ある日青木光学研究所では以前仮面ライダーブラックサンダーに助けられた青木慶の姉青木麗があるものを開発した。
麗「よし...明...いくぞ」
明「えぇ...姉さん」
麗が引き金を引くと光線が出てその光線を浴びたねずみがたちまち骸骨になってしまった。
麗「実験は成功だ...」
明「姉さん...これを学会で発表するの...？」
麗「いや...これを学会で発表して万が一犯罪組織の手に渡ってしまったら大変なことになる...このチェンジボーンライトの設計図はマイクロカプセルに保管して隠すことにしよう...」
明「わかりました...」
青木麗博士が開発したのは生物を瞬く間に骸骨にしてしまう恐ろしい道具“チェンジボーンライト”だ。
青木麗博士はこのチェンジボーンライトが犯罪組織に悪用されないように設計図をマイクロカプセルに収め秘密の場所に隠すことにしたのだ。
ガルーダの情報工作員「なるほど...チェンジボーンライトか...」
ガルーダは日本中の至るところに情報網を張り巡らしておりなんとガルーダの情報工作員に聞かれてしまったのだ。
ガルーダ首領「なるほど...チェンジボーンライトを隠すことにしたのか...」
情報工作員「はい首領...たしかに隠すことにすると言っておりました」
ガルーダ首領「その隠し場所はどこだ？」
情報工作員「それが...隠し場所までは行っておりませんでした...」
ガルーダ首領「仕方あるまい...ヤモリ強化怪人！出番だ！！」
ヤモリ強化怪人「キェー！！」
ガルーダ首領「青木麗の自宅に潜り込み隠したマイクロカプセルを奪うのだ！！」
ヤモリ強化怪人「イー！」
ヤモリ強化怪人は青木麗の自宅に到着すると壁に張り付き中へと潜り込んだ。
その頃家の中では青木麗の妹の青木聖と青木慶が晩御飯の準備をしていた。
慶「今日も姉さんたち遅いのかな？」
聖「さあ...そればっかりはわからんな...」
慶「頑張りすぎて倒れなきゃいいけど...」
聖「あとは犯罪組織とかに目をつけられてないといいが...」
慶「今回麗姉さんたちが開発したチェンジボーンライトが犯罪組織なんかの手に渡ったら日本が大混乱になってしまうもんね...」
聖「あぁ......」
二人がそんな会話をしていると突然停電が起こった。
慶「きゃっ！！」
聖「なんだ！？」
突然の停電に驚いた二人の前に強化改造人間・ヤモリ強化怪人が現れた。
聖「誰だ！！お前は...！！」
慶「バ...バケモノ...」
ヤモリ強化怪人「俺はヤモリ強化怪人...貴様らの姉が開発したチェンジボーンライトの設計図は我々ガルーダがもらい受ける！！」
聖「な...なんだと！？」
慶「そんなこと...させません！！」
ヤモリ強化怪人「ならば力ずくで奪うまでだ...つれて行け！！」
戦闘員「イー！」
聖「な...何をする...！！」
慶「やめて...！！離して...！！」
ヤモリ強化怪人「よし...これであとはマイクロカプセルを探すのみ...」
青木麗の妹たちを誘拐した後ヤモリ強化怪人は家中を探しとうとうマイクロカプセルを見つけ出したのだ。
ヤモリ強化怪人「あったぞ...！マイクロカプセルがあったぞ...ひひひひひ」
マイクロカプセルを秘密基地まで持ち帰りガルーダはチェンジボーンライトを開発することに成功したのだ。
研究員主任「首領...チェンジボーンライトが完成いたしました」
ガルーダ首領「そうか...では早速試してくるのだヤモリ強化怪人...」
ヤモリ強化怪人「イー！」
ヤモリ強化怪人はチェンジボーンライトを使って次々と罪もない人々を骸骨にしていったのだ。
ガルーダ首領「なかなか素晴らしい...このチェンジボーンライトを更に巨大化させるのだ...そして飛行機やコンビナートを破壊するのだ！！」
研究員主任「しかし首領...そのためには青木麗の協力が必要です...」
ガルーダ首領「ならば連れてくるのだ青木麗を！！」
研究員主任「イー！」
ある日助手であり妹の青木明を乗せて青木麗は車を走らせていたがその途中ヤモリ強化怪人たちの襲撃を受ける。
麗「なんだ...お前たちは...？」
ヤモリ強化怪人「青木麗...貴様には我々ガルーダの秘密基地に来てもらう」
麗「ガルーダ...？なんだそれは...」
明「まさか...犯罪組織なんじゃ...」
麗「お前たちの目的はなんだ...」
ヤモリ強化怪人「巨大チェンジボーンライトを開発することだ...」
麗「ならば協力はできん...」
ヤモリ強化怪人「貴様に選択の余地はない...連れていけ！！」
戦闘員「イー！」
麗「何なんだ...！！こいつら...！！」
明「ち...ちょっと！！どこさわって...」
このままでは連れていかれると思ったその時車の後ろの方から仮面ライダーブラックサンダーがやって来たのだ。
ヤモリ強化怪人「やはりきたか...仮面ライダー」
ブラックサンダー「ガルーダの新たな強化怪人...貴様らの好きにはさせない...！！」
ヤモリ強化怪人「仮面ライダー...！！貴様と遊んでる暇はないのだ...戦闘員どもやれ！！」
ヤモリ強化怪人が命令すると戦闘員たちはブラックサンダーと戦闘を開始した。
ブラックサンダーは戦闘員を投げ飛ばす。
戦闘員はブラックサンダーにキックやパンチを打ち込む。
ブラックサンダーは華麗に交わしカウンターを決める。
次々と戦闘員が倒されていくのを見て形勢不利と判断したヤモリ強化怪人は青木麗だけを連れ去り逃げてしまった。
ブラックサンダー「しまった...！！」
青木麗を連れ去ったガルーダは協力を求めていた。
青木麗「だから何度も言っているだろ...協力はしないと...」
ガルーダ首領「強情な方だ...しかしこれを見ても同じことが言えるかな？」
ガルーダ首領が命令すると戦闘員が先に捕らえていた妹たちを連れてきた。
聖&慶「姉さん！！」
麗「聖..！！慶...！！」
ガルーダ首領「協力しないと言い続けるのならば妹たちはどうなるか...」
麗「ま...待て！！わかった...協力する...協力するから妹たちを助けてくれ...」
ガルーダ首領「よかろう...ただし助けるのは巨大チェンジボーンライトを完成させてからだ」
ガルーダ首領に脅され青木麗は巨大チェンジボーンライトを完成させた。
ガルーダは実験をするために外へ運び込んだ。
ヤモリ強化怪人「ご苦労だったな青木麗...それでは実験を開始する」
青木麗「......」
聖&慶「......」
ヤモリ強化怪人が飛行機に照準を合わせようとしたとき仮面ライダーブラックサンダーが現れた。
ブラックサンダー「待て！！」
慶「あの人はあの時の...」
聖「慶...知ってるのか...」
慶「ええ...以前助けてもらったの」
ヤモリ強化怪人「また来たか仮面ライダー！！」
ヤモリ強化怪人は実験を中断してブラックサンダーと戦闘を開始した。
ブラックサンダーはヤモリ強化怪人の腹にパンチを打ち込んだ。
パンチを受けたヤモリ強化怪人は怯むがブラックサンダーに掴みかかった。
ブラックサンダーはヤモリ強化怪人の手を払って投げ飛ばした。
青木麗は戦闘員の隙を突いてチェンジボーンライトに向かって走り出した。
ヤモリ強化怪人「しまった！！や...やめろ...！！」
青木麗「食らえ！！バケモノ！！」
ヤモリ強化怪人「ぎゃああああああああ...！！」
青木麗が巨大チェンジボーンライトのスイッチを押しヤモリ強化怪人は消滅した。
青木麗「道具っていうのは使い方や使う人によって善にも悪にもなるものだ」
ブラックサンダー「このチェンジボーンライトはわたしが破壊します」
青木麗「お願いします...」
こうして巨大チェンジボーンライトは破壊され設計図は焼却処分してこの世から抹消された。
ある夜、原子力研究所を破壊し、放射能漏れによって東京を壊滅させようと考えたガルーダは2人の強化改造人間を送った。それは以前仮面ライダーブラックサンダーに倒された蝙蝠強化怪人、サソリ強化怪人だった。2人の強化改造人間は研究所に侵入を試みたが、鉄壁のバリヤの前に跳ね返されてしまう。
原子力研究所のバリヤを破壊するためには10kgのバリヤ破壊ボールを30mの距離から投げ込まなければならない。しかし、ガルーダにはそのような能力を持った強化改造人間は存在しなかった。そこで、ガルーダはプロサッカー選手、不動明王に白羽の矢を立てた。プロとして活躍する彼のシュートは殺人シュートとして恐れられていた。
試合終了後、選手控え室に1人でいるところをカメレオン強化怪人と蜘蛛強化怪人に捕らえられた不動はウマ強化怪人に改造されてしまった。
そのころ成風の知り合い、片桐早苗と新田美波は原子力研究所近辺の張り込みをしていた。すると不審な車が何度も研究所の周りを走行していた。不審な車の後を追い、ある屋敷に忍び込んだ片桐はとんでもないモノを見てしまった。それは今までに仮面ライダーブラックサンダーに倒された10体の強化改造人間の姿だった。