ある日のプール施設では、次期オリンピック候補選手の西島櫂が練習を行っていた。
マネージャー「櫂！あなたまた記録更新よ！これなら選手に選ばれるのは間違いないわね」
櫂「でも、あたしは今の記録に満足せずまだまだ伸ばしていきますよ」
マネージャー「頑張ってね、でも無理はしないようにね」
櫂「わかってます、それじゃもうひと泳ぎしてきますね」
そう言って櫂は泳ぎだした、しばらく泳いだのちに彼女は行方不明になった。
一方、立花モーターズでは立花が新聞を読んでいた。
立花「次期オリンピック候補選手の西島櫂が行方不明か...」
龍東「またですか...」
立花「これで何件目になるんだろうな...」
龍東「ただの失踪事件なんですかね？」
立花「今のところはなんとも言えんな」
龍東(もしかしたら...)
行方不明になった西島櫂はある施設にいた。
それは、ガルーダの海底基地だ。
ガルーダは日本近海にあるウラニウムに目を付け、海底工場を建設する“アトランティス計画”を進めていたのだ。
計画遂行のための作業員として、次期オリンピック候補選手や体力の若者を次々と拉致していたのだ。
一連の失踪事件をガルーダの仕業とにらんだ成風龍東は海岸に調査に向かった。
龍東「この事件...確証はないがきっとガルーダが絡んでいるに違いない！必ず証拠を見つけ出してやる！」
龍東が海岸を調査しているとその前にガルーダの戦闘員とピラニア強化怪人が現れた。
ピラニア強化怪人「待っていたぞ！！成風龍東！！」
龍東「やはりこの事件はお前たちの仕業か！！目的はなんだ！！」
ピラニア強化怪人「敵であるお前に教えるものか！！かかれ！！」
ピラニア強化怪人が戦闘員たちに命令を出し、戦闘員は龍東に襲いかかった。
戦闘員たちを蹴散らして変身ポーズを取る。
龍東「ライダー......変身！！とぉ！！」
龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身する。
そしてピラニア強化怪人とにらみ合う。
2人は掴み合いになり、海中へと落ちてしまった。
海中では、いくら仮面ライダーといえどバッタの強化改造人間では、ピラニアの強化改造人間であるピラニア強化怪人に太刀打ちできずにいた。
しかし、突如ピラニア強化怪人は海中深くにその身を隠した。
仮面ライダーブラックサンダーから成風龍東の姿に戻り岸へとあがってきた。
龍東(なぜあいつは止めを刺さなかった...あの戦いはどう考えても奴の勝利は確実だった...それなのになぜ？)
その頃、片桐早苗と同僚の佐藤心は海中を探索していた。
心「あ～あ海に来るなら水着でも持ってくるんだったな～」
早苗「そうね～でもあたしたちは遊びに来た訳じゃないからね～」
心「ですよね～」
そんな会話しながら探索を続けているとガルーダの襲撃を受け、ガルーダの海底基地に連れ去られてしまった。
偶然、その現場を目撃した龍東は2人を救出するため仮面ライダーブラックサンダーに変身し、海底基地に侵入した。
ブラックサンダー(ここに早苗さんたちがいることは間違いないだろう...そして行方不明になって人々も...)
しばらく基地の中を歩いていると突然、部屋の扉が閉まったのだ。
ブラックサンダー「しまった！！」
ピラニア強化怪人「罠にかかったな仮面ライダー！！」
ブラックサンダー「貴様！！」
ピラニア強化怪人「そのまま窒息させてやる」
ピラニア強化怪人がレバーを引くと壁から海水が流れこんでかきたのだ。
あっという間に部屋は海水で満たされたのだ。
ピラニア強化怪人「ふはははは！仮面ライダーは死んだのだ！！これで我々の計画を邪魔する奴はいない」
？「それはどうかな？」
ピラニア強化怪人「誰だ！！」
ピラニア強化怪人が振り返るとそこには仮面ライダーブラックサンダーが立っていたのだ。
ピラニア強化怪人「な...なぜだ！？なぜお前は生きている！？」
ブラックサンダー「天井を突き破ってそこから脱出したからだ！！」
ピラニア強化怪人「く...くそ！」(こうなったらこの基地を爆破して仮面ライダーもろとも...)
ピラニア強化怪人は基地の起爆スイッチを押し基地を後にした。
基地は木っ端微塵になった。
ピラニア強化怪人「ふはははは！どうだ仮面ライダー！！」
ブラックサンダー「それで俺を倒した気になるな！！」
ピラニア強化怪人「な...なに！！だが、あそこにいた作業員は皆殺しになった」
ブラックサンダー「残念ながら、全員無事だ」
ピラニア強化怪人「ええい！！計画は失敗...どうせ俺は首領に処刑されるこうなったら仮面ライダーを道連れにしてやる！！」
ピラニア強化怪人はブラックサンダーに掴みかかるも背負い投げられ右肩にチョップを受ける。
距離を取った後、右ストレートを喰らわせようとしたが右腕を掴まれ、腹部そして顔にパンチを受け怯む。
ピラニア強化怪人が怯んだ隙に空中高く舞い上がり“ブラックサンダーキック”を喰らわせた。
ブラックサンダー「ブラックサンダーキック！！」
ピラニア強化怪人「ぐはぁぁぁぁっ！！」
ピラニア強化怪人を倒した後、行方不明になっていた人々は無事に帰宅した。
そして、龍東と美波は海水浴に来たのだ。
美波「ね...ねぇ龍東///」
龍東「ん？」
美波「この水着...似合ってるかな？///」
龍東「う...うん、とってもよく似合ってるよ///」
美波「ありがとう///」
こうして仮面ライダーブラックサンダー・成風龍東によってガルーダの強化改造人間は敗れた。
しかし、ガルーダは世界征服を諦めてはいない。
また新たな強化改造人間を作りだし挑戦してくるだろう。
北海道・札幌にある研究所では新型液体燃料の開発に成功した。その液体燃料は僅か100CCで爆発的なエネルギーを発生させることが実験の結果分かった。
ガルーダはこの新型液体燃料をムササビ強化怪人に強奪させ、手始めに札幌を壊滅させようと企てた。
ガルーダの企みを知った成風龍東と片桐早苗は研究所に向かったが、既にムササビ強化怪人に貯蔵庫の新型液体燃料を奪われてしまった。
追う成風龍東。この新型液体燃料をめぐって、仮面ライダーブラックサンダーとムササビ強化怪人との激しい戦いの火ぶたがきって落とされた。