九州・四国・大阪で地震が発生し津波によって漁船転覆などの被害が出ていた。
しかし各地震観測所の地震計が破壊されるという事件が同時に発生しており地震の規模・震源地は不明だった。
そんな時気象庁にガルーダの強化怪人・カニ強化怪人が現れた。
カニ強化怪人「ここの配電室を破壊すればいいのか...楽な任務だな」
カニ強化怪人は気象庁の配電室に侵入した。
そして配電室にある装置を破壊した。
しばらくして気象庁の職員が駆けつけるとカニ強化怪人が待ち構えていたのだ。
職員「バ、バケモノだー！」「うぁぁぁぁぁぁぁぁっ！！」
カニ強化怪人は腰を抜かして動けなくなっている職員2人に泡を浴びせた。
泡を全身に浴びた職員2人は跡形もなく溶けてしまった。
カニ強化怪人「よし...準備工作は順調だ...」
九州・四国・大阪での地震は北海道で大津波を発生させるガルーダの準備工作だったのだ。
ガルーダの仕業だと悟った成風龍東は単身北海道に乗り込んでいた。
龍東「よし！北海道に着いたぞ...しっかし寒いな～ここは...」
龍東は北海道の寒さに身を震わせながらガルーダの秘密基地の在り処を探った。
戦闘員「報告します！成風龍東が北海道にやって来ました！」
首領「おのれ成風龍東め！！カニ強化怪人よ...計画の実行を急ぐのだ！！」
カニ強化怪人「イー！」
龍東が北海道に乗り込んだことを知ったガルーダは計画の実行を急いだ。
カニ強化怪人「ここが中央気象台だ...戦闘員たちよ攻撃開始っ！！」
戦闘員たち「イー！」
カニ強化怪人は中央気象台にたどり着き戦闘員たちと共に襲撃し逃走した。
龍東「しまった遅かったか...だが奴らはそう遠くに行ってないはずだ...」
龍東は変身ポーズを取る。
龍東「ライダー......変身っ！！」
天高く舞い上がり仮面ライダーブラックサンダーに変身しその後を追った。
一方カニ強化怪人はある港に車を停めた。
カニ強化怪人「ここまで来れば仮面ライダーとて見つけられまい」
ブラックサンダー「待っていたぞっ！！ガルーダの強化改造人間っ！！」
カニ強化怪人「仮面ライダー...いつの間にっ！！」
ブラックサンダー「行くぞっ！！とぉっ！！」
ブラックサンダーはカニ強化怪人・戦闘員たちのところまでジャンプし戦闘を開始した。
迫り来る戦闘員の攻撃をかわしつつ反撃し戦闘員たちを蹴散らしていった。
戦闘員を蹴散らしてカニ強化怪人と一騎打ちとなった。
カニ強化怪人「仮面ライダーっ！！今は貴様と遊んでいる暇はないのだ」
カニ強化怪人は海へと潜っていった。
ブラックサンダー「待てっ！！」
ブラックサンダーもカニ強化怪人の後を追って海に潜っていった。
ブラックサンダーはバッタの強化改造人間なのだが海に潜ることが可能であるのだ。
カニ強化怪人の後をしばらく追うとガルーダの秘密基地にたどり着いた。
カニ強化怪人「仮面ライダーっ！！なぜバッタの強化改造人間の貴様がここまで来れるんだっ！！」
ブラックサンダー「それは俺を改造した奴か首領に聞いてみるんだな」
カニ強化怪人は左手にある巨大なハサミを振り上げ襲いかかるがそれを避ける。
避けた後カニ強化怪人の背中にキックを食らわせた。
カニ強化怪人は基地の自爆装置を作動させ脱出した。
自爆装置が作動したことに気づいたブラックサンダーも基地を脱出した。
そして基地は木っ端微塵になった。
陸にあがった2体の強化改造人間は睨みあっていた。
カニ強化怪人「仮面ライダー...貴様のせいで我々の計画が失敗に終わった...」
ブラックサンダー「貴様たちの作戦を成功させるわけにはいかないのだっ！！」
2体の強化改造人間は掴み合いになった。
ブラックサンダーはカニ強化怪人を投げ飛ばした。
カニ強化怪人は再び巨大なハサミを振り上げるが掴まれ腹部に2発パンチを受け背負い投げられた。
カニ強化怪人は泡を浴びせようとするがブラックサンダーはジャンプで回避してそのまま“ブラックサンダーキック”を食らわせた。
ブラックサンダー「ブラックサンダーキックっ！！」
カニ強化怪人「ぐはぁぁぁぁぁぁっ！！」
カニ強化怪人は爆散した。
今回も仮面ライダーブラックサンダーの活躍でガルーダの大津波作戦は失敗に終わった。
しかしガルーダの世界征服の野望はまだ終わらないのだ。
立花モーターズのメンバーはオートバイでのドライブ中、ある山里の村に立ち寄った。その村では巨大な人喰い毛虫によって何人もの村人が被害に遭っており、村人たちは避難を始めていた。
ガルーダの仕業と察知した美波、夕美、美嘉、加蓮の4人は村の一角にある滝に調査に赴いた。しかし、ガルーダに捕らえられ、ガルーダの秘密基地に連れ去られてしまった。
捜索に出た成風龍東と立花藤兵衛だったが、立花藤兵衛も捕らえられてしまった。
ガルーダ秘密基地の在り処を付きとめ、潜入を図る仮面ライダーブラックサンダー。そこでは立花モーターズのメンバーたちの処刑が行われようとしていた。