結晶塔でついに始まったエンテイとのバトル。しかしエンテイの圧倒的な強さの前にサトシのポケモン達は次々と倒されて行く。絶体絶命のピンチになんとリザードンが駆け付けてくれた。しかしリザードンですらエンテイに前にやられてしまう。その時ミーの説得によってようやくバトルは終わりを告げる。しかしその時結晶塔に異変が起きた。
サトシ「なんだ！この揺れは？」
コナン「もしかして結晶塔が崩壊を始めた？」
サトシ「え？」
コナン「ミーが外の世界に出る決意をしたことで結晶塔が不安定になったのかも知れない」
ラン「そんな・・・」
エンテイ『こっちだ！』
コナン「とにかくここから脱出しよう」
サトシ「そうだな」
サトシ達は結晶塔から脱出するため出口を目指す。
グリーンフィールド上空
レッド「これはいったい・・・・？」
ピリリ！
レッド「ヒロムか？どうした」
ヒロム『遺跡の調査をしてたら突然遺跡全体が光始めたです。これはいったい？』
レッド「やっぱりそっちでも異変が起きているか。実は今、グリーンフィールドでも異変が起きているんだ。おそらくそれと関係があると思うぜ」
ヒロム『だからこっちでもこんなことが・・・』
レッド「しばらく待機だ！少し様子を見るんだ」
ヒロム『了解！』
レッド「俺達はポケモンセンターに行くぞ」
リザードン『わかった』
レッドとリザードンはグリーンフィールドのポケモンセンターに向かった。
結晶塔
サトシ「オーキド博士、これはいったい？」
オーキド『おそらくアンノーンの力が暴走しているんじゃろ。サトシ、アンノーンを探すのじゃ。アンノーンの暴走を止めれば異変も収まるかもしれない』
サトシ「わかりました」
セレナ「でもアンノーンはどこに？」
その時塔全体が揺れた。
ミー「きゃあ！」
ハナコ「ミーちゃん！」
コナン「まずい！」
コナンは墜ちたミーを助けるためにその場を飛び降りた。
ラン・メイミ「「コナン！」」
コナンは墜ちるミーを捕まえて抱き締めるとボール射出ベルトからボールを出してクッションにした。
コナン「大丈夫かミー？」
ミー「ありがとうコナンお兄ちゃん」
コナン「無事でよかったぜ」
ミー「//////」ドキッ！
コナン「どうかしたか？」
ミー「なんでもない//////」
コナン「？」
エンテイ『大丈夫か？ミー』
ミー「うん！」
エンテイ『すまない』
コナン「いいさ」
サトシ「コナン、大丈夫か？」
コナン「ああ、大丈夫だ！」
メイミ「もう！無茶し過ぎよ」
ラン「そうだよ」
コナン「ゴメン」
ルカリオ『コナン、この先から巨大な波動を感じる』
コナン「え？」
サトシ達はルカリオが感じた扉を開けた。
サトシ「あれがアンノーン」
リョウマ「確かに暴走している。やるぞ！サトシ」
サトシ「ああ！リザードン、かえんほうしゃ」
リザードン『かえんほうしゃ』
リザードンはかえんほうしゃを放つがアンノーンのエネルギーフィールドのせいで防がれてしまう。
ヒイロ「なんて強力なエネルギーフィールドだ！」
リョウマ「どうすれば・・・」
エンテイ『うおおぉぉ！』
ミー「パパ！」
エンテイ『私はお前を幸せにするために生まれてきた父親だ！ここから出すことがお前の幸せなら・・・』
エンテイはエネルギーフィールドに突っ込んだ。
エンテイ『うっ・・・うっ・・・うっ ・・』
セレナ「エンテイでもダメなの？」
ミー「パパ・・・」
サトシ「ミー！エンテイを信じるんだ！お前のエンテイは負けないと」
エンテイ『うっ・・うっ・・ミー・・お前が信じてくれるなら私は・・・』
ミー「パパ・・・負けないでパパ―――――ッ！」
エンテイ『うおおぉぉ！』
エンテイはミーの叫びに力を発揮する。エンテイはエネルギーフィールドをついに突き破る。そしてアンノーンの暴走を止めるのだった。
エンテイ『ミー・・・』
ミー「パパ・・・」
エンテイ『私を父親と呼んでくれてありがとう・・・私はお前の夢の中に帰る・・・ありがとうミー』
ミー「パパ・・・」
エンテイは結晶ともに消滅するのだった。
サトシ「あのエンテイはミーのもう一人のパパだな」
リョウマ「確かにな」
ヒイロ「そうですね」
サトシ達は外に出るのだった。
ラン「やっと外に出られたね」
メイミ「そうね」
タケシ「おーい！」
カスミ「みんな大丈夫？」
セイラ「メイミちゃん！」
ツカサ「ヒイロ！」
サトシ「あっ！タケシ達だ！」
コナン「さあ！行こうぜ！ミー」
ラン「また一緒に遊ぼう」
ミー「うん！・・あっ！」
ミーがふと空を見上げるとエンテイそっくりの雲が流れていた。
ミー「ありがとう・・パパ」
ミーはサトシ達のあとを追い掛けた。
レッド「サトシ、ラン、ハナコ」
サトシ「父さん！」
ラン「パパ！」
ハナコ「あなた！」
レッド「三人とも無事でなりよりだ」
ピリリ！
レッド「もしもし・・・え？・・・そうかわかった！」
ラン「どうしたのパパ？」
レッド「ミーちゃん、君のパパがシュリー博士が見つかったそうだ！」
ミー「パパが！」
レッド「ああ、明日には帰ってくるそうだ」
ラン「良かったねミーちゃん」
コナン「帰ってきたら思いっきりパパに遊んで貰えよ」
ミー「ありがとう。コナンお兄ちゃん、あの時助けてくれてありがとう」
コナン「いいさ」
ミー「これお礼だよ」
ミーはコナンのほっぺにキスをした。
ラン「え・・・？」
メイミ「なあ！」
セイラ「あわわわ・・キスをした」
ミー「コナンお兄ちゃん、お礼にミーが大きくなったらお嫁さんになってあげるね」
コナン「へ？(汗)」
メイミ「コ〜ナ〜ン(怒)」
コナン「メイミ(汗)」
メイミ「あんた！なにこんな小さい子をたぶらかしてるのよ(怒)」
コナン「た、たぶらしてなんかいねーよ(汗)」
セイラ「コナン君・・・相手は５歳だよ・・５歳の子をたぶらかすなんて・・」
コナン「違うって(汗)」
ツカサ「やっぱりハーレム探偵だな」
コナン「だから違うって(汗)」
メイミ「あっ！まちなさい」
逃げるコナンをメイミは追い回す。
コナン「（探偵が怪盗に追い掛けられるなんてこれじゃあ逆じゃないか！）(汗)」
ラン「ねぇ、セレナ」
セレナ「なーにラン？」
ラン「たぶらかすってなーに？」
セレナ「ランにはまだ早いかな」
リザードン『それじゃあサトシ、俺はもう行くな』
サトシ「ああ！リザードン、ありがとうな」
リザードン『ああ！またなサトシ』
ラン「バイバイリザードン」
リザードン『じゃあなラン。ピカチュウ、それからお前らもサトシを頼むぜ』
ピカチュウ『任せて』
ヒノアラシ『俺もあなたに追い付けるようにがんばります』
ワニノコ『俺達もっと強くなります』
チコリータ『もう雑魚呼ばわれされたくない』
ヨルノズク『安心しろ！我がいるから大丈夫だ！』
ヘラクロス『だからあんたは修行に専念してくれ！』
ゼロ『俺達に任せろ』
フシギダネ『お前とゼニガメのぶんも頑張るぜ』
リザードン『フッ！心配ないみたいだな』
リザードンはリザフィックバレーに向けて飛んで行った。
サトシ「さあ！取り敢えずポケモンセンターで休むか」
ヒイロ「そうですね」
リョウマ「そうだな」
その後サトシ達はポケモンセンターで一晩休むのだった。翌日無事シュリー博士は帰ってきた。そして・・・
ハナコ「気をつけてね。サトシ、ラン」
サトシ「ああ！」
ラン「ママ、行ってくるね」
レッド「ここを少し行けばコガネシティだ！」
サトシ「ありがとう父さん。そうだ！これを」
レッド「これは？」
サトシ「ルギアボールだよ。ガンテツさんに渡すように言われたんだ」
レッド「ガンテツさんからわかった。確かに受け取った」
サトシ「そいつはギンヨク団が狙っているから注意してくれ」
レッド「わかった」
ラン「お兄ちゃん、そろそろ行くよ」
サトシ「そうだな」
メイミ「それじゃあ行こうか」
コナン「はい・・(汗)」
ラン「コナン、大丈夫？」
コナン「なんとかな(汗)」
ミー「バイバイお兄ちゃん達」
シュリー「娘がお世話になりました」
サトシ「いいんですよ。これからミーのそばにいて上げてください」
シュリー「もちろんだよ」
タケシ「それじゃあ出発するか？」
サトシ「それじゃあ」
ラン「バイバイミーちゃん」
ミー「バイバイ！ランお姉ちゃん、メイミお姉ちゃん、セイラお姉ちゃん、コナンお兄ちゃん。リトルカップ、パパと応援に行くね」
コナン「ああ・・そうか楽しみしているぜ(汗)」
カスミ「（リトルカップにはサクラも出るからこれはややこしいことになったわね）」
サトシ「さあ！コガネシティはもうすぐだ！タッグバトル大会とジム戦頑張るぜ」
リョウマ「誰と組むのか楽しみだな」
ヒイロ「そうですね」
ラン「私もリトルカップ頑張るわよ」
メイミ「私がいることも忘れないでね」
コナン「・・・まさかメイミ・・お前のメタモン、エンテイにへんしん出来るようになったんじゃないよな」
メイミ「そうだよ。エンテイにへんしん出来るようになったよ」
コナン「（見たポケモンにへんしん出来るってお前のメタモンはポケモンの技のスケッチか）」
ラン「どうしたんだろコナン？」
メイミ「さあ？」
グリーンフィールドで起きた事件も解決したサトシ達は再びコガネシティを目指すのだった。コガネシティはもうすぐだ。果たしてリトルカップとタッグバトル大会は誰か優勝するのか？そしてサトシはコガネジムに勝って３つ目のバッジをゲット出来るのか？
ランとピチューのキャラ紹介講座
ラン「ランと」
ピチュー『ピチューの』
ラン・ピチュー「『キャラ紹介講座』」
ラン「今回紹介するのは私の友達でサクラちゃんの弟のアキラ君だよ」
アキラ「こんにちはアキラです」
ラン「アキラ君、キキョウ大会は残念だったね」
アキラ「うん・・そうだね（あの時の姉さんとメイミはマジで怖かった）」
ラン「そう言えば次のリトルカップはタッグだね」
アキラ「そうだな」
ラン「アキラ君は誰か組みたい子はいるの？」
アキラ「え？・・・とくにいないけど（ランと組みたいなんて言えるわけないだろ）」
ラン「私はコナンと組みたいけどくじ引きだから誰になるかわからないね」
アキラ「そうだな（くじ引きか・・・と言うことはランと組める可能性も残っているってことか）」
ラン「アキラ君どうしたのかな？」
ピチュー『わかんない』
スコルピ『（アキラったらくじ引きだからランちゃんと組める可能性があるなんて思ってるみたいだけどそれはもう組めないフラグが立っているわよ）』
おまけ
サトシ達がグリーンフィールドを去った翌日
シュリー「ミー！」
ミー「パパ、どうしたの？」
シュリー「さあ！」
？？？「ええ」
ミー「あっ！お帰りなさいママ！」
ミーのママ「ただいまミー」
その頃レッドは
レッド「今回はご苦労だった」
ヒロム「いや、俺達は与えられた依頼を達成しただけです」
リュウジ「そうです」
ヨーコ「また指令があればいつでもします」
レッド「ああ、また頼むぜチームゴーバスターズ」
次回予告
サトシ「コガネシティに到着した俺達は化石研究所を訪れた。なんでもセレナはここにお使いを頼まれたらしいんだ。そして俺達は持っていたアゴの化石を復元して貰うことにした。次回『化石研究所！暴れん坊チゴラス誕生』みんなもポケモンゲットだぜ！」