ロリコン団からランを助けることに成功したサトシ達は次の島を目指していた。
シロナ「あと少しで次の島に到着するわ」
サトシ「次の島に何か用があるんですか？」
シロナ「待ち合わせしているのよ」
ラン「待ち合わせ？」
サトシ「そう言えばコナン、カロスでゴジカさんからなんか予言が出たのか？」
コナン「わかった話すよ」
ルカリオ『そうだね進化の予言があったから話すか』
ラン「え？ルカリオに進化することが予言されたの」
コナン「うん」
コナンはカロスに行った時のことを話始めた。
数日前カロス地方
ミアレ空港
シロナ「ついたわねカロス地方」
セレナ「はい」
コナン「そう言えばゴジカさんはどの街のジムリーダーなの？」
セレナ「ヒャッコクシティよ」
シロナ「セレナちゃんありがとう。ここからは自分達で行くわ。まずはヒャッコクシティに行く前にプラターヌ博士をたずねてみるわ」
セレナ「はい、それじゃあコナン、リオル、シロナさんお元気で」
コナン「セレナも元気でね」
リオル『フローラもまたね』
フローラ『はい、リオルもお元気で』
コナンとシロナはセレナと別れてプラターヌ研究所に向かうのだった。
ミアレシティ
コナン「ここがミアレシティ・・・あれ？シロナさん中央にあるタワーはなんて言うんですか？」
シロナ「あれはプリズムタワーよ。ミアレジムもあるのよ」
コナン「（ミアレジム・・・・そう言えば博士がよくミアレジムのジムリーダーと電話してたな。あとユリーカが兄がミアレシティのジムリーダーだて言っていたけ）」
シロナ「それじゃあプラターヌ研究所に行きましょう」
コナン「はい」
コナン達はプラターヌ研究所に向かうのだった。
プラターヌ研究所
シロナ「すいませんプラターヌ博士いますか？」
？？？「はい、どちらさま・・・！あなたは・・・・え？シンオウチャンピオンシロナさん」
シロナ「あら、プラターヌ博士の助手かしら」
？？？「はい、俺はプラターヌ博士の助手のアランです」
シロナ「アランくん、プラターヌ博士はいるかしら」
アラン「はい、プラターヌ博士は今「いたたた！」博士！」
シロナ・コナン「「え？」」
奥からプラターヌ博士がフカマルに噛みつかれながら出てきた。
コナン「あれはフカマル？」
シロナ「何で噛みつかれているんですか？」
アラン「あのフカマルは俺が怪我をしたところを保護したのです。ですがあの様子でなかなか治療が出来ないです」
シロナ「なるほどそれならガブリアス！」
ガブリアス『おう！』
シロナ「ガブリアス、フカマルを落ち着かせて」
ガブリアス『わかった』
プラターヌ「落ち着くんだフカマル」
フカマル『はなせ！』
ガブリアス『落ち着けフカマル』
フカマル『え？』
ガブリアス『その人は怪我の手当てをしたいだけだ』
フカマル『本当？』
ガブリアス『ああ！』
フカマル『わかった』
プラターヌ「ありがとうガブリアスってなんでここにいるんだ？」
シロナ「プラターヌ博士」
プラターヌ「え？シロナくんしばらくだね」
シロナ「はい、お久しぶりです」
プラターヌ「ああ、久しぶりところでその少年は？」
コナン「初めましてプラターヌ博士。ベイカタウンのコナンです」
シロナ「コナンくんはソウキチ探偵の弟子よ」
プラターヌ「そうか君がソウキチ探偵の・・・」
コナン「え？プラターヌ博士はソウキチさんを知っているの」
プラターヌ「ええ、以前ここに来ましたから」
シロナ「え？ソウキチ探偵が来たのですか」
プラターヌ「ええ、それでもし自分の弟子がここに来たら渡してほしいと預かったものがあるんだ」
コナン「預かったもの？」
プラターヌ「ああ、すぐ持ってくるから少し待っててくれ」
プラターヌ博士は奥の部屋に入っていた。
コナン「なんだろう？渡したいものって？」
リオル『そうだね』
コナン「！？」
シロナ「どうしたの？コナンくん」
コナン「いや、誰かに見られている気がして」
アラン「気のせいじゃないかな」
コナン「うん・・・」
コナン達の様子を隠れて見ているものがいた。
？？？『・・・・』
？？？『ケロマツ！』
ケロマツ『フォッコ』
フォッコ『あの子が気になるの？』
ケロマツ『ああ、でもまだ幼いからな』
フォッコ『早く見つかるといいね。あなたの理想のトレーナー』
ケロマツ『ありがとうフォッコ』
フォッコ『うん、応援しているよ//////』
ケロマツ『必ず見つけ見せる理想のトレーナーを//////』
ハリマロン『リア充爆発しろ・・・』
この３匹はカロスの初心者ポケモン。ケロマツ・フォッコ・ハリマロンである。このケロマツはトレーナーのもとにいてもトレーナーの命令を聞かず結局トレーナーは手に追えず研究所に引き取るを繰り返している。ケロマツはずっと自分の力を引き出してくれる理想のトレーナーを探している。ケロマツがそのトレーナーと運命的な出会いをするのはもう少し先の話である。
プラターヌ「おまたせ」
プラターヌ博士は手のひらサイズの箱をコナンに渡した。
コナン「何が入っているんだ？」
コナンは箱を開けた。
コナン「え？これは」
プラターヌ「これはキーストーンだね」
コナン「え？キーストーンて確か」
プラターヌ「ああ、メガシンカに必要なアイテムさ」
シロナ「これはいつ来たのですか？」
プラターヌ「ヒャッコクシティに行ってきたあとかな」
シロナ「これはヒャッコクシティに行くしかないわね」
コナン「うん、リオルのこともあるし」
プラターヌ「どう言うことだい？」
コナンとシロナはリオルに起きたことを話した。
プラターヌ「なるほど確かにカロスの絆現象に似ているな」
シロナ「それでヒャッコクシティに行く前にあなたをたずねたのです」
プラターヌ「すまない、僕もさすがにリオルの絆現象は聞いたことはない」
コナン「そうですか・・・」
プラターヌ「でも何かわかったら力になるよ」
コナン「はい、ありがとうございます」
シロナ「それじゃあそろそろ行きましょうか」
コナン「はい！・・・・あれ？」
シロナ「どうしたの？」
コナン「あそこにいるポケモンなんかこっちを見ている」
プラターヌ「あれはケロマツと言ってカロスの初心者ポケモンの１体さ。どうやらコナンくんが気になるみたいだな」
コナン「俺はまだトレーナーじゃないからな」
プラターヌ「あのケロマツは自分の力を引き出してくれる理想のトレーナーを探しているだよ」
コナン「理想のトレーナー」
シロナ「自分に相応しいトレーナーを探しているのね」
プラターヌ「ああ、そうたんだ」
するとコナンはケロマツのそばに行った。
コナン「ごめん、ケロマツ俺まだトレーナーじゃないからお前の期待には答えられない」
ケロマツ『・・・・』
コナン「でも俺にはわかるよ。近い将来お前の理想のトレーナーがカロスに来ると思うぜ」
ケロマツ『！？』
コナン「そのトレーナーはピカチュウを連れたトレーナーなんだ。あと一緒に俺くらいの女の子が一緒にいるはずだよ。お前さえよければ覚えていてくれ。それじゃあなケロマツ」
シロナ「もういいの？」
コナン「うん、なんかあのケロマツ。サトシ兄ちゃんがゲットしちゃうような気がするんだ」
シロナ「確かにこの地方にくるころにはケロマツの理想のトレーナーに成長しているかもしれないわね」
コナン「うん」
こうしてコナンとシロナはヒャッコクシティに向かうのだった。
ヒャッコクシティ
コナン「ここがヒャッコクシティ」
シロナ「ええ、そうよ」
コナン「シロナさんあの大きな奴はなんですか？」
シロナ「あれは日時計よ」
コナン「大きい日時計ですね」
シロナ「ええ、さあ！行きましょう」
コナン「はい！」
ヒャッコクジム
コナン「ここがヒャッコクジムか」
？？？「待っていたぞ」
コナン「え？あなたは」
ゴジカ「私はゴジカこのジムのジムリーダーをしているものだ」
シロナ「ゴジカさん、ここにソウキチ探偵が来ませんでしたか？ソウキチ探偵にあなたをたずねるように言われました」
ゴジカ「そうか・・・・確かにソウキチ探偵はここにきた。あいつの未来が見えたからな」
コナン「それじゃあソウキチさんはやっぱり自分の死の予言を」
ゴジカ「ああ、すまない少年」
コナン「いや、ソウキチさんのことだからきっと死の予言を変えようとしたけど当たってしまったと言うことか」
ゴジカ「うむ・・・・！？これは・・・」
コナン「え？何」
ゴジカ「少年、お前の未来が見えた」
コナン「俺の未来？」
ゴジカ「南国の地方でそなたのリオルに更なる力を手に入れる」
リオル『更なる力を手に入れる？』
コナン「もしかして進化するってこと？」
ゴジカ「うむ、そしてその南国の地方に災いが迫っている。そしてその災いに大きくかかわるものがこのもの達だ！」
ゴジカは予言に出た人物を映像にした。
コナン「え？サトシ兄ちゃん！それにラン、カスミ、タケシ。それにヒイロとジンとコウヤまでいる」
ゴジカ「特にこの少女には危険が迫っている」
コナン「ランに危険が？」
シロナ「災いの原因はなんですか？」
ゴジカ「どうやらオレンジ諸島に封印された魔女に関係ある見たいだ」
シロナ「オレンジ諸島・・・・そう言えばあの地方には確か波動の勇者の伝説が残っていたわね」
コナン「シロナさん」
シロナ「わかってるわ。オレンジ諸島に行きたいのね」
コナン「はい！」
シロナ「とにかくまずはオレンジ諸島に行って詳しく調べるしかないわね」
コナン「はい！（でもランに迫る危険て何なんだ？）」
こうしてコナンとシロナはオレンジ諸島に行くことになった。
コナン「とこんなことがあってオレンジ諸島に来たんだ。あとゴジカさんの見せてくれた映像にはケンジもいたからね」
カスミ「やっぱりその魔女が災いの原因なのね」
サトシ「その封印が解けてしまった」
ケンジ「いったい誰が解いたんのかな」
ラン「あっ！お兄ちゃん次の島が見えてきたよ」
サトシ「次の島には何があるんですか？」
シロナ「波動の勇者が魔女を封印した時に使ったアイテムがあるらしいわ」
カスミ「じゃあそれを使えば魔女を封印できるかも知れないのですか？」
シロナ「ええ」
コナン「（この地方に起きる災いは波動の勇者が封印した魔女に違いない。でも・・・）」
コナンはランのほうを見る。
コナン「（ランに迫る危険て何なんだ？）」
サトシ「あれ？あそこにいるのは」
？？？「やっときたわね」
？？？「そうだね姉さん」
サトシ「え？コウヤ、アリスさん」
次の島に到着したサトシ達はなんとコウヤとアリスに再会するのだった。
ランとピチューのポケモンナビゲーター
ラン「ランと」
ピチュー『ピチューの』
ラン・ピチュー「『ポケモンナビゲーター』」
ラン「今回紹介するのはセキエイ高原だよ。この場所でカントーリーグが行われただよね。お兄ちゃんは準優勝だったね」
ピチュー『ジャッキーのお爺ちゃんのポケモン強かったね』
ラン「うん、そうだね」
おまけ
カスミ「そう言えばロリコン団のアジトから脱出するとき何か忘れている気がするけど」
サトシ「え？何か忘れているか」
タケシ「何かあったか？」
ケンジ「う〜ん言われて見れば何か忘れている気がする」
ロリコン団のアジト爆発数分前
ムサシ「どうしようか？」
コジロウ「どうすると言われても」
ニャース「あれ？ジャリボーイ達の船が島から出て行くニャ」
ヤマト「何かあったのか？」
コサブロウ「何か凄く慌てるみたいだったな」
『爆発５秒前』
ムサシ・コジロウ・ニャース・ヤマト・コサブロウ「「「「「へ？」」」」」
『５・・・４・・・３・・２・・・１・・・０』
ドカ――――――――――――――――――――――――――――――――ン
ムサシ・コジロウ・ニャース・ヤマト・コサブロウ「「「「「嘘だ〜(汗)」」」」」
ロケット団は爆発で吹っ飛んだ。
ムサシ・コジロウ・ニャース「「「やな感じ〜」」」
ヤマト・コサブロウ「「やな気持ち〜」」
サトシ「なんか今聞こえたか？」
カスミ「え？何も聞こえなかったわよ」
次回予告
サトシ「コウヤとアリスさんに再会した。俺達は一緒にこの島の遺跡にやってきた。そんな俺達の前にポケモンハンターが現れた。お前確か前にツカサさんに倒された奴じゃないか。どうやら俺達のポケモンを狙ってきたみたいだな。その時コナンのルカリオにあの現象が。次回『絆現象発動！ルカリオ覚醒の時』みんなもポケモンゲットだぜ！」