見事カウンターで放った昇竜拳でバーニング・ナウマンダーを倒したアイリス（X）は運命とはこういうことを言うのだろうと思った。
あの事件がなければ二人は超神次元ゲイムギョウ界のラステイションの郊外で再会することはなかったのだから。
そう二人の間に大きいな溝を作ったあのシグマによってマグマード・ドラグーンがたぶらかされて起した巨大メカニロイド暴走事件が発端で起きてしまったレプリフォース大戦でゼロの専属オペレーターだったのが保護されたアイリス（X）だった。
だが、アイリス（X）の兄、カーネルがイレギュラー認定されてしまい、殿としてカーネルは自分を追ってきた旧友ゼロと刃を交えて、ゼロが苦戦を強いられながら見事カーネルを討ち取ってしまったことでアイリス（X）はカーネルのコアを取り込んで暴走し、ゼロに襲い掛かった。
そして、ゼロはやむ終えずにアイリス（X）を倒してしまった。
そして、機能停止寸前、
「ゼロ、レプリロイドだけの世界で暮らしましょ・・・」
「アイリス（X）アイリス（X）‼ オレは‼ オレは‼ 何のために戦っているんだあっぁぁぁっぁぁ‼」
これがゼロの苦悩の始まりだったのであった。
そして、
「（ゼロ‼）」
「アイリス（X）‼ お願いだ‼ オレと一緒に‼」
「ごめんなさい‼」
「待ってくれ‼ クソ‼」
ゼロはあの時のようには絶対にしたくない思いでソードスナイパーアーマーのアイリス（X）と一緒にハンターベースに帰還しようとしたが、アイリス（X）は迷っていたのだ。
このまま、ハンターベースに帰還すればいいのか、それでは、折角、自分を復活させてくれた龍姫達を裏切るのではないかと。
アイリス（X）は一言、ゼロに謝りどこかへ転送していったのであった。
それを只見ることしかできなかったゼロはその場で悔しさを出して、
「オレは、どうすればいいんだ？」
誰もいないバーニング・ナウマンダーが居た部屋からハンターベースに帰還していったのであった。
「ゼロ、無事だったんだね‼ って、ゼロ、ゼロってば！」
「ん？ すまない、エックス」
「どうしちゃったんだよ、ゼロ」
「ゼロ隊長らしくないですよ」
ハンターベースに帰還してエックス達に出迎えられたゼロだったがアイリス（X）に再会したショックで上の空になっていた。
部下である蜂型レプリロイド「エクスプローズ・ホーネック」も励ましたのだが、
「済まない、しばらく、一人にさせてくれ」
「待って‼ ゼロ・・・」
「仕方ないわ、ゼロはアイリス（X）に再会しちゃったのだから」
「あのレプリロイドが、アイリス（X）ってことは」
「ええ、100％よ」
アイリス（X）に拒絶されるのは分かり切っていたとは言え流石のゼロでも堪える物があるようで、しばらく一人にして欲しいと言って部屋から出て行ったのであった。
「アイリス（X）、今度こそ、守らさせて欲しい‼」
ゼロは一人自室で自問自答を繰り返すのであった。
「ゼロ、わたしはあの時のようにしたくないの」
アイリス（X）もフラクシナスに帰還して葛藤していたのであった。