①両親の敵を打つため
②捕まった仲間を助けるため
③恋人を守るため
④妹を守るため
答えは小説の最後で」
激闘が続くジュニアカップ。サトシはシゲルに勝利を納めて準決勝へと進むのだった。しかしそんな中ジンのライチュウとフローラの意外な関係が明らかになる。ピカチュウは２人の絆を取り戻すために準決勝でライチュウに勝つことを誓うのだった。
ハナコ「お待たせしました。それでは準決勝第一試合フタバタウンのコウヤ選手とトキワシティのヒイロ選手の試合です」
サトシ「ヒイロとコウヤ・・・どちらが勝つか」
セレナ「そう言えばジンがいないわね」
サトシ「多分ライチュウのことでここに居づらいだろう」
フローラ『・・・・』
ピカチュウ『フローラ・・・』
ヒイロ「お願い、ディアンシー！」
ディアンシー『はい！』
コウヤ「君も幻のポケモンを持っているのか。それなら頼むよ！シェイミ！」
シェイミ『ミーに任せるでしゅう』
ヒイロ「え！シェイミ」
コウヤ「こいつはフリーザーを倒すほどの実力がある」
ヒイロ「フリーザーを！（そう言えばサトシがこの大会にフリーザーを倒したトレーナーが参加していることをジンさんから聞いたと言っていた）」
サトシ「やっぱりフリーザーを倒したのはコウヤだったのか」
ラン「ねぇ、サクラちゃん、アキラくん今の話本当？」
サクラ「本当だよ」
アキラ「俺達、ふたご島のリトルカップが終わったあと地下洞窟に行ったら遭遇したんだ」
サクラ「その時、お兄ちゃんはシェイミでフリーザーに勝ったんだよ」
ラン「凄い、お兄ちゃんはリザードンでバトルしたけど倒せなかったよ」
一方ジンとライチュウは
ライチュウ『すまないジン』
ジン『かまわない』
ライチュウ『あいつの言う通りだ！俺は理由はどうあれ妹を捨てて故郷のみんなを裏切ったことはかわらない』
ジン「あの時はそうするしかなかっただろ？」
ライチュウ『ああ』
ジン「それなら次のバトルが終わったら真実を話してやれ」
ライチュウ『ジン・・・わかった。俺は妹と向き合うよ』
ライチュウはフローラに真実を話す決意をした。
コウヤ「シェイミ、エナジーボール！」
ヒイロ「ダイヤストームで防いで」
２つの技がぶつかりあい大爆破が起きて煙があたりに出る。
ヒイロ「どこに行った？」
コウヤ「今だ！シードフレア」
ヒイロ「え？」
シェイミはいつの間にかディアンシーの背後に回っていた。
ヒイロ「ディアンシー！」
ディアンシー『(_)』
審判「ディアンシー戦闘不能、シェイミの勝ち！よってこのバトル、フタバタウンのコウヤの勝ち！」
コウヤ「よくやったシェイミ」
シェイミ『ミーに感謝するでしゅう』
ヒイロ「お疲れ、ディアンシー」
ディアンシー『ヒイロ、ごめんなさい』
ヒイロ「よくやったよ。コウヤさん、決勝戦頑張ってください」
コウヤ「ありがとう」
サトシ「コウヤが勝ったか」
セレナ「サトシ、頑張ってね」
フローラ『ピカチュウ・・・』
ピカチュウ『フローラ、行ってくるね』
フローラ『はい！』
ブルー「続きましては準決勝第二試合マサラタウンのサトシ選手とトキワシティのジン選手の試合です」
サトシ「ジン！」
ジン「サトシ！前回は引き分けだったからな。次こそ勝つ！」
サトシ「俺も負けない」
ピカチュウ『ライチュウ』
ライチュウ『ピカチュウ』
ピカチュウ『今度は勝つよ！フローラのためにも』
ライチュウ『いいだろう、かかってこい！ピカチュウ』
審判「これよりマサラタウンのサトシとトキワシティのジンのポケモンバトルを始めます。使用ポケモンは１体どちらが戦闘不能になったら終了です。それでは始め！」
ジュニアカップ準決勝
サトシvsジン
サトシ「ピカチュウ、君に決めた！」
ジン「頼むぞ！ライチュウ！」
サトシ「ピカチュウ、１０万ボルト！」
ジン「こっちも１０万ボルト！」
ピカチュウ・ライチュウ『『１０万ボルト！』』
１０万ボルト同士がぶつかり合う。
サトシ「アイアンテール！」
ジン「こっちもアイアンテールだ！」
ピカチュウ・ライチュウ『『アイアンテール』』
お互いにアイアンテールが命中する。
ジン「ライチュウ、チャージービーム！」
サトシ「でんこうせっかでかわせ！」
ライチュウ『ギャリックほう！』
ピカチュウ『でんこうせっか！』
ピカチュウはチャージービームをかわしてでんこうせっかをライチュウに命中させる。
サトシ「さすがジンだな」
ジン「お前もなサトシ」
サトシ「だけど勝つのは」
サトシ・ジン「「俺だ！」」
ピカチュウ『やっぱり、ライチュウは強い！（本当に君はフローラを捨てたの？たった１人の妹を）』
ライチュウ『さすがだなピカチュウ（お前が妹の恋人で良かったよ。俺はもうあいつとは兄妹に戻れないかもしれない。その時はあいつを頼むぞ！）』
フローラ『ピカチュウ・・・お兄ちゃん』
セレナ「ねぇ、フローラあなたの本当の気持ちを聞かせてあなたはこれからライチュウとどうなりたいの？」
フローラ『私は・・・・もう一度兄妹に戻りたい。本当に私を捨てたかはわからないけどもう一度兄妹に戻りたい(涙)』
セレナ「その気持ちをライチュウに伝えましょう」
フローラ『うん(涙)』
サトシ「ピカチュウ、１０万ボルト！」
ジン「こっちも１０万ボルト」
ピカチュウ・ライチュウ『『１０万ボルト！』』
ピカチュウ『ねぇ、ライチュウ』
ライチュウ『なんだ？』
ピカチュウ『君が故郷を裏切ったのはフローラが関係してるの？』
ライチュウ『それは・・・』
ピカチュウ『これは僕の推測だけどもしかして故郷の場所を教えないとフローラを実験体にすると脅されたとか』
ライチュウ『ああ、そうだ！あいつらは故郷の場所を教えないと妹を実験体にすると言ってきたんだ。だから理由はどうあれ俺は妹を捨てて故郷のみんなを裏切ったのは間違いない。そしてお前もその犠牲になってしまった』
ピカチュウ『大丈夫だよ、きっとフローラはわかってくれるよ』
ライチュウ『そうだよな。それじゃあそろそろ決着をつけるか』
ピカチュウ『そうだね』
サトシ「いくぞ！ピカチュウ！」
ジン「やるぞ！ライチュウ」
サトシ・ジン「「波動モード」」
ピカチュウ・ライチュウ『『波動モード！』』
ピカチュウとライチュウはお互いに波動モードになった。
サクラ「え？何あれ」
アキラ「ピカチュウとライチュウから黄色のオーラが出ている」
ラン「あれは波動モードだよ」
サクラ・アキラ「「波動モード？」」
ラン「お兄ちゃんのポケモンは波動のコントロールが出来るの。波動を最大限まで高めた状態があの姿なの」
コウヤ「波動モードか・・・確かに凄い力を感じる」
ラン「正し５分しか持たないの」
コウヤ「なるほど、とう言うことはいよいよ決着をつけるてことか」
フローラ『お兄ちゃん・・・ピカチュウ』
ピカチュウ『これで決着をつける』
ライチュウ『いくぞ！ピカチュウ！』
ピカチュウ『こい！ライチュウ！』
サトシ「ピカチュウ」
ジン「ライチュウ」
サトシ・ジン「「１０万ボルト」」
ピカチュウ・ライチュウ『『１０万ボルト！？』』
１０万ボルトがぶつかり合う。
サトシ・ジン「「アイアンテール！」」
ピカチュウ・ライチュウ『『アイアンテール！』』
アイアンテールがお互いに命中する。
サトシ・ジン「「次で決める！」」
ジン「ライチュウ、破壊光線」
サトシ「ピカチュウ、サンダーブレイク」
ライチュウ『くらえ！ファイナルフラッシュ！？』
ピカチュウ『必殺パワー！サンダーブレイク！』
ピカチュウは指先から雷の光線、サンダーブレイクを放った。サンダーブレイクと破壊光線はお互いにぶつかり合う。
ピカチュウ・ライチュウ『『負けるものか！』』
しかしサンダーブレイクは破壊光線に押され始める。
ピカチュウ『くそ――――――っ』
フローラ『ピカチュウ―――――っ、負けないで(涙)』
ライチュウ『！？』
その時一瞬破壊光線が弱まった。
ピカチュウ『今だ！』
ライチュウ『しまっ・・・・・ぐわわわわ！』
ジン「ライチュウ！」
ライチュウ『・・・・』
ピカチュウ『・・・・』
ライチュウ『見事だ！ピカチュウさすが妹が選んだ男だ！』
バタッ！
ジン「ライチュウ」
ライチュウ『(_)』
審判「ライチュウ戦闘不能、ピカチュウの勝ち！よってこのバトル、マサラタウンのサトシの勝ち！」
サトシ「お疲れピカチュウ」
ピカチュウ『サトシ、やったよ！」
サトシ「ああ、勝ったな」
ジン「さすがな、サトシ」
ライチュウ『ジン、すまない』
ジン「構わない、この仮はカントーリーグで果たそう」
ライチュウ『ああ』
ハナコ「それでは３０分の休憩の後に決勝戦を行います」
セレナ「サトシ！」
サトシ「セレナ！」
セレナ「ほら！フローラ」
フローラ『・・・・』
ピカチュウ『ライチュウ』
ライチュウ『わかっている。すべて話す今さら何を言って言い訳になるかもしれないが聞いてくれるだけでいい』
フローラ『・・・・』
ライチュウは全てを話した。
サトシ「それじゃあそいつらに脅されて故郷の場所を」
ライチュウ『ああ、だから俺にはこいつの兄を名乗る資格ない。理由はどうあれ故郷を裏切ったからな」
フローラ『違うよ』
ライチュウ『え？』
フローラ『お兄ちゃんは裏切ったんじゃないよ。私を守るためにしたんでしょう？』
ライチュウ『それでも俺は・・・』
フローラ『私はまたお兄ちゃんと兄妹に戻りたい』
ライチュウ『こんな俺をまだ兄と呼んでくれるのか？俺はお前の兄で居ていいのか？』
フローラ『もちろんだよ！(涙)』
ライチュウ『ありがとう・・・・フローラ』
フローラ『うん！あとお帰りお兄ちゃん(涙)』
ライチュウ『ああ、３年も留守して悪かったな、ただいまフローラ(涙)』
セレナ「良かったね(涙)」
サトシ「ああ、そうだな」
セレナ「サトシ！決勝戦頑張ってね」
サトシ「ああ、コウヤは強い！だけど必ず勝って見せるよ」
セレナ「うん！」
ジンとのバトルに勝利して見事フローラとライチュウの兄妹の絆を取り戻したサトシとピカチュウ。次はいよいよ決勝戦だ。果たして優勝するのはサトシか、それともコウヤか。
セレナ「お待たせ！正解は妹を守るためでした。ライチュウは妹のフローラを守るために故郷の場所を教えてしまったの。フローラはずっとライチュウに捨てられたと思ってたみたいだけど本当は兄妹に戻りたいと思っていたみたいなの」
おまけ
サトシ「ジン、１つ聞いていいか？」
ジン「なんだ？」
サトシ「ライチュウはピカチュウが実験体にされた組織にいたんだよな。なのに何でお前が持っている？」
ジン「それはまだ話せない」
サトシ「わかった、お前が話してくれるのを待ってるぜ！」
ジン「ああ、すまない」
次回予告
サトシ「ついに始まった決勝戦。コウヤは強い！でも負けないぜ！いくぜ！リザードン、俺達の力を見せてやろう。次回『ジュニアカップ決勝戦！炎と草のバトル リザードンvsドダイドス』みんなもポケモンゲットだぜ！」