落日からのプロローグ
マハの反乱や反地球連邦政府組織の活動など度重なる戦乱で地球連邦政府は弱体化、宇宙植民地である各サイドの自立化を促していった。だがその結果連邦政府内部での反サイド主義（地球至上主義）勢力の台頭を招いた。そして宇宙世紀0217年 ついに連邦政府は組織防衛本能を発動させ各サイドへの武力制圧を開始、自治政府の激しい抵抗から高烈度紛争へと発展。最終的に新連邦派サイドの仲介で紛争は調停したのだがこれが地球連邦政府の崩壊を決定的なものにしたのだ。
そして翌年0218年 地球連邦政府崩壊 ２世紀以上にわたるその歴史に終止符が打たれた・・・
地球連邦政府は崩壊、分裂し各サイド、コロニーというな差別的な名称はセツルメントに改められたのだ。
しかし地球連邦政府崩壊後も地球上の旧国家群はそのままの位置にとどまり続け新連邦派サイドであったサイド2、サイド3、サイド5、サイド7を取り込みセツルメント国家議会を形成したのであった。またこれには属さなかったサイド１及びサイド４と月はセツルメント自由同盟を結成したのである。
しかし当然ながら地球連邦政府時代よりもさらに輪をかけて現在は政情不安定であり地球宇宙問わずその影響は人々に悪影響をもたらしていたのだ。
深刻化する食糧危機、度重なる紛争、環境破壊・・・
さらにはその二つの秩序に属さないテロ組織や第三勢力の躍進、蔓延る終末論的思想や新興宗教・・・そして大地球主義者と呼ばれる者たち
ガイアの光事件やプロジェクト・レイブンなど相次ぐ紛争・・・
またセツルメント国家議会という組織も一枚岩ではなく内部では様々な派閥が跋扈しており現状では最大勢力である国家議会ですら安定とは程遠い状態にあるのだ。
時に宇宙世紀0225年 混乱を極める世界・・・既にその状態はスペースノイドとアースノイドの対立など過去のものになった時代 もはやニュータイプという言葉などは人々の思考の片隅に追いやられ皆が今日をどう生きるかで精一杯でありその存在は忘れ去られようとしていたのだ。
そんな中でもサイド５にて祖母と平和に暮らしていた少女リンダは隠されていたとある機体を発見してしまう
その機体・・・マンマシーン ガイア・ギアϝ（ディガンマ）こそかつて連邦政府に吸収されることを良しとしなかった旧メタトロン（ズィー・ジオン）内のある派閥が作り上げた最後の反抗の機体であったのだ。
再びギアが動き出す 搭載されたあるシステムを巡り再び戦火は広がろうとしていた。