ある場所にあるガルーダのアジトで新しい強化改造人間が誕生した。
ガルーダ首領「起きよ！コブラ強化怪人！」
コブラ強化怪人「うおぉぉぉぉぉ」
このコブラ強化怪人にはあらゆる物質を溶かすガスを噴出させることができる恐ろしいキバをもった強化改造人間なのだ。
ガルーダはこのコブラ強化怪人を使って金保管所の金庫の壁を溶かし、金塊を奪おうとしていたのだ。
ガルーダ首領「行け！コブラ強化怪人！日本の金保管所へ！」
コブラ強化怪人「イー！」
ガルーダ首領に命じられコブラ強化怪人は金保管所へ向かった。
コブラ強化怪人「ここか......日本の金保管所は」
コブラ強化怪人が保管所の中へ入ろうとしたとき、警備員の人に声をかけられた。
警備員「お、おい...あんたそこで何をしている？」
コブラ強化怪人が振り向くと警備員は驚いた。
警備員「ば、化け物だーーー！」
コブラ強化怪人「逃がさんぞ！！」
コブラ強化怪人はキバからガスを噴出させ、警備員に命中したすると警備員の体はみるみるうちに溶けてしまった。
コブラ強化怪人「これで邪魔者はいなくなった......」
コブラ強化怪人は金庫の前にたどり着き壁を溶かそうとしたときとんだ邪魔者が現れた。
犬「ワンワン！！」
コブラ強化怪人「な...なんだこいつ！邪魔だ！あっちいけ！」
犬「ワンワン！！」
コブラ強化怪人「こいつ...！！」
コブラ強化怪人は犬の妨害に遭い、金塊を奪うどころではなくなったので、スゴスゴと退散していった。
ガルーダ首領「バカモンが！たった一匹の犬に吠えられたぐらいで退散するやつがあるか！」
コブラ強化怪人「申し訳ございません...」
ガルーダ首領「その妨害してきた犬が邪魔ならまずその犬から消すのだ！」
コブラ強化怪人「イー！」
コブラ強化怪人は昨夜、妨害してきた犬が飼われている家に到着した。
コブラ強化怪人「ここか......」
コブラ強化怪人は家のドアをガスで溶かし浸入した。その犬がいる部屋では飼い主の長谷川ふみもいた。
ふみ「よ～しよしよし...ハヤテそろそろ散歩に行くか」
ハヤテ(犬)「ワン♪」
コブラ強化怪人「その必要はない...」
ふみ「うわ！化け物！」
ハヤテ(犬)「ウゥゥゥゥ...ワンワン！」
コブラ強化怪人「鬱陶しい！」
コブラ強化怪人がガスを噴出し、ハヤテ(犬)に命中してしまった。
ふみ「ハヤテ！」
すると警備員と同じようにハヤテ(犬)の体もみるみるうちに溶けてしまった。
ハヤテ(犬)の骨だけが残った。
コブラ強化怪人「ふん！ガルーダの邪魔をするからだ！」
ふみ「お前！ゆるさないぞ！」
学校ではダウナー系のふみが怒りをあらわにしてコブラ強化怪人に殴りかかったがやはり女子高生の力では強化改造人間に敵うはずもなくあっけなく気絶させられてしまった。
コブラ強化怪人「お前は大事な人質だ......」
コブラ強化怪人は気絶したふみを抱え家をあとにした。ガルーダの秘密基地に戻る途中仮面ライダーブラックサンダーに変身した成風龍東が立っていた。
ブラックサンダー「待て！ガルーダの強化改造人間！」
コブラ強化怪人「出たな！仮面ライダー！」
ブラックサンダーは空中高く跳び一気に間合いをつめコブラ強化怪人の顔にパンチを打ち込んだ。
コブラ強化怪人は後方へ吹っ飛んだ。
ブラックサンダーは気絶しているふみを安全な場所に非難させるとすぐさま構えた。
コブラ強化怪人はキバからガスを噴出するがブラックサンダーはジャンプでかわしキックをくらわせる。
コブラ強化怪人も応戦するものの元々戦闘用に改造されているわけではないためまったく歯が立たない。
コブラ強化怪人がもう一度ガスを噴出しようとしたがどうしたものかガスが出てこない。
コブラ強化怪人「しまった...ガスがきれた...」
ブラックサンダー「今だ！ブラックサンダーキック！！」
ブラックサンダーはジャンプし、必殺のブラックサンダーキックをくらわせた。
コブラ強化怪人「ぐわはぁぁぁぁ」
翌日、ふみは骨になってしまった愛犬のハヤテのお墓を立てていた。
ふみ「ハヤテ......ごめんな......」
そこへ成風龍東が花束とドッグフードを持ってやって来た。
龍東「僕も一緒にいいかな？」
ふみ「ええ...ハヤテも喜びます...」
龍東とふみはお墓の前で手を合わせた。
龍東(ハヤテ君...君の仇はとったよ...どうか安らかに眠ってくれ...)
ふみ(ハヤテ...今までありがとう...)
一方、ガルーダの秘密基地ではブラックサンダーに倒されたはずのコブラ強化怪人が再改造手術をうけていた！
生物研究所に犬・猫を買い取ってもらった人々が次々と失踪する事件が発生していた。ガルーダは犬・猫の血液を使ってコブラ強化怪人の再生と戦闘員候補の選別を同時に行っていたのだ。
コブラ強化怪人の再生に成功したガルーダは再び、金保管所の金塊を狙った。金保管所に保管されている時価数千億円という金塊が近日、横浜港に寄港するフレンドシップ号に積み込まれるというのだ。
厳重な警備をあざ笑うかのように金塊はコブラ強化怪人に率いられたガルーダの手に渡った。ところが、ガルーダ秘密基地には仮面ライダーブラックサンダーが先回りして、待ち構えていた。