ある夜、原子力研究所では二人の警備員が見回りをしていた。
警備員A「いや～見回りっていってもなにも起こらないから暇だよな～」
警備員B「ほんとほんと毎日こうだと楽なんだよな～」
警備員A「お...おい！あれはなんだ！！」
警備員Aが指を指した方向には蝙蝠のバケモノが飛んできた。
蝙蝠強化怪人「キキー！」
警備員A「ぎゃああああああああっっっ！！」
警備員B「バ...バケモノめ！！」
警備員Bが逃げようと振り返ったそのときサソリのバケモノがそこに立っていた。
サソリ強化怪人「シュシュー」
警備員B「ああああああああっっっ！！」
こうして二人の警備員は殺害されてしまった。
二人の警備員を殺害したのはかつて仮面ライダーブラックサンダーに倒された蝙蝠強化怪人とサソリ強化怪人だ。
ガルーダは原子力研究所を襲撃するために二人の強化改造人間を再生したのだ。
蝙蝠強化怪人「よし...片付いたな...」
サソリ強化怪人「早速中へ入るか...」
サソリ強化怪人が研究所へ入ろうとした時、突然電気がはしったのだ。
サソリ強化怪人「ぐわぁぁぁぁぁぁぁぁっっっ！！」
蝙蝠強化怪人「おい！！大丈夫か！！」
サソリ強化怪人「バ...バリヤだ！！この鎖にバリヤがはってある！！」
蝙蝠強化怪人「なに？バリヤだとそれなら...」
蝙蝠強化怪人が鎖を飛び越えようとしたがそれも無駄に終わった。
蝙蝠強化怪人「ぐわぁぁぁぁぁぁぁぁっっっ！！」
サソリ強化怪人「ここは一旦引き下がろう...」
二人の強化改造人間は基地に戻り首領にこのことを報告した
首領「バカモンっ！！まんまとそのバリヤに捻られてきたのか！！」
蝙蝠強化怪人「しかし首領...あのバリヤを破壊するのは我々の力だけではどうにも...」
首領「やる前からあきらめるなバカモンが！！なにか策はないのか？」
研究員主任「首領...それでしたらとっておきの物があります」
首領「おお！それはなんだ？」
研究員主任「これです...」
研究員主任の手にはボールのようなものがあった。
研究員主任「これはバリヤ破壊ボールです...これがあればバリヤは一撃で破壊できます...」
首領「でかしたぞ！！それでは早速使おうではないか！！」
研究員主任「お言葉ですが首領...このバリヤ破壊ボールはその破壊力ゆえ30mの距離から投げ込まなければならないのですがガルーダの強化改造人間の中にそのような能力を持ったものがいないのです...」
首領「バカモンっ！！ならばその能力を持った強化改造人間を作ればいいのだ！！」
場所は変わりサッカー場ではサッカーの試合が行われていた。
ガルーダが狙いをつけたのは殺人シュートとして恐れられているプロサッカー選手の不動明王だ。
サッカーの試合が終わり不動は選手控え室へと向かっていった。
不動「ま...俺がいればこんなもんだろ」
鬼道「あまり自分を過信するなよ不動...」
不動「はいはいわかってますよ鬼道くん」
佐久間「鬼道...そろそろ行こう」
鬼道「ああ不動行くぞ」
不動「わりぃ俺はちと休憩してからいくわ」
鬼道「わかった...あまり遅くなるなよ」
不動「あぁ」
そう言って鬼道と佐久間は選手控え室を後にした。
二人が選手控え室を出た途端どこからか笑い声がしてきた。
？「ケケケケ......」
不動「誰だ！！笑ってやがるのは！！」
？「わたしだよ...不動明王くん...」
そう答えると壁から笑い声の主が正体を現した、その正体はカメレオン強化怪人。
この怪人もかつて仮面ライダーブラックサンダーに倒された怪人の一体だ。
不動「なんだてめぇは？」
カメレオン強化怪人「不動明王...君はガルーダに選ばれた...わたしと一緒に来てもらおう...」
不動「ふざけんなっ！！このバケモノがっ！！」
不動はカメレオン強化怪人を蹴飛ばし、ドアから出ようしたがそこには強化改造人間第１号・蜘蛛強化怪人が待ち構えていた。
蜘蛛強化怪人「我々からは逃れられない...」
蜘蛛強化怪人は口から糸を吐き出し不動を捕らえた。
そして不動はそのまま連れ去られ強化改造人間にされてしまった。
研究員主任「首領...ウマの脚力を持つ新たな強化改造人間ができました...これでバリヤを破壊することができます...」
そのころ片桐早苗と新田美波は原子力研究所近辺の張り込みをしていた。
早苗「あの車怪しいわ...研究所の周りを何周もしている...」
美波「あ...車が研究所から離れて行きます」
早苗「さ～て尾行開始よ！」
早苗は車を走らせ、不審な車を追っていくとある屋敷にたどり着いた。
早苗「こんなとこに屋敷があったなんて知らなかったわ...」
美波「わたしも知りませんでした...」
早苗「とりあえずあたしは中へ入ってみるわ...美波ちゃんはここで待っててね...」
美波「わかりました...くれぐれも気をつけてくださいね」
早苗「わかったわ...」
そう言って早苗は門を飛び越え中へ入っていった。
屋敷の中には人の気配がしない。
屋敷の中を歩いているうちに早苗はある部屋にたどり着いた。
その部屋には白い布がかけてある人形のようなものがあった。
早苗「何かしらこれ？」
早苗が恐る恐る布をはがすとそこにはキメラ強化怪人が立っていた。
早苗「ひっ！！ってだたの人形じゃないびっくりしたわもうっ！！」
布をはずしていくと今までに仮面ライダーブラックサンダーに倒された10体の強化改造人間の姿があったのだ。
早苗「まるで本物みたいね...今にも動き出しそうで怖いわ...」
？「な～にしてるのかな？人の家で？」
早苗「っ！！」
早苗が驚いて振り向くとそこには強化改造人間にされてしまったはずの不動明王が立っていた。
早苗「ごめんなさい...勝手に入ってしまってすぐに出ていくわ...」
不動「ま...いいさ...それよりもよくできてるでしょその人形たち...」
早苗「え...ええ...よくできてるわ(あまりいい趣味だとは言えないけど...)」
不動「作るのにそうとう苦労したさ...」
早苗「そ...そうなの」
不動「あぁ...」
早苗「それではあたしはこれでおいとまさせてもらうわ...」
不動「あぁ...気をつけて帰りなよ...」
早苗は部屋を後にした。
不動「ふぅ～危ない危ない...もう動いていいぞ...」
不動が命令するとそれまで人形のように動かなかった強化改造人間たちが一斉に動き出した。
ヤモリ強化怪人「なぜ始末しなかった...せっかくのチャンスを...！！」
不動「うるせぇよ...今FBIの犬を殺しちまったらあとあと面倒だろうが...」
カマキリ強化怪人「しかし...また来るぞあのFBIの女...」
不動「まかせろあの女は俺が始末する...」
そう言って不動がフェイスマスクをゆっくり剥がすとウマ強化怪人の顔が現れた。
ウマ強化怪人「ヒヒーン！！」
その頃、早苗たちは屋敷を後にして立花モーターズへ向かっていた。
早苗「あの屋敷にはガルーダに繋がるものはなにもなかったわ...」
美波「あったのは...ガルーダの怪人の人形だけ...」
早苗「そう...」
そんな会話をしていると車の側面から大量の岩が転がってきた。
早苗&美波「きゃああああああああああっっっ！！！」
岩は早苗の車に命中し車は横転してしまった。
早苗と美波は何とか車から脱出するが早苗は重症を負ってしまった。
美波「早苗さんっ！！大丈夫ですか！？」
早苗「いたた...あまり大丈夫じゃないわね...」
美波が早苗を安全な場所へ運ぼうとするとガルーダの強化改造人間・ウマ強化怪人が姿を現した。
ウマ強化怪人「ヒヒーン！！」
美波「ガルーダの怪人！！」
ウマ強化怪人「なんだ...もう一人いたのか...てめぇも一緒に死になっ！！」
ウマ強化怪人が足元にあった岩を美波たちに向かって蹴った。
すると美波たちの後ろからターボサイクロンに跨がった仮面ライダーブラックサンダーがやって来て岩を粉砕したのだ。
美波「ブラックサンダー！！」
ブラックサンダー「早く安全なところへっ！！」
美波「は...はい！！」
ウマ強化怪人「来たか...ブラックサンダー」
ブラックサンダー「貴様が新しい強化改造人間だな」
ウマ強化怪人「そのとおりだ...くらえ！！俺の殺人シュートを...！！」
ウマ強化怪人が岩を蹴り飛ばし、仮面ライダーブラックサンダーを吹っ飛ばした。
ブラックサンダー「ぐわっ！！」
美波「ブラックサンダーっ！！」
ウマ強化怪人「ふはははは...どうだ俺の殺人シュートの威力は」
ブラックサンダー「なんて威力だ...」
ウマ強化怪人「それじゃあもう一度だっ！！」
ウマ強化怪人はもう一度、岩を蹴り飛ばし仮面ライダーブラックサンダーを吹っ飛ばした。
ブラックサンダー「ぐわぁぁぁぁっ！！」
仮面ライダーブラックサンダーは吹っ飛ばされた衝撃で崖から落ちてしまった。
ブラックサンダー「クソっ！！負けた.....」
美波「ブラックサンダーが負けた......」
ウマ強化怪人「ふははははっ！！」
仮面ライダーブラックサンダーはウマ強化怪人の前に完敗したのだ。
そして美波は早苗をなんとか病院へ連れていった。
美波「早苗さん...大丈夫かな...？」
立花「ううん...今はなんとも言えないな...」
その頃、ウマ強化怪人に完敗した成風龍東＝仮面ライダーブラックサンダーは特訓していた。
ブラックサンダー「とぉっ！！ブラックサンダーキックっ！！」
ブラックサンダーはウマ強化怪人に勝つために何度も何度もブラックサンダーキックを岩に打ち込んでいだ。
ブラックサンダー「はぁはぁ...だめだこのままでは...」
立花「やってるな龍東」
ブラックサンダー「っ！！おやっさん...」
立花「懐かしいな...今のお前を見ていると猛や隼人たちを思い出すな...」
ブラックサンダー「今外国で戦っている先輩ライダーたちのことですね」
立花「あぁそうだ...どれ龍東...俺が特訓してやる」
ブラックサンダー「本当ですかっ！！」
こうして仮面ライダーブラックサンダーはかつて先輩ライダーたちが受けてきたであろう立花の特訓を受けることになった。
しばらくして立花が仮面ライダーブラックサンダーにあることを聞いた。
立花「ところでお前のベルトって回転するのか？」
ブラックサンダー「あぁ風力によって回転するんだ」
立花「手動で回せるのか？」
ブラックサンダー「やってみます」
立花が持ち場につきブラックサンダーはベルトの真ん中にあるウィンドサンダーダイナモに手をかけた。
立花「よし...龍東行くぞ！！」
ブラックサンダー「お願いします！！」
ブラックサンダーが合図すると立花は岩を転がした。
ブラックサンダーはウィンドサンダーダイナモを回転させた。
そしてブラックサンダーキックを放つと岩は跡形もなくなった。
ブラックサンダー「やった！！これだ！！」
立花「やったな！！龍東！！」
ブラックサンダー「ありがとう！！おやっさん！！」
立花と龍東は早苗のいる病室へ着いたがそこに早苗の姿はなかった。
立花「あれ...早苗はどこ行ったんだ？」
龍東「ん？おやっさん...なんか置いてあるよ」
立花「これは...！？」
立花が見たのは早苗がFBIに所属していることを証明する物だった。
立花「早苗のやつFBIに所属していたのか...」
龍東「知らなかったな...」
一方、早苗はあの屋敷に再び潜入していた。
早苗「いてて...まだ頭が痛いけど滝さんに託されたんだから...」
早苗は屋敷の奥へと入っていくとガルーダの秘密基地らしき場所へとたどり着いた。
首領「ようこそFBIの片桐早苗っ！！」
早苗「あなたがガルーダの首領ねっ！！」
首領「そのとおりだ...そして早苗...貴様の目的である怪人たちはもうここにいない...」
早苗「なんですって！！じゃあどこに行ったの？」
首領「原子力研究所だ...だが貴様にはここで死んでもらう...」
首領が言い終わった瞬間、戦闘員たちが出てきた。
戦闘員たち「イー！」「イー！」
早苗「このまま殺されてたまるものですかっ！！」
早苗は迫り来る戦闘員たちをなぎ倒していく。
そこへ仮面ライダーブラックサンダーが駆けつけた。
早苗「ブラックサンダーっ！！」
ブラックサンダー「大丈夫かっ！！」
早苗「ブラックサンダーっ！！あたしはいいから原子力研究所へ行ってっ！！怪人たちはそこにいるわっ！！」
ブラックサンダー「わかったっ！！」
そしてブラックサンダーは秘密基地を後にした。
そのころ、ウマ強化怪人は原子力研究所にいた。
ウマ強化怪人「よし...この距離なら余裕だな」
ウマ強化怪人が足元にバリヤ破壊ボールを置き、蹴り飛ばした。
しかし間一髪のところで仮面ライダーブラックサンダーが駆けつけバリヤ破壊ボールを投げ返した。
ウマ強化怪人「また来たか...仮面ライダー...」
ブラックサンダー「今度は負けないぞっ！！」
するとどこからか怪人軍団が出てきた。
ブラックサンダー「お前たちは倒したはずの強化改造人間たちだなっ！！」
蜘蛛強化怪人「驚いたか仮面ライダーっ！！」
蜂強化怪人「我々強化改造人間は死なんのだっ！！」
コブラ強化怪人「貴様にやられた箇所を直せば」
キメラ強化怪人「この通りだっ！！」
ウマ強化怪人「ふはははは...俺一人に負けたお前が11対1でどうやって勝つ？勝算はあるのか？」
ウマ強化怪人が仮面ライダーブラックサンダーを煽るがそれを無視しターボサイクロンを発進させた。
怪人軍団の間をくぐり抜けしばらく進んだあとUターンし、再び怪人軍団もとへと向かって行った。
ターボサイクロンを止めると怪人たちが周りに集まってきた。
ブラックサンダー「ライダー......ファイトっ！！とぉっ！！」
仮面ライダーブラックサンダーは迫り来る怪人たちを次々と投げ飛ばした。
そして大ジャンプし、怪人にスワローキックを決めた後、サソリ強化怪人の攻撃をかわし腹にパンチを打ち込みそして背中に強力なチョップを決めた。
キメラ強化怪人に回転チョップをし、蹴りをいれた。
そしてブラックサンダーは起き上がろうとしている蜘蛛強化怪人を蹴り転がしたあと、カメレオン強化怪人を掴み巴投げをした。
サソリ強化怪人とコブラ強化怪人に両腕を掴まれ拘束されるがジャンプして一回転したあとコブラ強化怪人を投げサソリ強化怪人を空中に投げ飛ばした。
サラセニア強化怪人が自身の蔓で仮面ライダーブラックサンダーの腕に絡めるがすぐにほどいて逆にムチとしてサラセニア強化怪人に打ち込む。
続いて蜘蛛強化怪人が棒を取り出すが奪われコブラ強化怪人と共に打ちのめされる。
カマキリ強化怪人が鎖を仮面ライダーブラックサンダーの腕に巻き付け鎌で斬りつけようとするが鎖でガードされ投げられる。
カマキリ強化怪人に続いて蜂強化怪人が飛びかかるが腹にパンチを受けそのままカマキリ強化怪人の上に落ちてそのまま共に倒された。
そして仮面ライダーブラックサンダーはとうとうウマ強化怪人と一騎討ちになる。
ブラックサンダー「ライダー......ファイトっ！！」
ふたりはにらみ合い先に仕掛けたのは仮面ライダーブラックサンダーだった。
ブラックサンダー「ブラックサンダーキックっ！！」
自身の必殺技である“ブラックサンダーキック”を放つがあまり効果がなさそうだった。
ウマ強化怪人「こうなればライダーもろともバリヤを破壊してやるっ！！」
ブラックサンダー(よし...おやっさんとの特訓の成果を見せる時だっ！！)
仮面ライダーブラックサンダーはウィンドサンダーダイナモに手をかけた。
ウマ強化怪人「くらえっ！！必殺の殺人シュートをっ！！」
ウマ強化怪人がバリヤ破壊ボールを蹴ると同時に仮面ライダーブラックサンダーはベルトのウィンドサンダーダイナモを回転させそのまま飛び上がった。
ブラックサンダー「ブラックサンダー電光キックっ！！」
仮面ライダーブラックサンダーの新たな必殺技“ブラックサンダー電光キック”だ。
ベルトのウィンドサンダーダイナモを回転させたことによってウマ強化怪人のキックの何倍の威力にも増し見事蹴り返すことができたのだ。
蹴り返されたバリヤ破壊ボールはウマ強化怪人の手元に戻り再生怪人軍団共々爆散した。
ブラックサンダー「やったぞ...勝ったぞっ！！」
立花「お～いブラックサンダーっ！！勝ったのか」
ブラックサンダー「はい！！怪人はすべて倒しました」
立花「そうか！！さすがだぞブラックサンダー！！」
仮面ライダーブラックサンダーはターボサイクロンに跨がりどこかへと走り去ってしまった。
夕美「すごいよね...ブラックサンダーは」
美波「え？」
夕美「だってさ自分の命をかけてまで人のために戦っているんだから」
美波「そうね...」
後日、早苗は立花たちに自分の正体を明かした。
美波「早苗さんってFBIの人だったの！？」
早苗「今まで黙っててごめんなさい...隠すつもりはなかったのよ...」
立花「まぁわざわざ人に言うことでもないからな...でも早苗がFBIってことは滝もいるんだろ？」
早苗「えぇ滝さんはあたしの上司よ」
立花「そうかそうか...」
仮面ライダーブラックサンダーの活躍でガルーダの作戦はまたまた失敗に終わった。
ガルーダは今度はどんなに怪人を送り込んでくるのか......
誰にもわからない......
FBI特命捜査官、片桐早苗はFBI特捜部が発した通信をキャッチした。その内容はガルーダメキシコ支部の幹部が羽田着603便で日本に向かったので、603便に同乗したレディ3と協力して、ガルーダ幹部を倒せとの内容だった。
早苗は空港でレディ3を出迎え、車で某所に向かった。しかし、その道中、ラジオ番組で羽田着603便でFBI捜査官が殺害されたニュースが流された。なんと、早苗の車に同乗していたのはレディ3ではなく、ガルーダ幹部・サボテン強化怪人だったのだ。
正体が露見したサボテン強化怪人は早苗を襲う。そこに偶然居合わせた立花藤兵衛。絶体絶命のピンチに陥った片桐早苗と立花藤兵衛だったが、危ういところを仮面ライダー2号に救われる。
翌日、片桐早苗と立花藤兵衛はガルーダ秘密基地に潜入を謀る。しかし、敵の罠にかかり、周囲を取り囲まれてしまった。すると立花の前に一文字隼人が現れた。
「へ・ん・し・ん！とぉ～！」と雄叫びを上げて天高く舞い上がった一文字隼人は仮面ライダー2号に“変身”した。
ガルーダ怪人・サボテン強化怪人に投げられ、サボテン爆弾に落下しかけた仮面ライダー2号だったが、そこに仮面ライダーブラックサンダーが駆けつけ窮地を潜り抜けた。
翌朝、成風龍東の部屋に幼馴染みの美波が訪れた。美波は小包みを抱えており、中にはサボテン爆弾が入っていた。
同じころ立花モーターズにも同様の小包みが届けられており、危ういところを一文字隼人と成風龍東が駆けつけ、大惨事を逃れた。逃げる不審者を発見した美波と夕美は逃走する不審者を追う。しかし、ガルーダの戦闘員に囲まれ、窮地に陥る。そこに仮面ライダー2号と仮面ライダーブラックサンダーが駆けつけ、2人のピンチを救う。