北海道にある研究所では新型液体燃料の開発に成功したのだ。
その液体燃料は僅か100CCで爆発的なエネルギーを発生させることが実験の結果分かった。
研究員A「これはすごい...」
研究員B「これならエネルギー問題は解決しますよ！」
研究員A「しかしまだ実験の段階だ、これは貯蔵庫に入れておこう」
研究員B「わかりました」
研究員はすぐに貯蔵庫に液体燃料を入れたのだった。
この新型液体燃料のことを聞きつけたガルーダは新たな強化改造人間・ムササビ強化怪人を生み出したのだ。
首領「ムササビ強化怪人よ...貴様には最近開発された新型液体燃料を奪ってきてほしいのだ」
ムササビ強化怪人「イー！！」
首領の命令を聞くとムササビ強化怪人は新型液体燃料を奪うため貯蔵庫へと向かった。
貯蔵庫に着いたムササビ強化怪人はそこにいた警備員を殺害し、新型液体燃料を奪うことに成功した。
ガルーダはこの新型液体燃料を使い札幌を壊滅させようと企てていたのだ。
早苗「さっきムササビみたいなのが飛んでいったけど...」
龍東「恐らくガルーダの強化改造人間、行ってみましょ」
成風龍東と片桐早苗は研究所に向かったが、既にムササビ強化怪人に奪われてしまった。
龍東「一足遅かったか...」
早苗「完全にやられたわね」
龍東「まだ遠くに行ってないはずです、追いかけましょ！」
龍東と早苗はムササビ強化怪人を追った。
しばらく追うとこちらに気付いたムササビ強化怪人が降りてきた。
ムササビ強化怪人「やはりきたか、成風龍東！そしてFBIの片桐早苗！」
龍東「当然だ！」
早苗「あんたたちの好きにはさせないわ！」
ムササビ強化怪人「いつも我々の邪魔をするお前たちには死んでもらう！！」
龍東「早苗さん、来ますよ」
早苗「わかってるわ」
こうしてムササビ強化怪人VS成風龍東&片桐早苗の戦いが始まった。
ムササビ強化怪人はまず空を飛び2人めがけて体当たりしてきた。
2人は左右へ避けた。ムササビ強化怪人は早苗の前に降りたと同時に顔を蹴った。
その後、ムササビ強化怪人は早苗の上に乗り顔を殴打する。
なんとかムササビ強化怪人を退けようともがくが一般人の力では強化改造人間には通じないのだ。
しかし龍東が後ろから蹴り飛ばし早苗は解放された。
龍東「早苗さん！こいつは俺が引き受けますその間に逃げてください」
早苗「そんな無茶よ！大学生のあなたにそんなこと任せられないわ！」
龍東「大学生です早苗さん、俺にはもうひとつの姿がありますから」
早苗「もうひとつの姿？」
龍東「いまからそれを見せます、しかしこのことは美波たちには黙っててください」
早苗「わかったわ...」
龍東は変身ポーズを取る。
龍東「ライダー......変身！！とぉ！！」
龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身した。
早苗(う...嘘！？龍東くんがあの仮面ライダーだったなんて)
ブラックサンダー「早苗さん、今のうちに逃げてください、必ず液体燃料は取り戻しますから！！」
早苗「わかったわ」
早苗は指示通りバイクで撤退したと見せかけて近くの木に身を隠した。
そして仮面ライダーブラックサンダーとムササビ強化怪人との戦いが始まった。
まずブラックサンダーは液体燃料を取り戻すためムササビ強化怪人に向かってジャンプした。
しかしムササビ強化怪人は空へ飛び回避した。
その後ブラックサンダーを踏みつけるように降りてきた。
それによって後方へと吹き飛んだブラックサンダー。
追い打ちをかけようと近付いてきたムササビ強化怪人に両足でキックを打ち込んだ。
キックされたことで液体燃料の入ったアタッシュケースを手離したのだ。
アタッシュケースは早苗が隠れていた木の近くに飛んできたのだ。
早苗(今がチャンス！！)
早苗はすぐに木の陰から飛び出しアタッシュケースを回収してバイクで走り去った。
ムササビ強化怪人「しまった！すぐに追いかけなければ！」
ブラックサンダー「そうはさせるか！！」
ムササビ強化怪人は早苗を追うため空を飛ぼうとしたが寸前でブラックサンダーに阻止された。
ムササビ強化怪人「くそう...仮面ライダー！！必ず奪い返してやるからな！！」
ブラックサンダー「絶対にお前たちの思い通りになんかさせないぞ！！」
ムササビ強化怪人は退却した。
戦いが一段落した仮面ライダーブラックサンダーは変身を解いて早苗の元に向かった。
早苗「いや～にしても驚いたわ、あなたが仮面ライダーだったなんて」
龍東「今まで黙っててすみません...」
早苗「いいのよ、誰にだって隠しておきたいことはあるんだから♪」
龍東「そう言ってもらえると助かります」
早苗「ところでこのことを知ってるのってあたしの他にいるの？」
龍東「あとはおやっさんだけです」
早苗「なるほどね」
一方、ガルーダの基地ではムササビ強化怪人が首領にお叱りを受けていた。
首領「ばかもの！！まんまと仮面ライダーどもに奪われおって！！」
ムササビ強化怪人「も...申し訳ございません、首領」
首領「謝罪している暇があるならさっさと新型液体燃料を奪い返すのだ！！」
ムササビ強化怪人「イー！！」
ムササビ強化怪人が任務に向かった後、首領は一人でに呟いた。
首領「私が結成したショッカーやデストロンなどことごとく仮面ライダーに壊滅させられてきた、このままではガルーダも潰されかねないな、はてどうするか...」
新型液体燃料を取り戻すことに成功した龍東たちは安全な隠し場所を探していた。
しかし彼らの前に再びムササビ強化怪人が立ち塞がった。
龍東「また出たか！」
ムササビ強化怪人「さあ、そのアタッシュケースを渡してもらうぞ！！」
早苗「絶対にこのケースは渡さないわ！」
ムササビ強化怪人「ならば力ずくで奪うのみ」
龍東「それしか頭にないくせに、早苗さんここは俺に任せてください」
早苗「わかったわ」
早苗が立ち去ったのを確認すると龍東は変身ポーズを取った。
龍東「ライダー......変身！！とぉ！！」
龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身し、再び戦闘を開始した。
ムササビ強化怪人はブラックサンダーに右手でパンチをするが受け止められ腹部にパンチを2発喰らったのだ。
ブラックサンダーは背負い投げた後、距離を取り空中高くジャンプした。
ブラックサンダー「ブラックサンダーキック！！」
ムササビ強化怪人「キィィィィィィィィィィ」
ムササビ強化怪人は爆散し、仮面ライダーブラックサンダーは勝利した。
ムササビ強化怪人との戦いが終わり、新型液体燃料は無事安全な場所に移されたのだ。
ガルーダは東京の刑務所に服役している無期懲役犯の身柄を確保し、キノコ強化怪人に改造した。キノコ強化怪人が発する毒キノコ胞子を浴びた人間はたちまち意識を失い、死にいたらしめるのだ。
ガルーダはキノコ強化怪人を使って、次々と子供たちを誘拐していった。そして薫までもがキノコ強化怪人の毒キノコ胞子を浴び、連れ去られようとしていた。現場に駆けつけた成風龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身してガルーダの後を追う。
立花モーターズのメンバーの協力を受け、薫たちの奪還に成功した仮面ライダーブラックサンダーだったが、このままでは薫たちの命が危ない。