ミッドチルダの時空管理局を乗っ取ったシグマによって復活した１６体の内２体は撃破し、ゼロは単独で超神次元ゲイムギョウ界のラステイションの街はずれの廃工場に向かっていたのであった。
「ここか、しかし、ゲイムギョウ界は変わっているな ん？ あれは‼」
「（ゼロ‼）」
イレギュラーハンターは基本的に直接敵地に乗り込むのではなく敢て近くの場所から徒歩などで進みながら潜入するという戦術を取っているため、ゼロは廃工場近くの森に転移したところで空を飛んでいたアイリス（X）を発見したので追いかけずにはいられなかったのであった。
「（アイリス（X）、オレは許されないことをした。けど、言いたいことがあるんだ‼）」
「（ゼロ・・・ごめんなさい。だけど、この戦いを通して何か見つかるかもしれないから）」
ゼロとアイリス（X）、シグマに仕組まれてそのまま踊らされてしまったイレギュラーハンターとレプリロイドの軍隊「レプリフォース」との戦争「レプリフォース大戦」にて二人は戦うことになってしまい、ゼロはやむを得ないとはいえアイリス（X）の兄であるレプリロイド「カーネル」を討ち取ってしまったことでアイリス（X）はカーネルのコアを取り込み暴走しゼロが手にかけてしまったことでゼロは自分は何のために戦っているのかと自答自問をする日々を送っていたのだ。
それからと言う物、スリープ状態になるたびに、
「ゼロ・・・わしの最高傑作・・・生きがい」
とつぶやく老人の記憶が過ぎるようになったのだった。
現在はイレギュラーハンターは壊滅してしまったのか隠密部隊長であるゼロが直接現場に向かう形になった頃に巨大蠍型メカニロイドの襲撃を受けていたアクセルに出会い今に至るのだった。
閑話休題
道中はところどころコケなどが生えて居たり壁は鉄製なのか錆びていたりと如何にもらしい廃工場を最深部にいるであろうバーニング・ナウマンダーの元へ向かったのであった。
「なんだ、エックスじゃないのか・・・」
「エックスにやられたから自らの敵討ちといったところか、悪いが、斬る‼」
「前々から‼ エックスもおまえもぺちゃんこにしてやりたかったんだ～(ﾟДﾟ)ﾉ‼」
どう言うわけか妨害としてゼロを襲ってくるのは超神次元ゲイムギョウ界の機械系の魔物ばかりでゼロは涼しい顔でゼットセイバーで斬り捨てながら進み最深部で待ち構えていた象型レプリロイドでアイシー・ペンギーゴとは属性の関係上なのか犬猿の仲という
バーニング・ナウマンダーが足元がベルトコンベヤーに改造した部屋で待ち構えていたのであった。