コブラ強化怪人との戦いから1週間がたったある日また新たな事件が起きていた。
立花「ん～最近ある生物研究所に犬・猫を買い取ってもらった人々が次々と失踪しているそうだな」
龍東「まさか...またガルーダが...」
立花「その可能性は十分あり得るな」
一方でとある生物研究所では犬・猫の買い取りが行われていた。
男性「すいません...この子を買い取ってもらえませんか？」
男性？「では...奥へどうぞ...」
白衣を来た男性に案内され男は研究所の奥へと向かった。案内された部屋に入るとそこには同じ白衣を来た男たちが立っていた。
その時、扉の鍵がしまる音がなった。
男性「！...これは一体どうゆうことだ！」
男性？「貴様はガルーダのコンピューターによって戦闘員候補に選ばれたのだ...」
男性「ガルーダ！？一体なんなんだそのガルーダって！！」
男性？「いづれわかるさ...つれて行け！」
戦闘員「イー！」
男性「やめろ...！！離せ...！！助けてくれーー！！」
男性の叫びは誰の耳にも届かず連行されていった。
実はこの生物研究所はガルーダの基地になっておりその地下には強化改造人間や戦闘員を作るための施設があるのだ。
そしてガルーダはなぜ犬・猫を買い取っているのか。
それには別の目的があった。
研究員主任「どうだ...コブラ強化怪人の再生手術は...」
研究員A「はい！順調に進んでいます！」
研究員B「今日採取した血液を使えば手術は終わります」
研究員C「それとコブラ強化怪人を戦闘にも対応できるようにしました」
研究員主任「よろしい...引き続き頼んだぞ...」
研究員A.B.C「イー！」
そうガルーダは犬・猫を買い取ってその血液で前回の戦いに敗れたコブラ強化怪人を再生しようとしていたのだ。
研究員が今日採取したばかりの血液を飲ませるとコブラ強化怪人は目を覚ました。
コブラ強化怪人「うおぉぉぉぉぉ」
研究員A「おぉ...再生手術は成功だ...！！」
研究員B「では早速能力テストだ！」
研究員たちは場所を変え再生コブラ強化怪人の能力テストを行っていた。
研究員A「それでは能力テスト開始だ」
男性A「た...たすけてくれー！！」
女性A「私たちがなにをしたっていうのよ！！」
男性B「嫌だー！死にたくないよー！！」
女性B「おうちに帰してよ...」
研究員B「やれ！再生コブラ強化怪人！」
研究員Bが再生コブラ強化怪人に命令するとキバからガスを噴出させた。
ガスを噴出された男性Aと女性Aの体はみるみるうちに溶けてしまった。
男性A「がああぁぁーーーっっ！？」
女性A「痛い痛い痛い痛い痛い痛いっ！！」
男性B「うわぁぁぁぁーーーっっ！！」
女性B「いやぁぁぁぁーーーっっ！！」
研究員B「よし...まずは成功だ...次！！」
また研究員Bが命令すると次は炎を噴出させた。
男性B「うがぁぁぁぁーーーっっ！！」
女性B「ぎゃあぁぁぁぁーーっっ！！」
炎を浴びせられた男女はあっという間に骨となった。
研究員B「能力テストは成功だ...あとは仮面ライダーと戦わせるだけだ...」
ガルーダ首領「その前に再生コブラ強化怪人にはやってもらうことがある」
研究員B「首領...！？やってもらうこととは...？」
ガルーダ首領「つまり...前回奪えなかった金塊だ...！」
ガルーダは前回、仮面ライダーや犬の妨害にあり金塊を奪い損ねたため再生コブラ強化怪人を使って再び金塊を奪おうとしていたのだ。
ガルーダ首領「行け！再生コブラ強化怪人！今度こそ金塊を奪うのだ...！」
再生コブラ強化怪人「イー！」
場所が変わり横浜港、ここに時価数千億円という金塊を積み込んだフレンドシップ号が寄港しようとしていた。
しかしいきなり再生コブラ強化怪人が戦闘員を率いて襲いかかってきた。
護衛についていた警備員たちは必死に抵抗したが強化改造人間に敵うはずもなく次々に倒されていった......。
金塊は再生コブラ強化怪人たちガルーダの手に渡った。
ところがガルーダ秘密基地には仮面ライダーブラックサンダーが先回りしていた。
ブラックサンダー「待っていたぞ！コブラ強化怪人！」
再生コブラ強化怪人「おのれ...！出たな仮面ライダー...！」
ブラックサンダー「その金塊を返してもらうぞ！！」
再生コブラ強化怪人「そうはいかない...かかれー！！」
戦闘員「イー！」
再生コブラ強化怪人が命令すると戦闘員は次々に仮面ライダーブラックサンダーに襲いかかる。
仮面ライダーブラックサンダーは戦闘員たちキック・パンチ・投げ技をお見舞いした。
戦闘員たちを蹴散らし仮面ライダーブラックサンダーは再生コブラ強化怪人と一騎討ちになった。
ブラックサンダー「あとはお前だけだ！！」
再生コブラ強化怪人「仮面ライダー...前回の同じ様にいくとおもうなよ...」
ブラックサンダー「どうゆうことだ...！！」
仮面ライダーブラックサンダーが問いかけると再生コブラ強化怪人は炎を浴びせた。しかし仮面ライダーブラックサンダーはジャンプでこれをかわした。
ブラックサンダー「なるほど...炎が吐けるようになったのか...」
これには仮面ライダーブラックサンダーも驚く。
再生コブラ強化怪人「次は...！」
次に再生コブラ強化怪人はキバからガスを噴出した。仮面ライダーブラックサンダーはこれもジャンプでかわした。
ブラックサンダー「今度はこっちから行くぞ！！」
仮面ライダーブラックサンダーは飛び蹴りをしてそこから右パンチ左パンチを交互にヒットさせ再生コブラ強化怪人を投げ飛ばす。仮面ライダーブラックサンダーの猛攻撃に再生コブラ強化怪人はフラフラになっていた。
ブラックサンダー「今だ！ブラックサンダー回転投げ！！」
仮面ライダーブラックサンダーは技の1つ“ブラックサンダー回転投げ”で再生コブラ強化怪人を投げ飛ばし
そして...
ブラックサンダー「ブラックサンダーキック！！」
彼の必殺技である“ブラックサンダーキック”を浴びせた。
再生コブラ強化怪人は爆散した。
こうして金塊を狙ったガルーダの作戦は失敗に終わったのだ。
しかしガルーダはまだ世界征服を諦める気はないようだ。仮面ライダーブラックサンダー＝成風龍東の戦いはまだまだ続くのだ。
打倒仮面ライダーブラックサンダーのためにガルーダが完成させた強化改造人間はキメラ強化怪人。歴代強化怪人の長所を多く取り入れた強化改造人間だ。しかし、キメラ強化怪人には若くて美しい女性の生き血が必要だった。
ある日、立花モーターズに立花藤兵衛・成風龍東の知り合いの片桐早苗から結婚式の招待状が届いた。式に列席する立花藤兵衛をはじめとする立花モーターズの面々。しかし、その中に成風龍東の姿はなかった。
結婚式終了後、式が行われた教会を後にする2人だったが、ガルーダの強化改造人間・キメラ強化怪人に襲われてしまう。キメラ強化怪人の強烈なパンチに気を失う新郎。花嫁の片桐早苗は連れ去られようとしていた。しかし、その時、ターボサイクロンに跨がった仮面ライダーブラックサンダーが現れた...。