結晶塔に乗り込んだサトシ達の前にエンテイとミーが立ちふさがる。ヒイロとリョウマにその場を任せたサトシ達はついに母ハナコと再会する。しかしそんなサトシ達の前にエンテイが現れコナンのルカリオを一撃で倒してしまう。果たしてサトシはエンテイに勝てるのか？
サトシ「行くぞ！ヒノアラシ、君に決めた」
ヒノアラシ『やるぞ！』
サトシ「行くぞ！ヒノアラシ！』
ヒノアラシ『ああ！脳細胞がトップギアだぜ！』
サトシ「ヒノアラシ、でんこうせっか」
ヒノアラシ『でんこうせっか！』
エンテイ『小賢しい！』
ヒノアラシ『ぐわ！』
サトシ「ヒノアラシ！」
ヒノアラシ『まだまだ！』
サトシ「よし！かえんほうしゃ！」
ヒノアラシ『かえんほうしゃ！』
ヒノアラシはかえんほうしゃを放った。しかし・・
エンテイ『無駄だ！』
エンテイはかえんほうしゃを放ちヒノアラシのかえんほうしゃを押し返した。
ヒノアラシ『ぐあああ！』
サトシ「ヒノアラシ、大丈夫か？」
ヒノアラシ『ゴメン・・サトシ！』
サトシ「ありがとう！休んでくれ！」
サトシはヒノアラシをボールに戻した。
サトシ「次はワニノコ、君に決めた！」
ワニノコ『任せろ！』
サトシ「ワニノコ、つばめがえしに水のエネルギーを纏わせて剣にしろ！」
ワニノコ『わかった！」
ワニノコはつばめがえしに水のエネルギーを纏わせて剣を作った。
ワニノコ『行くぞ！ここからは俺のステージだ！』
サトシ「ワニノコ、そのまま斬りかかれ」
ワニノコ『おりゃあ！』
ワニノコはつばめがえしで斬りかかった。
エンテイ『！？・・・小賢しい！』
エンテイはかえんほうしゃを出すがワニノコはステップでかわす。
サトシ「いいぞ。ワニノコ」
エンテイ『あまい』
サトシ「ワニノコ、アクアジェットだ！」
ワニノコ『アクアジェットスカッシュ！』
ワニノコはアクアジェットをしたままキックをした。
エンテイ『無駄だ！』
ワニノコ『ぐあああ！』
しかし踏みつけでやられてしまう。
サトシ「戻れワニノコ！」
エンテイ『お前達では私には勝てない。さっさとここから出ていけ』
その時ランのストックパーツからゼロが出てきた。
ゼロ『サトシ！今度は俺がやる』
サトシ「ゼロ！わかった頼む」
ハナコ「サトシ・・・」
ミー「・・・」
ラン「お兄ちゃん・・」
セレナ「大丈夫よ」
ラン「うん！」
サトシ「ゼロ、イリュージョンサイコカッター」
ゼロ『イリュージョンスラッガー！』
エンテイ『かえんほうしゃ』
サトシ「それならサイケ光線」
ゼロ『ワイドゼロショット』
エンテイ『かえんほうしゃ』
２つの技はぶつかりあって大爆発する。
サーナイト『危ない！』
サーナイトはサイコパワーのバリアでハナコとミーを守った。
ハナコ「ありがとうサーナイト」
サーナイト『大丈夫よ。サトシはあなたとレッドさんの子供よ』
ハナコ「ええ、もちろんよ」
ラン「ママ、大丈夫？」
ハナコ「大丈夫よ。ラン」
ミー「・・・・」
サトシ「大丈夫か？ゼロ」
ゼロ『すまない。今のでかなりダメージを受けてしまった』
サトシ「あとはピカチュウに任せろ！」
ゼロ『ああ、頼むぜ！ピカチュウ』
ピカチュウ『任せて』
エンテイ『誰で来ようと同じだ！』
サトシ「ピカチュウ、でんこうせっか」
ピカチュウ『でんこうせっか！』
エンテイ『なに！・・・ぐあああ！』
ミー「パパ！」
サトシ「行くぞ！幻のエンテイになんかに負けない！」
エンテイ『私が幻だと？』
サトシ「そうだ！お前はミーが作り出した幻のエンテイだ！」
ミー「違う・・・違――――うっ！」
サトシ「うわ！」
ピカチュウ『うわ！』
ミーの叫びに反応しさらに結晶が広がる。
エンテイ『私は幻などではない！私は・・・・ミーの父親だ！』
エンテイはサトシとピカチュウに飛び掛かる。
サトシ「ピカチュウ、１０万ボルト」
ピカチュウ『１０万ボルト』
エンテイ『うおおぉぉぉ！』
エンテイは１０万ボルトに耐えてかえんほうしゃを放つ。
ドカ――――ン！
結晶塔の壁に大きな穴が開く。
サトシ「なんてパワーだ」
ピカチュウ『とんでもない強さだ！』
ハナコ「サトシ！」
エンテイ『止めだ！』
エンテイはかえんほうしゃを放った。
サトシ「うわ！」
ピカチュウ『うわ！』
セレナ「サトシ！」
ハナコ「サトシ！」
ラン「お兄ちゃん！」
フローラ『ピカチュウ！』
ピチュー『お兄ちゃん！』
サトシとピカチュウは結晶塔から墜ちてしまった。
サトシ「うわわわ！」
ピカチュウ『うわわわ！』
塔から墜ちるサトシとピカチュウ。その時・・・
ガシッ！
サトシ・ピカチュウ「『え？』」
？？？『大丈夫か？２人共！』
サトシ「リザードン、来てくれたのか」
リザードン『当たり前だろ？』
ラン「あれはリザードンだよ」
コナン「助けに来てくれたんだ」
メイミ「よかった」
ハナコ「サトシ、よかった無事で」
サトシはリザードン共に結晶塔に戻ってきた。
エンテイ『なんだそいつは？」
サトシ「俺の仲間だ！」
エンテイ『仲間だと？』
サトシ「そうだ！俺が旅をして出会った仲間だ！」
リザードン『そう言うことだ！』
ミー「仲間？」
ヒイロ・リョウマ「「サトシ！」」
サトシ「ヒイロ、リョウマ無事だったか」
エンテイ『誰が来ようと同じだ！』
エンテイはかえんほうしゃを放つがサトシは素早くリザードンに乗り塔の外に出る。
サトシ「リザードン、かえんほうしゃ」
リザードン『俺の必殺技かえんほうしゃ！』
エンテイ『かえんほうしゃ』
２つのかえんほうしゃはぶつかり合う。
ラン「お兄ちゃん・・』
ハナコ「ミーちゃん！思い出して！あなたの本当とパパとママを」
ミー「・・・」
サトシ「エンテイ！聞いてくれ！ミーのことを想うならここにいたらダメだ！」
エンテイ『私はミーの父親。ミーが望む限り父親であり続ける』
サトシ「このままここにいたらミーはずっと一人ぼっちだ！」
ミー「一人ぼっち？・・・」
エンテイ『ミーには私がいる。一人ぼっちなんかではない』
サトシ「このわからず屋が」
リザードン『全くお前はいつもとんでもないことに巻き込まれているな』
サトシ「悪いな修行中なのに」
リザードン『いいさ！それよりどうする？恐らく波動モードになっても勝てないと思うぜ』
サトシ「ああ！だがこのままじゃあいけない！だから力を貸してくれリザードン」
リザードン『当たり前だ！行くぜ！俺達のクライマックスはここからだ！』
サトシ「一か八かかえんほうしゃを撃ち合いの瞬間に波動モードになって見よう」
リザードン『わかった』
サトシ「リザードン、かえんほうしゃ！」
リザードン『かえんほうしゃ！』
エンテイ『かえんほうしゃ！』
かえんほうしゃ同士がぶつかり合う。
サトシ「今だ！波動モード」
リザードン『波動モード！』
エンテイ『なに！』
エンテイは波動モードでパワーアップしたかえんほうしゃをあびる。
エンテイ『ぐあああ！』
ミー「パパ！」
サトシ「やったか・・・？」
エンテイ『うおおぉぉぉ！』
サトシ「なに！」
リザードン『なんて奴だ！」
エンテイの飛び掛かりを受けてサトシ達は塔に落とされた。
エンテイ『止め！』
エンテイはリザードンの首を押さえ付けてかえんほうしゃを放とうする。
サトシ「リザードン！」
ピカチュウ『不味い！』
ミー「やめて！」
エンテイの手が止まった。
ミー「もういいよ。パパ・・・(涙)」
エンテイはリザードンへの止めをやめた。
リョウマ「ミーちゃん、君には負けたよ」
ミー「え？」
ヒイロ「ゴマゾウのころがる凄かったよ」
リョウマ「マンタインのうずしおもな。君ならきっとジムリーダーになれるさ」
サトシ「バトルが終わればみんな仲間さ。喧嘩もするけど楽しいことだってある」
ラン「ミーちゃん、一緒に外に出よう」
コナン「また一緒に遊ぼうぜ！」
ハナコはミーを抱き締める。
ミー「暖かい・・・(涙)」
ミーは涙を流して喜んだ。
エンテイ『・・・・』
ラン「よかったね」
コナン「ああ、そうだな」
エンテイはその場を立ち去ろうとする。
ミー「パパ？」
エンテイ『私はお前を幸せにするために生まれた父親・・・お前の幸せが外にあると言うなら・・』
ドカ――――ン
サトシ「な、なんだ！」
コナン「何が起きたんだ？」
ラン「きゃあ！」
突然結晶塔に起きた異変。果たして何が起きたのか？そしてサトシ達のは無事脱出出来るのか？
ランとピチューのキャラ紹介講座
ラン「ランと」
ピチュー『ピチューの』
ラン・ピチュー「『キャラ紹介講座』」
ラン「今回紹介するのは私の友達のサクラちゃんだよ」
サクラ「よろしくランちゃん！」
ラン「サクラちゃんはメイミとはシンオウで会ったことあるんだよね？」
サクラ「そうよ！フウトシティに行った時に出会ったのよ」
ラン「キキョウ大会の時は凄かったね」
サクラ「うん！コガネ大会は負けないよ」
ラン「私もよ！でもタッグになったその時はよろしくね」
サクラ「もちろんよ」
ピチュー『誰と組むのか楽しみね』
ラン「そうだね」
おまけ
カスミ「な、なに？」
タケシ「結晶塔が崩れはじめている」
セイラ「メイミちゃん達は無事かしら？」
ツカサ「大丈夫だ！きっと戻ってくる」
ナツメ「そうね・・・きっと戻ってくるわ」
セイラ「そうですね（コナン君、メイミちゃん、ランちゃん無事戻ってきて）」
次回予告
サトシ「アンノーンが暴走を始めたことで結晶塔は崩れ始めた。なんとかアンノーンの暴走を止めないと。そしてエンテイが覚悟を決めてアンノーンの暴走を止めようとする。次回『ありがとうミー！エンテイの決断』みんなもポケモンゲットだぜ！」