ガルーダはとある刑務所に服役している無期懲役犯の身柄を確保し、キノコ強化怪人に改造した。
首領「キノコ強化怪人よ、早速だが貴様に任務を与えよう」
キノコ強化怪人「一体どんな任務でしょうか？」
首領「簡単な任務だ、子供たちを誘拐してくるのだ」
キノコ強化怪人「イー！」
ある日の立花モーターズでは先月からよくお手伝いに来てくれる向井拓海がやって来たのだ。
拓海「こんちやーす」
藤兵衛「おう！今日も来てくれたのか」
拓海「おうよ！バイクいじるの楽しいしな♪」
龍東「おやっさん、心強いメンバーが加わりましたね」
藤兵衛「ああ、まったくだ」
一方、ガルーダはキノコ強化怪人を使って、次々と子供たちを誘拐していったのだ。
薫たちが公園で遊んでいるとキノコ強化怪人が現れた。
薫「おまえはガルーダの悪い奴だ！！」
仁奈「キノコのお化けでごぜーますか！！」
キノコ強化怪人「おまえたちも我々と一緒に来てもらうぞ！！」
薫までもがキノコ強化怪人の毒キノコ胞子を浴び、連れ去られようとしていた。
薫を迎えに来ていた龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身してガルーダの後を追う。
キノコ強化怪人「やはり来たか、仮面ライダー」
ブラックサンダー「ガルーダめ、逃がさんぞ！」
ブラックサンダーはターボサイクロンのスピードを上げガルーダの車の上に飛び移り運転手を引きずり下ろした。
たちまち車は止まり中からキノコ強化怪人や戦闘員が飛び出してきた。
ブラックサンダー「子供たちは返してもらうぞ！！」
キノコ強化怪人「仮面ライダー！！子供たちは渡さんぞ！！戦闘員どもかかれ！！」
キノコ強化怪人の命令に従い戦闘員たちがブラックサンダーに襲いかかってきた。
ブラックサンダー(くそう...このままでは薫たちが...)
美波「仮面ライダー！！」
夕美「戦闘員は私たちに任せて！！」
慶「あの怪人をやっつけてください！！」
ブラックサンダー「みんな...わかった！！」
立花モーターズのメンバーは自分たちが持ってきた武器で戦闘員たちを撃退し、見事薫たちの奪還に成功したのだ。
キノコ強化怪人「しまった...覚えていろよ！！」
任務に失敗したキノコ強化怪人は退散した。
すぐさま薫たちを病院へ連れて行ったが一向に目を覚ます様子がない。
美波「先生、薫ちゃんたちは？」
先生「今のところ、意識を失っているだけで命に別状はないみたいですが...」
美波「そうですか...」
夕美「ねぇねぇ、薫ちゃんたちの顔についているのはなんだろう？」
慶「よく見ると胞子っぽいけど...」
そう、キノコ強化怪人が発する毒キノコ胞子を浴びた人間はたちまち意識を失い、死にいたらしめるのだ。
このままでは薫たちの命が危ないのだ。
龍東「くそ！！一体どうすれば...」
藤兵衛「解毒剤があればいいのだが...」
龍東「恐らく、奴らのアジトに解毒剤があるはずなんだ」
藤兵衛「問題はどこにあるかだ...」
拓海(これがガルーダのやり方なのか...こんなの間違っている！)
拓海はどこかへと出かけていった。
藤兵衛「拓海の奴どこに行ったんだ？」
龍東「さあ？」
拓海が出かけた先はガルーダのアジト。実は拓海はガルーダが送り込んだスパイだったのだ。
拓海「おい、ここを通せ」
戦闘員「合言葉は」
拓海「我が偉大なるガルーダのために」
戦闘員「よし、通れ」
拓海はアジトの中へ入り、解毒剤のある部屋へとたどり着いた。
拓海「よし！これさえあればあいつらが助かるんだな」
キノコ強化怪人「そこで何をしている！！」
拓海(しまった！！)
キノコ強化怪人「貴様、解毒剤を持って何をするつもりだ？」
拓海「いや～研究員の奴らに持ってこいって頼まれてまして...」
キノコ強化怪人「そんなはずあるか！貴様、ガルーダを裏切るつもりだな！！」
キノコ強化怪人は毒キノコ胞子を拓海に浴びせたのだ。
拓海は毒キノコ胞子を浴びたが命からがら逃げきり薫たちがいる病院へとたどり着いた。
藤兵衛「拓海！？どうしたんだその顔！！」
拓海「へへ、ちょっとしくじっちまった」
龍東「拓海、その手に持っているものは？」
拓海「これは解毒剤だ」
藤兵衛「どうやって奴らのアジトを？」
拓海「もう隠す必要がないから言うぜ...アタシはガルーダのスパイだ」
龍東「な...なんだって！？」
藤兵衛「拓海...それは本当なのか」
拓海「ああ、本当だ...それより解毒剤を薫たちに」
龍東「まずはお前からだ！拓海！」
拓海「いや...アタシは...後でいい...早くしろ！」
龍東「わ...わかった」
龍東は解毒剤を薫の顔にかけると胞子がなくなり目を覚ましたのだ。
薫「あれ？ここはどこ？」
龍東「薫！」
薫「あ！龍東お兄ちゃん！」
龍東「よかった...」
藤兵衛「龍東！この調子で他の子供たちにも解毒剤を」
龍東「わかってる」
龍東と藤兵衛は拓海が持ってきてくれた解毒剤を子供たちの顔にかけていった。
龍東「よし！後は拓海だけだ！」
拓海「いや...それは...お前が...飲め」
龍東「なに言ってるんだ！！このままじゃ死ぬぞ！！」
拓海「アタシは...悪魔に魂を売って...今まで...悪いこと...たくさんしてきた...これは償いだ...」
龍東「バカなことを言うな！！さあ早く！！」
拓海「もう...手遅れだ...ここまで...胞子が...まわっちまったら...」
龍東「そんな...」
拓海「龍東...その解毒剤を飲めば...奴の毒キノコ胞子を...無効化できる...」
龍東「本当か！？」
拓海「ああ...だから龍東...頼む...あいつを...倒してくれ...」
龍東「わかった...必ず倒す！！」
拓海「ありがとうな...」
そして拓海はゆっくり目を閉じた。
龍東「おやっさん...」
藤兵衛「なんだ...」
龍東「奴は俺が倒す！！」
藤兵衛が龍東を見るとその目は怒りに満ちていた。
その頃ガルーダは第２の作戦の準備を進めていた。
キノコ強化怪人「作戦開始！！」
戦闘員たち「イー！」
キノコ強化怪人たちが作戦場所へ向かおうとしたとき、仮面ライダーブラックサンダーが現れた。
キノコ強化怪人「仮面ライダー！！」
ブラックサンダー「見つけたぞ！！キノコ強化怪人！！」
ブラックサンダーは襲いかかってくる戦闘員たちを蹴散らしていった。
キノコ強化怪人「くそう...こうなればオレ１人でも作戦実行だ！」
キノコ強化怪人は作戦場所へ向かおうとしたがブラックサンダーが先回りしていた。
キノコ強化怪人「仮面ライダー！毒キノコ胞子の力を受けてみろ！」
キノコ強化怪人は毒キノコ胞子を浴びせたがブラックサンダーには全く効かなかった。
キノコ強化怪人「なんで貴様には毒キノコ胞子が効かないんだ！？」
ブラックサンダー「キノコ強化怪人、もはやその毒キノコ胞子に力はない！！」
キノコ強化怪人「な...なんだと！？」
ブラックサンダー「拓海が持ってきてくれた解毒剤のおかげでな...拓海に代わってお前を倒す！！」
キノコ強化怪人「くそ！！あの裏切り者め！！」
ブラックサンダーは怒りにまかせパンチやキックをキノコ強化怪人に浴びせた。
激しいパンチやキックを浴びたキノコ強化怪人は壁にもたれかかった。
そしてブラックサンダーは拓海の名前を叫んだ。
ブラックサンダー「たくみーーーー！！」
ブラックサンダーは力いっばいにキノコ強化怪人を殴り飛ばした。
最後に“ブラックサンダーキック”を放った。
ブラックサンダー「ブラックサンダー......キック！！」
ブラックサンダーはキノコ強化怪人を倒すことができた。
後日、龍東は拓海のお墓参りにやってきた。
龍東「拓海...敵は取ったぞ...だからゆっくり眠ってくれ...」
龍東は頬を涙で濡らした。
ガルーダが次に送り込んだ強化改造人間はアリジゴク強化怪人。人工あり地獄を作り出す恐ろしい強化改造人間だ。ガルーダはこのアリジゴク強化怪人を使って、次々と日本中の幹線道路を破壊していった。
それと同時にガルーダは中近東支部から最高指揮者“拘束のまゆ”を呼び寄せ、日本に大攻勢をかけようと画策していた。
首都圏の幹線道路が次々に陥没するニュースを耳にした成風龍東と片桐早苗はガルーダの仕業とにらみ、行動を開始した。
幹線道路を調査する成風龍東の前に突如、砂嵐が発生し、アリジゴク強化怪人が現れた。成風龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身し、戦いに挑む。しかし、アリジゴク強化怪人の人工あり地獄に吸い込まれ、体の自由が奪われてしまった。危うし・・・仮面ライダーブラックサンダー。