ、もう一度かえんほうしゃ。それから出てこいワニノコ」
ワニノコ『おう！』
サトシ「ワニノコ、みずてっぽうだ！」
ヒノアラシのかえんほうしゃで穴を開けたあとミズゴロウとワニノコのみずてっぽうを放った。そしてみずてっぽうを通って結晶塔に突入するのだった。
結晶塔
ラン「あれ？ポケギアがもしもし」
オーキド『なにをしているんじゃ？サトシ、ラン！』
サトシ「オーキド博士！」
オーキド『テレビに映っていたぞ』
サトシ「あちゃ〜(汗)」
オーキド『入ってしまったものは仕方ない必ずハナコさんを助け出すじゃぞ！』
サトシ「わかりました」
ジョン『サトシくん、ジョンだけどその塔にはアンノーンがいるはずだがいるかい？』
サトシ「今は見当たりません」
ジョン『それなら注意してくれ』
サトシ「わかりました」
サトシ達は結晶塔の奥へと進むのだった。
結晶塔 春の部屋
ラン「ここは？」
メイミ「塔の中にお花畑？」
コナン「あれは？」
するとサトシ達の前にエンテイに乗った女性が現れた。
？？？「あなた達ポケモントレーナーよね？」
サトシ「そうだけど」
？？？「私とポケモンバトルしてくれる？」
サトシ「そんな暇ない！母さんがこの先にいるんだ！」
？？？「ここには私とパパとママしかいないわ」
サトシ「そんなはずは「待ってサトシ兄ちゃん」え？」
コナン「お姉さん、ミーさんでしょう？」
ミー「そうよ。よくわかったわね」
メイミ「どういうこと？ミーちゃんって確か５歳のはずじゃあ？」
コナン「この結晶世界は彼女の心の世界。なんでも彼女の思い通りになるのさ」
ミー「どうするの？バトルしないの？するの？」
サトシ「よし！「待ってください」え？」
ヒイロ「ここは僕が引き受けますから」
サトシ「ヒイロ」
セレナ「サトシ、ここはヒイロに任せましょう」
サトシ「わかった。頼むぜ！ヒイロ」
ヒイロ「はい！」
サトシは階段から上の階を目指す。
ヒイロ「僕が相手をします」
ミー「いいわ。それじゃあ始めましょう」
ヒイロvsミー
ミー「行け！モココ」
モココ『はーい！』
ヒイロ「ピカチュウ、頼みます」
ピカチュウ『任せて』
ヒイロ「ピカチュウ、でんこうせっか」
ミー「かわしてアイアンテール」
ピカチュウ『でんこうせっか・・・え？』
モココ「アイアンテール！』
ピカチュウ『きゃああ』
ヒイロ「ピカチュウ！」
ミー「やったわ！モココ」
ヒイロ「（ミーちゃんの心が生み出したポケモン。予想外に手強い）」
ヒイロはバシャーモを出した。
ヒイロ「行くよ！バシャーモ」
バシャーモ『ああ！』
ミー「次はこの子よ！ゴマゾウ」
ゴマゾウ『行くよ！』
ミー「ゴマゾウ！ころがる』
ヒイロ「バシャーモ、受け止めて」
バシャーモ『任せろ・・・（なんてパワーなんだこのゴマゾウは・・・）」
バシャーモはころがるを受け止めるが押され始める。
ヒイロ「（僕が時間を稼ぎますから無事にハナコさんを助けてください）」
エンテイ『楽しいか？ミー』
ミー「うん！凄く楽しい」
エンテイに笑顔で答えるミーを見つめるエンテイ。しかしすぐにサトシ達が登って行った階段を見つめる。
結晶塔 夏の部屋
サトシ「ここが次の階か？」
ラン「あれは？」
サトシ達の前にエンテイとミーが現れる。
ミー「次は誰が相手なの？」
リョウマ「サトシ・・・ここは俺が引き受ける」
サトシ「リョウマ・・・」
リョウマ「ハナコさんはおそらくこの上だ！」
サトシ「わかった。リョウマ頼むぜ！」
リョウマ「ああ！」
ミー「あなたは」
リョウマ「フスベシティのリョウマ。こう見えてジムリーダーの義理の弟だ！」
ミー「あなたがジムリーダーの？私もジムリーダーになれるかな？」
エンテイ『なれるさ！ミーが望めば』
するとミーの姿はリョウマと同じ年の女の子になった。
ミー「さあ！始めましょう」
ミーの声とともに巨大な大津波が起きる。
リョウマ「なるほど・・心の世界だから何でもありか」
ミー「行くよ！」
リョウマ「ああ！」
リョウマvsミー
リョウマ「銀河転生！水の戦士ミズゴロウ」
ミズゴロウ『おう！』
ミー「行け！マンタイン」
マンタイン『おう！』
ミー「バブル光線！」
リョウマ「みずてっぽう」
ミズゴロウ『派手に行くぜ！みずてっぽう』
ミズゴロウはみずてっぽうでマンタインのバブル光線を次々破壊する。
リョウマ「いいぞ！ミズゴロウ」
ミー「それならうずしお」
ミズゴロウはうずしおに閉じ込められる。
ミー「やったわ」
リョウマ「ミズゴロウ、うずしおの回転に合わせてみずてっぽうだ！」
ミズゴロウ『わかった！回転みずてっぽう』
ミズゴロウは回転みずてっぽうでうずしおを吹き飛ばした。
リョウマ「よし！」
ミー「凄い！」
リョウマとミーの激しいバトルは続くのだった。
結晶塔 ミーの部屋
ラン「あっ！ママ。それにサーナイト」
ハナコ「サトシ、ラン。それにセレナちゃんとメイミちゃん。コナン君も」
サトシ「よかった。無事で」
ハナコ「ここまで来るとはね」
ラン「ママの子供だかね」
ハナコ「そうね」
サトシ「早くここから出よう」
ハナコ「わかったわ。ミーちゃん、起きて」
ミー「ママ、どうしたの？」
ハナコ「聞いてミーちゃん、私はあなたの本当のママじゃないわ」
ミー「え？」
ハナコ「私はサトシとランのママよ」
ラン「ミーちゃん、久しぶりだね」
コナン「前にマサラタウンで会ったよな」
ミー「・・・」
ハナコ「あなたはここにいたら行けないわ。一緒に外に出ましょう」
ミー「いや・・・いや――――っ！」
サトシ「え？」
メイミ「なに！」
ミーの叫びともに部屋は吹雪に覆われてしまう。サトシ達はハナコと引き離されてしまう。
ラン「ママ！」
サトシ「母さん、大丈夫？」
ハナコ「ええ、ありがとうサーナイト」
サーナイト『ええ』
エンテイ『どうしたミー？』
ミー「パパ・・・ママがあの子に盗られちゃう」
エンテイ『その人から放れろ！』
サトシ「そんなこと出来るか！俺とランの母さんだぞ」
ラン「そうよ！ママを返してよ」
エンテイ『例えそうでもここではミーの母親だ！』
コナン「ふざけるな！行くぞルカリオ」
ルカリオ『ああ！』
コナン「ルカリオ！フルパワーで行くぞ」
ルカリオ『わかった！』
ルカリオは波動の勇者モードになった。
コナン「ルカリオ、勇者の剣」
ルカリオ『わかった』
ルカリオははどうだんを勇者の剣に変換した。
コナン「行け！」
ルカリオ『はあ！』
エンテイ『あまい！』
ルカリオ『なに！』
コナン「グロウパンチ」
ルカリオ『グロウパンチ』
エンテイ『かえんほうしゃ！』
ルカリオ『ぐあああ！』
コナン「ぐあああ！」
ラン「コナン！」
ルカリオは波動の勇者モードが解けて倒れた。コナンは同時に倒れた。
メイミ「コナン」
ラン「コナン、しっかりして」
コナン「ラン・・メイミ・・」
メイミ「よくもコナンを・・・・メタちゃん！」
メタモン『メタたん、頑張る』
コナン「よせ！・・・メタモンの敵う相手じゃない」
メイミ「でも・・・」
コナン「サトシ兄ちゃん・・あとはお願い」
サトシ「わかった。コナンお前の思い受け取ったぜ！」
エンテイ『ここから出ていかないなら追い出すまでだ」
セレナ「サトシ、頑張って・・・」
ラン「お兄ちゃん・・・」
ハナコ「サトシ・・・」
ついにエンテイとの決戦が始まった果たしてサトシは勝てるのか？
ランとピチューのキャラ紹介講座
ラン「ランと」
ピチュー『ピチューの』
ラン・ピチュー「『キャラ紹介講座』」
ラン「今回紹介するのは私とコナンが通っていた幼稚園の組長先生だよ」
園長「あのランちゃん、私は組長じゃなくて園長です(汗)」
ラン「組長は昔からその顔なんだよね」
園長「はい、子供のころからこの顔なのです。なぜか誰もバトルをしてくれなくて」
ラン「顔のせいじゃない？」
園長「そんなに怖いですか？」
ピチュー『うん！』
ラン「怖い」
園長「トホホ(汗)」
おまけ
レッド「急ごう、リザードン」
リザードン『ああ、そうだな。・・・ん？』
レッド「どうした？」
リザードン『今、この雲の下に誰かいたような気がして』
レッド「気のせいか？」
リザードン『わからない（見間違いじゃなければ今この下を通ったのは・・・）』
一方レッド達が目撃した者はグリーンフィールドに向けて飛んでいた。
？？？『待っていろ！サトシ、ラン』
サトシ「ついに始まったエンテイとのバトル。しかしエンテイの圧倒的な強さに俺のポケモン達は倒されて行く。絶体絶命のピンチになんとあいつが駆け付けてくれた。次回『炎の激闘！リザードンvs結晶塔の帝王エンテイ』みんなもポケモンゲットだぜ！」