ある日の夜、1組のカップルがドライブを楽しんでいた。
男「今日はとても楽しかったな」
女「えぇ、とっても楽しかったわ♪」
しばらく車を走らせていると突然動かなくなってしまった。
男「あれ？おかしいな...故障か？」
女「それにしては急ね」
男「ちょっと見てくるわ」
男が車を降りてみると後輪が砂にはまっていたのだ。
男「な...なんだよこれ」
女「どうしたの？」
男「タイヤが砂にはまっているんだ」
女「なんでそこだけに砂が？」
カップルが話し合っていると車がいきなり沈みはじめたのだ。
男「今度は沈みはじめた！？」
女「ど...どうしよう！？」
男「とりあえず車から降りるんだ！！」
女は車を降りたが砂に足をとられ、思うように動けないのだ。
女「な！？砂に足をとられて動けない！？」
男「僕もさっきからうまく歩けないんだ」
そうしているうちにカップルと車は砂の中へと消えていった。
するとカップルたちが消えた砂の中からガルーダの強化改造人間・アリジゴク強化怪人が現れた。
アリジゴク強化怪人「実験は成功だ、次の段階に入るとするか」
翌日、アリジゴク強化怪人は次々と日本中の幹線道路を破壊していったのだ。
それと同時にガルーダの基地は慌ただしくなっていた。
戦闘員A「おい！聞いたか！」
戦闘員B「あぁ！今日ここに大幹部が来るらしい！」
ガルーダは中近東支部から最高指揮者を呼び寄せ、日本に大攻勢をかけようと画策していたのだ。
そして最高指揮者“拘束のまゆ”が基地に到着したのだ。
まゆ「ここがまゆの新しい赴任先ですか♪うふふ♪」
まゆがしばらく廊下を歩いていると1人の戦闘員の前で歩みを止めた。
まゆ「そこのあなた...」
戦闘員「は...はい！」
誰もが殺されると思った途端、まゆは戦闘員のベルトのずれを直した。
まゆ「ベルトが曲がっていましたよ♪ガルーダの一員なら身だしなみはきちんとしてくださいね♪」
戦闘員「はい！すみませんでした！」
やがて指令室に着き、左手に持っているリボン型の鞭をかがけこう続ける。
まゆ「我が偉大なるガルーダ栄光のために！！」
まゆは向き直り、アリジゴク強化怪人に向かって指示をだす。
まゆ「アリジゴク強化怪人、あなたは引き続き幹線道路の破壊を続けてください♪」
アリジゴク強化怪人「イー！！」
まゆ「戦闘員の方々はアリジゴク強化怪人のサポートをお願いしますね♪」
戦闘員「イー！！」
まゆ「それでは作戦開始です♪うふふ♪」
一方、首都圏の幹線道路が次々と陥没するニュースを耳にした成風龍東と片桐早苗はガルーダの仕業とにらみ、行動を開始した。
龍東「次に奴らが仕掛ける場所はここに違いない...」
早苗「そうね...ここからは2手に別れて調査しましょ」
龍東「わかりました」
幹線道路を調査している龍東の前に突如、砂嵐が発生した。
龍東「うわ！？なんだこの砂嵐は！？」
するとアリジゴク強化怪人が現れた。
アリジゴク強化怪人「待っていたぞ、成風龍東」
龍東「やはり貴様らの仕業か...行くぞ！！」
龍東は変身するため構える。
龍東「ライダー......変身！！とぉ！！」
龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身し、戦いに挑む。
ブラックサンダー「貴様らの好きにはさせんぞ！！」
アリジゴク強化怪人「ふはははは、仮面ライダーよ...お前はもうすでに罠にかかっているのだ」
ブラックサンダー「なんだと！？うわ！？」
ブラックサンダーはアリジゴク強化怪人の人工あり地獄に吸い込まれ、体の自由が奪われてしまったのだ。
ブラックサンダー(しまった！！このままではやられる！！)
アリジゴク強化怪人「そのまま死ぬがいい仮面ライダー！！」
ブラックサンダー(何かいい方法はないのか...このままでは...)
するとブラックサンダーはあることを思い出したのだ。
ブラックサンダー(そうだ！たしかベルトの横にあるダイアルを回せば...)
ブラックサンダーがベルトの横にあるダイアルを回すと１人でにターボサイクロンがやってきてロープを射出し、ブラックサンダーを救出した。
ブラックサンダー「よし！行くぞ！」
アリジゴク強化怪人「く、くそ！！仮面ライダーめ！！」
アリジゴク強化怪人は自身の巨大な顎でブラックサンダーを挟もうとしたがジャンプで避けられ顔にキックを受けた。
さらにブラックサンダーはアリジゴク強化怪人の腹部にパンチを打ち込み背負い投げた。
背負い投げた後、ブラックサンダーは空中高く飛び“ブラックサンダーキック”を放つ。
ブラックサンダー「ブラックサンダーキック！！」
ブラックサンダーキックを受けたアリジゴク強化怪人は爆散した。
まゆ「やはり仮面ライダーは強敵ですね♪」
ガルーダは最高指揮者“拘束のまゆ”を呼び寄せ、日本に大攻勢をかけようとしている。
仮面ライダーブラックサンダーの戦いはより一層厳しいものになるだろう。
ガルーダの大幹部・拘束のまゆは強化改造人間・ムカデ強化怪人を使って、頭脳優秀な少年少女を次々と誘拐していった。ガルーダはジュニアガルーダ隊を結成し、破壊工作を画策していたのだ。
そして立花モーターズに出入りしている薫が狙われ、連れ去られてしまった。追う仮面ライダーブラックサンダーと片桐早苗だったが、その前に再生されたキメラ強化怪人とサラセニアン強化怪人が現れ、行く手を阻まれてしまった。
誘拐された薫の身を案じる成風龍東と片桐早苗の前に催眠電波によって操られたジュニアガルーダ隊が現れ、2人の命を狙う。
脱出に成功した成風龍東は仮面ライダーブラックサンダーに変身し、ムカデ強化怪人に戦いを挑む。